年末調整の電子化のやり方｜担当者6工程と従業員側の操作手順を実務ベースで解説

年末調整の電子化を決めたあと、担当者が実際に手を動かす場面で迷うのは「何を、どの順番で、誰が」やるのかという一点でしょう。制度の説明が済んでいても、システムの設定項目、案内の出し方、不備データの戻し方、給与システムへの取り込み、提出と保存を並べた手順書は自分で作ることになります。この記事では、電子化した年末調整を1年回すやり方を、担当者側の6工程と従業員側の4段階に分けて書きます。制度そのものの概要と導入するかどうかの判断は年末調整の電子化とは？メリット・デメリットと進め方・義務化の範囲を解説にまとめてあるため、ここでは操作と分担に絞りました。

まとめ：年末調整の電子化のやり方は担当者6工程と従業員4段階に分けて組む

やり方を1本の長い流れで捉えると手順書が書けません。担当者側の6工程と従業員側の4段階という2本の線に分け、両者が交差する点だけを日程で縛る形にしてください。交差点は3つだけです。案内配信の日、提出締切の日、差し戻し完了の日です。

担当者側の6工程は、①対象範囲と対象者の確定、②システムの事前設定、③案内の配信と初回ログインの支援、④提出状況の確認と不備データの差し戻し、⑤給与システムへの取り込みと年税額の計算、⑥源泉徴収票の交付・法定調書の提出・電子データの保存、という並びになります。従業員側は、ログインと基本情報の確認、扶養親族と配偶者の情報の入力、控除証明書データの取得、内容確認と提出の4段階です。

先に決めておくと後戻りしない設定が4つあります。申告対象者の範囲（年内退職者・休職者・扶養控除等申告書のみ提出する人を含めるか）、提出期限（給与計算の締めから逆算した日）、入力項目の出し方（全員同一か質問分岐か）、そして承認者と差し戻し権限を誰が持つかです。この4点が空欄のまま案内を出すと、問い合わせが担当者1人に集中しました。

1年目は紙とデータの併用を前提に組むほうが安全に回ります。マイナンバーカードや社用端末を持たない従業員は必ず一定数いるため、書面での受付経路を残したうえで電子の比率を上げてください。なお税務署への事前の承認申請は令和3年4月1日以後は不要とされており（2026年7月時点）、開始時期を役所の手続きに合わせて待つ必要はありません。

年末調整の電子化のやり方の全体像｜1サイクルを構成する6工程と紙運用の差

手順を書き始める前に、紙運用のどの作業がデータに置き換わり、どの作業が担当者の手元に残るのかを工程単位で見分けておきます。ここを曖昧にしたまま導入すると、電子化したのに作業が減らないという結果になりました。

工程1〜3｜対象範囲の確定とシステム設定、従業員への案内配信までの作業

工程1は対象範囲と対象者の確定です。申告書の収集だけを電子化するのか、控除証明書の収集や源泉徴収票の交付、法定調書の提出まで一気通貫にするのかで、以降の設定量が変わります。1年目は「申告書の収集と検算まで」に絞り、提出と交付は既存の方法を残す構成が破綻しにくい形でした。対象者は在籍者名簿ではなく、年内に給与を支払った全員から絞り込みます。

工程2はシステムの事前設定で、実務の成否はほぼここで決まります。工程3は案内の配信です。1通で済ませず、事前予告・開始通知・締切前のリマインドの3回に分けると提出が進みます。マイナポータル連携を使う場合は従業員側の事前準備に日数が要るため、事前予告を開始の3〜4週間前に出しておきたいところです。

工程4〜6｜申告データの回収と検算、年税額の計算と提出・保存の作業

工程4は提出状況の確認と差し戻しです。封筒の山を数えていた作業が、未提出者の抽出という画面操作に変わります。ただし差し戻しの理由を書く作業は消えず、画面上のやり取りになるぶん指摘の文面が実務品質を左右しました。

