事業承継補助金とは：16次公募の4枠とシステム投資が補助対象になる範囲

「事業承継補助金」で調べると、いま公募されているのは中小企業庁の「事業承継・M&A補助金」です。16次公募は2026年9月4日に公募要領が公表され、申請受付は10月2日から11月6日17時まで。この記事では4つの枠の補助上限と補助率、親子や従業員への承継で事業承継促進枠を使うための要件を先に整理します。そのうえで、承継後の基幹システム刷新やM&A後のシステム統合がどの枠のどの経費に載るのか、デジタル化・AI導入補助金と重複させない境界はどこかを、16次公募要領の記載で確認します。

まとめ：事業承継補助金でシステム投資を補助対象に載せるための判断

結論を先に置きます。事業承継・M&A補助金は「事業承継促進枠」「専門家枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」の4枠で構成され、システム投資の扱いは枠によって正反対です。

親族内承継・従業員承継を前提にした事業承継促進枠では、外注費と委託費の対象外経費に「ソフトウェアやシステム開発に係る費用」がはっきり書かれています。載せられるのは、設備費としての特定業務用ソフトウェアの調達で、品目1件20万円以上のものに限られます。受託開発で基幹システムを作り直す費用は、この枠の主役になりません。

一方、M&Aで経営資源を譲り受けた会社が使うPMI推進枠の事業統合投資類型は、実施例に「業務統合・効率化を目的としたシステムの導入」を挙げ、外注費の対象に「システム導入に係る外注費」を明記しています。M&A後に基幹システムを片寄せ・統合する計画なら、こちらが本命です。

どちらの枠でも、交付決定日より前の発注は対象外。外注費は1件50万円未満でも原則2者以上の相見積が要ります。見積の依頼書と契約のタイミングは、申請前から逆算して組んでください。

事業承継・M&A補助金の16次公募で押さえる4つの枠と申請日程の全体像

最初に、どの制度のどの公募回を見ればよいかを確定させます。検索結果には過去の公募回の数値が混ざって出てくるためです。

旧称の事業承継・引継ぎ補助金から16次公募までの名称と所管の整理

この補助金は中小企業生産性革命推進事業の一つで、所管は中小企業庁、執行は事務局が担います。以前は「事業承継・引継ぎ補助金」の名称で公募されており、16次公募要領でも、減点措置の対象となる中小企業庁所管の補助金として「事業承継・引継ぎ補助金」と「事業承継・M&A補助金」が並べて書かれています。

16次公募の一次情報は、中小企業庁の事業承継・M&A補助金（十六次公募）の公募要領公表ページと、事務局サイトの枠別ダウンロードページにまとまっています。公募要領は枠ごとに別冊です。事業承継促進枠なら事業承継促進枠の資料ページ、PMI推進枠ならPMI推進枠の資料ページから取得します。

申請受付10月2日〜11月6日と補助事業期間14か月の日程の読み方

16次公募の申請受付期間は令和8年10月2日（金）から11月6日（金）17時まで（予定）。申請は電子申請（Jグランツ）のみで、GビズIDプライムアカウントが必要です。中小企業庁のページはアカウント取得に2〜3週間程度かかると注意しているので、10月に入ってからの取得では間に合わない可能性があります。

補助事業期間は、事業承継促進枠・PMI推進枠の事業統合投資類型とも、2027年1月（下旬予定）から14か月以内と想定されています。補助金は事業完了後の精算払い（実費弁済）なので、開発費の支払いは入金より1年以上先行する前提で資金計画を組みます。

事業承継促進枠・専門家枠・PMI推進枠・廃業・再チャレンジ枠の補助上限と補助率の比較

中小企業庁の公募要領公表ページに載っている枠別の条件を、補助対象経費の性格とあわせて並べます。

補助率2/3は小規模事業者に該当する場合です。事業承継促進枠と事業統合投資類型の上限1,000万円は賃上げ要件を満たした場合で、800万円を超える部分の補助率は1/2以内に下がります。専門家枠の買い手支援類型は、100億企業要件を満たすと上限2,000万円まで伸びます。システム投資の受け皿になりうるのは、表のうち事業承継促進枠と事業統合投資類型の2つだけです。

