人事管理システムを中小企業が選ぶ基準：従業員数で増える法定の人事データとExcel台帳からの段階導入

従業員30名の会社と120名の会社では、法令上そろえておくべき人事データの項目が違います。中小企業の人事管理システム選びで迷う原因の多くは、製品の機能一覧から考え始めてしまうことです。本稿では、労働者名簿と賃金台帳の法定項目を起点に、従業員数10人・30人・37.5人・50人・100人・101人の線で増える義務と必要な機能を対応づけます。そのうえで、Excelの人事台帳から移す順番と時期、月額費用の上限の置き方、SaaSで足りる会社と開発を検討する会社の線引きまでを示す構成です。人事管理システムの定義や種類は人事管理システムとは？機能・種類・労務やタレマネとの違いと導入判断で扱っています。

まとめ｜中小企業の人事管理システムは法定の人数ラインと台帳の移行順で決める

結論から書きます。中小企業が人事管理システムに求める機能は、会社の規模感ではなく、どの法定の人数ラインをまたいでいるかで決まるものです。常時10人以上なら就業規則、37.5人以上なら障害者の雇用義務、事業場ごとに50人以上なら衛生管理者とストレスチェック、101人以上なら女性活躍の情報公表が加わり、そのたびに人事データの項目が増えます。

移行は一度に全部やりません。労働者名簿にあたる基本情報から始め、入退社手続き、マイナンバーと扶養、評価やスキルの順に広げます。切り替えの時期は、7月の算定基礎届と11月から12月の年末調整を避けて決めてください。

費用は「従業員1人あたりの月額×人数」で出し、削減できる作業時間に時給を掛けた額を上限にします。上限を超えるなら機能を削り、それでも業務に合わないと分かった段階で、足りない箇所だけを作る開発を比べます。

Excelの人事台帳が中小企業で限界になるのは人数より法定の線をまたぐとき

Excelの台帳でも、法令上の記録義務そのものは満たせます。問題は、人数が増えるにつれて持つべき項目と更新する人が増え、1枚のシートで管理しきれなくなる点です。

労働者名簿と賃金台帳は従業員1人から全事業場に作成と5年保存の義務

人事管理の土台は、労働基準法が定める2つの帳簿です。107条で事業場ごとに労働者名簿を、108条で賃金台帳を作ることが求められ、109条でこれらを5年間保存する義務があります。附則143条により、保存期間は当分の間3年とされています。人数による免除はありません。

記入事項は労働基準法施行規則の53条と54条に並んでいます。労働者名簿は氏名・生年月日・履歴に加えて、性別、住所、従事する業務の種類、雇入れの年月日、退職の年月日と事由（解雇なら理由も）、死亡の年月日と原因です。常時30人未満の事業では「従事する業務の種類」の記入は不要とされています。

人事管理システムを選ぶときは、この法定項目を最初の列として持てるか、退職者のデータを保存期間のあいだ消さずに残せるかを確かめてください。

中小企業基本法の定義は業種で50人以下から300人以下まで幅がある

製品の「中小企業向け」という表記は、法律上の中小企業の範囲とは一致しません。中小企業庁の定義では、製造業その他は資本金3億円以下または従業員300人以下、卸売業とサービス業は従業員100人以下、小売業は従業員50人以下です。資本金と従業員数は「又は」で結ばれているため、どちらか一方を満たせば中小企業にあたります。

同じ中小企業でも、従業員280人の製造業と従業員15人のサービス業では、必要な人事データがまるで違います。製品のパンフレットにある対象規模ではなく、自社の人数と事業場の数から要件を書き出すほうが確実です。

台帳が崩れ始める合図は更新者が2人以上になり履歴が上書きされるとき

Excel台帳が破綻する時点は、人数よりも運用の形で分かります。総務の1人が更新しているうちは、多少列が増えても回ります。崩れるのは、拠点の担当者や上長も書き込むようになり、ファイルのコピーが複数できたときです。

もう1つの合図は、異動や昇給のたびに古い値を上書きしていることです。Excelの1行1人の形では、いつ所属が変わったかという履歴が残りません。後述する障害者雇用の報告や女性管理職比率の集計では、ある時点の在籍者と役職を正確に数える必要があるため、履歴を持てない台帳は人数ラインをまたいだ時点で作業が一気に重くなります。

従業員数10人・30人・37.5人・50人・100人・101人で増える人事データと機能要件

中小企業の人事管理システムで必要な機能は、次の人数ラインで段階的に増えます。人数の数え方が企業単位か事業場単位かも義務によって違うので、表の右端で区別しています。

