障害者雇用納付金とは：月5万円の計算方法と申告期限、計上漏れを防ぐ人事データの要件

障害者雇用納付金は、常用雇用労働者が100人を超える企業のうち法定雇用率に届かない企業が、不足する障害者1人につき月額5万円を納める制度です。不足2人なら年120万円になります。この記事では、高齢・障害・求職者雇用支援機構（JEED）の令和8年度版資料をもとに、申告が必要になる企業の判定、各月の算定基礎日から積み上げる計算方法、申告期限と延納・追徴金のルールを整理しました。後半では、変動シフト制や休職者の数え方で生じる計上漏れと、申告の数字を人事・勤怠データから出すための要件を、業務システムの開発会社の目線で掘り下げています。

まとめ：障害者雇用納付金の対象判定・計算式・申告期限と人事データの要点

申告義務がかかるのは、前年度に常用雇用労働者が100人を超えた月が5か月以上ある企業です。法定雇用率を達成していても、納付額が0円でも申告は省けません。納付額は「各月の法定雇用障害者数の年度合計」から「各月に雇っていた障害者数の年度合計」を引き、5万円を掛けて出します。

申告と納付の期限は毎年5月15日で、令和8年度は4月1日から5月15日まででした。納付金が100万円以上なら3回に分けて納められます。期限までに申告しないか、申告額が少なかった場合は、不足額の10%の追徴金が上乗せされます。

計算式は単純です。間違えるのは人数の側で、算定基礎日の取り方、短時間労働者とシフト制の区分、休職者や出向者を入れるかどうかで年間の合計がずれます。毎月の在籍と週の労働時間を月次の確定値として残せていれば、申告書は機械的に作れます。

障害者雇用納付金の仕組みと申告が必要な常用労働者100人超の判定条件

納付金は罰金ではありません。障害者を雇う企業と雇わない企業の経済的な負担の差をならすための制度で、根拠は障害者の雇用の促進等に関する法律の第53条以下にあります。制度全体の中での位置づけは障害者雇用で企業に課される7つの義務の一覧で整理しました。

未達成企業から月5万円を集めて調整金と助成金に回す納付金制度の構造

JEEDの納付金制度の概要によると、常用雇用労働者100人超で法定雇用率を満たさない企業は、不足1人当たり月額50,000円を納めます。集まった納付金は、法定雇用率を超えて障害者を雇う企業への調整金・報奨金と、施設整備や介助者の配置に出る助成金の財源です。

納めたからといって雇用義務が消えるわけではありません。雇用率が著しく低い企業には、納付金とは別にハローワークから雇入れ計画の作成命令が出ます。法定雇用率そのものと、2026年7月に2.7%へ上がった経緯は法定雇用率の算定と2.7%引上げの解説に分けています。

100人超の月が年度に5か月以上あれば達成企業も0円で申告する義務

JEEDの令和8年度版の制度案内では、申告義務がある事業主を「前年度の各月の算定基礎日における常用雇用労働者の総数が100人を超える月が5か月以上ある事業主」としています。常用雇用労働者の総数は、週30時間以上の人を1人、週20時間以上30時間未満の人を0.5人として足した数です。

年度の途中で100人を超えた企業は、超えた月が5か月に届いた年度から対象になります。申告するのは100人を超えた月だけではなく、100人以下の月を含む12か月分です。法定雇用率を満たしていて納付額が0円になる企業も、調整金をもらう企業も、同じ申告書を出します。

調整金29,000円と報奨金21,000円を受け取れる企業と申請期限の違い

雇用率を上回っている企業は、申請すれば逆に支給を受けられます。どちらが対象になるかは、常用雇用労働者の規模で分かれます。

調整金は年120人月を超えた分が1人23,000円に、報奨金は年420人月を超えた分が16,000円に下がります。報奨金の基準は「各月の常用雇用労働者数の4%の合計」と「72人」の多いほうで、法定雇用率ではありません。調整金と報奨金はいずれも10月から12月に振り込まれ、期限を過ぎた申請には支給されません。