14次公募の採択結果512件中311件から読む枠別の採択率の水準

直近で結果が公表されている14次公募について、中小機構が採択結果の概要を出しています。申請512件に対して採択311件。枠別では事業承継促進枠が169件中103件、PMI推進枠が43件中27件、専門家枠が299件中180件でした。

割り算するとどの枠も6割前後に収まります。申請すれば通る水準ではなく、4割は落ちる前提で、不採択時に自己資金で進めるかどうかまで決めてから申請に臨むのが妥当です。

親子・従業員への承継で事業承継促進枠を申請できる会社と要件の線引き

事業承継促進枠は、これから親族内承継か従業員承継を行う会社の設備投資を補助する枠です。対象になるかどうかは、承継予定者と承継の形で決まります。

親族内承継なら代表経験なしで足り、従業員承継は在籍3年以上が条件

法人の場合、承継予定者は次のいずれかに当てはまる必要があります。対象会社の役員として3年以上の経験がある者、対象会社に継続して3年以上雇用されてきた者、役員と従業員の経験が通算3年以上ある者、そして被承継者の親族で対象会社の代表経験が無い者です。

「事業承継 補助金 親子」で調べている方に向けて言えば、親から子への承継は最後の類型に入ります。親族は民法725条の六親等内の血族、配偶者、三親等内の姻族と定義されており、在籍年数の条件は付いていません。従業員への承継は在籍3年が必要。対象会社は申請時点で3期分の決算と申告を終えていることも条件になります。

2031年11月5日までの承継完了と支援機関の確認が要る計画書の条件

16次公募の事業承継対象期間は、公募申請期日の2026年11月6日から5年後の2031年11月5日まで。この期間内に、経営権と所有権（株式・持分等）のいずれも被承継者から承継者へ譲渡されることが求められます。事業承継の蓋然性は、認定経営革新等支援機関の確認を受けた計画書で示す必要があります。

見落としやすいのが返還規定です。補助事業終了後の事業化状況報告で、期間内に承継が完了していないと判明した場合、交付した補助金の返還が求められます。承継時期が固まっていない段階で設備投資だけ先に補助金へ載せる、という使い方はできない設計です。

代表者交代だけ・グループ内再編など実質的な承継とみなされない例

公募要領は、実質的な事業承継とみなされない例を列挙しています。経営権と所有権のいずれの移転も伴わない代表者交代、グループ内の事業再編、物品・不動産等のみを保有する事業の承継、フランチャイズ契約やのれん分けに当たるもの、休眠会社での代表者交代などです。

これらは交付決定の前後を問わず補助対象外とされます。代表者だけを子に替えて株式は親が持ち続ける計画は、この規定では補助対象外です。株式の移転時期を、税務の検討と合わせて先に決めておく必要があります。

承継後のシステム投資が事業承継・M&A補助金の対象になる範囲と対象外

ここからが、補助金の解説記事ではほとんど書かれていない部分です。同じ補助金の中でも、システムにかかる費用の扱いが枠ごとに違います。

事業承継促進枠では外注によるソフトウェアやシステム開発費が対象外

事業承継促進枠の経費区分は、設備費・産業財産権等関連経費・謝金・旅費・外注費・委託費の6つです。このうち外注費と委託費の「対象とならない経費」の先頭に、「Webサイトの新規制作・更新等に係る費用、ソフトウェアやシステム開発に係る費用」が明記されています（事業承継促進枠の16次公募要領の補助対象経費の別紙）。