工程5では、集まった申告データを給与システムへ渡して年税額を計算します。ここで発生する突合の落ち（従業員コードの不一致など）は電子化しても自動では解決せず、対処の順序を決めておく必要があります。工程6は源泉徴収票の交付、法定調書と給与支払報告書の提出、そして電子データの保存です。年間スケジュールの中で年末調整がどこに載るかは給与計算とは？業務の流れと年間スケジュール・システム化の判断基準を解説で整理しています。

紙運用の作業のうち電子化で置き換わる部分と、担当者に残る部分の区別

置き換わるのは、申告書の印刷と配布、記入内容の目視チェック、控除額の検算、添付書類との突合、保管場所の確保という5つの作業です。控除額の計算は入力に応じて自動で行われるため、計算誤りを探す時間はほぼ消えます。

逆に残るのは、例外の判断と人への説明です。中途入社者の前職分の源泉徴収票の回収、海外赴任者の居住判定、扶養親族の所得見積りが微妙な事例——このあたりは画面が答えを出せません。

担当者側のやり方｜システム設定から申告データの回収までの操作手順

ここからは担当者が画面上で行う操作を、設定・配信・回収の3段に分けて書きます。製品によって画面名は違いますが、決めるべき項目の並びは共通していました。

事前設定｜従業員データの取り込みと申告対象者・提出期限・入力項目

最初の操作は従業員データの取り込みです。氏名・生年月日・住所・入社年月日・給与支払形態・部門・所属法人を、給与システムまたは人事システムから出力して読み込ませます。取り込みの前に、コード体系が給与システム側と一致しているかを必ず確認してください。直前に採番された中途入社者のコードは、双方に揃っていないことがあります。

次に申告対象者を絞ります。年内退職者、休職中の従業員、扶養控除等申告書だけを提出する人（他社で年末調整を受ける人）を、対象に含めるか別扱いにするかを先に決めます。この区分を放置すると、未提出者リストに常に数十人が残り、督促の対象が絞れません。

提出期限は給与計算の締めから逆算します。12月給与で精算するなら、差し戻しと再提出に2週間、給与システムへの取り込みと計算に1週間を見て、11月中旬から下旬に締切を置く形が現実的でした。入力項目は、全員に同じ申告書を出す方式か、該当有無を質問して分岐させる方式かを選びます。記入誤りが少ないのは分岐方式です。最後に承認者と差し戻し権限を設定し、マイナンバーの閲覧権限は担当者以外から外しておきます。

案内の配信｜初回ログイン情報の配布とマイナポータル連携の事前案内

案内は3回に分けます。1回目は開始の3〜4週間前に出す事前予告で、電子で行うこと、必要な準備、書面提出を希望する場合の連絡先を書きます。マイナポータル連携を使うなら、この時点でマイナンバーカードと暗証番号の確認、連携先の登録を依頼しておきたいところです。カードの取得や暗証番号の再設定には市区町村の窓口が絡むため、直前の案内では間に合いません。

2回目は開始通知で、ログイン方法・入力の所要時間の目安・締切日・問い合わせ先を1画面に収めます。所要時間の目安を書くかどうかで着手率が変わりました。3回目は締切の3〜5日前のリマインドで、未提出者だけに絞って送ってください。全員に送ると提出済みの従業員から確認の問い合わせが来ます。

初回ログイン情報の配布経路は、社内メール、給与明細と同じ配信基盤、紙の通知書の3通りです。社用メールアドレスを全員に配っていない企業では、給与明細の配信基盤に載せる方法が届きやすい経路でした。前年の申告内容が初期表示されるかどうかも書き添えると、変更のない従業員が確認だけで終えられます。

回収と差し戻し｜提出状況の確認方法と不備データを戻すときの書き方

提出状況は、部門別・提出済み・入力中・未着手の4区分で見る形が追いやすい単位です。未着手が特定部門に偏っているなら、案内が届いていない可能性を先に疑ってください。