障害者雇用納付金の計算方法を各月の算定基礎日から積み上げる手順

納付金は年に1回の申告ですが、計算は12か月それぞれの人数を足し上げる形です。6月1日の雇用状況報告のように1日だけの数字では出せません。

納付金の額＝（法定雇用障害者数の年度合計－対象障害者数の年度合計）×5万円

制度案内に載っている計算式は次のとおりです。

1. 各月の算定基礎日に、常用雇用労働者の総数（週30時間以上は1人、週20時間以上30時間未満は0.5人）を数える
2. 除外率が設定された業種なら、総数に除外率を掛けた人数（1未満切り捨て）を総数から引く
3. 残った人数に法定雇用率を掛け、1未満を切り捨てて、その月の法定雇用障害者数とする
4. 同じ日に雇っている対象障害者を、障害の程度と週の労働時間に応じたカウントで数える
5. 12か月分の法定雇用障害者数の合計Aと、対象障害者数の合計Bを出し、（A－B）×50,000円を納付額とする

不足は年度の合計で判定されます。ある月に1人不足していても、別の月に1人超えていれば相殺されます。対象障害者のカウントは障害の種類で重みが変わり、重度障害者は週30時間以上で2人分、精神障害者は週20時間以上30時間未満でも当分の間1人分です（厚生労働省のリーフレット）。

除外率と法定雇用率を掛けたあとの1未満切り捨てを月ごとに行う計算例

端数の切り捨ては年度の合計ではなく、毎月行います。制度案内の算定例では、除外率10%の業種で7月の常用雇用労働者の総数が114.5人の場合、114.5×10%＝11.45人を11人に切り捨て、114.5－11＝103.5人に2.5%を掛けた2.5875人を2人に切り捨てます。この企業は12か月の合計がA33人、B20人で、納付額は13人×50,000円＝650,000円でした。

切り捨てがあるため、総数が0.5人違うだけで法定雇用障害者数が1人動く月が生まれます。法定雇用率2.5%なら、119.5人では2.9875人で2人、120人ちょうどで3人です。短時間労働者が1人入社した、算定基礎日に退職者が1人いた、という差が月5万円に直結します。

常用労働者150人・障害者1人の企業で年120万円になる試算と延納

除外率のない業種で、週30時間以上の社員140人と週20時間以上30時間未満のパート20人が通年在籍し、週30時間以上で働く身体障害者（重度以外）を1人雇っている企業を考えます。総数は140＋20×0.5＝150人です。

法定雇用率2.5%で算定すると150×2.5%＝3.75人で、毎月の法定雇用障害者数は3人。12か月でAは36人、Bは12人なので、（36－12）×50,000円＝1,200,000円を納めます。100万円以上なので延納の対象になり、40万円ずつ3回に分けられます。障害者をもう1人雇えば不足は月1人に減り、納付額は60万円です。

令和8年度分は6月以前2.5%・7月以降2.7%で月ごとに率を切り替える算定

令和9年4月1日から5月17日に申告する令和8年度分は、厚生労働省のリーフレットのとおり、令和8年6月以前を2.5%、7月以降を2.7%で算定します。上の150人の企業なら、4月から6月は3人、7月以降は150×2.7%＝4.05人で4人になり、Aは3×3＋4×9＝45人です。

障害者の雇用が1人のままなら（45－12）×50,000円＝1,650,000円で、前年度より45万円増えます。法定雇用率の引上げが反映されるのは、7月以降の9か月分だけです。表計算で12か月すべてを2.7%で計算すると、この企業では4月から6月の3人月分、15万円を多く見積もることになります。

常用雇用労働者と対象障害者の数え方で申告額がずれる4つの計上漏れ

JEEDは申告後に業務調査を行い、各月の常用雇用労働者の総数と、障害者の雇用区分が正しいかを確認しています。制度案内が挙げている確認項目から、人事データの側で起きやすい誤りを4つに絞りました。

