働き方改革推進支援助成金とは？令和8年度の上限額と勤怠システム費用の対象範囲

働き方改革推進支援助成金は、時間外労働の削減や年次有給休暇の取得促進に取り組む中小企業に対し、研修・外部専門家・勤怠管理ソフトウェアなどにかかった費用の4分の3（条件を満たせば5分の4）を国が助成する制度です。令和8年度の交付申請期限は2026年11月30日（月）午後5時で、国の予算に達した場合はそれより前に予告なく締め切られます。この記事では、業種を問わず使える労働時間短縮・年休促進支援コースを中心に、成果目標ごとの上限額と賃上げ加算を厚生労働省の支給要領の数字で整理しました。そのうえで、勤怠管理システムのどこまでが対象経費になるか、SaaSの月額料金やパソコンはどう扱われるかを具体的に示し、締切まで1か月を切った2026年11月上旬の時点で今年度に申請すべき会社と来年度に回すべき会社を受託開発会社の立場から分けます。

まとめ：働き方改革推進支援助成金で勤怠システム費用を回収できる会社の条件と期限

助成額は「成果目標ごとの上限額と加算額の合計」と「対象経費×3/4」の低いほうで決まります。労働時間短縮・年休促進支援コースなら、36協定の時間外・休日労働を月80時間超から月60時間以下へ下げる成果目標で上限150万円、年休の計画的付与や時間単位年休の導入はそれぞれ25万円です。上限が大きくても、使った経費が小さければ助成額も小さいままです。

勤怠管理ソフトウェア、既製品のカスタマイズ、給与システムとのAPI連携は対象経費に入ります。一方、パソコンやタブレットは汎用事務機器として原則対象外で、SaaSの利用料は事業実施期間に収まる月数分しか数えられません。

日程は厳しく、交付決定より前に契約した費用は対象外、改善事業は2027年1月31日までに終える必要があります。2026年11月上旬から申請するなら、既製SaaSの導入か既存システムの連携改修に範囲を絞るのが現実的です。勤怠システムを個別開発する計画は、来年度の受付開始に合わせて要件定義と2社以上の見積りを先に揃えるほうが通りやすいと当社は判断しています。

働き方改革推進支援助成金の令和8年度のコース構成と中小企業事業主の要件

業種別課題対応・時短年休・勤務間インターバルの3コースから自社に合う1つを選ぶ基準

1社が勤怠管理の改善に使う場面で候補になるのは、主に3つのコースです。業種別課題対応コースは建設業・運送業・病院等・砂糖製造業・情報通信業・宿泊業が対象で、業種ごとのリーフレットに上限額が分かれています。労働時間短縮・年休促進支援コースは業種を問わず申請でき、成果目標は36協定の上限設定・年休の計画的付与・時間単位年休と特別休暇の3つです。勤務間インターバル導入コースは、終業から次の始業まで9時間以上の休息を制度化する会社向けです。

選び方は単純です。上の6業種に当たるなら業種別課題対応コースを先に確認し、休息時間の制度化を進めるならインターバルのコース、どちらでもなければ時短・年休コースを選びます。この記事の数字は、対象が最も広い時短・年休コースを基準にしています。

資本金か常時使用する労働者数で決まる中小企業の範囲と年休管理簿の前提条件

対象は労災保険の適用事業主である中小企業で、資本金（出資の総額）か常時使用する労働者数のどちらかが次の範囲に収まれば該当します。常時使用する労働者にはパートタイマーなど常態として使用する短時間労働者も含まれます。

見落としやすいのは規模以外の前提です。すべての指定事業場で年次有給休暇管理簿を作成していること、常時10人以上の事業場では年休の時季指定の対象者と方法を書いた就業規則を交付申請の前に労働基準監督署へ届け出ていることが求められます。パートタイマー用の就業規則を別に持つ会社は、そちらにも時季指定の定めが必要です。