差し戻しの文面は3点をそろえます。どの項目が、なぜ不備なのか、何をすれば提出できるのか。「扶養親族の所得の記載を確認してください」だけでは再提出されず、二度目の差し戻しになります。「配偶者の給与収入の見込額が空欄です。源泉徴収票または直近の給与明細を見て、年間の収入見込みを入力してください」と対象と根拠資料まで書く形にします。差し戻し件数の多い項目は、翌年の入力ガイドの文言に反映させてください。

差し戻しの往復が年に何度も起きる企業では、申告書の回収そのものが承認フローの問題になっています。当社ではワークフローシステム開発として、申請・差し戻し・承認の経路を自社の組織構造に合わせて設計する形で対応しています。経費や稟議も同じ経路に載せられる企業なら、こちらから入る選択もあるでしょう。

従業員側のやり方｜控除証明書データの取得から申告書の提出までの4段階

従業員に配る手順書は4段階に分けると読まれます。ここは案内文にそのまま転記できる粒度で書きます。

段階1〜2｜ログインと基本情報の確認、扶養親族と配偶者の情報の入力

段階1はログインと基本情報の確認です。氏名・住所・生年月日・世帯主との関係が表示されるので、変更があれば修正します。住所は年末時点のもので、年内に転居した従業員は更新が要ります。前年の申告内容が初期表示される製品では、この画面で「変更なし」を選ぶだけで済む従業員が多数を占めました。

段階2は扶養親族と配偶者の情報の入力です。配偶者の収入見込額、扶養親族の氏名と生年月日、同居か別居か、障害者控除や寡婦控除の該当有無を入れます。ここで手が止まる原因はほぼ1つで、家族の年間収入の見込みがわからないという点でした。案内文に「配偶者や親族の収入がわかる資料を手元に用意してから始めてください」と前置きを入れると、中断が減ります。

段階3｜控除証明書データの取得はマイナポータル連携と個別取得の2経路

段階3が電子化の核心で、経路は2つあります。1つはマイナポータル連携で、生命保険料控除証明書や住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書などを、発行元から一括で取得してそのまま申告書へ取り込む方法です。マイナンバーカードとカード読取に対応した端末、暗証番号が必要で、発行元側が連携に対応しているかは年によって範囲が広がるため、国税庁のマイナポータル連携の案内で対象を確認してください（2026年7月時点）。

もう1つは個別取得です。保険会社や金融機関のサイトから電子交付された証明書データをダウンロードし、申告書へ添付します。電子交付を申し込んでいないと紙しか届かないため、この経路を使う従業員には秋のうちに申し込みを案内しておく形になります。国税庁が無償提供する年調ソフト（年末調整控除申告書作成用ソフトウェア）は6.x系が公開されており、操作マニュアルはWindows・Mac版とスマートフォン版がともに第6.1版として令和7年10月付で提供されています（2026年7月時点）。年調ソフトで進める場合は、このマニュアルの画面手順を社内向けに抜粋して配る形が早いでしょう。

段階4｜マイナンバーカードがない従業員の進め方と書面提出との併用

マイナンバーカードを持たない従業員は、マイナポータル連携が使えません。この場合は、控除証明書の画像またはPDFをアップロードする方法、あるいは証明書だけを紙で提出して申告書はデータで出す方法をとります。どちらを認めるかを事前に決めて案内に書いておかないと、従業員ごとに違う出し方になって突合が崩れました。

段階4は内容の確認と提出です。控除額の計算結果が表示されるので、前年と大きく違っていれば入力を見直します。差し戻しが来た場合は、指摘された項目だけを修正して再提出してください。書面提出を希望する従業員には電子より1週間早い期限を設けると、入力代行が間に合いました。

年税額の計算から提出・保存までのやり方｜給与システム連携とe-Tax

集まったデータを給与システムへ渡してからが後半戦です。ここは自動化されていると思われがちですが、実際には突合と体裁の確認という人手の作業が残ります。

申告データの給与システムへの取り込みと、突合で落ちる件の処理手順

取り込みで落ちる件は、原因がほぼ3つに絞られます。従業員コードの不一致、年末調整の開始後に入社した従業員のデータ欠落、扶養情報の二重管理による矛盾です。処理の順序は、まず人事マスタ側を正として揃え、次に申告データを直します。逆の順序でやると、翌月の給与計算で同じ不整合が再発します。