算定基礎日を事業所ごとに変え賃金支払者数を流用した月途中入退職の誤計上

算定基礎日は、各月の常用雇用労働者数と雇用障害者数を把握する日です。制度案内は、毎月の初日か賃金締切日にするのを原則とし、事業所が複数ある場合はすべての事業所で同じ日にするよう求めています。算定基礎日に在籍している人だけを数えます。

よくある誤りは、給与計算で出てくる「その月に賃金を払った人数」をそのまま使うことです。月の途中で退職した人も、月の途中で入社した人も賃金は払われるので、算定基礎日の在籍者より多く数えてしまいます。給与計算システムから人数を取る場合は、支給実績ではなく、算定基礎日時点の在籍で絞り込める出力を用意してください。

変動シフト制は実労働時間の週平均・育児短時間勤務は利用前の所定で区分

常用雇用労働者の区分は週の所定労働時間で決まります。ところが、契約時に労働日や労働時間を決めず、シフト表で初めて確定する変動型のシフト制の人には、所定労働時間がありません。制度案内は、この場合に申告対象期間の実労働時間の週平均で区分すると定めています。

週平均が20時間を下回れば常用雇用労働者から外れ、30時間以上なら1人として数えます。シフト制のパートが多い小売・飲食・介護の企業では、この週平均を出せるかどうかが、分母を大きく左右する要因です。勤怠管理システムの開発で雇用契約の区分に「変動シフト制」を持たせておけば、対象期間の実労働時間を人ごとに集計し、区分の判定まで自動で出せます。

逆に、育児・介護のための短時間勤務を使っている人は、短縮後の時間ではなく、制度を使う前の所定労働時間で区分します。勤怠の所定労働時間を短縮後の値で上書きしていると、週30時間以上の社員を0.5人で数える誤りが起きます。

休職者・出向者・海外勤務者・受入れ派遣労働者を含めるか外すかの判定

人事マスタの「在籍」と、納付金制度の「常用雇用労働者」は一致しません。制度案内の扱いを、間違えやすい順に並べます。

• 休職中の人：就業規則にもとづき雇用契約を維持して休職している人は含める。育児休業・介護休業など法令上の休業も同じ扱い
• 出向中の人：生計を維持するのに必要な主たる賃金を払っている事業主の側で数える。判断が難しければ雇用保険を扱っている事業主の側
• 海外勤務の人：日本の事業所から派遣され、日本の事業主の人事権で海外支店などに勤務している人は含める。現地採用は原則含めない
• 受け入れている派遣労働者：雇用関係がないので派遣先では数えない
• 外国人技能実習生：1年を超えて就労する見込みがあり、週20時間以上なら雇用関係が生じる実習期間から含める

休職者を在籍から外す運用をしている人事システムは珍しくありません。休職者が毎月10人いる企業でこれを外すと、年間で120人月の分母が消え、法定雇用障害者数を少なく申告することになります。

週20時間未満の精神障害者と重度障害者を0.5で数える算定特例の扱い

分母の常用雇用労働者は週20時間以上の人に限られますが、分子の障害者には例外があります。令和6年4月以降、週10時間以上20時間未満で働く精神障害者・重度身体障害者・重度知的障害者は、0.5人として数える扱いです。分母に入らない人が分子にだけ入るので、両方を同じ条件で絞り込むと漏れます。

障害者を数える側の情報は、手帳の種類・等級・有効期限と、週の労働時間の組合せです。精神障害者保健福祉手帳には有効期限があり、更新されずに切れた月はカウントできません。算定の重みと手帳情報の持ち方は、法定雇用率の記事のカウント表と同じ規則で動きます。

申告期限5月15日・延納3期・追徴金10%と延滞金年14.5%の申告手続き

申告書の作り方と出し方は、JEEDの記入説明書・操作マニュアル・解説動画のページに年度ごとの版がまとまっています。令和8年度は法改正にともない様式が改正されており、JEEDは申告する年度の様式を使うよう求めています。

