欠勤控除の計算方法：日割りの分母3種で変わる控除額と欠勤が多い月の扱い、給与設定

欠勤控除とは、月給制の社員が欠勤した日の分だけ給与を差し引く処理です。法律に計算式の定めはなく、1日あたりの金額を「当月の所定労働日数」「年間の月平均所定労働日数」「暦日数」のどれで割るかによって、同じ3日の欠勤でも控除額は1万円以上変わります。この記事では、月給30万円の社員を例に3種類の分母で控除額を比べ、欠勤が多い月に控除額が月給を超えてしまう逆転と日割り支給への切り替え、控除に含める手当と端数処理、給与計算システムに持たせる設定と社会保険への影響までを整理します。

まとめ：欠勤控除は分母の選び方と欠勤が多い月の扱いを就業規則で先に固める

欠勤控除の計算は「1日あたりの単価 × 欠勤日数」です。迷うのは単価の出し方で、分母に何を使うかは会社が就業規則で決めます。月給30万円・欠勤3日なら、当月の所定労働日数（22日）で割ると40,908円、月平均所定労働日数（20日）で割ると45,000円、暦日数（31日）で割ると29,031円になり、どの方式を選んでも違法ではありません。

決め方で揉めにくいのは月平均の分母です。月によって控除額が変わらず、残業代の単価と同じ考え方で説明できます。ただし欠勤が続いた月には控除額が月給を超える逆転が起きるため、「欠勤が出勤を上回る月は出勤日数分を日割りで支給する」といった切り替え規定を必ず添えてください。

控除の対象を基本給だけにするか、役職手当などの固定手当まで含めるかも就業規則に書いておく事項です。給与計算システムでは、分母の種類・控除対象の支給項目・切り替えの条件をマスタで持たせ、雇用区分ごとに違う規定を手計算で補わない構成にします。

欠勤控除とは働かなかった日の賃金を払わないノーワークノーペイの給与計算

欠勤控除は、社員が労働しなかった日について会社が賃金を払わない「ノーワーク・ノーペイ」の考え方を、月給の計算に当てはめたものです。罰ではなく、働いた分だけを払うための精算です。

根拠は民法624条と労基法24条で法律に欠勤控除の計算式は定められていない

民法624条は「労働者は、その約した労働を終わった後でなければ、報酬を請求することができない」と定めています。働いていない日の賃金は、そもそも請求の対象になりません。一方で労働基準法24条は賃金の全額払いを求めているため、働かなかった分を超えて差し引くことは許されません。

この2つの条文が示すのは「働かなかった分までは引けるが、それ以上は引けない」という枠だけです。1日分をいくらと数えるかは法令に書かれていないため、会社が就業規則や賃金規程で計算方法を定めます。なお、欠勤しても月給を減らさない「完全月給制」の会社では、欠勤控除そのものを行いません。控除があるのは、欠勤・遅刻・早退の分を差し引く「日給月給制」の会社です。

有給休暇・会社都合の休業・振替休日は欠勤控除の対象から外す休み

欠勤控除の対象は、本人の事情で所定労働日に働かなかった日です。年次有給休暇を取った日は、労働基準法39条により賃金を払う日なので控除できません。会社の都合で休ませた日も同様で、26条により平均賃金の60％以上の休業手当が必要です。休業手当の額の出し方は休業手当とは？平均賃金の60％の計算方法と休業補償との違い、給与計算の設定で扱っています。

振替休日や代休は、もともと労働日でなくなった日、または休日労働の代わりに休む日です。勤怠データ上は「欠勤」と区別できる区分で記録しないと、給与計算の段階で誤って控除される原因になります。慶弔休暇などの特別休暇は、有給か無給かを就業規則で決めていれば、その定めに従います。

