労働時間管理とは：把握義務の2つの根拠と乖離調査、面接指導までの運用

労働時間管理とは、従業員が使用者の指揮命令下にあった時間を日ごとに把握し、記録し、実態とずれていないかを確かめて是正するまでの一連の仕事です。根拠は1つではありません。労働基準法を前提にした厚生労働省のガイドラインと、労働安全衛生法66条の8の3の2本があり、対象になる従業員の範囲が違います。この記事では、2つの義務の対象者の違い、自己申告制で講じる5つの措置と乖離調査の進め方、労働時間に当たるかの判定、80時間超の通知から面接指導までを月次で回す手順を、条文に沿って整理しました。最後に、勤怠システムで仕組み化する範囲と追加開発を選ぶ条件も示します。

まとめ：労働時間管理は記録・照合・是正の3工程を毎月回す仕事

労働時間管理は「記録する」だけでは終わりません。始業と終業の時刻をタイムカードやパソコンの使用記録などの客観的な方法で残し、自己申告の時間や入退館の記録と照らし合わせ、ずれがあれば補正する。ここまでが1セットです。

対象者の範囲は2段で考えます。割増賃金の計算に使う労働時間の把握は、管理監督者やみなし労働時間制の従業員を除く全員が対象です。一方、健康確保のための労働時間の状況の把握は、管理監督者や裁量労働制の従業員も含めて求められます。管理職だから記録しなくてよい、という運用は2019年4月以降は通りません。

月次では、週40時間を超えた時間を毎月1回以上算定し、80時間を超えた従業員には本人への通知と産業医への情報提供が必要になります。勤怠システムを入れていても、この照合と通知の流れが回っていなければ管理はできていない状態です。

労働時間管理の定義と、労働基準法と安衛法で分かれる把握義務の対象者

最初に、何を「労働時間」と呼ぶのか、誰の時間を把握する義務があるのかを確定させます。ここが曖昧なまま運用を組むと、後の照合も通知も対象漏れが出ます。

労働時間管理の定義と、指揮命令下の時間として扱う3つの典型例

厚生労働省の労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン（平成29年1月20日策定）は、労働時間を「使用者の指揮命令下に置かれている時間」と定義しています。明示の指示がなくても、黙示の指示で業務に従事した時間は労働時間です。

ガイドラインは典型として3つを挙げています。義務づけられた制服への着替えや業務終了後の清掃を事業場内で行う時間、指示があれば即時に業務に従事することが求められる待機の時間（手待ち時間）、参加が業務上義務づけられた研修や教育訓練の時間です。労働時間に当たるかどうかは、労働契約や就業規則の定めではなく、客観的に指揮命令下にあったかで決まる、とも明記されています。社内規程で「着替えは労働時間に含めない」と書いても、実態が指示に基づく着替えであれば労働時間として扱う必要があります。

ガイドラインと安衛法66条の8の3で対象者が分かれる範囲の比較表

把握義務の根拠は2つあり、対象者が違います。ガイドラインは、労働基準法41条に定める管理監督者などと、みなし労働時間制が適用される従業員を対象から外しています。一方、労働安全衛生法66条の8の3は、医師による面接指導を実施するために「労働者の労働時間の状況」の把握を事業者に義務づけており、除外されるのは高度プロフェッショナル制度の適用者だけです。

実務では、表の右列を基準に「全員の在社時間と社外での勤務時間を記録する」と決めてしまう方が漏れません。ガイドラインも、対象外の従業員について健康確保のために適正な労働時間管理を行う責務がある、と付け加えています。

2019年4月施行の改正で管理監督者の記録が必要になった経緯と保存期間

安衛法66条の8の3は、働き方改革関連法により2019年4月1日に施行されました。それまで管理監督者や裁量労働制の従業員は、時間を記録しない運用が珍しくありませんでした。改正後は、面接指導の対象かどうかを判定するために、これらの従業員の時間も把握する必要があります。