電子申告申請システムのID取得からXML送信と審査結果メール受信までの流れ

申告は障害者雇用納付金電子申告申請システムから送るのが原則で、使えない場合に都道府県の申告申請窓口へ郵送か持参します。制度案内が示す手順は4段階です。

1. 初めての事業主はシステムでIDと初期パスワードの新規発行を申請する（令和4年度以前の旧システムのIDも引き続き使える）
2. 申告申請書を作る。作成にはログインが要らず、過年度のXMLファイルや事業主が作った事業所・障害者情報のCSVファイルを取り込める
3. ログインして、申告申請データ（XML）と源泉徴収票・手帳の写しなどの添付書類（PDF）を送信する
4. 審査結果メールを受け取る。エラーがあれば該当箇所を直して再送信する

審査結果メールが届かない場合は、申告書が提出されていない可能性があります。この状態で期限を過ぎると、調整金も支給されません。調整金を申請する常用雇用労働者300人以下の企業は、源泉徴収票等と障害者手帳等の写しの添付も必要です。

納付金100万円以上で使える3期の延納と期限後に課される追徴金・延滞金

令和8年度の納付期限は5月15日でした。納付金が100万円以上なら、3分の1ずつ3期に分けられます。期日は第1期が5月15日、第2期が7月31日、第3期が11月30日です。納付はペイジー（インターネットバンキング）か金融機関の窓口で行い、口座への振込やATMでのペイジーは使えません。

申告しなかった、あるいは申告額に誤りがあった場合は、JEEDが納付額を決めて納入を告知し、納付すべき額（1,000円未満切り捨て）の10%を追徴金として徴収します（法第58条）。督促状の指定期限までに納めなければ、納付期限の翌日から年14.5%の延滞金がかかり（法第60条）、厚生労働大臣の認可を得て財産の差押えまで進むことがあります。

JEEDの業務調査で追加納付になる計上漏れと3年間の書類保存

業務調査で申告額が少なかったと分かれば、差額に10%の追徴金が加わります。多すぎた場合は未納分に充当されるか還付され、調整金を多く受け取っていた場合は差額を返還します。前の章で挙げた休職者の除外や算定基礎日の取り違えは、この調査で見つかる誤りの例です。

調査に備える書類として、法第81条の2と施行規則第43条は、障害者であることを明らかにする書類を、その障害者の死亡・退職・解雇の日から3年間保存するよう定めています。制度案内は、申告書の作成時に根拠にした書類もあわせて保管するよう求めています。各月の在籍者一覧と週の労働時間の集計を、申告に使った版のまま残しておくのが確実です。

納付金の申告を人事・勤怠データから自動算出する範囲と見送る条件

申告書そのものは電子申告申請システムが作り、人数を入れれば計算もしてくれます。企業側のシステムが受け持つべきなのは、そこに入れる12か月分の人数を正しく出すところまでです。

12か月分の算定基礎日スナップショットを確定値として残す月次データ設計

申告は翌年度の4月から5月です。令和8年4月1日の在籍者を、令和9年5月に再現できる状態にしておく必要があります。人事マスタを最新の状態で上書きする設計では、1年前の所定労働時間も休職の有無も残りません。

実装としては、算定基礎日ごとに「従業員ID・事業所・週の所定労働時間または週平均実労働時間・区分（1人、0.5人、対象外）・休職や出向の有無・障害の種類と等級」を1行にした確定値を作り、締めたあとは書き換えません。修正が必要になったら修正履歴を別に持ちます。6月1日の雇用状況報告も、この表の6月分から作れます。報告書の欄ごとの計算は障害者雇用状況報告書の書き方にまとめました。