実務でまず押さえるのは「数える単位」です。全社で80人でも、本社60人と工場20人に分かれていれば、50人以上の義務がかかるのは本社だけになります。人事管理システムに事業場（拠点）ごとの人数を出す機能がないと、この判定を毎回手で数えることになります。

10人から30人の会社は名簿と雇用契約と就業規則の版を一か所にまとめる

常時10人以上の労働者を使う事業場では、労働基準法89条により就業規則を作って労働基準監督署へ届け出る義務があります。この規模で人事管理システムに求める役割は、労働者名簿の法定項目、雇用契約書、適用している就業規則の版を、従業員ごとに一か所で引けるようにすることです。

人事評価や人材分析の機能は、この段階では払う理由が薄いでしょう。入退社の書類を電子で受け取り、名簿を自動で作れる労務手続き寄りの製品で足ります。手続き系の機能範囲は労務管理システムとは？機能・勤怠管理との違いと比較の観点で整理しています。

37.5人以上は障害者雇用の算定に雇用区分と週の所定労働時間が要る

厚生労働省の事業主向けページでは、民間企業の法定雇用率は2.7%で、従業員を37.5人以上雇う事業主は障害者を1人以上雇用しなければならないと示されています。2.7%への引き上げは2026年7月からで、それまでの対象は40.0人以上でした。

雇用率の算定では、週の所定労働時間によって1人の数え方が変わります。人事管理システムには、雇用区分と週の所定労働時間を履歴つきで持たせ、障害者手帳の種類や等級は閲覧できる人を絞った項目に分けて入れてください。毎年6月1日時点の雇用状況を報告するときに、この2つがそろっていれば集計は数分で終わります。

50人を超える事業場では健康情報を人事データと分けて扱う設計が要る

常時50人以上の事業場は、衛生管理者と産業医の選任、ストレスチェックの実施が必要です。厚生労働省のこころの耳によれば、令和7年の労働安全衛生法改正により、50人未満の事業場でもストレスチェックが令和10年（2028年）4月1日から義務になります。小規模事業場向けの実施マニュアルは2026年2月に公表されました。

ここで気をつけたいのが健康情報の扱いです。ストレスチェックの個人の結果は、本人の同意なしに事業者へ渡すことはできません。人事管理システムに健康診断やストレスチェックの項目を入れるなら、人事評価を見る管理職からは閲覧できない権限設定が必須です。権限を項目単位で分けられない製品では、健康情報は別のサービスに置いたほうが安全です。

100人前後はマイナンバーの安全管理措置で中小規模事業者の特例が外れる

マイナンバーの扱いは、従業員100人を境に求められる水準が変わります。個人情報保護委員会の特定個人情報ガイドライン（事業者編）は、従業員の数が100人以下の事業者を中小規模事業者とし、責任者と事務取扱担当者を分ける、責任ある立場の者が定期的に点検するといった簡略な対応方法を認めています。ただし、委託を受けて個人番号関係事務を業として行う事業者などは、100人以下でも特例の対象外です。

100人を超えると、特例ではなく通常の安全管理措置が必要になります。人事管理システム側では、マイナンバーを見られる担当者を個別に指定できるか、誰がいつ閲覧したかの記録を残せるかを確認してください。今は80人でも、採用計画で2年後に100人を超えるなら、この要件を最初から選定条件に入れておくと乗り換えずに済みます。

101人以上は2026年4月から男女間賃金差異と女性管理職比率の公表が義務

厚生労働省のリーフレットによれば、改正女性活躍推進法により、2026年4月1日から常時雇用する労働者が101人以上の企業に、男女間賃金差異と女性管理職比率の公表が義務づけられました。100人以下の企業は努力義務です。

公表値を出すには、性別、雇用区分、管理職かどうかの区分、年間の賃金総額を従業員ごとに突き合わせる必要があります。賃金は給与計算システム側にあることが多いため、人事管理システムと給与計算の従業員番号が一致しているかが作業量を左右します。給与側の選び方は給与計算システムとは？機能・種類・比較の観点から個別開発の判断までで扱いました。

Excel台帳から人事管理システムへ移す段階導入の手順と切り替え時期の決め方

Excelから移すときの失敗は、全部の列を一度に移そうとして、どの値が正しいのか誰も分からなくなることです。段階を分け、1段階ごとにExcelの更新を止めていきます。

台帳の列を法定項目・社内で使う項目・もう使わない項目の3つに仕分ける

移行の最初の作業は、データを入れることではなく、今のExcel台帳の列を仕分けることです。労働者名簿の法定項目にあたる列、社内の運用で使っている列（内線番号、通勤経路、資格など）、誰も更新していない列に分けます。