扶養情報を労務システムと年末調整システムの双方で持っている場合は、どちらを正とするかを年に一度決め直してください。両方を編集可能にすると、年末に食い違いが判明します。連携方式の見直しが要る段階なら、受け側の機能範囲を給与計算システムとは？機能・種類・比較の観点から個別開発の判断まで解説で確認してから製品を比べる形が早道でしょう。

源泉徴収票の電子交付と法定調書の提出｜30枚基準への引き下げの影響

年税額が確定したら、源泉徴収票を従業員へ交付します。電子的な方法で交付する場合、従業員から承諾を得る手続きが前提になる点に注意してください（詳細は年末調整の電子化とは？メリット・デメリットと進め方・義務化の範囲を解説で扱っています）。承諾を得ていない従業員には書面で交付します。

税務署へ提出する法定調書と、市区町村へ提出する給与支払報告書は、提出方法に義務の基準があります。法定調書の種類ごとに、前々年に提出すべきであった枚数が100枚以上のものは、e-Taxで送信する方法、光ディスク等で提出する方法、または国税庁長官の認定を受けたクラウド等を使う方法によることとされています。この基準は令和9年1月1日以後に提出するものについて30枚以上へ引き下げられます（国税庁タックスアンサー No.7455ほか・2026年7月時点）。判定は種類ごとに行うため、給与所得の源泉徴収票が基準を超えていても、報酬等の支払調書が基準未満なら後者は義務の対象になりません。令和7年中に提出した枚数が30枚以上だった企業は令和9年提出分から電子提出が要るため、システム側の出力形式を先に確認する段取りです。

電子データの保存｜7年保存の起算日と紙の原本を残さない場合の体裁

提出された申告書は、年末調整を行った年の翌年1月10日の翌日から7年間の保存が求められます。電子データで受け取ったものは、印刷せずデータのまま保存できます。保存先を年末調整システムの中にするか自社のファイルサーバーへ書き出すかを決めてください。契約を解約した後もデータを取り出せるかは、契約前の確認項目です。

データのまま保存する場合、後から特定の従業員・特定の年分を取り出せる状態にしておく必要があります。年度と従業員コードで引ける構成にするか、システムの機能で代替するかを決め、社内の文書管理規程に追記しておきます。紙で受け取った分をスキャンしてデータに寄せる運用も可能で、2022年の電子帳簿保存法改正でスキャナ保存の定期検査の要件は廃止されました（2026年7月時点）。ただし紙とデータのどちらを原本とするかは最初に決めておいてください。

電子化1年目につまずく場面と、その場でとる対処の順序を条件付きで示す

ここまでの手順どおり進めても、1年目は必ず想定外が出ます。よく起きる3つの場面について、その場でとる対処の順序と、判断のラインを条件付きで示します。

提出率が上がらないときの督促の仕組みと、紙併用へ戻す判断のライン

締切1週間前で提出率が7割を下回っているなら、督促の回数を増やすより先に未提出者の属性を見てください。特定部門なら案内の到達、若年層ならログイン方法、勤続の長い層なら操作への抵抗が原因です。手当てが違うため、一律の一斉送信は効きません。

紙併用に戻す判断のラインは明確に置けます。締切当日で未提出が全体の2割を超え、かつ未提出者の半数以上が同じ理由（端末がない、カードがない、操作できない）で止まっているなら、その層だけを書面受付に切り替え、担当者が代行入力する形に倒してください。全体を紙に戻すのは避けます。翌年は、その層に届く経路を1つ足すだけで比率が動きました。

給与システムで数字が合わないとき、先に直すのはマスタか申告データか

取り込み後に人数や控除額が合わない場合、直す順序を間違えると同じ作業を二度やることになります。先に直すのは人事マスタ側です。従業員コード、氏名の表記、入社日、部門といった属性はマスタが正であり、ここを揃えてから再取り込みします。マスタを直さず申告データ側だけを手修正すると、翌月の給与計算でも同じ不一致が出ます。

