税制非適格ストックオプションとは？課税2回の仕組みと税制適格との違い【令和6年度改正対応】

ストックオプションの中でも税制非適格ストックオプションは、権利行使時と株式売却時の2回課税される点が最大の特徴です。行使時の利益は給与所得として総合課税の対象となり、所得税・住民税・復興特別所得税を合わせて最大55.945%が課されることもあります。本記事では、非適格ストックオプションの定義と税制適格・有償・無償型との違い、課税の仕組みと税率、給与所得・退職所得・雑所得に分かれる所得区分、発行会社の源泉徴収義務と損金算入、確定申告の要否と必要書類、そして令和6年度税制改正を踏まえて非適格を選ぶべきかの判断基準まで整理します。条文番号と国税庁の見解を根拠に、課税のタイミングと税負担を正確に把握できる内容です。

税制非適格ストックオプションの要点と2回課税・税制適格との違いの結論

税制非適格ストックオプションは、租税特別措置法29条の2が定める税制適格要件を1つでも満たさないストックオプション（新株予約権）を指します。課税のタイミングは権利行使時と株式売却時の2回です。行使時は「行使時の株価－権利行使価額」が給与所得として総合課税され、累進税率で最大55.945%。売却時は「売却価額－行使時の株価」が譲渡所得として申告分離課税20.315%となります（国税庁No.1543、所得税法施行令84条3項）。売却時の1回・20.315%で済む税制適格と比べ、個人の税負担は重くなります。

一方で非適格には、付与対象者や行使条件を自由に設計でき、発行会社側で新株予約権の費用を損金算入できる（法人税法54条の2第1項）という利点があります。令和6年度税制改正（令和6年4月1日施行）で適格の年間権利行使価額の限度額が最大3,600万円まで引き上げられ、適格化のハードルは下がりました。役職員向けで節税が目的なら適格を軸に検討し、社外取締役・大株主への付与や限度額を超える設計が必要な場面で非適格を使う、という整理が実務的な結論になります。

税制非適格ストックオプションの定義と適格・有償・無償型との違い

非適格は「適格でないもの」という消極的な定義で決まります。判断の起点は、税制適格の要件をすべて満たしているかどうかです。

税制適格要件を1つでも満たさない新株予約権という非適格の位置づけ

税制適格ストックオプションは、無償発行であること、付与対象が自社・子会社の取締役や使用人等であること、権利行使価額が契約締結時の時価以上であること、年間の権利行使価額が限度額以内であることなど、租税特別措置法29条の2の要件を満たす必要があります。このうち1つでも外れると、その新株予約権は税制非適格として扱われます。たとえば行使価額を時価より低く設定した、付与対象に社外協力者や大株主が含まれる、行使期間に制限を設けなかった、といった設計はいずれも非適格に該当します。要件は「全部充足」が条件であり、9割満たしても優遇は受けられません。

付与対象・行使価額・行使期間を自由設計できる非適格の制度上の特徴

非適格には適格のような付与対象・行使価額・行使期間の制限がありません。社外取締役、監査役、大株主、取引先の法人、外国人従業員など、適格では対象外となる相手にも付与できます。行使価額を時価より低く抑えることも、行使期間を自由に設定することも可能です。設計の自由度が高い反面、税制優遇がないため、付与された個人の税負担は大きくなります。「制度設計の柔軟さと引き換えに、課税で不利になる」という構造を押さえておくことが出発点です。

無償型・有償型・1円ストックオプション・信託型の課税上の分類

非適格と呼ばれるものには複数の型があり、課税のタイミングが異なります。無償・有利発行型は本記事の中心で、行使時と売却時の2回課税です。有償型は新株予約権の時価相当額を払い込んで取得するため金融商品とみなされ、行使時は課税されず売却時に譲渡所得20.315%のみとなります。信託型は2023年5月の国税庁見解により、権利行使時に給与所得として課税される扱いが示されました。受益者として指定された時点では課税関係は生じません。

いわゆる1円ストックオプションは、行使価額を1円に設定した無償型で、行使価額が時価を下回るため適格要件を満たさず非適格になるのが通常です。退職金に代わる株式報酬型として使われる設計で、後述のFAQでも触れます。

権利行使時と株式売却時の2回に課税が生じる仕組みと適用税率

非適格の課税は、取得・行使・売却の3段階のうち、行使と売却の2段階で発生します。なぜ取得時に課税されないのか、行使と売却でどの税率が適用されるのかを順に見ていきます。

取得時は非課税となり権利行使時に初めて課税される理由と所令84条

ストックオプションを取得した時点では課税されません。譲渡制限が付されており、その権利を譲渡して利益を実現できないため、付与時には所得を認識しないという扱いです（所得税法施行令84条3項、国税庁「ストックオプションに対する課税（Q&A）」最終改訂令和6年11月）。課税が始まるのは権利を行使して株式を取得したときからです。報酬として経済的価値を受け取っていても、現金化できる状態になるまで課税を待つ、という考え方が基礎にあります。

