インボイス2割特例の終了後はどうなる？法人・個人別の切替先と簡易課税の届出期限、会計システムの設定変更【2026年10月】

インボイス制度の2割特例は、令和8年9月30日を含む課税期間を最後に使えなくなります。個人事業者は令和8年分の確定申告が最後で、法人の最終期は決算月によって令和9年までずれ込む仕組みです。終了後の選択肢は法人と個人で異なり、法人は一般課税か簡易課税、個人は令和9年分と令和10年分に限って3割特例も選べます。この記事では、決算月別の最終期、方式ごとの納付税額の試算、簡易課税選択届出書の期限、そして課税方式の切替に合わせて会計・請求システムで変える設定を順に扱います。

まとめ：2割特例の終了後は法人と個人で切替先が分かれ、届出と会計システムの設定を同じ期に直す

2割特例の終了で決めることは2つです。どの方式で申告するかと、その方式に合わせて帳簿とシステムをいつ切り替えるか。前者は業種のみなし仕入率でほぼ決まり、卸売・小売のように率が70%を超える業種は簡易課税、サービス業や不動産業のように70%を下回る個人事業者は3割特例が有利です。

簡易課税へ移る場合、2割特例を使った翌課税期間に限って、届出書の期限がその期の申告期限まで延びます。この移行措置を使えば、期首の前日までに慌てて出す必要はありません。ただし届出を後回しにしても、売上を事業区分ごとに分ける記帳は期首から始めておかないと、申告時に区分の根拠が残りません。

システム側の作業は、会計ソフトの課税方式の切替、売上明細への事業区分の付与、一般課税に戻る場合の仕入先の登録番号照合の3系統です。どれも翌期の期首に間に合わせる作業で、届出の期限から逆算すると遅れます。

インボイス2割特例が終わる時期、令和8年9月30日を含む課税期間と決算月別の最終期

2割特例は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日を含む課税期間に使える経過措置です。終わり方は「日付」ではなく「課税期間」で決まります。

個人事業者の最終適用は令和8年分の確定申告、令和9年3月の申告が最後の回

個人事業者の課税期間は暦年です。令和8年9月30日を含むのは令和8年分なので、令和9年3月に提出する令和8年分の消費税申告が、2割特例を使える最後の申告になります。国税庁の令和8年度税制改正特集も、2割特例を「令和8年9月30日が属する課税期間まで」と明記しています。

令和8年度税制改正で2割特例そのものの延長は行われていません。代わりに個人事業者向けの3割特例が新設されたため、個人と法人で終了後の道筋が分かれました。

決算月で変わる法人の最終期、3月決算は令和9年3月期・12月決算は令和8年12月期

法人は事業年度が課税期間になるため、決算月ごとに最終期が異なります。令和8年9月30日を含む事業年度までが対象なので、3月決算法人は令和8年4月1日から令和9年3月31日までの令和9年3月期が最後です。国税庁の2割特例の特設ページでも、法人の適用期として令和9年3月期までが例示されています。

届出期限は、終了後の最初の期の確定申告期限（決算日から2か月）で計算しています。3月決算について表に記載した日付は、国税庁が示している例示と同じです。申告期限の延長特例を受けている法人は、延長後の期限が届出の期限になります。9月決算法人は、2割特例の終了が令和8年9月期で、すでに翌期に入っている点に注意してください。

2割特例の終了後に選べる税額計算方式、一般課税・簡易課税・3割特例の違いと対象者

終了後の選択肢は3つありますが、全員が3つから選べるわけではありません。法人と個人で入口が違います。

法人は一般課税か簡易課税の二択、3割特例は個人事業者に限られる制度

3割特例の対象は、インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった個人事業者だけです。国税庁の特集ページは「法人は3割特例を適用できません」と明記しています。法人は、仕入税額を実額で計算する一般課税か、みなし仕入率で計算する簡易課税のどちらかを選ぶことになります。

簡易課税を選べるのは、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の課税期間に限られます（タックスアンサーNo.6505）。2割特例を使っていた法人は基準期間の売上が1,000万円以下なので、この上限で弾かれることはまずありません。