つまり、承継を機に販売管理や生産管理を受託開発で作り直す費用を、外注費として申請する道はありません。承継と同時に基幹システムを刷新したい会社は、この枠を開発費の財源として当てにしないことです。

設備費に載る特定業務用ソフトウェアの条件と品目20万円以上の下限

事業承継促進枠でソフトウェアが入れる場所は設備費です。対象経費の例示に「生産性向上等に係る取組の具体的な内容に記載された事業のみに利用する特定業務用のソフトウェア」があり、設備費は品目1件あたり20万円以上（税抜）のものに限られます。

対象外の側も具体的です。家庭用・一般事務用ソフトウェアの購入費とライセンス費用、パソコンやタブレット端末、スマートフォンのように持ち運べて他の目的に使える機器は落ちます。取得した設備は補助対象事業のみに使い、対象設備であることを示すシールを貼るなどして区別する義務もあります。汎用の業務ソフトを全社に入れる計画は、この条件と合いません。

PMI推進枠の事業統合投資類型はシステム開発を外注費で計上できる

M&Aで株式や事業を譲り受けた側が使うPMI推進枠の事業統合投資類型では、扱いが逆になります。事業統合投資類型の16次公募要領は、実施例として「業務統合・効率化を目的としたシステムの導入」を挙げています。設備費のソフトウェアは購入による調達に限り、システム開発等の業務委託を伴う場合は外注費または委託費で申請するよう指示している点が決定的です。外注費の対象経費には「システム導入に係る外注費」と書かれています。

条件は、公募申請期日の時点でM&Aのクロージング日から3年以内の取組であること、投資によってディスシナジーの解消やコストシナジーの創出が見込めることの2点が中心です。買収した会社の受発注や会計を自社の基幹システム開発の枠組みに寄せて統合する、といった計画が典型例になります。

枠ごとのソフトウェア購入・システム開発・パソコンの計上可否の一覧

2冊の公募要領の記載を、システム関連の費目に絞って並べます。

「システム開発の外注」の行が、両枠を分ける一点です。承継の形が親族内・従業員承継なのか、M&Aによる譲受けなのかで、使える枠は自動的に決まります。システム開発を補助対象に入れたい場合、枠を選ぶ余地はほぼありません。

デジタル化・AI導入補助金との使い分けと同じ事業で重複させない境界

承継後のIT投資では、デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）も候補に上がります。並べて検討するときの境界線を整理します。

同一・類似の事業で国の他制度と重複すると対象外になる規定の中身

事業承継促進枠の公募要領は、テーマや事業内容から判断して同一または類似内容の事業で、国の他の制度と重複して採択・交付が見込まれる場合は補助対象にならないと定めています。重複申請が認められる場合でも、同一の補助対象経費で自己負担分を超えて交付を受けることはできません。

重複の可能性がある事業者は、公募申請書（別紙）で重複に当たらない旨とその根拠を疎明する必要があります。同じソフトウェアを2つの補助金に載せる計画は、ここで止まります。

クラウド型パッケージはデジタル化・AI導入補助金、承継投資は本補助金

デジタル化・AI導入補助金の通常枠は、補助額が1プロセス以上で5万円以上150万円未満、4プロセス以上で150万円以上450万円以下、補助率は1/2以内です。登録されたITツールの導入が前提で、フルスクラッチの受託開発は想定されていません。

実務での切り分けは次のとおり。承継を機に会計や勤怠のクラウドサービスへ乗り換えるなら、デジタル化・AI導入補助金のほうが要件と合います。承継予定者が主導する新しい取組のための設備や専用ソフトは事業承継促進枠、M&A後の統合開発は事業統合投資類型へ。制度の特徴はデジタル化・AI導入補助金の枠と対象範囲で、他の制度も含めた全体像はシステム開発で使える補助金一覧で確認できます。

