電子カルテのシェアは病院規模で別物｜大病院・中小病院・診療所のベンダー構図【2026年】

電子カルテのベンダー別シェアを、国は統計として公表していません。厚生労働省が出しているのは「何割の施設が電子カルテを入れているか」という普及率までで、どのメーカーが何割を取っているかは、民間の調査会社やベンダー自身の資料で読むしかないのが実情です。しかも400床以上の大病院、200床未満の中小病院、一般診療所では、主要ベンダーの顔ぶれも市場の伸び方もまったく違います。本記事では、公表されている数字を病床規模別に並べ直し、2026年10月に厚生労働省が公表した電子カルテ認証制度が構図をどう変えるかを確認したうえで、シェア上位の製品を選んだ後にも残る連携とデータ移行の論点を整理します。製品の種類や機能の比較そのものは電子カルテの種類と比較軸を整理した記事で扱っているので、ここでは市場の構造と、選定後に発注側が背負う作業に絞りました。

まとめ：電子カルテのシェアは病床規模別に読み連携と移行の条件で製品を絞る

• ベンダー別シェアの公的統計はありません。稼働施設数ベース、金額ベース、医師アンケートの3種類があり、同じ年でも1位が入れ替わります。数字を見るときは、まず指標と対象施設を確かめてください。
• 400床以上の病院は導入率93.7%（令和5年）で、富士通が500床以上の56%を占めると自社資料で示しています。新規導入ではなく、5〜7年ごとの更新をめぐる市場です。
• 200床未満の病院は導入率59.0%で、約2,100施設が未導入のまま残っています。中小病院向け製品を持つベンダーとクラウド型の新規参入が競う主戦場です。
• 一般診療所は導入率55.0%で、新規開業ではクラウド型の採用が70.8%に達しています。オンプレミス型の稼働数が多い一方、伸びているのはクラウド型です。
• 2026年11月1日に申請受付が始まる標準仕様の認証は、マルチテナント・単一コードベース・価格公開を求めます。院内ごとの個別改修を前提にした製品は、認証の枠に入りにくくなります。
• シェア上位の製品を選んでも、部門システムとの接続、更新時のデータ移行、製品の外で作る院内固有の機能は医療機関側に残ります。シェアは候補を絞る入口に使い、最終判断は連携と移行の条件で下すのが安全です。

電子カルテのシェアを示す公的統計が無い理由と調査ごとに数字が違う仕組み

「電子カルテ シェア」で検索すると、ランキング記事ごとに1位のメーカーが違って戸惑うはずです。原因は、数字の出どころと数え方がそろっていない点にあります。

国の統計が出すのは普及率まででベンダー別の数字は民間調査に頼る構造

厚生労働省の医療施設調査は、3年ごとに電子カルテの有無を施設単位で集計しています。2025年12月10日の検討会資料「電子カルテの普及について」に載っている令和5年の値は、一般病院65.6%（4,638／7,065施設）、一般診療所55.0%（57,662／104,894施設）でした。ただし、この調査は製品名を聞いていません。

デジタル庁と厚生労働省が2026年9月30日に公開した「電子カルテの導入状況に関するダッシュボード」も、施設別・都道府県別の導入状況を見せるもので、ベンダー別の内訳は出していません。結果として、メーカー別の数字は矢野経済研究所や月刊新医療の白書といった有償の調査、あるいはベンダーが自社の説明資料で引用する数字に頼ることになります。

稼働施設数・金額・医師アンケートで同じ年でも1位が入れ替わる集計の差

公開されているシェアの数字は、指標で大きく3種類に分かれます。どれを見ているかで、同じ年でも順位が変わります。

たとえばクリニック向けでは、日経メディカル開業サポートが医師774人に聞いた「電子カルテ導入シェアランキング2024」（2025年1月23日公表）の順位が、WEMEXの自社メディアMedicom Parkで紹介されています。1位はWEMEXのMedicomシリーズ、2位がエムスリーデジカル、3位がダイナミクスでした。掲載元が1位のベンダー自身である点は、読む側が割り引いて受け取るべきところです。ITトレンドのランキングは過去30日間の問い合わせ数で並べたもので、導入済み施設の割合とは別物でした。レセコンでも同じ構造があり、数字の読み方はレセコンメーカーのシェアの読み方を整理した記事でまとめています。