個人事業者の3割特例は令和9年分と令和10年分、基準期間1,000万円以下が条件

3割特例は、納付税額を売上税額の3割とする経過措置です。対象は令和9年分と令和10年分の2年分で、要件は個人事業者であること、基準期間（2年前）の課税売上高が1,000万円以下であること、インボイス発行事業者であることの3点。事前の届出は要らず、申告書で選択します。

2割特例と同じく、売上が1,000万円を超えて本来の課税事業者になった年には使えません。売上1,000万円を超えたときの納税開始時期と納税額の目安は、個人事業主が売上1000万円を超えたときの消費税と2割特例の期限を整理した記事で扱っています。令和11年分以降は3割特例もなくなり、個人も一般課税か簡易課税の二択に戻ります。

3割特例を使えない課税期間、問115-2が挙げる高額特定資産の取得など8つの例外

個人事業者でも、3割特例を使えない課税期間があります。国税庁のインボイスQ&Aの問115-2（令和8年4月追加）は8つの場合を挙げています。実務で当たりやすいのは次の3つです。

• 特定期間（前年1〜6月）の課税売上高による免税点の制限を受ける課税期間
• 一般課税で高額特定資産（税抜1,000万円以上の棚卸資産・調整対象固定資産）を仕入れた後、免税点が制限される課税期間
• 課税期間を1か月または3か月に短縮する特例を受けている課税期間

前年上半期の売上が伸びた事業者は1つ目に、設備を一般課税で買った事業者は2つ目に該当しやすくなります。3割特例を前提に資金計画を立てる前に、この一覧と自分の前年・前々年の数字を照らし合わせてください。

税込880万円の売上で比べる納付税額、2割特例・3割特例・簡易課税・一般課税の試算

方式の選び方は、試算を1回並べると判断がつきます。ここでは税込880万円（税抜800万円）の売上がある事業者を例に、国税と地方消費税を合わせた概算で比べます。

業種のみなし仕入率で逆転する境目、3割特例と簡易課税が一致する70%

売上税額は800万円の10%で80万円です。2割特例なら16万円、3割特例なら24万円になります。簡易課税は事業区分ごとのみなし仕入率で控除額が決まり、納付税額は次のとおりです。

3割特例は、みなし仕入率70%の簡易課税と同じ結果になります。第1種・第2種の個人は簡易課税のほうが安く、国税庁が問117-3で小売業の個人に勧めているのも簡易課税です。逆に、受託開発やデザインなどサービス業（第5種）の個人は、3割特例のほうが16万円少なく済みます。法人は3割特例がないため、第5種の法人は2割特例の16万円から簡易課税の40万円へ、納付額が2.5倍に増えます。

一般課税が有利になる年、設備投資で仕入税額が売上税額を上回る還付の場面

一般課税の納付税額は、売上税額から実際に支払った仕入税額を引いて決まります。同じ例で、インボイス発行事業者からの課税仕入れが税抜300万円なら、控除は30万円で納付は50万円です。経費率が低いサービス業では、一般課税は簡易課税より重くなるのが通常です。

例外は、売上税額を上回る設備投資をした年です。一般課税なら差額が還付されますが、簡易課税と3割特例では還付が生じません（問117-3）。簡易課税は2年間やめられないため、翌期や翌々期に車両・設備・システムの大型購入を予定しているなら、その年を一般課税で迎えられるように届出の時期を決めます。

簡易課税選択届出書の提出期限、2割特例適用の翌課税期間だけ申告期限まで延びる移行措置

簡易課税を選ぶには「消費税簡易課税制度選択届出書」が必要です。期限には通常のルールと、2割特例・3割特例の利用者向けの移行措置の2つがあります。

通常は課税期間の初日の前日まで、移行措置では翌課税期間の確定申告期限まで

通常、簡易課税の届出は適用を受けたい課税期間の初日の前日までに出します。12月決算法人が令和9年12月期から使うなら、令和8年12月31日が期限です。

2割特例か3割特例を使った課税期間の翌課税期間に限っては、その翌課税期間の確定申告期限までに届け出れば、その期から簡易課税を使えます。期中や期末を過ぎてからでも、申告前に業種別の試算を見てから選べる仕組みです。この取扱いは国税庁の特集ページとQ&A問117-3の両方に記載があります。

