ストックオプションの登記｜新株予約権の発行・行使・消滅の期限と必要書類・登録免許税

ストックオプションを発行したら、会社は新株予約権の発行による変更登記を法務局に申請しなければなりません。期限は割当日から2週間で、登録免許税は1件9万円です。登記は発行時の1回で終わらず、従業員が権利を行使したとき、退職などで権利が消えたときにも変更登記が要ります。

この記事では、会社法・商業登記法・登録免許税法の条文と、法務局が公開している申請書様式をもとに、3つの場面ごとの期限・添付書面・税額と、登記簿で誰でも見られる事項を整理します。

まとめ：ストックオプション登記の期限・費用・書類の要点

• 根拠は会社法915条（変更登記は2週間以内）と911条3項12号（新株予約権の登記事項）。怠ると代表者に100万円以下の過料（976条1号）
• 行使価額・行使期間・行使の条件・取得事由は登記事項で、登記事項証明書を取れば誰でも見られる。誰に何個付与したかは登記されない
• 無償発行なら払込証明は不要。払込期日が割当日より前の有償発行だけ払込証明を付ける（商業登記法65条2号）
• 税制適格の要件（譲渡禁止など）は登記ではなく付与契約で満たす。税務署への付与調書は付与した年の翌年1月31日まで

ストックオプションで登記が必要になる3つの場面と法的根拠

会社法は、株式会社が登記した事項に変更が生じたら会社法915条1項で2週間以内に変更登記をするよう定めています。新株予約権を発行したときの登記事項は911条3項12号に列挙され、次の項目が登記簿に載ります。

• 新株予約権の数
• 目的である株式の数（またはその算定方法）、行使に際して出資する財産の価額（行使価額）、行使期間（236条1項1号〜4号）
• 行使の条件を定めたときはその条件
• 会社が取得できる事由（取得条項）、無償で発行する場合はその旨、有償の場合は払込金額

ストックオプションの手続きは新株予約権の発行手続きそのもので、登記簿にも「新株予約権」として記録されます。両者の関係は新株予約権とストックオプションの違い｜関係・目的・課税・会計を比較表で整理で扱っています。

ストックオプションの運用で登記事項が変わる主な場面は、発行・行使・消滅の3つです（行使価額の調整など登記事項そのものの変更も変更登記の対象です）。行使で新株予約権の数が減り、新株を発行した場合は資本金・発行済株式総数も変わり、退職や放棄で権利が消えれば新株予約権の数が減ります。発行の登記だけ済ませてその後の変更を放置すると、登記簿の新株予約権の数と新株予約権原簿の記録が食い違っていきます。

発行の決議から登記申請までの手続きと決議機関

募集事項を決める機関は、会社が公開会社かどうかで分かれます。ここでいう公開会社は、発行する株式の全部または一部について譲渡制限の定款の定めを設けていない会社（会社法2条5号）で、上場しているかどうかとは別の概念です。全株式に譲渡制限を付けているスタートアップは非公開会社に当たります。

割当日を起点にした登記までのスケジュール

申込みを受けて割り当てる方式では、割当日の前日までに割り当てる個数を申込者へ通知します（243条3項）。新株予約権者になるのは割当日で（245条1項）、この日が登記の原因年月日（「令和○年○月○日発行」）になります。2週間は割当日の翌日から数えるため、4月1日が割当日なら4月15日が申請期限です。発行後は遅滞なく新株予約権原簿を作成します（249条）。

非公開会社が株主総会で取締役会に委任した場合、その委任は割当日が決議の日から1年以内の募集にしか使えません（239条3項）。1回の総会決議で翌年以降の付与まで済ませることはできません。例外は産業競争力強化法21条の19の特例（いわゆるストックオプション・プール）で、設立15年未満の株式会社が経済産業大臣と法務大臣の確認を受けると、この1年の制限がなくなり、行使価額と行使期間も取締役会に委任できます（無償発行などが特に有利な条件に当たる場合は、行使価額・行使期間などを株主総会の特別決議で定めます）。

総数引受契約で申込み・割当てを省くときの承認決議

割当先が少数の役員・従業員なら、引受人と総数引受契約を結ぶ方式が使えます。この場合は申込み（242条）と割当て（243条）の手続きが不要になります（244条1項）。ただし、目的が譲渡制限株式であるとき、または新株予約権自体が譲渡制限付きのときは、契約について株主総会（取締役会設置会社では取締役会）の承認決議が必要です（244条3項）。ストックオプションは通常この両方に当たるため、定款に別段の定めがない限り、承認決議の議事録を添付書面として用意します。

取締役に付与するときは、これとは別に報酬としての株主総会決議（361条1項4号）も必要です。決議の要否の全体像はストックオプションと新株予約権の関係から押さえる会社法上の基本的な位置づけで整理しています。

発行登記の申請書・登記すべき事項・添付書面

申請書は、法務局が公開している株式会社変更登記申請書（募集新株予約権の発行）の記載例に沿って作るのが確実です。登記の事由は「募集新株予約権の発行」、登録免許税欄は「金9万円」と書き、収入印紙を台紙に貼って納付します。