大病院・中小病院・診療所で分かれる電子カルテ市場の規模別ベンダー構図

病床規模ごとに普及率を並べると、市場が3つに割れていることが分かります。医療施設調査（令和5年）の数値は次のとおりです。

未導入の施設数は、全施設から導入施設を引いて算出しました。新しく電子カルテを入れる余地が残っているのは200床未満の病院と診療所で、400床以上はほぼ埋まっています。

400床以上は導入率93.7%で富士通が500床以上の56%を占める更新市場

大病院の市場は、新規導入ではなく入れ替えをめぐる競争です。富士通Japanは2025年11月19日の医療事業の説明資料で、月刊新医療「医療機器システム白書2024」（非公開ユーザを含む）を出所として、自社の電子カルテのシェアを全体で32%、500床以上で56%と示しました。同じ資料では電子カルテの市場規模を約3,000億円としています。

500床以上の半数以上を1社が持つ構図は、部門システムを含めた院内の接続が富士通製品を前提に組まれている病院が多いことを意味します。大病院の更新でベンダーを替えにくいのは、カルテ本体の機能差よりも、検査・放射線・薬剤などの部門システムとの接続をすべて引き直す費用と期間が重いからです。

200床未満の病院は導入率59.0%で未導入約2,100施設を中小病院向け製品が争う

200床未満の一般病院は5,208施設あり、そのうち2,135施設が電子カルテを入れていません。ここが新規導入の数で最も大きい病院市場です。中小病院を主戦場にするベンダーの例として、CEホールディングスの2026年5月の会社説明資料は、自社の電子カルテ「MI･RA･Is」シリーズの導入数を955件（2025年9月30日時点）とし、顧客の約8割強が300床未満の病院だと説明しています。同社は全国のNEC系販社やウィーメックス、キヤノンITSメディカルを通じても販売しており、メーカー名と販売会社名が一致しない点もこの市場の特徴です。

中小病院は、2030年までに概ねすべての医療機関へ電子カルテを入れるという国の目標で、最も追い込まれる層でもあります。目標の法的な位置づけと時期は電子カルテ義務化の時期と普及率目標を整理した記事で確認できます。

一般診療所は導入率55.0%で新規開業の70.8%がクラウド型を選ぶ入れ替わり

診療所の市場では、稼働している数と伸びている型が一致しません。厚生労働省の2025年12月の資料は、電子カルテを入れている診療所約5.8万施設のうち、オンプレミス型が約4.7万、クラウド型が約1万と見積もり、「ここ数年で、クラウドネイティブの電子カルテベンダーのシェアが拡大している」と書いています。

新規開業ではその差がもっとはっきり出ます。矢野経済研究所の2025年12月19日発表によると、2022〜2023年に開業したクリニック210件のうち70.8%が開業時にクラウド型を選びました。診療所向けのシェア順位は、オンプレミス型の稼働数で見るか、新規開業の採用で見るかで逆転しうるわけです。

クラウド型の比率と2026年の認証制度で動き始めた電子カルテのシェア構造

規模別の構図は固定ではありません。クラウド型の伸びと、国が始める製品認証の2つが、この先のシェアを動かします。

2025年7月時点でクラウド型は一般病院18.6%・一般診療所27.1%という推計値

矢野経済研究所は、電子カルテ稼働施設数に占めるクラウド型の割合を、2025年7月時点で一般病院18.6%、一般診療所27.1%と推計しています。金額で見ると、300床未満の中小規模一般病院向け電子カルテ市場は2024年度に678億2,900万円で、そのうちクラウド型は12.3%（83億2,900万円）でした。2027年度には市場732億円、クラウド型14.6%（107億円）と予測されています。