中小企業の台帳では、過去の担当者が足した列が数十列に膨らみ、半分近くが空欄という状態も珍しくありません。誰も更新していない列は移さないと決めるだけで、移行の作業量とシステム側の項目設計が大きく減ります。法定項目は施行規則53条の並びに合わせて名前をそろえておくと、後で名簿を出力するときに迷いません。

名簿から手続き、マイナンバー、評価へと4段階で広げる移行の順番

段階は次の順に進めます。前の段階でExcelの更新を止めてから、次へ進んでください。

1. 基本情報（労働者名簿の法定項目と所属・連絡先）を移し、Excelの名簿は閲覧専用にする
2. 入社・退職の手続きと雇用契約を新しいシステムで受け付ける
3. マイナンバーと扶養の情報を集め直し、年末調整を新システムで行う
4. 評価・スキル・面談記録など、法定外の人材データを必要に応じて追加する

4段階目は、多くの中小企業では急ぐ必要がありません。人材データを配置や育成に使う段階については、タレントマネジメントシステムは中小企業に必要か｜規模別の選び方と段階導入の判断軸で別に整理しています。

7月の算定基礎届と11月から12月の年末調整に移行作業を重ねない

中小企業の人事担当者は、ほかの業務と兼務していることが大半です。移行作業を繁忙期に重ねると、新旧どちらの値で届け出たのか分からなくなります。避けるべき時期は、7月1日から10日までの算定基礎届の提出期間と、11月から12月の年末調整です。

実務では、1段階目を2月から4月の間に始め、3段階目のマイナンバーと扶養の回収を9月から10月に済ませておく流れが組みやすいはずです。4月の入社が多い会社なら、新入社員の手続きから新システムで受け付けると、従業員側の操作にも早く慣れてもらえます。

退職者のデータは保存義務の期間分を移し、それより古い分は書き出して残す

退職者の扱いは見落とされやすい論点です。労働者名簿と賃金台帳は、労働基準法109条と附則143条により当分の間3年の保存が必要で、起算点は退職や最後の記入の日などです。少なくともこの期間にかかる退職者は、新システムに退職者として登録しておきます。

それより古い退職者まで移すと、従業員数で課金される製品では料金が上がる場合があります。退職者を課金対象に含めるかは製品ごとに違うため、見積りの際に必ず確認してください。古い分はCSVで書き出し、閲覧を限った保管場所に置く形で足ります。

中小企業が人事管理システムにかける月額費用の上限を人数と工数から決める

中小企業の人事管理システムの費用は、従業員数で課金される製品が大半です。相場を眺めるより、自社の人数で実額を出し、削れる作業時間と比べて上限を決めるほうが判断は速くなります。

freee人事労務の公開料金で試算する従業員30名の月額と年額

公開料金がある製品で、従業員30名の会社を試算してみます。freee人事労務の料金プランでは、スタンダードは5名分が月4,000円（年払い）、6名以降は1名あたり月800円（税抜）で、初期費用はかかりません。30名なら4,000円に25名分の20,000円を足して月24,000円、年額で288,000円です（2026年10月時点の公式ページの記載）。

無料で始められる製品もあります。SmartHRの料金ページでは、0円プランは登録30名までと示され、主要プランは見積り制です。ただし、無料プランで扱える機能の範囲は有料プランと違います。人数が30名を超えた時点で有料プランへ移る前提で、移った後の金額も見積りで先に確かめてください。製品ごとの料金の比べ方は人事管理システムの比較｜4タイプの選び分けと公開料金の実額で詳しく扱っています。

削減できる作業時間に担当者の時給を掛けた額を月額の上限にする計算式

上限は「月に減らせる作業時間×担当者の時給」で置きます。たとえば、入退社書類の回収と名簿の転記、年末調整の書類チェックで月10時間減り、担当者の時給を2,500円と置けば、月25,000円が上限です。上の30名の試算は24,000円なので、ぎりぎり見合う計算になります。数値は説明のための仮定で、自社の作業時間を1か月記録して当てはめてください。

この式では、紙の保管コストや記入ミスの手戻りは数えていません。それらを足せば上限はもう少し上がります。逆に言えば、作業時間がほとんど減らない会社は、どれだけ安い製品でも費用に見合いません。

上限を超えたときに外す機能の順番と、費用の内訳で見落としやすい項目

見積りが上限を超えたら、法定外の機能から外します。最初に外すのは人材分析と評価の機能、次に従業員アンケートなどの付帯機能です。名簿・手続き・マイナンバーの3つは、前章の法定要件に直結するので残します。