把握の方法は労働安全衛生規則52条の7の3が「タイムカードによる記録、パーソナルコンピュータ等の電子計算機の使用時間の記録等の客観的な方法その他の適切な方法」と定め、記録を作成して3年間保存するよう求めています。労働基準法109条による出勤簿やタイムカードの保存期間は5年ですが、143条3項の経過措置で当分の間は3年です（2026年10月時点）。管理職分も一般社員と同じ勤怠の仕組みに載せ、保存期間を揃えるのが扱いやすい形です。どの打刻方式が客観的な記録に当たるかは打刻とは何か、客観的な記録の条件と方式の使い分けで比較しています。

自己申告制で労働時間を管理するときの5つの措置と乖離調査の手順

ガイドラインが原則とする方法は、使用者が自ら現認して記録するか、タイムカードやICカード、パソコンの使用時間の記録などの客観的な記録を基礎に確認して記録するかの2つです。自己申告制は、これによれない場合の例外として位置づけられています。

客観的な記録が取れない場面の線引きと、自己申告制を選べる条件

自己申告制を選んでよいのは、客観的な記録を取る手段が実際に無い場面に限られます。たとえば直行直帰が中心の営業職で、会社支給のスマートフォンも業務端末も持たせていない、といった状況です。業務用パソコンを毎日使っているなら使用時間の記録が取れるため、例外には当たりません。

現場で多いのは、客観的な記録を取りながら、それとは別に自己申告の時間を労働時間として確定させている構成です。この場合も、申告の時間が客観的な記録とずれていないかの確認は省けません。在宅勤務で中抜けや深夜のメール送信をどう記録するかは、テレワークの勤怠管理で中抜けと隠れ残業を扱う方法にまとめています。

ガイドラインが定める5つの措置と、形骸化しやすい申告上限の設定

自己申告制をとる場合、ガイドラインは次の5つの措置を求めています。

1. 対象の従業員に、実際の時間を正しく記録し適正に申告するよう十分に説明する
2. 労働時間を管理する者（現場の管理職）にも、措置の内容を十分に説明する
3. 申告の時間と実際の時間が合っているかを、必要に応じて実態調査し補正する
4. 申告の時間を超えて事業場内にいる時間について、理由の報告が適正かを確認する
5. 申告できる時間外労働の時間数に上限を設けるなど、適正な申告を妨げる措置を講じない

5つ目は社内ルールとして気づかずに入っていることが多い項目です。「月20時間を超える残業申請は受け付けない」という設定や、残業削減の社内通達、定額の時間外手当が、結果として申告を抑える要因になっていないかの確認まで求められています。36協定の上限を超えて働いているのに記録上は上限内に収める運用が常態化していないかも、確認の対象として明記されています。

入退館記録やPCログとの乖離を調べる基準と、補正までの4つの手順

ガイドラインは、入退場記録やパソコンの使用時間の記録などで事業場内にいた時間が分かり、申告の時間との間に著しい乖離がある場合は、実態調査をして補正するよう求めています。「著しい」の数値は示されていません。そのため会社側で基準を決め、規程に書いておく必要があります。

運用しやすいのは、1日あたり30分以上、または月の累計で10時間以上のずれを調査の対象にする、という2段の基準です。日単位だけだと毎日15分の持ち帰りが拾えず、月単位だけだと調べる時点で記憶が薄れます。調査は、ずれの一覧を出す、本人に理由を聞く、上長が業務の実態を確認する、労働時間と判断した分を補正して記録に残す、の4つの手順で進めてください。補正の承認と修正履歴の残し方は、打刻忘れの修正申請と承認の手順と同じ流れで組めます。

労働時間に当たるかの判定｜着替え・手待ち・研修・自己研鑽の分かれ目

照合でずれが見つかったとき、その時間を労働時間に入れるかどうかの判断が残ります。ここが曖昧だと、調査をしても補正の結論が人によって変わります。

着替え・待機・研修の時間を労働時間に入れる条件と、就業規則の限界

判断の軸は、業務上の義務づけがあるかと、場所や時間の拘束があるかの2つです。制服の着用が義務で、更衣室が事業場内に指定されているなら、着替えの時間は労働時間に入ります。私服で勤務できる職場で、本人の希望で着替えているなら入りません。