3月決算法人は令和10年5月31日、個人は3割特例後の令和12年4月1日が期限の例

国税庁が届出期限について示している具体例は、次の2つです。令和9年3月期を2割特例で申告した3月決算法人は、令和10年5月31日までに届け出れば令和10年3月期から簡易課税で申告できます。令和10年分を3割特例で申告した個人事業者は、令和12年4月1日が期限で、令和11年分から簡易課税に移れます。

個人が令和8年分を2割特例で申告し、令和9年分から簡易課税を使う場合は、令和10年3月31日が期限になります（国税庁リーフレット（令和8年9月））。3割特例と簡易課税で結果が同じになる第3種の個人は、急いで届け出る理由がありません。

簡易課税の2年継続と基準期間5,000万円の上限、届出前に確かめる2点

簡易課税は、適用を始めた課税期間の初日から2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ、やめる届出を出せません。事業を廃止した場合を除き、最低2期は続くと考えてください。

もう1点は売上の伸びです。基準期間の課税売上高が5,000万円を超えた課税期間には、届出が出ていても簡易課税は使えず一般課税になります。売上が2年で5倍になる計画の会社は、その年の帳簿を一般課税の水準で付けておかないと、切り替わった年に仕入側の証憑が足りなくなります。

2割特例の終了で変わる会計・請求システムの設定、課税方式と事業区分の切替作業

2割特例は売上税額だけで納付税額が決まるため、売上の内訳も仕入側のインボイスも税額計算に使いませんでした。終了後はどの方式を選んでも、システムに持たせる情報が増えます。

会計ソフトの課税方式設定、終了後の最初の期首に合わせて切り替える手順

会計ソフトの多くは、事業年度ごとに課税方式（一般課税・簡易課税・2割特例など）を設定し、それに応じて消費税申告書の集計を変えます。切替は次の順で進めると、期中の仕訳を直す手戻りが出ません。

1. 2割特例の最終期の申告を、2割特例の設定のまま締める
2. 終了後の最初の期の会計期間を作り、課税方式を選んだ方式に変える
3. 簡易課税なら、売上の勘定科目や補助科目に既定の事業区分を設定する
4. 一般課税なら、仕入・経費科目の税区分を、適格請求書あり／経過措置の控除割合ありで分ける
5. 期首の数日分の仕訳で、申告書の試算画面に区分どおりの金額が出るか確かめる

移行措置で届出を申告期限まで遅らせる場合でも、会計ソフトの設定は期首に済ませておきます。届出の前に一般課税と簡易課税の両方で試算できるのは、期首から区分を付けた帳簿があるときだけです。

簡易課税で必要になる売上の事業区分、請求・販売システムに区分コードを持たせる設計

簡易課税では、2種類以上の事業を営む場合に売上を事業区分ごとに分けて計算します。区分していない売上には、営む事業のうち最も低いみなし仕入率が適用されます（タックスアンサーNo.6505）。卸売（90%）と修理などのサービス（50%）を兼ねる会社が区分を怠ると、卸売分まで50%で計算されます。

区分の根拠は請求書や売上明細の単位で残すのが確実です。品目マスタや売上種別に事業区分コードを持たせ、請求データから会計へ仕訳を連携する時点で区分が付いて流れる形にします。既存の請求システムにこの項目が無い場合の選び直しの観点は、請求書発行システムを会計連携とパッケージ／受託の軸で選ぶ記事が参考になります。

一般課税に戻る会社が整える仕入側の管理、登録番号の照合と経過措置70%・1億円制限

一般課税では、仕入税額控除にインボイスの保存が必要になります。免税事業者など登録のない相手からの仕入れは、令和8年10月1日から令和10年9月30日までは70%、その後は50%、30%と段階的に控除割合が下がります。さらに令和8年10月1日以後に開始する課税期間から、同じ相手からの課税仕入れが年間1億円（改正前10億円）を超える部分には経過措置が使えません。

システムでは、取引先マスタに登録番号と照合日を持たせ、仕訳ごとに控除割合の区分を付けて集計します。経過措置の区分と切替日をまたぐ取引の扱いは適格請求書と2026年10月の控除変更をまとめた記事、経費精算から仕訳まで70%区分を通す要件は経費精算システムのインボイス対応の記事で詳しく扱っています。