賃上げ加点の未達で18か月間は中小企業庁所管の補助金が減点になる

もう一つの連動が減点措置です。賃上げの加点を受けて採択されたのに要件を達成できなかった場合、未達が報告されてから18か月の間、中小企業庁所管の補助金への申請で大幅に減点されます。令和8年9月時点の対象として、デジタル化・AI導入補助金、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金、中小企業省力化投資補助事業などが列挙されています。

承継の翌年以降にIT投資を別の補助金で続ける計画があるなら、事業承継・M&A補助金で賃上げ加点を取りにいくかどうかは慎重に判断してください。

交付決定前の発注禁止と相見積の義務から逆算するシステム発注の段取り

補助対象に入る費用でも、発注の順序を誤ると落ちます。開発プロジェクトの一般的な進め方とぶつかる箇所を順に見ます。

見積は補助事業期間前でよく発注・検収・支払は期間内に収める順序

公募要領は、契約時期別の可否を表で示しています。採択後・補助事業期間の開始前に見積を取り、発注・納品・検収・請求・支払を補助事業期間内に行うケースだけが対象です。期間開始前に発注したもの、期間終了後に検収や支払をしたものは対象外になります。

検収は必ず補助事業期間内に実施する行為とされています。受入テストが長引いて期間をまたぐと、その開発費は落ちます。開発スケジュールは、期間終了の1〜2か月前に検収と支払が終わるよう置いてください。支払は事業用口座からの銀行振込かクレジットカード1回払いに限られます。

外注費と委託費は50万円未満でも2者以上の相見積が原則必須になる理由

1件50万円以上（税抜）の支払には原則2者以上の相見積が必要で、最低価格を提示した者を選ぶことになります。外注費と委託費は1件50万円未満でも原則として相見積が必須です。見積書は発行者、内訳付きの金額、業務受託期間、受託業務の範囲、前提条件の記載があるものに限られます。

システム開発では、要件の粒度が揃っていないと見積は比較できません。見積依頼の段階で機能一覧と工程別の内訳を指定し、同じ条件で2社以上から取ることが、実務上の第一歩になります。

既存システムのカスタマイズ先に随意で発注できる例外と証憑の条件

事業統合投資類型の公募要領は、相見積が不要な条件の一つに、承継者の仕様・規格との統一の観点から複数の購入先での検討が困難な場合を挙げています。例として「システム等の仕様のカスタマイズ作業を実施されており、自社仕様を他社に発注することが不可能であるため」が示されています。

この例外を使うには、選定理由書に加えて、当該業者との契約状況が確認できる契約書などの証憑が必要です。買い手側の基幹システムを長く保守している開発会社に統合改修を頼む場合は、既存の保守契約書を証憑として揃えておきます。

この補助金を前提にシステム投資を組むべきでない三つの場面の判断

採用しない判断も明確にしておきます。次のいずれかに当てはまる案件は、この補助金を前提に計画を組まないほうが結果的に早く進みます。

• 親族内・従業員承継で、主な投資が受託開発による基幹システムの刷新（外注費・委託費では対象外）
• 2027年1月下旬の補助事業期間開始を待たずに着手しないと業務が止まる（期間開始前の発注は対象外）
• M&Aのクロージングから3年を超えている（事業統合投資類型の要件外）

一つ目に当てはまる会社は、刷新そのものは自己資金や別制度で進め、承継に伴う店舗改装や専用機器を事業承継促進枠に載せる、と財源を分けるのが現実的です。老朽化したシステムを抱えたまま承継する場合の判断軸はレガシーシステム脱却の判断基準と進め方にまとめています。

付加価値額3%成長の生産性向上要件と賃上げ要件の返還規定から見た投資規模

採択後も、5年間の事業計画にわたって達成状況の確認が続きます。投資額を決める前に、何を約束することになるのかを把握しておきます。

付加価値額の年3%向上を5年計画で示すときにシステム投資が効く箇所

事業承継促進枠と事業統合投資類型はどちらも、補助事業期間を含む5年間の計画で「付加価値額」または「1人当たりの付加価値額」の伸び率が年3%向上することを求めています。付加価値額は営業利益・人件費・減価償却費の合計です。

