皆勤手当とは？精勤手当との違いと有給・遅刻の扱い、相場と勤怠連動の自動判定を解説

皆勤手当とは、決められた期間を休まず出勤した社員に、会社が給与へ上乗せして払う手当です。法律に支給義務はなく、金額も条件も賃金規程で決まります。厚生労働省の令和7年調査では、精皆勤手当を払う企業は諸手当のある企業の17.4％、受給者1人あたりの平均は月9,700円でした。この記事では、精勤手当との違い、有給休暇や遅刻早退の扱い、残業代と最低賃金での計算、パートへの支給と廃止の手順、勤怠データから支給を自動で判定する設定までを、人事・給与の担当者向けに整理します。

まとめ：皆勤手当は有給を欠勤に数えない規程と残業代への算入から確認する

皆勤手当で先に確かめるのは2点です。ひとつは、年次有給休暇を取った日を欠勤として数える規程になっていないか。もうひとつは、毎月払う皆勤手当を残業代の単価に入れているかどうかです。どちらも誤ると、社員との紛争や未払い賃金に直結します。

最低賃金の比較では逆に除外するため、基本給だけで基準額を超えているかの確認も要ります。パートや契約社員だけ対象外にしている会社は、業務が同じなら見直しの対象と考えてください。支給判定を毎月手で行っている会社は、勤怠区分ごとに欠勤へ数えるかを表にするところから始めると、判定のぶれがなくなります。

皆勤手当の定義と精勤手当との違い、支給企業の割合と平均支給額

出勤日数を基準に払う任意の手当という法律上の位置づけと賃金性

厚生労働省の統計は、精皆勤手当と出勤手当を「出勤奨励のための出勤日数を基準として支給する賃金」と令和7年就労条件総合調査の概況で定義しています。払うかどうかは会社の自由です。

ただし、賃金規程に支給条件を書いて払うと、労働基準法11条の賃金として扱われます。条件を満たした社員に「今月は業績が悪いから」と払わない運用はできません。

皆勤手当と精勤手当の違いは欠勤を何日まで認めるかという規程の差

一般には、無欠勤の人だけに払うものを皆勤手当、欠勤が少ない人にも段階的に払うものを精勤手当と呼び分けます。ただ、法律に両者を区別する定めはありません。労働基準法施行規則8条は「精勤手当」の語を使い、最低賃金や統計の分野では「精皆勤手当」と併せて呼びます。

モデル就業規則（令和7年12月版）の第39条は、無欠勤の場合と欠勤1日以内の場合で額を分ける2段階の例です。名称より、自社の規程が何日の欠勤まで払うかを読んでください。

支給企業は諸手当のある企業の17.4％で平均額は月9,700円という相場

統計の対象は常用労働者30人以上の民営企業で、賃金は令和6年11月分です。規模別の数値は次のとおりでした。

令和2年調査の25.5％から8.1ポイント減りました。平均額は支給された人だけの値で、全社員の平均ではありません。集計対象も期間の定めのない常用労働者に限られ、パートは含まれていないので、パートの額を決める材料にはそのまま使えません。

有給休暇・遅刻早退・休業を皆勤手当の判定でどう数えるかの基準

有給休暇の取得日を欠勤に数える規程が問題になる附則136条の考え方

労働基準法附則136条は、有給休暇を取った労働者に賃金の減額その他の不利益な取扱いをしないよう定めています。厚生労働省の確かめよう労働条件のQ&Aは、精皆勤手当の算定で有給休暇を欠勤扱いにすることを不利益取扱いの例に挙げ、減額の程度により民法90条で無効となる場合があると説明します。

有給取得で手当を払わない約定を無効としなかった判決もあります。最高裁平成5年6月25日判決（沼津交通事件）です。タクシー会社で勤務予定表の作成後に休むと代わりの乗務員の手配が難しい事情があり、手当も月3,100〜4,100円と大きくなかった事案でした。この判決を根拠に有給を欠勤に数える規程を新しく作るのは勧めません。モデル就業規則のとおり出勤とみなし、取得日は年次有給休暇管理簿の記録と突き合わせます。

遅刻と早退は何回で欠勤1日と換算するかを規程に数字で書く定め方

モデル就業規則の第39条3項は「遅刻又は早退○回をもって、欠勤1日とみなす」と回数を空欄にした例です。3回で1日とする規程なら、遅刻2回の月は無欠勤のまま満額になります。

書き漏らしやすいのは、1分の遅刻も1回に数えるのか、電車遅延は除くのかという線引きです。担当者の裁量に任せると社員ごとに結論が変わるので、遅延証明の扱いまで規程に書いてください。

