2026.10.12 会計

経費精算システムのインボイス対応：帳簿のみ保存の特例と経過措置70%を仕訳まで通す要件

経費精算システムのインボイス対応と聞くと、領収書の登録番号をOCRで読み取り、国税庁のデータと照合する機能を思い浮かべる方が多いはずです。主要な製品はこの機能をほぼ備えており、比較記事でも必ず紹介されています。ところが、経理の現場で手作業が残るのは照合の後ろ、つまり帳簿への記載と仕訳の税区分です。

この記事では、適格請求書（インボイス）の要件を、経費精算の入力・保存・仕訳の3工程でどう満たすかを整理します。3万円未満の鉄道運賃や出張旅費等の帳簿のみ保存の特例、少額特例の1万円未満の判定、立替金精算書、2026年10月から70%に下がった経過措置の税区分まで、国税庁のインボイスQ&Aにもとづいて解説します。制度そのものの全体像は適格請求書（インボイス）とは？2026年10月の控除変更と企業のシステム対応にまとめた内容を参照してください。

まとめ：経費精算システムのインボイス対応は照合機能より仕訳と帳簿の記載まで通るかで決まる

結論から書きます。経費精算システムのインボイス対応は、次の3点が設定だけで通るかで判断してください。

特例の摘要：帳簿のみ保存の特例に当たる明細に「3万円未満の鉄道料金」などの該当する旨を自動で残せる
経過措置の税区分：登録の無い相手からの仕入れを、課税仕入れの日付で80%と70%に振り分けて仕訳を出せる
立替の証跡：取引先や従業員の立替払いを、立替金精算書と元の請求書をひも付けて保存できる

登録番号の照合は、この3点の入口にすぎません。照合の結果が税区分と帳簿の記載に反映されなければ、経理は毎月の締めで手直しを続けることになります。製品の設定で3点が通らず、原因が会計システムの税区分の持ち方にある場合は、経費精算の製品を替えるより会計側を直すほうが早く片づきます。

経費精算でインボイス制度が効く場面を領収書の種類と金額帯で切り分ける

適格請求書と適格簡易請求書の違いが宛名と記載事項の確認に及ぶ範囲

経費精算で受け取る証憑の大半は、小売店や飲食店、タクシーが発行するレシートです。これらの業種は適格簡易請求書（簡易インボイス）を交付でき、受け手の氏名や名称、つまり宛名の記載が要りません。従業員が個人で受け取ったレシートでも、記載事項がそろっていれば会社の仕入税額控除に使えるのはこのためです。

一方、ホテルの請求書や取引先からの請求書は通常の適格請求書で、宛名が会社名になっているかを確かめる必要が出てきます。システム側で区別すべきは、証憑が簡易インボイスか通常のインボイスか、という1点です。この区別をOCRの読取結果に持たせておくと、宛名の確認が要る明細だけを経理に回せます。

3万円未満の鉄道運賃や出張旅費等は帳簿のみの保存で控除できる特例

インボイス制度の下でも、請求書等の保存が要らない取引があります。国税庁のインボイスQ&A 問104（令和8年5月改訂）は、一定の事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる取引として10の類型を挙げています。経費精算に関係するのは、おもに次の3つです。

適格請求書の交付義務が免除される3万円未満の公共交通機関による旅客の運送
3万円未満の自動販売機・自動サービス機からの購入等
従業員等に支給する通常必要と認められる出張旅費等（出張旅費、宿泊費、日当、通勤手当）

交通費と出張旅費は経費精算の件数の多くを占めます。この2つが特例で処理できるかどうかで、領収書の回収と確認の手間は大きく変わる。ただし、特例は「帳簿に一定の事項を書く」ことが条件で、書かなければ控除の要件を満たしません。その記載をシステムで自動化する方法は次の章で扱います。旅費規程や日当の扱いは旅費精算とは：仮払と事後精算の流れ・日当の税務・規程チェックのシステム化で解説しました。

3万円の判定で切符1枚ではなく1回の取引の税込価額を使うルール

公共交通機関の特例でつまずきやすいのが金額の判定単位です。問43は、3万円未満かどうかを1回の取引の税込価額で判定し、切符1枚ごとや月まとめの金額では判定しないと明記しています。例として、大人運賃13,000円の新幹線を4人分購入した場合は52,000円で判定する、とあります。

経費精算では、出張の同行者分をまとめて1人が購入するケースがこれに当たります。申請画面で人数分を1枚ずつ別明細に分けると、システム上はすべて3万円未満に見えてしまう。購入単位で金額を判定し、3万円以上なら適格請求書の添付を求める入力チェックが必要です。

少額特例の1万円未満は基準期間の課税売上高1億円以下の事業者に限る

もう一つの特例が少額特例です。問111によると、基準期間の課税売上高が1億円以下、または特定期間の課税売上高が5千万円以下の事業者は、令和5年10月1日から令和11年9月30日までの課税仕入れのうち、税込1万円未満のものについて帳簿のみの保存で控除を受けられます。相手が登録事業者かどうかは問いません。