行使時の経済的利益＝行使時時価と権利行使価額の差額に対する課税

権利行使時の経済的利益は、次の式で計算します。

（行使時の株価 － 権利行使価額）× 株式数 ＝ 行使時の課税対象額

雇用契約またはこれに類する関係に基づき付与された場合、この金額は給与所得として総合課税されます。適用されるのは所得税（5～45%の累進）、復興特別所得税（基準所得税額×2.1%）、住民税（一律10%）で、合計税率はおおむね15.105%から最大55.945%です。給与所得は他の所得と合算して累進税率が決まるため、行使益が大きいほど高い税率帯に入ります。会社員の場合、行使益が大きいと基礎控除と給与所得控除の違いを踏まえても控除では吸収しきれず、税負担が一気に重くなります。

売却時の譲渡所得＝売却価額と行使時時価の差額と20.315%の税率

取得した株式を売却したときは、行使時の株価を取得費とみなし、次の式で譲渡所得を計算します。

（売却価額 － 行使時の株価）× 株式数 ＝ 譲渡所得

譲渡所得は申告分離課税で、税率は所得税15%・復興特別所得税0.315%・住民税5%の合計20.315%です。行使時に給与所得として課税された後、株価がさらに上昇した分にこの譲渡所得課税がかかります。行使時に課税された部分（行使時の株価）が取得費に組み込まれるため、同じ利益に二重課税されるわけではありませんが、課税のタイミングが2回に分かれる点が負担感につながります。

2回課税で適格より税負担が重くなる仕組みの数値例での比較

権利行使価額500円、行使時の株価1,500円、売却価額2,500円、5,000株のケースで、非適格と適格を比較します（行使益にかかる所得税率は他の所得と合算して20.42%、住民税10%と仮定）。

この設定では非適格のほうが約50万円多い計算です。差はそれだけではありません。非適格は株式を売る前の行使時点で約152万円を現金で納める必要があり、行使益にかかる所得税率が高所得者で最大55.945%まで上がれば差はさらに広がります。税率と納税タイミングの両面で、非適格は不利になります。

権利行使益が給与所得・退職所得・雑所得に分かれる所得区分の判定

「行使時は給与所得」とまとめられがちですが、正確には付与を受けた人と発行会社の関係で所得区分が変わります。判定を誤ると税額も申告方法も変わるため、ここは慎重に扱う論点です。

雇用契約またはこれに類する関係に基づく付与で給与所得となる原則

発行会社と付与対象者が雇用契約またはこれに類する関係にあり、その関係に基因して付与された場合、行使益は給与所得になります（国税庁No.1543、所得税法施行令84条3項）。自社の取締役・執行役・従業員への付与が典型例です。支配関係のある親会社等から労務の対価として付与されたケースも、給与所得に区分されます。最も多いパターンであり、後述の源泉徴収義務もここから生じます。

退職に基因して行使可能となる場合に退職所得となる判定（所法30条）

退職に基因して権利行使が可能となる場合、行使益は退職所得として課税されます（所得税法30条1項、所得税基本通達30-1）。退職を条件に行使できる設計や、退職金の性格を持つ付与がこれにあたります。退職所得は退職所得控除を差し引いたうえで2分の1課税となるため、同じ金額でも給与所得より税負担が軽くなる場合があります。「退職後に行使したから一律で雑所得」と早合点せず、退職に基因するかどうかで退職所得・雑所得を切り分ける必要があります。

社外協力者など役務提供の対価で事業所得・雑所得に区分される場合

請負契約その他これに類する契約に基づき、役務提供の対価として付与された場合、行使益は事業所得または雑所得に区分されます（国税庁「ストックオプションに対する課税（Q&A）」）。業務委託の専門家や社外の協力者に付与したケースが該当します。この経済的利益が所得税法204条に定める報酬・料金等に当たるときは、源泉徴収の対象となる点にも注意が必要です。雇用関係がない相手への付与では、給与所得を前提にした処理がそのまま使えません。

発行会社の源泉徴収義務と新株予約権費用の損金算入という会社側の扱い

非適格は個人課税だけの問題ではありません。発行会社には源泉徴収義務が生じ、その一方で法人税の損金算入というメリットもあります。会社側の処理を理解しておくと、制度を選ぶ判断の材料が増えます。

