2026.10.18 DX

健康経営サービスの比較：健康管理システム・保健指導・健康アプリの選び方と自社開発の境界

健康経営サービスは、健診結果を管理する健康管理システム、ストレスチェックの実施サービス、保健指導の代行、従業員が使う健康増進アプリ、取り組み全体を設計するコンサルティングの5種類に分かれます。どれを選ぶかの判断基準は、製品の知名度ではなく、健康経営優良法人2027の評価項目のうち自社がどこを満たせていないかです。本記事では、サービスの種類ごとに埋まる評価項目を整理し、認定事務局が案内しているサービス一覧の掲載基準の違い、健診データの取り込み形式や勤怠・人事データとの連携といった比較の確認軸を示します。健康情報を外部に預けるときの契約上の確認点と、無料のツールで足りる規模、自社開発で補うべき範囲も判断基準として扱います。

まとめ：健康経営サービスは不足する評価項目から種類を選び勤怠・人事との連携で絞る

健康経営サービスを比べる前に、自社が認定要件のどの項目を満たせていないかを洗い出してください。健診の受診勧奨が弱いなら健康管理システム、保健指導の実施機会がないなら保健指導サービス、運動や食生活の取り組みがないなら健康増進アプリと、不足する項目ごとに買うべき種類が決まります。経営者の健康宣言や担当者の設置、評価・改善といった必須項目は、どのサービスを買っても代わりに満たしてはくれません。

種類を決めたら、候補を絞る軸は機能の数ではなくデータのつながり方です。健診機関から届く結果ファイルを取り込めるか、勤怠システムと人事マスタの社員番号で突き合わせられるか、解約時にデータを取り出せるかの3点で比べると、導入後に手作業が残る製品を外せます。従業員50人未満で勤怠システムが1つなら、厚生労働省の無料プログラムと保険者の保健事業で始めて足ります。

健康経営サービスの5つの種類と認定要件の評価項目に対応する守備範囲

比較サイトでは製品が横並びに紹介されますが、種類が違えば扱うデータも契約相手も変わります。まず種類ごとの守備範囲を押さえます。

健康管理システムから健康増進アプリ・コンサルまで5種類の機能と扱うデータ

中小規模法人部門の評価項目は健康経営優良法人2027（中小規模法人部門）の認定要件に①〜⑰の番号付きで並んでいます。サービスの種類と、主に埋まる評価項目を対応させると次のとおりです。

種類	主な機能	主に埋まる評価項目	扱うデータ
健康管理システム	健診結果の一元管理・受診勧奨・面談記録	①受診率 ②受診勧奨 ⑭長時間労働の事後対応	健診結果・面談記録・労働時間
ストレスチェック実施	受検・個人結果・集団分析	③50人未満での実施 ⑮心の健康	受検結果・集団分析
保健指導サービス	特定保健指導・オンライン面談	⑪保健指導の実施	健診結果・指導記録
健康増進アプリ	歩数・食事記録・イベント	⑫食生活 ⑬運動機会 ⑦コミュニケーション	歩数・体重・参加記録
コンサルティング	課題分析・推進計画・申請準備	推進計画・評価改善の設計	集計済みの指標

表のうち健診結果と面談記録を扱う上の3種類は、個人の健康情報を外部に預ける契約になります。健康増進アプリは歩数や体重が中心ですが、健診結果と連携させる製品では同じ扱いが必要です。どの種類にも当てはまらない必須項目があることも、表から読み取れます。

健康宣言・担当者設置・評価改善などサービスでは埋まらない必須項目の扱い

認定要件で「必須」とされているのは、健康宣言の社内外への発信と経営者自身の健診受診、健康づくり担当者の設置、40歳以上の従業員の健診データの提供（求めに応じて）、健康経営の具体的な推進計画、受動喫煙対策、取り組みの評価・改善です。このうち健康宣言と担当者の設置は経営判断そのもので、外部サービスでは代替できません。