電子申告申請システムに取り込む事業所・障害者情報CSVを人事側で出す条件

電子申告申請システムは、事業主が作った事業所情報と雇用障害者情報のCSVファイルを取り込めます。事業所が10か所を超える企業や、障害者を20人以上雇っている企業では、画面への手入力より、人事データから取込用のCSVを出すほうが転記の誤りを減らせます。取込の列の並びは年度ごとの操作マニュアルで確認し、様式改正のたびに出力側を合わせる設計が前提です。

出力の元は、前の項の月次確定値です。CSVを出す機能だけを作り、元になる人数を毎年手で集計し直す構成にすると、誤りの原因は残ったままになります。

常用労働者300人以下・事業所1つなら申告専用機能の開発を見送る理由

事業所が1つで常用雇用労働者が300人以下、障害者が数人という企業なら、申告専用の機能は作らなくて構いません。12か月の人数は、勤怠と人事のデータから月に1回、算定基礎日時点の在籍一覧を出してExcelに貼れば揃います。電子申告申請システムの画面に入れる行数も多くありません。

開発に踏み切る条件は、複数の事業所で算定基礎日を揃える必要があり、かつシフト制や休職者が多くて区分の判定を毎月手で行っている場合です。この2つが重なる企業では、勤怠側で週平均と区分を出す改修に、雇用率の報告と助成金の申請にも同じ数字を使える効果が上乗せされます。障害者雇用の助成金の申請書類も、同じ出勤簿と所定労働時間の記録から作るものです。

よくある質問

障害者雇用納付金について、問い合わせの多い5つの質問に答えます。

障害者雇用納付金は1人不足するといくら払うのですか？

不足1人につき月額50,000円で、1年間ずっと1人不足していれば60万円です。ただし実際の納付額は、各月の法定雇用障害者数の年度合計から、各月に雇っていた障害者数の年度合計を引いた人月数に5万円を掛けて出します。年度の途中で障害者を雇った場合、不足が減るのはその月からです。令和8年度分は7月以降の法定雇用率が2.7%に上がるため、同じ人数でも前年度より法定雇用障害者数が増える企業があります。

常用労働者100人以下の企業も障害者雇用納付金を払うのですか？

払いません。申告義務があるのは、前年度に常用雇用労働者の総数が100人を超えた月が5か月以上ある企業だけです。100人以下の企業は納付金の対象外ですが、37.5人以上なら法定雇用率による雇用義務と、毎年6月1日現在の雇用状況報告の義務はかかります。100人以下の月が8か月以上あり、一定数を超えて障害者を雇っている企業は、7月31日までに申請すれば報奨金を受け取れます。

障害者雇用納付金の申告を忘れたらどうなりますか？

JEEDが納付額を決めて納入を告知し、その額の10%の追徴金が加わります。督促状の期限までに納めなければ、納付期限の翌日から年14.5%の延滞金がかかり、最終的には財産の差押えに至る可能性もある制度です。法定雇用率を達成している企業が申告を忘れた場合は、調整金を受け取れなくなります。期限を過ぎた調整金の申請には支給されないためです。

年度の途中で常用労働者が100人を超えたらいつから対象ですか？

判定は年度単位です。4月から3月までの各月の算定基礎日に数えた総数のうち、100人を超えた月が5か月以上あれば、翌年度の4月から5月にその年度分を申告します。たとえば11月に100人を超え、3月までその状態が続けば、超えた月は5か月なので申告の対象です。12月に超えた場合は4か月なので対象になりません。申告では、100人以下だった月も含めて12か月分を書きます。

障害者雇用納付金電子申告申請システムでは何ができますか？

申告申請書の作成、添付書類の送信、IDとパスワードの発行・変更ができます。労働者数と障害者数を入れると集計が自動で行われ、入力のエラーチェックもかかる仕組みです。過年度に作ったXMLファイルや、事業所と障害者の情報をまとめたCSVファイルを取り込んで作ることもできます。送信後に審査結果メールが届けば提出は完了です。年度の途中で事業を廃止した場合や新しく設立した場合は電子送信ができないため、都道府県の申告申請窓口へ連絡します。

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