日単位の欠勤控除と遅刻早退の時間控除や減給の制裁は別の処理として扱う

同じ「給与から引く」処理でも、日単位の欠勤控除、時間単位の遅刻・早退の控除、懲戒としての減給の制裁は別物です。減給の制裁は労働基準法91条で「一回の額が平均賃金の一日分の半額」「総額が一賃金支払期における賃金の総額の十分の一」を超えられないと上限が決まっていますが、欠勤控除にはこの上限は及びません。

反対に、欠勤控除の名目で働かなかった分を超えて引けば、その超過分は減給の制裁か全額払い違反として扱われます。遅刻・早退を分単位でどう集計するか、減給の制裁との線引きの詳細は勤怠控除とは？欠勤・遅刻早退の計算方法と端数処理・給与連携の実務を解説【2026年】で整理している内容は、こうした計算実務の詳細です。本記事では日単位の欠勤に絞って計算方法を掘り下げます。

欠勤控除の計算方法を3種類の分母で月給30万円の控除額として比べる

ここからは、同じ社員・同じ欠勤日数で分母だけを変えた場合の控除額を比べます。前提は次のとおりです。

• 控除対象の月給：30万円（基本給28万円＋役職手当2万円。通勤手当は別）
• 年間休日125日、1日の所定労働時間8時間（年間所定労働日数240日）
• 欠勤日数：3日。1日あたりの単価は1円未満を切り捨ててから欠勤日数を掛ける

最も大きい47,367円と最も小さい29,031円の差は18,336円です。どれも欠勤控除として成り立つ方式なので、差は「どの方式を就業規則に書いたか」だけで生まれます。

当月の所定労働日数で割る方法は月ごとに1日あたりの控除額が変わる

当月の所定労働日数を分母にする方式は、その月に働くはずだった日数で月給を割ります。所定労働日が22日の月は1日13,636円、19日の月は15,789円となり、同じ1日の欠勤でも月によって2,153円違います。祝日の多い5月や年末年始を含む月は所定労働日が少ないため、1日の重みが大きくなる点が社員からの質問を呼びやすいところです。

利点は、全欠勤の月に控除額がちょうど月給と一致することです。22日すべて欠勤すれば13,636円×22日で月給全額が消え、過不足が出ません。月の途中で入社・退社した社員の日割りにも同じ計算を流用でき、厚生労働省のモデル就業規則（令和7年12月版）も第46条2項で、中途入退社者の月額賃金は「当該計算期間の所定労働日数を基準に日割計算」する例を示しています。

年間の月平均所定労働日数で割る方法は控除額が一定で説明しやすい

月平均所定労働日数は「（365日 − 年間休日）÷ 12」で求めます。年間休日125日なら240日 ÷ 12 ＝ 20日です。1日の単価は毎月15,000円で固定され、どの月に休んでも控除額が変わりません。

この方式は残業代の単価と考え方が揃う点でも扱いやすいものです。労働基準法施行規則19条は割増賃金の計算で、月給を「一年間における一月平均所定労働時間数」で割るよう定めています。モデル就業規則の第45条も、欠勤控除の1時間あたりの金額を「基本給÷1か月平均所定労働時間数」としており、時間単位で計算した場合も15,000円＝1,875円×8時間で、日単位と同じ額です。単価の根拠を1本にまとめられるので、給与明細の問い合わせに答えやすくなります。

暦日数で割る方法で休日分まで単価が薄まり控除額が最も小さくなる理由

暦日数を分母にすると、31日の月は9,677円、30日の月は10,000円が1日の単価になります。土日や祝日まで割り算に入るため単価が薄まり、3種類のうち控除額が最も小さくなる方式です。社員には有利ですが、会社側から見ると「働かなかった日の賃金」を少なめに数えている状態です。

注意が要るのは全欠勤の月です。所定労働日22日をすべて欠勤しても控除は9,677円×22日＝212,894円にとどまり、1日も働いていない社員に87,106円が支払われます。暦日数の方式を採るなら、欠勤が多い月の扱いを別に決めておかないと、この支払いがそのまま発生します。