待機時間は、指示があればすぐ対応する必要があり、職場を離れられないなら労働時間です。昼休み中の電話番は休憩ではなく手待ち時間として扱います。研修は、参加しないと人事評価で不利になる、業務命令で参加させている、といった事情があれば労働時間に当たります。いずれも就業規則で「含めない」と書いて決められる事項ではない点に注意してください。

申告で休憩や自己研鑽とされた在社時間を確認する手順と記録の残し方

終業後に社内に残っている時間を、本人が「自己研鑽」「私用」と申告しているケースがあります。ガイドラインは、休憩や自主的な研修、教育訓練、学習などとして申告されていても、実際には指示により業務に従事しているなど指揮命令下にあった時間は労働時間として扱うよう求めています。

確認するのは、その時間に業務システムへのログインや業務メールの送受信がないか、上長から課題や締切の指示が出ていないか、の2点です。業務と無関係な学習であると確認できた場合も、確認した日、確認者、判断の理由を記録に残しておくと、後から未払い賃金を請求されたときの説明材料になります。申告の理由欄を自由記述だけにせず、「自己研鑽」「私用」「業務」の選択式にしておくと、月末の集計が楽になります。

月次で回す労働時間管理｜80時間超の通知と面接指導、上限規制の確認

日々の記録と照合ができたら、月に1回、健康確保と上限規制の観点で集計します。この工程は法令で期日の考え方まで決まっています。

毎月の時間外算定と、80時間超の本人通知・産業医への情報提供

労働安全衛生規則52条の2は、休憩時間を除き週40時間を超えて労働させた時間を、毎月1回以上、一定の期日を定めて算定するよう求めています。算定の結果、超えた時間が月80時間を超えた従業員には、速やかにその時間に関する情報を通知しなければなりません。同じタイミングで、14条の2により産業医へ対象者の氏名と超えた時間の情報を提供します。

通知を受けた従業員が申し出た場合、事業者は遅滞なく医師による面接指導を行います（52条の3）。ここで管理監督者や裁量労働制の従業員の時間が把握できていないと、80時間を超えているかどうか自体が判定できません。前の章で対象者を安衛法の範囲で揃えるよう勧めたのは、この月次判定のためです。

算定の期日は給与の締め日と同じ日に置くと、集計を2回走らせずに済みます。

研究開発業務の100時間超と、36協定の上限を同じ集計で確かめる方法

新技術や新商品の研究開発業務に就く従業員は、時間外労働の上限規制の適用が除外される代わりに、安衛法66条の8の2で別の面接指導が義務づけられています。安衛則52条の7の2により、週40時間を超えた時間が月100時間を超えた場合は、本人の申出がなくても面接指導を行わなければなりません。

一般の従業員については、同じ集計で36協定の上限も確認します。時間外労働は原則月45時間・年360時間、特別条項を使っても単月100時間未満（休日労働を含む）、2から6か月の平均80時間以内（休日労働を含む）などの制限があります。安衛法の80時間は休日労働を含めた週40時間超の時間、36協定の月45時間は休日労働を含まない時間外労働、と数え方が違う点に注意してください。上限の判定と届出は36協定の上限規制と勤怠システムでの上限チェック要件で詳しく扱っています。

労働時間を管理する者の職務と、労使の協議組織で問題を扱う場面

ガイドラインは、事業場で労務管理を行う部署の責任者に、労働時間の適正な把握や管理上の問題点の把握と解消を担わせるよう求めています。人事部門の担当者が1人で全社の照合を抱えると、調査の結論が現場の実態から離れます。実務では、乖離の一覧を出して期日を管理するのは人事、ずれの理由を確認して補正を判断するのは現場の上長、と役割を分けてください。

特定の部署で乖離や80時間超が毎月続く場合は、個別の補正では解消しません。ガイドラインは必要に応じて労働時間等設定改善委員会などの労使協議組織を使い、管理上の問題点と解消策を検討するよう示しています。人員配置や業務量の問題として、経営側の議題に上げる段階です。