行使時の株式交付に伴い発行会社が源泉所得税を徴収・納付する義務

行使益が給与所得となる場合、発行会社は株式を交付する際に給与所得に係る源泉所得税を徴収し、納税地の所轄税務署に納付する義務を負います（国税庁「ストックオプションに対する課税（Q&A）」）。問題は、会社が渡すのは株式という現物であり、源泉徴収すべき現金がその場にないことです。実務では付与者から源泉税相当額を別途受け取るか、いったん会社が立て替えて後で求償します。源泉所得税の納付を失念していた場合は速やかに納付し、納付額は行使した本人に求償できます。源泉徴収の計算ルールは給与・賞与・報酬ごとに異なる源泉所得税の計算体系が参考になります。

給与所得課税が生じた日に新株予約権費用を損金算入できる会社側の利点

法人税法上、新株予約権を対価とする費用を損金算入できるのは、被付与者が行使して給与所得等の課税事由が生じた場合に限られます（法人税法54条の2第1項）。非適格は被付与者に給与所得課税が生じるため、その日の属する事業年度で会社は新株予約権費用を損金算入できます。対して税制適格は、被付与者に役務提供と認められる所得が発生しない（譲渡所得はこれに当たりません）ため、損金算入は認められません。「個人は不利でも会社は損金で得をする」というねじれが非適格の特徴です。なお損金となる金額は交付時の新株予約権の価額（法人税法施行令111条の3第3項）で、個人が所得税課税を受ける金額とは原則一致しません。役員給与の損金不算入制度（法人税法34条）に触れる場合は別途判断が必要です。

未上場企業の費用計上＝本源的価値による株式報酬費用の会計処理

会計処理は付与時、権利確定までの期間、行使時で分かれます。付与時は会計処理を行いません。権利確定までの間は、上場企業や上場準備企業は「公正な評価額」を、未上場企業は株価と行使価額の差である「本源的価値」を基準に、株式報酬費用を新株予約権として段階的に計上します。行使時は計上済みの新株予約権を取り崩し、払い込まれた資金を資本金や資本準備金に振り替えます。未上場では市場価格がなく株価評価が難しいため、本源的価値の算定や費用の按分で税理士・公認会計士との連携が前提になります。

口座の種類と退職の有無で変わる確定申告の要否と提出書類

確定申告が必要かどうかは、行使時の課税が源泉徴収で完結しているか、売却した株式をどの口座で管理しているかで決まります。場面ごとに分けて確認します。

在職中行使は源泉徴収で完結し原則不要・給与収入2000万円超で必要

在職中に行使し、給与所得として源泉徴収が済んでいる場合は、行使分について原則として確定申告は不要です。所得税は給与と一緒に徴収されているためです。ただし行使益が大きく、その年の給与収入が2,000万円を超えると、年末調整の対象外となり確定申告が必要になります。医療費控除や寄附金控除などを受ける目的で申告する場合も、行使益を含めて申告することになります。

退職後行使・社外協力者・他の控除申告で確定申告が必要になる場面

退職後に行使して源泉徴収がされない場合や、社外協力者として事業所得・雑所得に区分される場合は、本人が確定申告で申告・納税します。退職に基因するなら退職所得、それ以外なら雑所得など、前章の所得区分に沿って申告区分を選びます。源泉徴収で完結しないケースでは、申告漏れがそのまま納税漏れになるため、行使した年の翌年の申告期間内に手続きが必要です。

売却分は特定口座（源泉あり）で原則不要・一般口座等で必要となる区分

株式を売却して得た譲渡所得の申告要否は、証券口座の種類で変わります。特定口座（源泉徴収あり）で管理していれば、証券会社が税額を計算して源泉徴収するため、原則として確定申告は不要です。特定口座（源泉徴収なし）や一般口座の場合は、自分で譲渡所得を計算し、確定申告で申告・納税します。非適格で取得した株式をどの口座に入庫するかで、その後の手間が変わります。

譲渡所得の申告で使う申告書第三表と株式等の譲渡所得計算明細書

売却分を確定申告する場合の提出書類は、次のとおりです。

• 申告書第一表・第二表
• 申告書第三表（分離課税用）
• 株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書

計算明細書で譲渡対価や取得費を整理し、算出した所得金額を第三表に転記して税額を計算します。e-Taxを使えば付表や明細書が自動作成されるため、入力の負担を減らせます。申告の進め方はスマホ確定申告の対象者と対応所得もあわせて確認すると、手順を具体的にイメージできます。

令和6年度改正後に非適格を選ぶ判断基準とキャッシュ課税への備え

適格の要件緩和が進んだ今、非適格をあえて選ぶ理由は限られてきました。どの場面で非適格が合理的で、どの場面で避けるべきか、条件を示して判断します。

令和6年度改正で限度額2400万・3600万まで拡大した適格化のハードル低下

令和6年度税制改正（令和6年4月1日施行）で、適格の年間権利行使価額の限度額が引き上げられました。

あわせて、譲渡制限株式について発行会社自身による株式管理スキームが認められ（証券会社への保管委託に代わる選択肢）、社外高度人材の範囲も拡大しました。なお過去契約を新制度に合わせるための経過措置は令和6年12月31日で終了しています。限度額が従来の最大3倍になり、レイター期でも適格を使いやすくなったことで、限度額を理由に非適格を選ぶ必然性は薄れました。