欠勤日数が多い月に控除額が月給を超える逆転と出勤日数で支給する切り替え

月平均や暦日数の分母は、月ごとの所定労働日数と一致しません。欠勤が数日なら誤差は小さいものの、長期の病欠や休職の前後で欠勤が月の大半を占めると、ずれが金額として表に出ます。

月平均で割ると所定日数の多い月は全欠勤で控除額が月給を上回る

月平均20日で割る方式のまま、所定労働日が22日ある月を丸ごと欠勤したとします。控除額は15,000円×22日＝33万円で、月給30万円を3万円上回る計算です。給与がマイナスになることはないため、実際には差し引ける上限の30万円で止めることになりますが、計算ロジックに上限を入れていない給与ソフトや表計算では、通勤手当など他の支給額まで食い込んだ結果が出ることがあります。

逆に所定労働日が19日の月に全欠勤すると、控除は15,000円×19日＝285,000円で、1日も働いていないのに15,000円が残ります。どちらの向きの誤差も、労働基準法24条の「働かなかった分まで」という枠からはみ出すか、払う必要のない賃金を払う結果になります。控除額に「月給を上限とする」条件を入れることと、欠勤が多い月の計算方法を別に定めることは、月平均方式を採る会社の必須の手当てです。

欠勤が出勤を上回る月は当月所定日数で出勤日分を日割り支給へ切り替える

実務でよく使われるのは、「欠勤日数が出勤日数を上回る月は、月給から控除するのではなく、出勤した日数分を日割りで支給する」という切り替え規定です。所定22日の月に12日欠勤・10日出勤した社員なら、控除方式では30万円−15,000円×12日＝12万円、支給方式で月平均の単価を使えば15,000円×10日＝15万円となり、欠勤が1日増えたのに支給額が3万円増える段差が生じます。

この段差を避けるには、支給方式に切り替えたときの単価を「当月の所定労働日数」で出すのが筋のよいやり方です。30万円÷22日の単価13,636円×10日＝136,360円となり、欠勤11日・出勤11日の控除方式（135,000円）との差は1,360円に縮みます。切り替え条件と単価の分母を同時に決め、境目の日数（欠勤11日と12日など）で支給額が逆転しないかを、規定を作る段階で試算しておくことを勧めます。

欠勤控除に含める手当と含めない手当の線引きと1円未満の端数処理

単価の分子、つまり「何を割るか」も就業規則で決める事項です。ここが曖昧だと、同じ分母を使っていても担当者によって控除額がずれます。

基本給だけを控除するか固定手当まで含めるかと通勤手当・皆勤手当の扱い

モデル就業規則の第45条は「基本給から当該日数又は時間分の賃金を控除する」と、控除対象を基本給に限った例を示しています。基本給だけを対象にすれば社員に有利で、計算もシンプルです。役職手当や資格手当のように毎月定額で払う手当まで含めることも認められており、その場合は控除対象の手当を就業規則に列挙しておきます。先の例で役職手当2万円を外すと、月平均方式の単価は28万円÷20日＝14,000円となり、欠勤3日の控除は42,000円になります。

通勤手当は扱いが分かれやすい項目です。1か月定期代として払っている会社は欠勤で減額しない定めが多く、出勤日数に応じた実費精算の会社は出勤日数で計算し直します。皆勤手当・精勤手当は、欠勤控除で日割りするのではなく「欠勤が1日でもあれば不支給」といった支給要件で別に判定する手当です。欠勤控除の対象に入れると、日割りの控除と不支給が重なって二重に減らす結果になるため、控除対象からは外します。

単価や控除額の1円未満は切り捨てて働かなかった分を超えて引かない

単価や控除額に1円未満の端数が出たときは、切り捨てで処理するのが基本です。控除額を切り上げると、ごくわずかでも働かなかった分を超えて差し引くことになり、労働基準法24条の全額払いに触れます。本記事の計算例も、単価を1円未満切り捨てにしてから欠勤日数を掛けています。