労災の休業や産休育休と会社都合の休業を出勤扱いにするかの線引き

モデル就業規則の第39条2項が出勤とみなす例は、年次有給休暇と業務上の負傷・疾病による休業の2つです。産前産後休業は男女雇用機会均等法9条3項、育児休業は育児・介護休業法10条が不利益取扱いを禁じているので、私傷病の欠勤より厳しい扱いにはしないでください。

会社都合の休業、慶弔休暇、振替休日は法律に定めがなく、規程で決める事項です。社員の責任でない休業は欠勤に数えない形を勧めます。休まざるを得なかった人まで減額すると、出勤を促す手当の目的から外れるためです。

途中入社と退職や月の途中から休職した社員への支給要否を決める基準

月の途中で入社した人の場合、在籍した所定労働日をすべて出勤していれば支給するのか、暦の1か月を在籍していないから不支給なのかで結果が分かれます。退職月と休職開始月も同じ構造です。法律に定めはないため、「判定期間の全所定労働日に在籍した者に支給する」といった在籍要件を書くかどうかを先に決めます。

丸1か月休職した月は、出勤した日が1日もありません。休業の種類によって不支給としてよいかが変わるので、前の項の線引きと合わせて決めます。

残業代・最低賃金・税金・社会保険で異なる皆勤手当の計算上の扱い

残業代の算定基礎に含める理由と月20時間の残業で生じる差額の計算

残業代の基礎から外せるのは、労働基準法37条5項と施行規則21条が挙げる7種類だけです。住宅手当などと違い、皆勤手当はこの列挙にありません。モデル就業規則の第40条も、割増賃金の算式に精勤手当を入れています。

基本給26万円、皆勤手当1万円、月平均所定労働時間160時間、残業20時間で計算します。手当を入れた単価は1,687.5円で残業代は42,187.5円、入れないと40,625円です。差は月約1,563円。賃金請求権の時効は当分の間3年なので、対象者30人が3年間入れ忘れていれば未払いは約169万円になります。割増賃金の計算方法も確認し、給与システムの手当マスタの算入区分を見てください。

1か月を超える期間で判定して払う皆勤手当を基礎から外せる条件

施行規則21条5号は「一箇月を超える期間ごとに支払われる賃金」を基礎から除外しており、同8条1号は1か月を超える期間の出勤成績で払う精勤手当を毎月払いの例外としています。3か月の皆勤を判定して四半期末に払う手当は、この除外に当たります。

毎月の皆勤を判定した結果を、3か月分まとめて払うだけの形は別です。判定期間そのものが1か月以内なら、支払いをまとめても除外の根拠になりません。残業代を減らす目的で支給時期だけを動かす設計は採らないでください。

最低賃金の比較では除外するため基本給だけで届くかを確かめる計算

厚生労働省の最低賃金FAQは、精皆勤手当を最低賃金の対象外とし、除外して計算するよう求めています。残業代とは扱いが反対です。

仮に最低賃金1,150円の地域で、基本給17万6千円、皆勤手当1万円、月160時間の社員がいるとします。手当込みの時間額は1,162.5円で基準を超えて見えますが、確認方法のページのとおり除外すると1,100円で、基準を下回る計算です。月給換算の手順は最低賃金の計算方法にまとめています。

所得税は給与所得として課税され社会保険は報酬に算入する扱いの根拠

皆勤手当は国税庁の説明する給与所得に当たり、通勤手当のような非課税枠はありません。源泉徴収の対象額にそのまま加えます。

社会保険では、日本年金機構のFAQが報酬を「労働の対償として経常的かつ実質的に受けるもの」と定義しており、月ごとに払う皆勤手当はこの定義に入ります。年3回以下の頻度で払う形にすると賞与の扱いになり得るので、四半期や半期で払う会社は年金事務所に確認してください。保険料の算出は社会保険料の計算方法で扱っています。

パート・契約社員への支給と皆勤手当を廃止するときの法的な手続き

有期契約の社員だけ不支給とした相違を不合理とした最高裁の判断内容

最高裁平成30年6月1日判決（ハマキョウレックス事件）は、職務の内容が同じ乗務員のうち、有期契約の人にだけ皆勤手当を払わない相違を不合理と判断しました。皆勤を奨励して出勤者を確保するという目的は、有期でも無期でも変わらないという理由です。現在は短時間・有期雇用労働法8条が同じ問題を扱います。

同一労働同一賃金ガイドラインも、業務の内容が同じ短時間・有期雇用労働者には同一の精皆勤手当を払うよう求めています。問題とならない例は、正社員は欠勤を考課でマイナス査定し、有期社員はマイナス査定しない見合いの範囲で払わない場合です。「パートだから」は理由になりません。