申請の入口も保険者側にあります。中小規模法人部門の申請ページでは、申請の前に加入している保険者の「健康宣言事業」へ参加するよう案内されています。2027年度の申請期間は2026年8月17日から10月16日17時まで、申請料は1件15,000円（税込16,500円）でした。サービスの導入より先に、保険者の健康宣言事業に参加しているかを確かめてください。選択項目の必要数と適合基準は健康経営優良法人の認定基準を部門別に解説した記事で確認できます。

厚労省版ストレスチェック実施プログラムと協会けんぽの健診補助で足りる範囲

有料サービスを探す前に、無料で使える公的な仕組みを確認してください。厚生労働省版ストレスチェック実施プログラムは受検、個人結果の出力、集団分析までを無料で行えるソフトで、Ver.4.0が2025年12月17日に公開され、2028年11月10日まで利用できます。ストレスチェックを委託するかクラウドを使うかの比較はストレスチェックサービスを3方式で比較した記事に分けて書いています。

健診と保健指導は保険者の事業でかなりの部分を賄えます。協会けんぽ愛知支部の生活習慣病予防健診の案内によると、35歳から74歳の被保険者は約20,000円相当の一般健診を自己負担最高5,500円で受けられ、令和8年度から20歳・25歳・30歳も補助の対象になりました。健診後に特定保健指導の対象となった人は無料で指導を受けられます。保健指導サービスを別途契約するのは、この無料の指導で対象者を拾いきれない場合に限ってよいでしょう。

認定事務局が案内する健康経営サービス一覧4種と掲載基準の違いから見る選び方

健康経営優良法人の認定事務局サイト「ACTION!健康経営」には、外部団体のものを含めて4つのサービス一覧へのリンクがあります。どれも公的な一覧に見えますが、掲載の基準はそれぞれ違います。

コンサルティング自己宣言企業の範囲外となる健診データ管理やアプリ提供

健康経営コンサルティング自己宣言企業は、コンサルティング事業者が自らサービスの質を担保すると宣言する制度で、宣言は年度ごとに更新されます。2024年8月20日の変更で、健診データ管理、歩数計の提供、定期健診やストレスチェックの代行、運動アプリの提供など「施策の一部のみを支援する事業者」は範囲外とされました。2025年度からは、宣言する事業者自身が最新年度の健康経営優良法人に認定されていることも要件です。

この線引きは選定にそのまま使えます。取り組み全体の設計を任せたいならこのリストからコンサルティング会社を探し、健診管理やアプリといった部品を買うなら別の一覧で探す、という使い分けです。部品のサービスが「健康経営を支援」と名乗っていても、全体設計まで引き受けるとは限りません。

PHR・女性の健康・心の健康の一覧は第三者評価か根拠提示かで信頼度が違う

残る3つの一覧は、掲載基準の厳しさに差があります。

女性の健康サービス提供企業リスト（2026年9月17日更新）：専門機関の監修など第三者評価を受けているか、経済産業省のフェムテック実証事業の補助金採択事業者であることが掲載要件
心の健康サービスのウェルココ：導入企業の評価、理論的裏付け、実証結果のいずれかで「期待される効果」の根拠を示せるサービスだけを掲載
PHRサービス事業協会の健康経営に資するPHRサービス：登録を希望した会員企業の情報を掲載し、有効性や安全性は評価しないと明記

ウェルココも、サービスの質そのものを担保するものではないと注記しています。どの一覧に載っていても、比較の出発点として候補を集める道具にとどめ、効果の根拠は個別に資料を求めるのが妥当です。女性の健康は評価項目⑨に、心の健康は⑮に対応するため、不足項目の候補探しに使うと絞り込みが早くなります。

健康経営サービスを比較するときの健診データ取込・勤怠連携・料金体系の確認軸

機能一覧を並べても、製品間の差はほとんど見えません。導入後の手作業の量を決めるのは、データの入口と出口です。

健診機関ごとに違う結果ファイルの形式と取り込みを代行するかの確認手順

健診結果の電子化には標準があります。厚生労働省の特定健診・特定保健指導のページには、第4期（2024〜2029年度）の電子的な標準様式（XML）が掲載されています。ただしこの様式が対象とするのは、健診実施機関から医療保険者へ渡す記録です。会社が健診機関から受け取る定期健診の結果は、機関ごとにCSV、Excel、PDF、紙と形式が分かれます。