注意したいのは、対象が事業者の規模で決まる点です。基準期間の課税売上高が1億円を超える会社では使えません。もう一つ、判定は1回の取引の税込金額で行います。国税庁の少額特例の概要には、5,000円と7,000円の商品を同時に買った場合（合計12,000円）は対象外という例が載っています。少額特例を使える会社であっても、経費精算システムの設定では「明細1行が1万円未満」ではなく「1回の支払いが1万円未満」を条件にしてください。

経費精算システムのインボイス対応を入力・保存・仕訳の工程別に設計する

入力工程では登録番号のOCR読取と公表システムWeb-APIの照合を入口に置く

入力工程の役割は、証憑の発行者がインボイス発行事業者かどうかを確定させることです。国税庁の適格請求書発行事業者公表システムWeb-API機能は、登録番号を指定した照会や、期間を指定した更新（差分）情報の取得に対応しています。利用には無料のアプリケーションIDの発行が必要です。

主要な経費精算システムは、この照合を製品の機能として持っています。自社で同じ仕組みを作り込む必要はまずありません。確かめるべきは照合の結果の行き先で、照合できなかった明細が「登録なし」の税区分へ自動で振られるのか、経理の確認待ちとして止まるのかを見てください。登録番号の桁や法人番号との関係はインボイス登録番号と法人番号の違いで扱っています。

保存工程では特例に該当する旨と相手方の住所を摘要へ自動で残す

帳簿のみ保存の特例を使うには、通常の記載事項に加えて追加の記載が要ります。問110は、特例のいずれかに該当する旨と、仕入れの相手方の住所または所在地の記載を求めています。ただし住所は、3万円未満の公共交通機関、自動販売機、出張旅費等では不要です。

経費精算の明細	該当する旨の記載例	住所の記載
3万円未満の鉄道運賃	3万円未満の鉄道料金	不要
自動販売機での購入	自販機	不要
出張旅費・日当	出張旅費等	不要
少額特例の対象	記載不要	通常どおり

対照的なのが少額特例で、問111は帳簿に少額特例の適用がある旨を書く必要はないとしています。特例ごとに摘要の要否が違うため、申請者に手書きさせると漏れが出ます。費目と金額から特例の種類を判定し、仕訳の摘要へ定型文を自動で付ける設定ができるかを確かめてください。出張旅費等の記載例は国税庁資料の例示ではないため、自社の顧問税理士と文言を決めておくと安心です。

仕訳工程では2026年10月からの経過措置70%を課税仕入れの日付で切り替える

登録の無い事業者からの仕入れは、経過措置で一定割合を控除できます。国税庁の令和8年度税制改正特集によると、控除できる割合は令和8年10月から2年間70%、令和10年10月から2年間50%、令和12年10月から1年間30%となり、令和13年10月以降は0%です。改正前は80%でした。

割合は課税仕入れの日付で決まります。9月30日に免税事業者の飲食店で支払った会食費は80%、10月1日の支払いは70%です。申請日や承認日で判定する製品だと、月をまたいで申請された明細の税区分がずれる。仕訳の税区分コードを「経過措置80%」「経過措置70%」と分け、利用日で自動的に振り分けられるかを確かめてください。割合はこの先も2回変わるため、マスタの追加だけで済む作りかどうかも見ておきたいところです。

同じ特集は、一の登録事業者以外の者からの課税仕入れが年または事業年度で税込1億円（改正前10億円）を超えた部分に経過措置を使えないとしています。この限度の適用対象は、令和8年10月1日以後に開始する課税期間です。経費精算の明細で1億円に届くことはまれですが、外注費を同じ会計システムで処理している会社は、相手先別の累計を会計側で持てるかを確認しておく必要があります。

立替金と取引先の立替払いを経費精算システムで処理するときの保存要件

取引先の立替払いは立替金精算書と適格請求書の組合せで保存要件を満たす

取引先に経費を立て替えてもらった場合、支払先が発行する適格請求書の宛名は立替えた取引先の名前になります。問94（令和6年4月改訂）は、この請求書をそのまま受け取っても自社宛の適格請求書にはならないとしたうえで、立替えた側が作る立替金精算書等で自社の仕入れであることが明らかなら、適格請求書と精算書の保存で要件を満たすと説明しています。

システムで求められるのは、1件の立替に「元の適格請求書（またはそのコピー）」と「立替金精算書」の2つの証憑をひも付けて保存する機能です。証憑を1明細に1枚しか添付できない製品では、精算書だけが残り、元の請求書が別のフォルダに散らばります。税務調査で両者を突き合わせられる状態かどうかを、PoCの段階で確かめてください。