システム投資は、減価償却費として付加価値額に加わり、同時に事務工数を減らして営業利益を押し上げる、という二重の経路で計画に効きます。計画書では「受発注の入力を月40時間削減」のように工数の単位で効果を置くと、審査の着眼点である実現可能性と収益性の説明がしやすくなります。

上限1,000万円への引き上げで課される3%賃上げと最大200万円の返還

補助上限を800万円から1,000万円に引き上げるには、補助事業を完了した事業年度と比べて、翌年度の従業員1人当たり給与支給総額を3%以上引き上げる必要があります。公募申請時までに全従業員または従業員代表者、役員へ表明しておくことが条件です。

達成できなかった場合は、引き上げ額（最大で200万円）の返還が求められます。事業計画期間中の各事業年度末で上昇率の水準を維持できていない場合も同じ扱い。天災など事業者の責めに帰さない理由があるときは返還を求めないとされています。

経営力向上計画の認定とサイバーセキュリティお助け隊の利用による加点

審査の加点事由には、IT投資と結びつくものが2つあります。公募申請時に有効な「経営力向上計画」の認定を受けていること、そして「サイバーセキュリティお助け隊サービス」を利用していることです。

経営力向上計画は、ソフトウェア投資で中小企業経営強化税制の即時償却や税額控除を受けるときにも使う計画です。承継後の投資で税制と補助金を組み合わせる場合の段取りは中小企業経営強化税制とソフトウェア投資の判断で整理しました。

よくある質問

事業承継補助金とシステム投資の関係で、検索されることの多い質問に答えます。数値は16次公募要領（2026年9月4日公表）の記載時点のものです。

事業承継補助金は2026年も申請できますか？

できます。現在は「事業承継・M&A補助金」の名称で公募されており、16次公募の申請受付期間は令和8年10月2日から11月6日17時まで（予定）です。電子申請（Jグランツ）のみの受付で、GビズIDプライムアカウントの取得に2〜3週間程度かかるため、早めの準備が必要になります。補助事業期間は2027年1月下旬から14か月以内の想定です。

親から子への事業承継でも対象になりますか？

事業承継促進枠の対象になります。法人の場合、承継予定者が被承継者の親族で、対象会社の代表経験が無ければ要件を満たし、在籍年数は問われません。ただし2031年11月5日までに経営権と所有権（株式・持分等）の両方を子へ移す必要があり、代表者だけを交代して株式を親が持ち続ける形は実質的な承継とみなされず対象外です。

基幹システムの刷新費用は補助対象になりますか？

枠によって答えが分かれます。事業承継促進枠では、外注費・委託費の対象外経費に「ソフトウェアやシステム開発に係る費用」が明記されており、受託開発による刷新費用は載せられません。M&A後に使うPMI推進枠の事業統合投資類型では、システム導入に係る外注費が対象経費として挙げられており、統合目的の開発費を計上できます。

デジタル化・AI導入補助金と併用できますか？

同一または類似内容の事業で、国の他の制度と重複して採択・交付が見込まれる場合は対象外になります。同じソフトウェアや同じ経費を両方に載せることはできません。事業内容と経費が明確に分かれていれば並行して申請する余地はありますが、公募申請書（別紙）で重複に当たらない根拠を説明する必要があります。

M&Aの仲介手数料は補助対象になりますか？

専門家枠の対象です。ファイナンシャルアドバイザーやM&A仲介に係る費用、デュー・ディリジェンス、セカンド・オピニオン、表明保証保険料などが補助対象経費に挙げられています。ただしFAやM&A仲介の費用は、M&A支援機関登録制度に登録された業者によるものに限られます。PMI推進枠の事業統合投資類型では、仲介手数料やDD費用は対象外です。

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