廃止や基本給への組み込みに必要な労働者の合意と就業規則の変更手順

皆勤手当をなくすと受給者の賃金が下がるため、労働契約法9条・10条の不利益変更に当たります。個別の合意を得るか、変更の必要性と内容の相当性を備えた就業規則の変更を周知する必要があります。

手当の額をそのまま基本給に移す方法は、受給者の不利益が小さく、最低賃金の比較額も増えます。一方、欠勤が多かった人の賃金は上がります。私傷病で休みがちな社員に不利なだけで欠勤率の変化が測れていない手当なら、廃止か基本給への組み込みに進むべきです。シフトの欠員が売上に直結する店舗や運送の職場では、残す理由があります。

勤怠データから皆勤手当を自動判定するときに決めておく設定項目

勤怠区分ごとに欠勤へ数えるかを持たせる判定テーブルの設計と例外

自動判定の土台は、勤怠区分と判定の対応表です。規程を次のような表にしてから設定に入ると、担当者ごとの解釈の差が消えます。

時間単位の有給で遅刻を埋めた日は、遅刻の回数に数えない設定にします。打刻上の遅刻と休暇申請の両方を見ないと誤判定になる箇所です。

締め後の打刻修正で支給が変わるときの再計算と翌月調整の処理順序

皆勤手当の判定は月末の勤怠締めの後に確定します。給与の計算後に打刻の修正や欠勤の取消しが入ると、手当の有無だけでなく、残業代の単価と社会保険の報酬額も変わります。

手当だけを翌月に足す処理では、単価の修正が漏れます。修正の発生月と対象月を分けて持ち、対象月の単価で残業代を再計算して差額を出す順序にしてください。

標準機能で足りる会社と個別開発を検討する会社を分ける判定の条件

対象者が数十人で、月次・無欠勤のみの要件が1種類なら、市販の給与計算システムの手当設定か表計算で足ります。この規模で専用の開発はしないでください。

個別開発を検討するのは、雇用区分や事業所で段階支給の額が違う会社、月次と四半期の判定が併存する会社、シフトと会社カレンダーが事業所ごとに異なる会社です。勤怠区分の判定から手当と単価の連動までを規程どおりに組むなら、勤怠管理システム開発で要件を整理する方法があります。

よくある質問

皆勤手当について、人事担当者と社員の双方から出やすい質問に答えます。

皆勤手当は会社が必ず支給しなければならない手当ですか？

法律に支給を義務づける定めはなく、設けるかどうかは会社の判断です。ただし賃金規程に支給条件と金額を定めている場合は労働契約の内容になるため、条件を満たした社員には払う義務が生じます。業績の悪化を理由に一方的に止めることはできません。やめる場合は、合意または就業規則の変更の手続きを踏みます。

欠勤控除をしたうえで皆勤手当も不支給にすると二重の減額になりますか？

両者は別の仕組みで、法律は併用を禁じていません。欠勤控除は働かなかった時間分の賃金を引くもので、皆勤手当の不支給は支給条件を満たさなかった結果です。ただし、皆勤手当を欠勤控除の対象額にも入れると、同じ手当を日割りで引いたうえに不支給とする形になるため、控除の対象からは外します。具体的な計算は欠勤控除の計算方法で説明しています。

電車の遅延や台風による遅刻でも皆勤手当はなくなりますか？

規程の定め方で決まります。法律に基準はなく、「遅刻」に公共交通機関の遅延を含むかを規程に書いていない会社では、担当者の判断に委ねられがちです。遅延証明書の提出があれば遅刻に数えない、災害で会社が出社を求めなかった日は判定から除く、といった定めを置くと、社員間の不公平を防げます。

皆勤手当は平均賃金の計算に含まれますか？

毎月払う皆勤手当は含まれます。労働基準法12条の平均賃金は、算定期間の賃金総額を基に計算し、除外されるのは臨時に支払われた賃金や3か月を超える期間ごとに支払われる賃金などに限られるためです。休業手当や解雇予告手当の金額に影響するので、不支給の月があれば実際に払った額で計算します。

有給休暇を取ったのに皆勤手当が支給されなかったときはどうすればよいですか？

まず就業規則や賃金規程で、有給休暇の取得日を出勤として扱う定めがあるかを確認します。定めがあるのに不支給なら、給与担当者に計算の誤りとして申し出てください。欠勤扱いと書かれている場合や説明に納得できない場合は、都道府県労働局の総合労働相談コーナーに相談できます。

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