労働時間短縮・年休促進支援コースの成果目標別の上限額と賃上げ加算の計算方法

36協定の時間外・休日労働を月60時間以下に下げる成果目標①の50万〜150万円

成果目標①は、36協定で定める時間外・休日労働の時間数を事業実施期間中に引き下げ、変更後の協定を届け出るものです。上限額は引下げ前後の時間数の組み合わせで3段階に分かれます。

令和8年1月1日以後の期間だけを対象に、初めて36協定を届け出る会社はこの成果目標を選べません。もともと月60時間以下で協定を結んでいる会社も対象外です。特別条項の上限の考え方は特別条項付き36協定の上限時間と様式第9号の2の記載例で整理しています。

計画的付与と時間単位年休の各25万円と割増賃金率引上げの25万円・75万円加算

成果目標②の年休の計画的付与制度の新規導入、成果目標③の時間単位年休と特別休暇（1つ以上）の新規導入は、どちらも上限25万円です。③の特別休暇は病気休暇・教育訓練休暇・ボランティア休暇・不妊治療のための休暇などが例示されており、無給の休暇やリフレッシュ休暇のように個別事情に配慮しないものは数えられません。

割増賃金率の引上げを追加すると上限が加算されます。月60時間以内の時間外労働の所定割増賃金率を5%以上引き上げると25万円です。月45時間超60時間以内の部分を5割以上に上げ、交付申請月を基準にいずれか1か月で労働者1人あたり10時間以上の時間外労働を減らすと75万円になります。75万円の区分は、令和8年4月1日以前の2年間に月45時間を超えて残業した労働者が少なくとも1名いることが前提です。

引上げ人数と常時使用する労働者数で2倍・2.5倍に増える賃上げ加算の上限額

賃上げ加算は、時間当たり賃金を3%・5%・7%以上引き上げた人数に応じて上限額を積み増す仕組みです。常時使用する労働者が30人を超える会社の加算額は次のとおりです。

常時使用する労働者が10人以上30人以下なら5%と7%の区分が2倍、10人未満なら2.5倍になります。常時8人の会社が4人の時間当たり賃金を5%以上上げた場合、48万円の2.5倍で120万円の加算です。ただし加算は引き上げた賃金そのものを補填するものではなく、ほかの成果目標と一緒に達成したときに上限が伸びるだけです。賃金規程の変更と、引上げ後6か月分の賃金を払った時点の状況報告も求められます。

上限額と対象経費×3/4の低いほうになる交付額と4/5に上がる30人以下の条件

交付額は、選んだ成果目標の上限額と加算額の合計と、対象経費に補助率を掛けた額の、低いほうです。補助率は原則3/4ですが、常時使用する労働者が30人以下で、労務管理用ソフトウェア・機器などの導入（改善事業の⑥・⑦）を実施し、その所要額が30万円を超える場合は4/5に上がります。

具体的に計算します。成果目標②と③を選べば上限は50万円です。勤怠管理ソフトウェアの導入に40万円（税抜）かかった常時20人の会社なら、40万円が30万円を超えるので補助率4/5が適用され、32万円が交付されます。同じ40万円でも常時50人の会社なら3/4で30万円です。上限50万円まで受け取るには、経費が4/5なら62.5万円、3/4なら約66.7万円必要になります。

勤怠管理システムが対象経費になる範囲とパソコン・SaaS月額料金の扱い

労働時間管理機能を含むソフトウェアと既製品カスタマイズ・API連携・RPAの扱い

支給要領は、名称を問わず労働時間管理の機能を含むソフトウェア・クラウドサービス・SaaSを「労務管理用ソフトウェア等」としています。具体例として挙がっているのは次の取組です。

• 勤怠管理ソフトウェアの導入・更新
• すでに所有している既製品の労務管理用ソフトウェアを自社専用にカスタマイズすること（自社開発を除く）
• 所有している労務管理用ソフトウェアと給与システムのAPI連携
• 労務管理用ソフトウェアと給与システムの連携をRPAで自動化すること
• 事業場独自の勤怠管理ソフトウェアの開発（自社開発を除く）