別紙「登記すべき事項」の書き方

法務局の記載例は、次の項目を「」で区切って記載しています。

• 「新株予約権の名称」第○回新株予約権
• 「新株予約権の数」○○○個
• 「新株予約権の目的たる株式の種類及び数又はその算定方法」普通株式○○○株
• 「募集新株予約権の払込金額若しくはその算定方法又は払込を要しないとする旨」無償
• 「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」金○○○円（調整式を含む）
• 「新株予約権を行使することができる期間」「新株予約権の行使の条件」「会社が新株予約権を取得することができる事由及び取得の条件」
• 「原因年月日」令和○年○月○日発行

行使価額の調整式や行使の条件は長文になりやすい項目です。様式の注記によると、登記事項証明書でのこれらの項目は1行34文字で表示されます。行使価額そのものの決め方はストックオプションの行使価格の決め方｜上場・非上場と税制適格で変わる基準【2026年版】を参照してください。

添付書面の一覧と要否の分かれ目

株主リストは、議決権の割合が高い順に上位10名か、割合を足して3分の2に達するまでの人数のいずれか少ない方の株主について、氏名または名称・住所・株式数（種類株式発行会社は種類ごとの数）・議決権数・議決権数の割合を記載し、代表者が証明します（商業登記規則61条3項）。払込みを証する書面は、商業登記法65条2号が「払込みの期日を定めたとき（割当日より前の日であるときに限る）」と限定しており、無償のストックオプションでは添付しません。総数引受契約を結んだ場合は割当ての手続きがないので、割当てを決めた機関の議事録も不要です。

窓口・郵送・オンラインの申請方法

申請先は本店所在地を管轄する法務局で、窓口への持参、郵送、登記・供託オンライン申請システムのいずれでも出せます。オンラインでは、法務省の申請用総合ソフトなどで作った申請書情報を送信します。法務省の商業・法人登記のオンライン申請の案内によると、添付書面をPDFで送るときは作成者の電子署名が必要で、1申請で送信できるデータ容量には15MBの上限があります。紙でしか作っていない添付書面は、法務局へ提出・送付する方法も認められています。代表取締役が自分で申請することも認められており、司法書士への依頼は必須ではありません。依頼するかどうかは、別紙の登記すべき事項（行使価額の調整式・行使の条件・取得条項）が決議内容と一字一句一致しているか、添付する議事録と株主リストがそろっているかを自社で確認できるかで判断します。

登録免許税の区分と計算例

税額は登録免許税法別表第一第24号（一）で場面ごとに決まっています。無償か有償か、付与人数が何人かは税額に影響しません。

行使で資本金が200万円増えた場合、0.7%は1万4,000円なので最低額の3万円を納めます。資本金の増加が約429万円を超えたところで0.7%の方が3万円を上回ります。行使に対して自己株式を交付するなどで資本金が増えないときは、区分ツの3万円になります。

権利行使による変更登記の申請期限と添付書面

従業員が権利を行使するたびに2週間以内の登記を求めると、行使が続く会社では申請が追いつきません。そこで915条3項1号は、新株予約権の行使による変更登記を「毎月末日現在により、当該末日から二週間以内」にすれば足りるとしています。5月中の行使はまとめて5月31日現在で申請し、期限は原則6月14日です。期限の末日が土日祝日など行政機関の休日に当たるときは、翌開庁日が期限になります（行政機関の休日に関する法律2条）。1か月分を1件で申請すれば、登録免許税も最低3万円が1回で済みます。

新株を発行した場合に変更されるのは、発行済株式の総数、資本金の額、新株予約権の数、目的である株式の数です。自己株式だけを交付した場合は発行済株式の総数と資本金の額は変わらず、新株予約権の数などの変更登記になります。発行した新株予約権がすべて行使されたときは、その回の新株予約権は登記簿から抹消されます。

添付書面は、商業登記法57条が定める「新株予約権の行使があつたことを証する書面」（行使請求書）と、金銭出資の場合の払込みを証する書面です。資本金が増加する場合は、資本金の額が会社法と会社計算規則に従って計上されたことを証する書面も付けます（商業登記規則61条9項）。

注意したいのは、月末締めの特例が使えるのは行使による変更だけという点です。同じ月に退職による消滅や役員変更があっても、それらは原則どおり2週間以内の申請になります。

退職・放棄・行使期間満了による消滅の登記

新株予約権者がその権利を行使できなくなったとき、新株予約権は消滅します（会社法287条）。ストックオプションでは、行使の条件に「退職したら行使できない」と定めていれば退職時に、本人が書面で放棄したとき、行使期間が満了したときに消滅し、新株予約権の数が減ります。この変更は月末締めの対象外で、消滅から2週間以内に申請し、登録免許税は区分ツの3万円です。