システム改修を外注に出す判断、売上明細に事業区分を持たない自社開発の販売管理

市販の会計ソフトとクラウド請求書だけで回している事業者は、設定変更で足ります。外注を検討するのは、自社開発の販売管理や基幹システムから会計へ仕訳を連携している会社です。売上明細に事業区分の項目が無い、仕入先マスタに登録番号の列が無い、連携の仕訳に税区分が1種類しか無い、のいずれかに当たれば、項目追加と連携仕様の変更が必要になります。

改修の期限は終了後の最初の期首です。3月決算法人なら令和9年4月1日、12月決算法人ならすでに令和9年1月1日が迫っています。販売管理と会計の連携部分の改修や、課税方式の切替に合わせた経理システムの作り直しは、会計・経理システム開発で相談を受けています。

簡易課税に切り替えない方がよい事業者と、登録を続けるか見直す判断の条件

試算で簡易課税が安く見えても、選ばない方がよい場面があります。判断を誤ると2年間戻れません。

簡易課税を見送る条件、第4〜6種中心の個人と還付が見込める設備投資の年

第4種から第6種が売上の中心の個人事業者は、令和9年分と令和10年分は簡易課税を選びません。3割特例より納付税額が多くなるだけで、得るものがないからです。この2年は3割特例で申告し、令和11年分に向けて令和12年4月1日までに改めて判断すれば足ります。

2年以内に、支払う消費税が売上税額を上回るほどの設備投資を予定している事業者も、簡易課税を見送ります。還付が出るのは一般課税だけです。反対に、卸売・小売が中心で大型投資の予定がない事業者は、迷わず簡易課税に移ってください。

登録を続けるか見直すかは取引先の構成で決まる、BtoB中心なら登録を続ける

2割特例の終了を機に、インボイス登録をやめて免税事業者に戻ることを考える個人もいます。判断基準は売上先の構成です。売上の大半が課税事業者向けなら、相手の控除割合が令和8年10月から70%に下がる影響は値引き要請として返ってくることがあるため、登録を続けた方が取引条件を守れます。

売上の大半が消費者向けなら、登録の必要性は低くなります。ただし登録をやめても、課税事業者を選択していた場合の2年継続など、すぐ免税に戻れない条件があります。取消の手続と期限は、前掲の売上1000万円ラインの記事が扱う範囲です。

よくある質問

2割特例の終了について、検索で多い質問をまとめます。

インボイスの2割特例はいつ終了しますか？

令和8年9月30日を含む課税期間で終了します。個人事業者は令和8年分の確定申告（令和9年3月提出）が最後です。法人は決算月で異なり、3月決算は令和9年3月期、12月決算は令和8年12月期、9月決算は令和8年9月期が最後の適用期になります。令和8年度税制改正で2割特例そのものは延長されず、個人事業者向けに3割特例が新設されました。

2割特例の終了後、法人は3割特例を使えますか？

使えません。3割特例は、インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった個人事業者に限った制度で、国税庁の令和8年度税制改正特集も法人は対象外と明記しています。法人が申告に使える方式は、一般課税か簡易課税のいずれかです。2割特例を使っていた法人なら、翌期の申告期限までに簡易課税選択届出書を出せば、その期から簡易課税を使えます。

3割特例と簡易課税はどちらが得ですか？

みなし仕入率で決まります。3割特例はみなし仕入率70%の簡易課税と同じ納付税額になるため、卸売業（90%）と小売業（80%）は簡易課税、サービス業（50%）や不動産業（40%）は3割特例が有利です。製造業や建設業（70%）は同額です。設備投資で還付が見込める年は、どちらでもなく一般課税を検討します。

簡易課税選択届出書はいつまでに出せばよいですか？

通常は適用したい課税期間の初日の前日までです。2割特例か3割特例を使った課税期間の翌課税期間に限り、その翌課税期間の確定申告期限まで延びます。個人が令和8年分で2割特例を使い、令和9年分から簡易課税にするなら令和10年3月31日、3月決算法人が令和9年3月期で2割特例を使ったなら令和10年5月31日が期限です。

2割特例の終了で会計ソフトの設定は何を変えますか？

終了後の最初の期について必要なのは、選んだ課税方式に合わせて会計ソフトの設定を切り替える作業です。簡易課税なら売上の科目や品目に事業区分を設定し、区分していない売上が最も低いみなし仕入率で計算されないようにします。一般課税なら、仕入・経費の税区分を、適格請求書ありと経過措置70%に分け、取引先マスタに登録番号を持たせます。

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