単価で切り捨ててから掛けるか、掛けた後で切り捨てるかでも結果は変わります。30万円÷22日×3日を先に計算すると40,909円、単価13,636円で切り捨ててから掛けると40,908円です。どちらの順でも社員に不利にはなりませんが、給与システムと手計算で順序が違うと1円ずれの問い合わせが起きます。計算順序まで規程に書いておくと、検算の手間が減ります。遅刻・早退の分単位の集計で許される端数処理の範囲は勤怠控除の記事の端数処理の章を参照してください。

給与計算システムで欠勤控除を自動化するときの設定項目と社会保険への影響

欠勤控除の規定を決めたら、次は給与計算システムにそのまま再現させる段階です。設定を誤ると、毎月の控除が静かにずれ続けます。

分母の種類と控除対象の支給項目と切り替え条件をマスタで持たせる

給与計算システムに持たせる設定は、少なくとも次の4つです。1つ目は分母の種類（当月の所定労働日数／月平均所定労働日数／暦日数）で、月平均を使うなら年間休日数から自動で算出させます。2つ目は控除対象とする支給項目の指定で、基本給・役職手当などに「欠勤控除の対象」の区分を付けます。3つ目が欠勤が多い月の切り替え条件と、そのときの単価の分母。4つ目が端数処理の順序です。

当月の所定労働日数を使う方式では、会社カレンダーを給与システムか勤怠システムに登録し、月ごとの所定労働日数を自動で引けるようにします。雇用区分や事業所ごとに年間休日が違う会社は、カレンダーも区分ごとに持たせる設定が必要です。勤怠システム側では、有給休暇・振替休日・会社都合休業・欠勤を別の勤怠区分で記録し、給与へ渡すのは「欠勤」区分の日数だけにします。

欠勤控除で支払基礎日数が減ると標準報酬月額の算定月から外れることがある

欠勤控除は社会保険料の算定にも関わる処理です。日本年金機構の定時決定の説明のとおり、標準報酬月額は4月・5月・6月のうち支払基礎日数が17日以上の月（特定適用事業所の短時間労働者は11日以上）の報酬で平均して決まります。月給者は通常、暦日数を支払基礎日数として扱えますが、欠勤控除で給与を減らした月は、欠勤日数の扱いによって支払基礎日数が少なく数えられます。

4〜6月に長期の欠勤があった社員は、その月が算定から外れる可能性があります。欠勤控除のある月給者の支払基礎日数の数え方は、同ページに掲載されている「算定基礎届の記入・提出ガイドブック（令和8年度）」で自社の規定に当てはめて確認してください。給与システムでは、欠勤控除の日数を支払基礎日数の算出に連動させ、算定基礎届の作成時に手で直さなくて済むようにしておくと、7月の届出作業が軽くなります。

欠勤控除を標準機能で回す会社と個別開発に踏み込む会社の判断の境目

欠勤控除のためだけに給与システムを作り替える必要は、多くの会社にはありません。判断の材料は、分母と控除対象の種類の数、欠勤が多い月の発生頻度、勤怠データとの連携の深さです。

月給者の欠勤が月に数件で分母が1種類なら給与ソフトの標準機能で足りる

正社員の規定が1種類だけで、分母は月平均、控除対象は基本給のみ、長期欠勤は年に1〜2件という会社なら、市販の給与計算ソフトの標準設定で十分に回ります。欠勤が多い月の切り替えが年に数回しか起きないなら、その月だけ担当者が手で計算し、ダブルチェックする運用で問題ありません。この段階で欠勤控除のためのシステム開発を計画するのは過剰です。

標準機能で確かめておくべき点は、分母の選択肢があるか、控除額に月給の上限がかかるか、端数処理の順序を指定できるかの3つです。給与計算システムの種類ごとの機能の違いは給与計算システムとは？機能・種類・比較の観点から個別開発の判断まで解説で整理しています。