勤怠システムで労働時間管理を仕組み化する範囲と、追加開発を選ぶ条件

ここまでの記録、照合、月次の算定と通知を、どこまでシステムに任せるかの線引きを示します。結論から言えば、多くの会社は既製の勤怠SaaSで足ります。

標準の勤怠SaaSで足りる条件と、乖離チェックを手作業で残せる規模

主要なクラウド勤怠は、打刻の記録、管理職を含む全員の時間集計、時間外の上限アラート、80時間超の一覧出力を標準機能として持っています。従業員が数百人以内で、入退館の記録やパソコンのログが勤怠と別の仕組みにあっても、月に1回CSVで突き合わせて乖離の一覧を作れる規模なら、既製品と手作業の組み合わせで十分です。

製品選定では、管理監督者を「打刻不要」の区分にせず時間を集計できるか、休日労働を含む時間と含まない時間を別々に出せるか、80時間超の対象者を本人と産業医向けに出力できるか、の3つを確認してください。機能と費用の比べ方は勤怠管理システムの機能・種類・費用と選び方にまとめています。

入退館やPCログの照合、面接指導との連携を追加開発すべき具体的な条件

追加開発を選ぶのは、入退館システムや資産管理ツールのログが既にあり、拠点や従業員の数が多くて毎月の手作業の照合が回らない場合です。既製の勤怠SaaSの多くは外部ログを取り込めても、申告の時間と並べて乖離を判定し、調査と補正の記録まで残す画面は持っていません。もう1つは、面接指導の申出と実施記録を産業保健の仕組みと連携させたい場合です。

逆に、従業員が数十人規模でログの照合が月に1時間程度で終わるなら、開発の費用に見合いません。この場合は既製品の設定と運用ルールの整備で止めてください。既存の入退館や給与の仕組みを前提に、照合から是正までを1本の流れにしたい場合は、勤怠管理システム開発で要件の整理から相談を受けています。

よくある質問

労働時間管理について、人事担当者や管理職から出やすい質問を5つ取り上げます。

労働時間管理を怠った場合、罰則はありますか？

安衛法66条の8の3の労働時間の状況の把握そのものに、直接の罰則は設けられていません。ただし把握が不十分だと、関連する義務の違反につながります。労働基準法108条の賃金台帳に労働時間数を記入しない、または虚偽を記入した場合は120条により30万円以下の罰金の対象です。36協定の上限を超えた時間外労働や割増賃金の未払いにも、それぞれ罰則があります。労働基準監督署の調査では、記録の有無と乖離の調査状況が確認されます。

管理監督者の労働時間はどこまで管理すればよいですか？

管理監督者は労働基準法41条により労働時間や休日の規定が適用されないため、時間外の割増賃金は不要です。それでも安衛法66条の8の3により、面接指導のための労働時間の状況の把握は必要で、タイムカードやパソコンの使用時間などの客観的な方法で記録し、3年間保存します。深夜労働の割増賃金は管理監督者にも適用されるため、深夜時間帯の記録も欠かさず残してください。

自己申告制で労働時間を管理するのは違法ですか？

違法ではありませんが、例外的な方法です。ガイドラインは、現認か客観的な記録による確認を原則とし、それができない場合に限って自己申告制を認めています。その場合も、従業員と管理職への十分な説明、実態調査と補正、在社時間の理由の確認、申告の上限を設けないこと、という措置が必要です。業務用パソコンを使っている職場では使用時間の記録が取れるため、自己申告だけで済ませる理由は立ちません。

パソコンのログだけで労働時間を決めてもよいですか？

パソコンの使用時間の記録は客観的な記録として認められていますが、ログオンからログオフまでをそのまま労働時間とするのは避けてください。ログオン後の私用や、ログオフ後の電話対応など、ずれる場面があります。ガイドラインの考え方は、客観的な記録を「基礎として確認し」記録することです。ログを基準に本人の申告と照らし合わせ、ずれがあれば理由を確認して確定させる運用にしてください。

労働時間管理の責任者は誰が担えばよいですか？

ガイドラインは、事業場で労務管理を行う部署の責任者に、労働時間の適正な把握と管理上の問題点の解消を担わせるよう求めています。実務では人事部門の責任者を置き、現場の上長を「労働時間を管理する者」として日々の確認と補正の判断を任せる形が一般的です。上長にもガイドラインの措置を説明しておく必要がある点は、自己申告制の5つの措置にも含まれています。

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