健康管理システムを比べるときは、次の順で確かめると導入後の手入力を防げます。

自社が契約している健診機関を拠点ごとにすべて書き出す
各機関が結果をどの形式で出しているかを確認する
候補のシステムがその形式を取り込めるか、取り込めない場合にデータ化を代行するかを尋ねる
代行の料金が受診者単価か件数単位かを見積もりで確かめる

紙で届く機関が1つでも残ると、その拠点だけ毎年手入力が発生します。健診機関を集約できるかどうかも、システム選びと同時に検討してください。

勤怠システムと人事マスタの社員番号をCSVかAPIで渡す連携方式の違い

健康管理システムの多くは、評価項目⑭の長時間労働の事後対応のために勤怠データを取り込みます。月の時間外労働が一定時間を超えた人を面接指導の対象として抽出する機能は、勤怠データが届かなければ動きません。連携の方式はおおむね3つです。

手入力は月数件なら回りますが、対象者が増えると漏れが出ます。CSVの定期取り込みは、勤怠システムから出力した月次ファイルを担当者がアップロードする方式で、中小企業ではこれが現実的な落としどころです。APIによる自動連携は、両方の製品が対応している場合に限られます。仕組みの違いはAPI連携とデータ連携の違いを解説した記事にまとめています。

どの方式でも前提になるのが社員番号です。勤怠、人事マスタ、健診機関の受診者一覧で同じ番号が使われていないと、ひも付けのたびに氏名と生年月日で照合する作業が残ります。勤怠システム側の選び方は勤怠管理システムの機能と選び方の記事で扱っています。

従業員数課金と初期費用・オプション課金を年額に換算して比べる見積もりの単位

健康経営サービスの料金は、従業員1人あたりの月額課金、事業所単位の基本料金、ストレスチェックの受検者単価、健診データ化の件数単価が組み合わさっています。月額の単価だけを比べると、オプションの多い製品を安く見誤ります。

見積もりは「全従業員数×12か月の基本料金＋初期費用＋年間の受検者数×単価＋データ化件数×単価」の年額に直して並べます。たとえば1人月額300円の製品を300人で使うと、基本料金だけで年108万円です。ここに初期設定費や健診データ化の代行料が加わります。2年目以降は初期費用が消える一方で、健診機関の追加や組織変更のたびに設定変更費がかかる契約もあるため、3年総額で比べるほうが実態に近くなります。

定期健康診断結果報告の電子申請義務化に合わせた報告用帳票の出力有無

厚生労働省の電子申請義務化の案内によると、2025年1月1日から、定期健康診断結果報告と、心理的な負担の程度を把握するための検査結果等報告（ストレスチェックの報告）は、原則として電子申請で提出することになりました。常時50人以上の労働者を使用する事業場では毎年の報告が必要です。

健康管理システムが報告書の集計値（受診者数、有所見者数、医師の指示人数など）を出力できれば、e-Govの入力支援サービスに数値を写すだけで済みます。出力できない製品では、報告のたびに健診結果を集計し直すことになります。50人以上の事業場を持つ会社は、比較表に「報告書の集計値を出力できるか」の列を加えてください。

健康情報を外部サービスに預けるときの委託契約と取扱規程で確かめる3項目

健診結果やストレスチェックの結果は、個人情報保護法の要配慮個人情報にあたります。外部サービスに預けるときの責任は、預けた会社に残ります。

健康情報の取扱規程と委託先に講じさせる安全管理措置を契約に書く理由

厚生労働省の健康情報等の取扱規程を策定するための手引き（2019年3月）は、労働安全衛生法第104条に基づく指針を受けて、事業者が取扱規程を定める方法を解説しています。手引きでは、健康診断やストレスチェックの実施、結果の入力・管理を外部に委託する場合、誰がどの情報を扱えるかを明確にしたうえで、取扱規程に沿った安全管理措置を講じるよう委託契約を結び、委託先を監督する必要があるとしています。