役職員向けで節税が主目的なら非適格を避けるべき具体的な条件

自社の役員・従業員に付与し、本人の手取りを最大化したいなら、非適格は避けるべきです。行使時に最大55.945%の総合課税がかかり、しかも株式を売る前に現金で納税する負担が生じるためです。年間行使額が限度額に収まり、行使価額を契約時の時価以上に設定でき、付与対象が自社の取締役・使用人等であるなら、適格要件は十分に満たせます。「節税効果を従業員のインセンティブにしたい」という目的に対して、非適格は逆行します。この条件下では非適格を選ぶ理由はありません。

社外取締役・大株主・限度額超過設計など非適格が合理的になる場面

一方、適格では対応できない設計が必要なときは、非適格が合理的な選択になります。具体的には次のような場面です。

• 社外取締役・監査役・大株主・取引先法人など、適格の付与対象外の相手に付与したい
• 行使価額を時価より低く設定する、行使期間に独自の条件を付けるなど、適格の枠を超えた設計をしたい
• 年間の権利行使価額が引き上げ後の限度額（2,400万円・3,600万円）も超える規模になる
• 有償型・信託型など、別の仕組みでインセンティブを設計したい

これらは適格要件と両立しないため、税負担の重さを織り込んだうえで非適格を採用します。「誰に、どんな条件で付与したいか」が適格の枠に収まるかどうかが分岐点です。

行使前に現金課税が生じるキャッシュインなき課税への資金準備と行使設計

非適格の最大の弱点は、未上場の段階で行使すると、株式を売って現金化する前に給与所得課税が生じることです。手元に現金がないのに税金だけ先に発生する、いわゆる「キャッシュインなき課税」です。対処の方向は2つあります。1つは行使タイミングの設計で、上場後など売却して現金化できる見込みが立ってから行使する、または複数年に分けて行使し1年あたりの行使益を抑える方法です。もう1つは納税資金の事前準備で、行使益にかかる所得税・住民税を見積もって現金を確保しておくことです。行使益が大きいほど先払いの税額も膨らむため、行使する前に税額を試算しておくことが欠かせません。

税制非適格ストックオプションに関するよくある質問

非適格ストックオプションについて、検索で多く寄せられる5つの疑問に答えます。

税制適格と税制非適格の違いは何ですか？

課税のタイミングと税率が最大の違いです。税制適格は権利行使時に課税されず、売却時に譲渡所得として20.315%が課される1回課税です。税制非適格は行使時に給与所得として最大55.945%が課され、売却時にも譲渡所得20.315%が課される2回課税です。適格は付与対象や行使価額などの要件（措法29の2）を満たす必要があり、非適格はその要件を満たさないものを指します。

1円ストックオプションは税制非適格になりますか？

多くの場合、非適格になります。1円ストックオプションは行使価額を1円に設定した無償型で、行使価額が契約時の時価を下回るため、「権利行使価額が契約時の時価以上」という適格要件を満たせないためです。退職金に代わる株式報酬型として、株価がほぼそのまま利益になる設計で使われます。ただし設計の前提次第で扱いは変わるため、個別の要件充足は専門家への確認が確実です。

税制非適格ストックオプションの税金はいつ・いくらかかりますか？

権利行使時と株式売却時の2回かかります。行使時は「行使時の株価－権利行使価額」が給与所得として総合課税され、税率は他の所得と合算した累進で最大55.945%です。売却時は「売却価額－行使時の株価」が譲渡所得として申告分離課税20.315%です。具体的な税額は行使益・株式数・その年の他の所得によって変わるため、行使前の試算が重要です。

税制非適格ストックオプションの確定申告は必要ですか？

場面によります。在職中に行使し源泉徴収で完結している場合は、行使分について原則不要です（その年の給与収入が2,000万円を超える場合は必要）。退職後の行使や社外協力者としての行使は、源泉徴収されないため申告が必要です。売却分は、特定口座（源泉徴収あり）なら原則不要、特定口座（源泉徴収なし）や一般口座なら申告が必要です。

退職後に権利行使した場合の課税はどうなりますか？

退職に基因して行使可能となる場合は退職所得として課税され、退職所得控除と2分の1課税により税負担が軽くなる場合があります（所得税法30条）。退職に基因しない場合は、雇用関係が終了しているため給与所得ではなく雑所得などに区分され、本人による確定申告が必要です。いずれも源泉徴収で完結しないことが多いため、申告漏れに注意してください。

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