施設数では2割近くあるのに金額では1割強にとどまるのは、クラウド型が導入費用の安い小規模施設から広がっているためです。一方、厚生労働省の資料は「病院向けにクラウド型電子カルテを提供しているベンダーが限られている」とも指摘しています。中小病院でクラウド型を選びたくても、候補が少ないという制約は2026年時点でまだ残っています。

2026年11月に申請が始まる標準仕様の認証が求める単一コードベースと価格公開

厚生労働省は2026年10月16日、電子カルテ及びレセプトコンピュータ標準仕様（基本要件）のページに認証制度の章を追加しました。対象は医科診療所向けと中小病院向けの電子カルテで、申請期間は2026年11月1日〜2027年10月31日です。

認証制度要綱を読むと、認証は製品ごとに与えられ、後継製品には及びません。審査結果は書類が整った申請の受理から原則90日以内に通知され、有効期間は認証を受けた年度の末日までです。評価項目には次のような要件が並んでいます。

• 原則としてガバメントクラウド対象のクラウドサービスを使うパブリッククラウド環境で稼働すること
• すべての医療機関に単一コードベース・単一バージョンで提供し、個別医療機関の要望に応じた個別改修を行っていないこと
• ベンダーが自社Webサイトで、オプション機能を含む電子カルテの小売価格を公開していること
• 医療情報セキュリティ開示書（SDS Ver5.0）やサービス仕様適合開示書を開示できること

認証を受けた製品の情報は厚生労働省が公開すると要綱に書かれています。2027年以降は、シェアの順位とは別に「認証製品かどうか」が候補を絞る公的な基準として加わることになります。

個別改修を禁じるマルチテナント要件が院内カスタマイズ前提の製品に与える影響

この要件で立場が変わるのは、病院ごとに画面や帳票を作り込んで納めてきたオンプレミス型の製品です。単一コードベースで個別改修をしないという条件は、従来の病院向け電子カルテの売り方と正面からぶつかります。

認証は申請しない自由もあるため、既存製品がすぐ市場から消えるわけではありません。ただ、厚生労働省は2025年7月の推進チーム資料以来、カスタマイズしたオンプレ型から、クラウドネイティブで廉価な製品への移行を方針として掲げています。認証製品が補助や加算の要件と結びつけば、中小病院と診療所のシェアは、クラウド型の認証製品を持つベンダーへ寄っていくと見るのが自然です。逆に400床以上の大病院は認証の対象外で、当面は現行の大手ベンダーの更新市場が続きます。

シェア上位の電子カルテを選んだ後に残る部門システム連携とデータ移行の論点

シェア上位の製品を選べば、カルテ本体の機能で大きく外すことは減ります。それでも、本体の外側にある作業は医療機関側に残ります。発注前に範囲を決めておきたいのは次の3点です。

部門システムを同一ベンダーで揃えるか複数社で組むかで変わる接続の本数

病院の電子カルテは、検査・放射線・薬剤・給食・医事会計といった部門システムとつながって初めて動きます。CEホールディングスは説明資料で、部門ごとに別メーカーの製品を選んで電子カルテとつなぐ「マルチベンダー」を自社の強みとして挙げている点が特徴です。部門ごとに使い慣れた製品を残せる反面、接続の本数だけ仕様確認と接続試験が増えます。

同じメーカーで部門システムまでそろえれば接続は減りますが、次の更新でメーカーを替えるときに全部門が一度に動くことになります。診療所の場合は、レセコンを一体で持つか別製品でつなぐかが同じ論点です。構成ごとの差は電子カルテとレセコンの一体型・連動型を比べた記事で扱っています。

5〜7年ごとの更新で旧製品のデータを持ち出せるかを契約前に確かめる項目

CEホールディングスの資料では、電子カルテのシステム更新は約5〜7年ごとと説明されています。つまり、いま選ぶ製品も、ほぼ確実に一度は次の製品への移行を経験する計算です。そのときに過去の診療記録をどの形式で出せるかが、乗り換えの費用を決めます。