つまり、サービスの利用規約に同意するだけでは足りません。自社の取扱規程が先にあり、その規程どおりに扱うことを契約で約束させる順序です。取扱規程がまだない会社は、サービスの選定と並行して手引きの雛型から規程を作ってください。

人事担当者が見られる範囲をサービスの権限設定に写す閲覧権限の設計

取扱規程では、健康情報を扱う人と、その人が見られる情報の範囲を決めます。産業医や保健師は診断名や検査値を見られても、人事評価に関わる担当者には就業上の措置に必要な範囲しか渡さない、といった区分です。ストレスチェックの個人結果は、本人の同意なく事業者に提供できません。

サービスを比べるときは、この区分を製品の権限設定で再現できるかを確かめます。「管理者」と「一般」の2段階しかない製品では、産業医と人事担当者の見える範囲を分けられません。デモ環境で、人事担当者の権限で健診の検査値が見えないことを実際の画面で確認してから契約するのが安全です。

解約や乗り換えのときに健診結果を一括で取り出せる形式と保存年限

健康診断個人票は労働安全衛生規則で5年間の保存が義務付けられており、ストレスチェックの結果の記録も5年間の保存が求められます。サービスを解約すると、保存義務の残っている記録が手元からなくなるおそれがあります。

契約前に、全従業員の健診結果と面談記録を年度ごとにCSVなどの機械で読める形式で一括出力できるか、解約後に何日間データが残るかを確かめてください。PDFの個人票しか出せない製品は、乗り換え先へ移すときに再びデータ化が必要になります。保存期間と閲覧権限の設計はストレスチェック義務化の対象と記録の扱いを解説した記事でも扱っています。

健康経営サービスの導入・併用・自社開発を分ける従業員規模とデータ連携の条件

サービスを1つ入れれば健康経営が回るわけではありません。規模とデータの散らばり方で、選ぶべき構成ははっきり分かれます。

従業員50人未満で勤怠が1つなら無料プログラムと保険者の事業で始める

従業員50人未満で拠点が1つ、勤怠システムも1つの会社は、有料の健康管理システムを入れなくても認定に必要な取り組みを組み立てられます。健診は保険者の補助を使い、受診勧奨は担当者が表計算で未受診者を追い、ストレスチェックは厚生労働省版のプログラムで実施する構成です。50人未満の事業場のストレスチェックは2028年4月1日から義務になるため、この期限までに実施の段取りを決めておきます。

この規模で全機能入りの健康管理システムを契約しても、データが少なく効果を測れません。最初の1年は表計算で回し、手作業が負担になった業務だけをサービスに移すほうが無駄が出ません。

拠点ごとに健診機関が違う会社は健康管理システム1本に寄せて併用を避ける

判断が変わるのは、拠点ごとに健診機関が違い、従業員が数百人を超える会社です。この規模では健診結果の回収と受診勧奨だけで担当者の工数が埋まるため、健康管理システムの導入に十分な理由があります。

失敗しやすいのは、健診管理はA社、ストレスチェックはB社、健康アプリはC社と、評価項目ごとに別々のサービスを足していくやり方です。社員番号の体系がそれぞれ違うと、評価・改善のために指標を集計するたびに3つのデータを突き合わせることになります。健康経営度調査に回答する大規模法人では、この突き合わせが毎年の負担になります。集計の定義は健康経営度調査の回答数値の集め方を解説した記事で確認してください。複数の機能が必要なら、健診・ストレスチェック・面談記録を1つの製品にまとめられるものを優先し、アプリなどの周辺サービスは社員番号で連携できるものに限ります。

パッケージの外側だけを自社開発する範囲：人事マスタ連携と独自指標の集計

健康管理システムを丸ごと自社開発するのは過剰です。健診結果の取り込みや受診勧奨、ストレスチェックの実施は、既製品が標準機能として持っています。開発の対象になるのは、パッケージの外側にある部分です。