例外は、申告内容そのものが誤っている場合です。扶養親族の所得見積りや控除の該当区分は従業員が入力した内容なので、担当者が書き換えるのではなく差し戻して本人に修正させてください。控除の判断を担当者が代行して直すと、根拠が記録に残らず、後日の問い合わせに答えられなくなります。数字が合わない原因が属性か申告内容かを最初に切り分ける、これが手戻りを減らす一手です。

手順書を直すか仕組みを直すか｜個別開発へ踏み込む条件と見送る場面

1年運用して残った課題は、手順書で吸収できるものとシステムを変えないと解けないものに分かれます。手順書側で足りるのは、案内文の書き方、締切の置き方、差し戻し文面、権限の設定、対象者の区分といった運用の詰めで、ここは製品を替えても解決しません。

仕組み側を替える判断は、次の条件で切ってください。複数法人に籍のある従業員を1つの年末調整で処理していて例外処理が毎年発生する、勤怠や原価の実績から手当の課税判定が決まるため申告データだけでは材料が足りない、給与計算の一部を外部委託していて分担点が申告書処理の途中に落ちる——このいずれかに当たり、かつ従業員が数百人規模なら、パッケージのカスタマイズを積むより人事給与の基盤側に作り込む比較見積りを取る段階です。逆に3条件に当たらないなら開発は見送ってください。制度改正が毎年入る領域を自社開発で抱えると、様式と税額表の改訂を毎年自前で追う保守が固定費として残ります。まずは製品を替える余地から見るほうが安く、その判断軸は年末調整システムとは？比較の観点と料金相場・個別開発の判断基準を解説【2026年】にまとめました。

よくある質問

年末調整の電子化のやり方について、担当者と従業員の双方から受ける質問を5つ取り上げます。

年末調整の電子化は従業員側で何をすればよいですか？

大きく4段階です。案内されたURLからログインして基本情報を確認し、扶養親族と配偶者の情報を入力します。次に控除証明書のデータを取得して申告書へ取り込み、控除額の計算結果を確認して提出してください。所要時間は前年の内容が初期表示される場合で10分前後、扶養や保険料の入力が多い場合で30分程度が目安です。家族の収入がわかる資料を手元に用意してから始めると、途中で止まりません。

マイナポータル連携は必ず必要ですか？

必須ではありません。マイナポータル連携は控除証明書を発行元から一括で取得して申告書へ自動で取り込む経路で、使えば入力と添付の手間が減ります。使わない場合は、保険会社や金融機関のサイトから電子交付された証明書データを個別にダウンロードして添付する、または証明書を紙で提出する方法をとります。

紙で提出したい従業員がいる場合はどう進めればよいですか？

書面での受付経路を残したまま進めて差し支えありません。データと紙が混在しても手続き上の問題は生じません。運用としては、書面の締切を電子より1週間早めに設定し、担当者が内容をシステムへ代行入力すると突合が崩れにくくなります。1年目は端末やカードを持たない層が一定数いる前提で組んでください。

電子化した年末調整のデータは紙に印刷して保存すべきですか？

電子データで受け取った申告書は、印刷せずデータのまま保存できます。保存期間は年末調整を行った年の翌年1月10日の翌日から7年です。決めておくべきは保存場所で、システム内に置くのか自社のファイルサーバーへ書き出すのか、そして年度と従業員を指定して後から取り出せる状態かを確認してください。

電子化の作業はいつから始めればよいですか？

従業員への事前予告は開始の3〜4週間前、システムの事前設定はその前月までに終える日程が無理のない組み方です。逆算すると、9月に設定と対象者の確定、10月に事前予告と初回ログインのテスト、11月に本番の案内と回収、11月下旬から12月に差し戻しと給与システムへの取り込みという流れになります。マイナンバーカードの取得には市区町村の窓口が絡むため、この案内だけは早めに出してください。

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