見落としやすいのは月額以外の費用です。初期設定の代行費、給与計算や勤怠管理との連携費、退職者を課金対象に含むかどうかで、年額は単価の比較以上に変わります。費用の内訳とクラウド・受託開発のコスト構造は労務管理システムの費用相場とは？クラウド・無料・受託開発のコストにまとめました。給与や勤怠とのAPI連携で個別開発費が決まる条件は人事管理システムの費用：内訳5項目と300名・1,000名の5年総額、自社開発との分岐点で解説しています。

中小企業がSaaSのまま進める条件と、受託開発を検討してよい場面の線引き

ここまでの要件を踏まえて、中小企業の人事管理システムを既製品で進めるか、開発を検討するかを言い切ります。大半の中小企業は既製品で足ります。

従業員100人以下で就業規則が1本の会社はクラウド型の既製品で足りる

従業員100人以下、事業場が1つか2つ、就業規則が1本で雇用区分も正社員とパートの2種類程度。この条件にすべて当てはまる会社は、クラウド型の既製品を選んでください。法定の人数ラインで増える項目は、主要な製品なら標準の設定で持てます。

この規模で自社開発を選ぶのは勧めません。人事管理システムは法改正のたびに項目や帳票の改修が発生します。その改修費を中小企業1社で負担するのは割に合いません。画面が使いにくいといった不満は、運用ルールの見直しで解ける場合がほとんどです。

受託開発を比べてよいのは既存の基幹や現場の仕組みとの連携が既製品で埋まらないとき

開発を検討してよいのは、次のどれかに当たったときです。第一に、事業場ごとに異なる就業規則や手当があり、既製品の設定で再現できないと複数製品のデモで確認できた場合。第二に、自社の販売管理や生産管理、現場の入退場の記録と従業員データをつなぐ必要があり、既製品のAPIやCSVでは項目が足りない場合。第三に、健康情報やマイナンバーの閲覧権限を、既製品の権限設定より細かく分ける必要がある場合です。

この場合も、人事管理システム全体を作り直す必要はありません。名簿と手続きは既製品のまま使い、足りない連携や画面だけを作る構成から比べる方法が、費用を抑える選択肢です。一創では、既製品との組み合わせを前提にした人事・労務管理システム開発のご相談を受けています。人事基幹の範囲と自社開発の判断軸は人事システムとは？機能・種類・選び方と自社開発の判断軸でも解説しています。

よくある質問

中小企業が人事管理システムを検討するときによく出る質問に答えます。

従業員10人未満の会社でも人事管理システムは必要ですか？

法令上の義務はありません。労働者名簿と賃金台帳は人数に関係なく必要ですが、Excelや紙でも作成と保存の義務は満たせます。10人未満でシステムを入れる理由になるのは、入退社の手続きを電子で済ませたい場合や、近いうちに10人以上になって就業規則の作成・届出が必要になる見込みがある場合です。無料プランのある製品で名簿だけ先に移しておく方法もあります。

Excelの人事台帳のままでも法律上の問題はありませんか？

労働者名簿と賃金台帳に法定の項目がそろい、労働基準法の定める期間（当分の間3年）保存できていれば、Excelでも問題はありません。問題になりやすいのは、マイナンバーを同じファイルに入れて誰でも開ける状態にしていることや、異動の履歴を上書きして過去の在籍状況を説明できないことです。人数ラインをまたぐ前に、少なくともこの2点は直してください。

中小企業向けの人事管理システムの費用はどれくらいですか？

公開料金のある製品で試算すると、freee人事労務のスタンダードは従業員30名で月24,000円、年額288,000円です（年払い・税抜、2026年10月時点）。見積り制の製品は、人数と使う機能を同じ条件で書いて取り寄せてください。月額の上限は、システムで減らせる作業時間に担当者の時給を掛けた額で置くと判断しやすくなります。

Excelから移行するにはどれくらいの期間を見ておけばよいですか？

段階で分けるなら、名簿の移行から年末調整までを1年の流れの中で組むのが無理のない計画です。基本情報の移行を2月から4月に始め、マイナンバーと扶養の回収を9月から10月に済ませれば、その年の年末調整から新システムで回せます。7月の算定基礎届と年末調整の時期に切り替え作業を重ねないことが一番の注意点です。

無料プランから始めて途中で有料プランへ移っても問題ありませんか？

同じ製品の中で移るなら、データを入れ直す必要がないため問題は起きにくいでしょう。注意したいのは人数の上限です。SmartHRの0円プランは登録30名までで、退職者や内定者を登録人数に含めるかで上限に当たる時期が変わります。有料プランへ移った後の月額を先に見積もり、その額が上限の範囲に収まるかを確かめてから始めてください。

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