外部の開発会社に委託する限り、カスタマイズも個別開発も対象になり得ます。対象にならないのは、パソコンの制御やログ収集だけを行うセキュリティソフト、労働時間管理の機能を持たない人事ソフトなどです。後者は「労働能率の増進に資する設備・機器等」に当たるかを別に検討します。タイムレコーダー・ICカード・読取装置の区分は、労務管理用機器としての扱いです。勤怠と給与の連携でどこを自動化するかは給与計算システムの比較で見る勤怠連携の軸が参考になり、既製品で足りない部分の改修や連携開発は勤怠管理システム開発として当社でもお受けしています。

SaaSの月額利用料は事業実施期間内の月割分しか対象にならない計算の落とし穴

SaaSやリースの利用契約が事業実施予定期間より長い場合、対象経費になるのは期間内の分だけです。年額契約は月割にし、1か月に満たない端数は切り捨てます。期間が1か月に満たないときは1か月として数えます。

仮の数字で試算します。年額60万円の勤怠SaaSを契約し、12月15日の交付決定から1月31日までが事業実施期間だとすると、期間は1か月半なので端数を切り捨てて1か月分、5万円しか数えられません。初期設定費用は借損料に含めてよいとされているため、経費として積み上がるのは初期設定・データ移行・導入時の研修が中心になります。月額料金の総額を見積もって「4分の3が戻る」と考えると、実際の助成額との差が大きくなります。

パソコン・タブレットが原則対象外になる理由と専用システム・長時間労働の特例

パソコン・タブレット・スマートフォン・PCモニターは、一般の事務所に普及している汎用事務機器として、原則として対象経費に含まれません。例外は2つです。1つは、POSシステムや会計給与システムのような特定業務専用のシステムを動かすために導入することが明らかな場合です。もう1つが長時間労働恒常化特例で、すべての指定事業場で過去2年間途切れなく36協定が有効であり、その特別延長時間が月60時間を超えている会社は、パソコン等の購入費を経費に含められます。

NASやサーバーはパソコンとは質的に異なるとされ、汎用事務機器には当たりません。打刻用に共用端末を置く計画なら、勤怠打刻専用であることを事業実施計画に書けるかが分かれ目です。

勤務間インターバル導入コースで休息11時間以上なら上限150万円になる要件

勤務間インターバル導入コースは、36協定を締結し、原則として過去2年間に月45時間を超える時間外労働の実態がある会社が対象です。上限額は休息時間数と適用する労働者の割合で決まります。

補助率・賃上げ加算・割増賃金率加算の仕組みは時短・年休コースと同じで、内容は勤務間インターバル導入コースのリーフレットに載っています。休息時間を勤怠システムで判定するには、終業打刻から次の始業予定までの時間を日ごとに計算する機能が要ります。必要な判定の作り方は勤務間インターバルの11時間ルールと勤怠システムの対応要件で扱いました。

交付申請から支給までの流れと2026年11月30日締切・1月31日完了の日程

交付決定前に契約すると対象外になる順序と2社以上の相見積りの取得要件

手続きは「交付申請 → 交付決定 → 改善事業の実施 → 支給申請」の順で進みます。申請先は本店所在地を管轄する都道府県労働局の雇用環境・均等部（室）で、Jグランツによる電子申請もできます。

1. 2社以上から見積書を取り、交付申請書・事業実施計画・36協定・賃金台帳・年休管理簿と一緒に提出する
2. 交付決定の通知を受けてから、ソフトウェアの契約や研修の発注をする
3. 事業実施期間内に導入・研修を終え、就業規則や36協定の変更を届け出る
4. 費用の支払いを済ませ、支給申請書と証拠書類を提出する