法務局の記載例のように「新株予約権者が行使の条件に該当しなくなった場合には、会社が無償で取得できる」という取得条項を置く設計もあります。この場合は会社が取得した新株予約権を消却して（276条）、消却による変更登記を出すのが一般的です。期限の起点は、行使できなくなって消滅した場合はその消滅の日、会社が取得して消却した場合は消却の日です。どちらも原則2週間以内なので、退職の都度、消滅日か消却日を管理表に記録しておかないと、数年後に消滅分がまとめて未登記で見つかります。

M&Aで会社が合併・株式交換の当事者になる場合の新株予約権の扱いはM&Aでストックオプションはどうなる？消滅・承継・買取と課税【2024年改正対応】にまとめています。

登記簿で公開される事項と公開されない事項

登記事項証明書は、手数料を払えば誰でも取得できます。そのため、911条3項12号に当たる事項は社外にも開示されると考えて設計する必要があります。

• 公開される：新株予約権の数、目的である株式の数、行使価額と調整式、行使期間、行使の条件、取得条項、無償で発行した旨
• 公開されない：誰に何個割り当てたか、付与契約で定めた譲渡禁止や保管委託の取決め

行使の条件に業績目標の具体的な数値（例：売上高○億円達成）を書けば、その数値も登記簿に載ります。採用市場や競合に知られたくない条件を決議に入れるかどうかは、登記されることを前提に判断してください。一方、割当先と個数は新株予約権原簿に記録されます。原簿の閲覧・謄写を請求できるのは株主・債権者（252条2項）と、裁判所の許可を得た親会社社員（同条4項）で、いずれも請求の理由を示す必要があります。

税制適格要件の確認と付与調書の提出義務

税制適格ストックオプションの要件のうち、行使期間（付与決議の日後2年から10年以内など）と行使価額は登記事項にも表れます。ところが譲渡禁止や、行使後の株式を証券会社等に保管委託する取決めは、付与契約に書く事項で登記には載りません。登記が通ったことは税制適格の要件を満たした証拠にならない点に注意が必要です。

付与した会社には、付与した日の属する年の翌年1月31日までに「特定新株予約権の付与に関する調書」を税務署に提出する義務もあります（租税特別措置法29条の2第6項）。登記の期限とは別の締切なので、登記と同じタイミングで社内の管理表に入れておきます。要件の全体は税制適格ストックオプションとセーフハーバールール｜非上場株の権利行使価額と1円SOの実務で確認できます。

期限を過ぎた・記載を誤ったときの対応

2週間の期限を過ぎても、登記の申請自体は受け付けられます。法務局の商業・法人登記のよくある質問も、登記期間の経過を理由に却下されることはないが、過料に処せられる可能性はあると案内しています。登記官は、過料に処せられるべき者があることを職務上知ったときは管轄の地方裁判所に通知することとされており（商業登記規則118条）、過料の額は裁判所が決めます。上限は100万円で（会社法976条1号）、過料は会社ではなく代表者個人に科されます。期限切れに気づいたら、過料を恐れて申請を遅らせるより、速やかに申請する方が懈怠期間が延びずに済みます。

登記した内容に誤りが見つかった場合、申請時の記載誤りなら更正登記（区分ネ・2万円）で直します。決議内容そのものと登記がずれている場合は、議事録との整合を先に確認します。決議では「退職後も行使可」としたのに別紙に「退職時に消滅」と書いた、といったずれは、後の消滅登記の可否にも影響します。

上場準備の過程では、ストックオプションの発行枠・付与・登記の管理を資本政策と並行して進めます。規程や管理体制の整備を含めて検討する場合はIPO準備・内部統制システム支援も参考にしてください。

ストックオプションの登記に関するよくある質問

新株予約権が行使されたら登記は必要ですか？

必要です。行使で新株予約権の数が変わり、新株を発行した場合は発行済株式の総数と資本金の額も変わるため、変更登記をします。期限は毎月末日現在で締め、その末日から2週間以内です（会社法915条3項1号）。

新株予約権の消滅は登記事項ですか？

登記事項です。退職・放棄・行使期間満了で消滅すると新株予約権の数が変わるため、消滅から2週間以内に変更登記をします。登録免許税は1件3万円です。

無償で付与するストックオプションでも登録免許税は9万円ですか？

9万円です。発行による変更登記は申請1件ごとの定額課税で、有償・無償や付与人数で変わりません。無償発行では払込みを証する書面が不要になります。

ストックオプションの登記を自社で申請できますか？

代表取締役が申請人として自分で申請できます。法務局の申請書様式と記載例が公開されており、オンライン申請も使えます。行使価額の調整式や行使の条件が長い場合は、決議内容との一致を確認するために司法書士へ依頼する選択肢もあります。

税制適格かどうかで登記の内容は変わりますか？

登記の手続きと登記事項の項目は同じです。ただし税制適格を狙う場合、行使期間や行使価額は要件に合わせて定め、その値がそのまま登記されます。譲渡禁止などの要件は付与契約で定め、登記には載りません。

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