具体的には、人事マスタの入退社や異動を健康管理システムと勤怠システムへ自動で反映する連携と、プレゼンティーイズムや健診結果の推移など自社独自の指標を複数のデータから集計する仕組みの2つです。人事データの基盤の選び方は人事システムの種類と自社開発の判断軸の記事で整理した内容です。既存の勤怠・人事システムと健康管理サービスをつなぐ連携や集計の開発は、人事・労務管理システム開発として相談できます。評価項目全体をデータの項目に置き換えた一覧は、親記事の健康経営の評価項目を健康データとシステム要件に翻訳する解説にあります。

健康増進アプリを先に入れて利用率が下がる失敗と導入を見送る場面

健康増進アプリは導入の手軽さから最初に選ばれやすいサービスです。ただし運動や食生活の評価項目は⑪〜⑰の中の一部にすぎず、アプリを入れても受診率や長時間労働対策の不足は埋まりません。

開始直後はイベントで参加者が集まっても、数か月で利用者が一部の健康意識の高い社員に偏る例は珍しくありません。利用率を評価・改善の指標として測る計画がないなら、導入は見送ってください。利用率を戦略マップのKPIとして定義し、データの取得元と計算式を決める方法は、健康経営戦略マップの書き方を解説した記事を参照してください。受診勧奨や保健指導など、健康リスクの高い従業員に届く施策を先に整え、その後にアプリで裾野を広げる順序が、評価項目の埋まり方から見ても筋が通ります。

健康経営サービスの費用・認定との関係・アプリとの違いについてよくある質問

健康経営サービスの導入を検討している担当者から寄せられやすい質問に、公式資料をもとに回答します。

健康経営サービスを導入しないと健康経営優良法人に認定されませんか？

サービスの導入は認定の条件ではありません。中小規模法人部門の認定要件は、健康宣言や担当者の設置などの必須項目と、①〜⑰の評価項目のうち所定数を満たすことで、取り組みの手段は問われません。表計算と保険者の健診補助、厚生労働省版のストレスチェック実施プログラムで認定に必要な取り組みを組み立てている会社もあります。サービスは、手作業では回らなくなった業務を置き換える手段として選ぶのが筋です。

健康経営アプリと健康管理システムは何が違いますか？

使う人と扱うデータが違います。健康管理システムは人事や産業保健の担当者が使い、健診結果や面談記録、労働時間をまとめて管理する仕組みです。健康経営アプリは従業員本人が使い、歩数や食事、体重などを記録して健康行動を促します。評価項目で言えば、健康管理システムは受診率や受診勧奨、長時間労働の事後対応に、アプリは食生活や運動機会の項目に対応します。両方を入れる場合は、社員番号で連携できる組み合わせを選んでください。

健康経営サービスの費用はどのくらいかかりますか？

料金は従業員1人あたりの月額、事業所単位の基本料金、ストレスチェックの受検者単価、健診データ化の件数単価の組み合わせで決まり、製品によって幅があります。比べるときは初期費用とオプションを含めた年額、できれば3年総額に直してください。サービス費用とは別に、中小規模法人部門の認定申請には1件税込16,500円の申請料がかかります。無料の厚生労働省版プログラムや保険者の健診補助で賄える範囲は、有料サービスの対象から外すと費用を抑えられます。

健康経営のコンサルティング会社はどうやって選べばよいですか？

認定事務局の「健康経営コンサルティング自己宣言企業」の一覧が出発点になります。2025年度からは、宣言する事業者自身が最新年度の健康経営優良法人に認定されていることが要件になりました。ただし自己宣言は事業者自身による宣言で、事務局が質を審査したものではありません。過去の支援先での認定実績、課題分析に使うデータの範囲、申請書の作成を自社でどこまで担うかを面談で確かめてから契約してください。

健康管理サービスに健診結果を預けても個人情報保護法上の問題はありませんか？

委託として適切に契約し監督すれば、外部サービスに預けること自体は可能です。健診結果は要配慮個人情報にあたるため、厚生労働省の手引きでは、取扱規程に沿った安全管理措置を委託先に講じさせる契約を結び、その実施を監督するよう求めています。契約前に、データの保管場所、アクセスできる委託先の担当者の範囲、事故時の報告手順、解約後のデータ削除の時期を確認し、自社の取扱規程と矛盾がないかを照らし合わせてください。