交付決定より前に契約した費用は、改善事業に含められません。見積りを交付申請前に取るのは問題ありません。相見積りは同じ企業グループ内の別会社から2通取っても認められず、メーカー直販の定価品などで2通出せない場合は市場価格が分かる資料を求められることがあります。

労使の話合い・苦情担当者・計画周知の3措置と支給申請で出す証拠書類

事業実施計画には、すべての指定事業場で3つの措置を盛り込みます。労使の話合いの機会は対面かWeb会議が原則で、書面の回覧や意見聴取だけでは話合いと認められません。改善事業の結果や成果目標の達成状況について、期間内に少なくとも1回話し合う必要があります。労働時間の苦情・要望を受ける担当者の配置と、事業実施計画の周知も求められ、どちらも口頭だけの周知は不可です。

支給申請では、議事録や参加者名簿、担当者を掲示した写真、ソフトウェアの納品書、領収書や振込記録、変更後の36協定届や就業規則を出します。費用は支給申請日までに支払いを終え、クレジットカード払いなら口座から引き落とされている必要があります。選んだ成果目標を達成できなかった指定事業場がある場合、その成果目標の分は支給されません。

2026年11月上旬から逆算した交付申請・導入・支給申請までの残り日数の目安

令和8年度の時短・年休コースとインターバルのコースの日程は次のとおりです。時短・年休コースのリーフレットに記載された期限をそのまま並べています。

交付決定までの審査日数は公表されていないため、11月末に申請すると、実際に導入に使える期間は12月と1月の2か月弱になると見込んでおくのが安全です。予算に達した時点で受付が締め切られるため、書類が揃った会社から早く出すほど有利になります。

勤怠システムを助成金で入れる判断と今年度は見送って来年度へ回す場面

今年度はSaaS導入や既存システムの連携改修に絞り個別開発を申請しない理由

当社の判断は明確で、2026年11月上旬から申請する会社は、勤怠システムの個別開発を今年度の改善事業にしないほうがよいと考えます。交付決定後の2か月弱で、要件定義・開発・テスト・本番移行に加え、就業規則の変更と届出、労使の話合いまで終える計画は、事業実施期間内に完了しない危険が大きいからです。完了しなければ、その経費は支給申請に載せられません。

今年度に向くのは、既製の勤怠SaaSの導入と初期設定、すでに使っている勤怠システムと給与システムのAPI連携、CSV受け渡しのRPA化のように、数週間で終わる範囲です。個別開発や大きな改修は、来年度も同じ制度が続く場合に受付開始と同時に申請できるよう、年度内に要件定義を済ませて見積り2通を揃えておく進め方を勧めます。

業務改善助成金やデジタル化・AI導入補助金と同じ機器で併給できない線引き

同じ機器・ソフトウェアについて、この助成金とほかの補助金・助成金の両方を受けることはできず、交付決定を受けられるのはどちらか1つです。支給要領は、同じ機器の設置で業務改善助成金と両方を受給しようとする場合を例に挙げています。勤怠システムをIT系の補助金で導入する予定があるなら、デジタル化・AI導入補助金の枠と対象範囲と比べ、どちらで申請するかを先に決めてください。

一方、成果目標や改善事業の中身が違えば併用できます。賃上げ加算の対象者が業務改善助成金の賃金引上げ対象者と重なることも認められています。業務改善助成金のコース別上限額や対象経費は業務改善助成金の令和8年度の上限額・対象経費と申請手順で整理しています。

成果目標を期限内に達成できない会社と経費が小さい会社が申請を見送る条件

次のどれかに当てはまる会社は、今年度の申請を見送るほうが合理的です。

• 常時10人以上なのに、年休の時季指定を定めた就業規則を11月30日までに届け出られない
• 選びたい成果目標が就業規則や労使協定の変更を伴うのに、1月31日までに労使で合意できる見込みがない
• 対象経費が10万円前後に収まり、7.5万円の助成のために計画書・相見積り・証拠写真を揃える手間が見合わない
• 投資の中心がパソコンの入れ替えで、長時間労働恒常化特例にも当たらない