雇用区分ごとに分母や控除対象が違い勤怠と連動させるなら個別開発を検討する

個別開発を検討すべきなのは、正社員・契約社員・地域限定社員などで分母や控除対象の手当が違い、事業所ごとに会社カレンダーも異なる会社です。標準機能では区分の組み合わせを表現しきれず、例外を表計算で補う運用が積み重なると、欠勤控除・皆勤手当・支払基礎日数のどれかで毎月ずれが出ます。病欠や休職が多い職場で、欠勤が多い月の切り替えが毎月複数件発生する場合も同様です。

こうした会社では、勤怠区分から欠勤日数を取り出し、雇用区分ごとの分母と控除対象で計算し、切り替え条件と上限を判定して支払基礎日数まで連動させる一連の処理を、自社の規程どおりに組むほうが運用の手戻りが減ります。一創の人事・労務管理システム開発では、既存の勤怠・給与データとの連携を前提に、こうした計算規則の要件整理から相談を受けています。

よくある質問

欠勤控除の計算や運用について、給与担当者から寄せられやすい質問をまとめます。

欠勤控除をしない完全月給制とは何が違うのですか？

完全月給制は、欠勤・遅刻・早退があっても月給を減らさない給与形態です。欠勤控除を行うのは、働かなかった日や時間の分を差し引く日給月給制の会社に限られます。どちらを採るかは賃金規程で決まるため、同じ会社でも管理職は完全月給制、一般社員は日給月給制と分けている例があるのです。自社がどちらなのかは、就業規則の「欠勤等の扱い」の条文で確認できます。条文が無いのに欠勤分を引いている場合は、規程を整えてから運用するのが筋です。

有給休暇を使い切った後に病気で休んだ日も欠勤控除されますか？

年次有給休暇が残っていない状態で病気やけがにより休んだ日は、私傷病による欠勤として欠勤控除の対象になります。会社独自の病気休暇（有給）を設けている場合は、その規定が優先されます。業務外の病気で連続して休み、給与が支払われない期間については、健康保険の傷病手当金を受けられる場合があるため、給与担当から案内しておくと親切です。業務上のけがや病気による休業は労災の扱いになり、私傷病の欠勤とは別に処理します。

欠勤控除の計算方法は会社が自由に決めてよいのですか？

分母の種類や控除対象の手当は、働かなかった分を超えて差し引かない範囲であれば、会社が就業規則や賃金規程で決められます。当月の所定労働日数・月平均所定労働日数・暦日数のどれを選んでも違法ではありません。ただし、規程に書かずに担当者の判断で計算を変えたり、社員ごとに方式を使い分けたりすると、控除の根拠を説明できなくなります。方式を変更する場合は、社員に不利になる変更かどうかを確認し、就業規則の変更手続きを踏んでください。

月の途中で入社・退社した社員の給与も欠勤控除と同じ計算でよいですか？

中途入退社の月の日割り計算は、欠勤控除とは別の規定として定めるのが一般的です。厚生労働省のモデル就業規則（令和7年12月版）は第46条2項で、計算期間の途中で採用・退職した社員の月額賃金を「当該計算期間の所定労働日数を基準に日割計算して支払う」としています。欠勤控除を月平均の分母で行っている会社でも、入退社月だけは当月の所定労働日数で計算する設計は珍しくありません。給与システムでは、欠勤控除と入退社の日割りを別の設定として持たせると混乱を防げます。

欠勤控除をすると残業代の1時間あたりの単価も下がりますか？

下がりません。残業代の単価は、労働基準法施行規則19条により、月給を1年間の1月平均所定労働時間数で割って求めます。欠勤控除で実際に払う月給が減っても、単価の計算に使うのは本来の月給の額です。同じ月に欠勤と残業が両方ある社員の場合、欠勤控除と残業代を別々に計算し、相殺しないで両方を明細に載せます。割増率の当てはめ方と1か月分の計算例は割増賃金の計算方法：時間外・休日・深夜の割増率と週40時間の判定、1か月分の計算例を参照してください。

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