複数社分の一括立替は精算書のみの保存で足りるが記載事項が増える

問94には、複数社分の経費を1社がまとめて立替払いし、請求書のコピーの交付が難しい場合の扱いも載っています。この場合、立替えを受けた側は、立替えた側が作る精算書の保存だけで控除を受けられます。その代わり、精算書には支払先が登録事業者かどうか、税率ごとの区分、負担割合であん分した消費税額等を記載しなければなりません。

共同出展の展示会費用やビルの共益費など、立替えが定期的に発生する会社では、この精算書を受け取る側の処理を定型化しておくと効きます。精算書の明細を支払先ごとに分けて取り込み、登録番号の有無で税区分を振り分けられるか。この確認を省くと、精算書1枚を1明細で計上してしまい、登録の無い支払先の分まで全額控除する誤りが起きます。

一創の判断：パッケージの設定で通る範囲と会計側の税区分を直す範囲

特例の摘要と経過措置の切替が設定で通るならパッケージの機能で決めてよい

受託開発を手がける立場から見ても、まとめで挙げた3点が製品の設定だけで通るなら、その製品で決めるべきです。制度改正への追随はパッケージの提供側が引き受けてくれます。経過措置の割合は令和10年10月と令和12年10月にも変わるため、自社で作り込んだ仕組みは改正のたびに改修費がかかります。製品の候補を比べる進め方は経費精算システムの選び方：棚卸し・要件化・PoCの3工程で候補を1社に絞る手順で、経過措置の切替を必須要件に入れる手順とあわせて示しました。

見送るべきなのは、登録番号の照合だけを目的に独自の仕組みを作ることです。公表システムのWeb-APIは無料で使えますが、照合は主要な製品がすでに持っている機能で、作っても差は出ません。費用をかけるなら照合の後ろ、税区分と帳簿の側に向けてください。

会計システムが経過措置の割合や特例の区分を受けられないなら会計側を改修する

経費精算の製品が税区分を正しく出しても、受け取る会計システムがその区分を持っていなければ意味がありません。古い会計パッケージや自社開発の会計システムでは、経過措置の税区分が80%の1種類しか無い、摘要の文字数が足りず特例の記載が切れる、といった食い違いが起こりえます。この場合、経費精算の製品を替えても解決しない。

原因が会計側にあるなら、税区分マスタの追加、取込時の変換、相手先別の累計の保持を会計システム側で手当てするほうが総額は小さく収まります。会計システムの税区分の再設計や取込の改修は会計・経理システム開発で扱っている領域です。経費精算システム全体の機能の構成は経費精算システムとは？機能・比較の観点と電帳法・インボイス対応を解説で確認できます。

よくある質問

経費精算システムのインボイス対応について、経理と情報システムの担当者からよく寄せられる質問に答えます。

従業員が受け取ったレシートの宛名が空欄でも控除できますか？

小売店や飲食店、タクシーなどが交付する適格簡易請求書であれば、受け手の宛名の記載は要りません。登録番号や税率ごとの金額など、簡易インボイスの記載事項がそろっていれば控除の要件を満たします。一方、ホテルの宿泊費の請求書などが通常の適格請求書として交付される場合は、宛名を会社名で受け取るよう、出張の申請時に案内しておくと差戻しを減らせます。

経費精算システムを入れればインボイス対応は完了しますか？

製品を入れただけでは完了しません。登録番号の照合や証憑の保存は製品が担いますが、帳簿のみ保存の特例に当たる明細の摘要、経過措置の税区分の振り分け、会計システムへの仕訳の受け渡しは、自社の設定と会計側の準備しだいです。導入時には、免税事業者の領収書を含む実データを流し、仕訳の税区分と摘要が意図どおりに出るかを確かめてください。

交通系ICカードの利用履歴だけで交通費を精算できますか？

鉄道やバスの運賃で、1回の取引の税込価額が3万円未満なら、公共交通機関の特例により帳簿のみの保存で控除できます。その際、帳簿に「3万円未満の鉄道料金」のような特例に該当する旨を記載する必要があります。ICカードの履歴を取り込んで明細を作る機能と、摘要へ該当する旨を自動で付ける機能の両方がそろっているかを確かめてください。

少額特例を使える会社かどうかはどう判断しますか？

基準期間（法人なら前々事業年度）の課税売上高が1億円以下か、特定期間（前事業年度開始の日以後6月）の課税売上高が5千万円以下なら対象です。特定期間の判定は、納税義務の判定と違って給与支払額では代えられません。対象期間は令和11年9月30日までの課税仕入れなので、システムの設定は期限で自動的に外れるようにしておくと、切れた後の誤適用を防げます。

無料の経費精算システムでもインボイスに対応できますか？

登録番号の読取や照合までは無料プランでも備える製品があります。ただ、経過措置の税区分の切替、特例の摘要の自動付与、会計システムへの仕訳連携は有料プランに限られることが多く、無料の範囲で運用すると手作業が残ります。無料プランで足りる境界は経費精算システムを無料で使える範囲で、電子帳簿保存法の保存要件とあわせて整理しました。