逆に、36協定の時間外労働を月80時間超で結んでいる会社は成果目標①で上限150万円を狙え、勤怠システムの導入と残業削減の取組が一本の計画になります。この条件の会社は、締切が近くても申請を検討する価値があります。

よくある質問

働き方改革推進支援助成金の申請前によく寄せられる疑問に、令和8年度の支給要領の内容で答えます。

働き方改革推進支援助成金は最大でいくらもらえますか？

時短・年休コースの基本の上限は、成果目標①の150万円と②③の各25万円を合わせた200万円です。これに賃上げ加算（30人超の会社で最大360万円、10人未満なら5%と7%の区分が2.5倍）と割増賃金率引上げ加算（最大75万円）が加わります。ただし実際の交付額は、対象経費に3/4か4/5を掛けた額を超えません。上限を先に見るより、自社で使う経費の額から逆算するほうが実態に近い見積りになります。

個人事業主でも働き方改革推進支援助成金を申請できますか？

労働者を雇って労災保険の適用を受けている個人事業主なら対象になります。支給要領は個人事業主の場合の支払名義にも触れており、費用は事業主本人の名義で支払う必要があります。家族など本人以外の名義で支払った費用は、改善事業の費用と認められません。年休管理簿の作成や、常時10人以上なら就業規則の届出が必要な点は法人と同じです。

申請書類の作成は社会保険労務士に頼まないといけませんか？

自社で作成・提出できます。代理人に申請を任せる場合は、委任状の添付が必要です。労働・社会保険の書類の作成と提出代行は社会保険労務士の独占業務とされているため、外部へ有償で頼むなら社労士が相手になります。就業規則や労使協定の整備を外部専門家に頼む費用は対象経費に入りますが、上限は合計10万円です。まずは働き方改革推進支援センターの無料相談で、自社がどの成果目標を選べるかを確かめる方法もあります。

交付決定の前に勤怠システムを契約してしまった場合はどうなりますか？

その契約にかかる費用は改善事業に含められず、助成の対象外です。交付申請の前にできるのは見積りの取得までと決められています。すでに契約した場合でも、別の改善事業（研修や就業規則の整備など）を交付決定後に行えば申請自体は可能ですが、システムの費用は戻りません。トライアル期間の申込みが契約にあたるかは、管轄の労働局に事前に確認してください。

11月30日の締切に間に合わなかった場合はどうすればよいですか？

令和8年度の受付はそこで終わり、期限後の申請は受け付けられません。令和8年度の支給要領は2026年4月13日から施行されており、次年度の扱いは厚生労働省の発表を待つ必要があります。待つ間に、年休管理簿の整備、年休の時季指定を定めた就業規則の届出、36協定の時間数の見直し、勤怠システムの要件整理と2社以上の見積り取得を済ませておけば、受付開始直後に申請できます。

関連記事

• 勤怠管理システム開発の費用相場は？機能別・規模別の内訳と外注先の選び方：助成金の見積りを取る前に、個別開発の費用の内訳をつかめます
• 有給休暇5日の取得義務とは？対象者と罰則、未取得を防ぐ勤怠システムの要件：助成金の前提になる年休の時季指定と管理の仕組みを扱っています
• 年次有給休暇管理簿とは？記載3項目と保存期間、勤怠システムの項目設計：交付申請で求められる年休管理簿の記載項目を確認できます
• 勤務間インターバルとは？11時間ルールと勤怠システムの対応要件：インターバル導入コースで求められる休息時間の判定を解説しています
• デジタル化・AI導入補助金とは？旧IT導入補助金の枠・補助額とAIツールの対象範囲：勤怠システムをIT系の補助金で入れる場合の比較先です