厚生労働省の2025年12月の資料は、標準仕様の要件として「データ引き継ぎが可能な互換性の確保」を挙げ、データ出力・取込の形式の例にJSON・XML・CSVを示しています。契約前には、出力できるデータの範囲（患者基本情報・病名・処方・検査結果・文書）、出力の形式、出力にかかる費用の3点を書面で確かめてください。院内の連携方式と、全件移行か参照専用で残すかの判断は医療のデータ連携と電子カルテ更新時の移行判断を整理した記事で詳しく扱っています。

標準仕様の製品でも院内固有の要望は製品の外にAPI連携で作る構成へ

認証製品が個別改修をしない以上、「うちの病院だけの帳票」「独自の病棟管理画面」といった要望は、電子カルテ本体の外に作ることになります。標準仕様は関係システム向けの標準APIの搭載を要件に含めており、本体はそのまま、周辺の業務アプリをAPIでつなぐ構成が前提になっていきます。

この構成では、APIの仕様を読み、電子カルテベンダーと接続条件を詰め、周辺アプリを開発・保守する役割を誰が持つかを決める必要があります。電子カルテ本体はパッケージに任せ、院内固有の機能と連携部分だけを外部に発注する場合は、医療機関向けシステム開発のように、医療情報の安全管理ガイドラインに沿った開発実績を持つ会社に、接続先の製品名と連携項目を示して見積もりを取るのが近道です。

シェアの数字を製品選定に使ってよい場面と使ってはいけない場面の判断基準

シェアは便利な数字ですが、使ってよい場面は限られます。判断を2つの条件で切り分けます。

シェア上位を選んでよいのは同規模・同診療科の導入例が地域内にある場合

シェア上位の製品を候補の先頭に置いてよいのは、自院と同じ病床規模・同じ診療科の導入例が、通える範囲の地域に複数ある場合です。導入施設が多い製品は、販売会社の保守拠点が近くにあり、診療報酬改定への追随も多くの施設で検証されています。無床の内科クリニックがクラウド型の上位製品から選ぶのは、この条件にほぼ当てはまります。

この場合でも、見るべきシェアは自院の区分のものです。500床以上で56%という数字は、100床の病院や無床診療所の選定には何も教えてくれません。

シェアで選んで失敗するのは部門システムの更新時期がカルテとずれている病院

シェアの順位で決めてはいけないのは、部門システムを別々の時期に入れてきた病院です。放射線部門を2年前に更新し、検査部門は来年更新という病院が、全国シェアだけで電子カルテを選ぶと、既存の部門システムとの接続実績が無い製品を引くことがあります。接続実績が無ければ、接続仕様の作成と接続試験の費用が、カルテ本体の見積もりとは別に積み上がります。

この場合は、全国シェアより「自院で動いている部門システムの製品名と版との接続実績」を先に聞き、その答えで候補を絞ってください。シェアの順位は、接続実績が同程度の候補が複数残ったときの比較材料に回すのが妥当です。

よくある質問

電子カルテのシェアを調べる担当者からよく出る質問に、公表されている資料の範囲で答えます。

電子カルテのシェア1位はどこですか？

答えは対象と指標しだいです。病院全体と500床以上の大病院では、富士通Japanが自社資料で全体32%・500床以上56%（出所は月刊新医療「医療機器システム白書2024」）と示しており、首位と読めます。クリニック向けは、医師アンケートや稼働施設数など調査ごとに1位が入れ替わります。国はベンダー別のシェアを公表していないため、どの数字も民間調査かベンダー資料が出どころです。

クリニックで電子カルテのシェアが高い製品はどれですか？

日経メディカル開業サポートの2024年の医師アンケート（医師774人）では、WEMEXのMedicomシリーズ、エムスリーデジカル、ダイナミクスの順でした。ただし新規開業に限ると、2022〜2023年開業のクリニックの70.8%がクラウド型を選んでおり、オンプレミス型を含む全体の順位とは景色が違います。開業か乗り換えかで、参考にするシェアを分けてください。

電子カルテの大手ベンダーにはどこがありますか？

大病院では富士通Japanが最大手で、500床以上の過半を占めています。中小病院向けでは、CEホールディングス（MI･RA･Is、導入955件）のように300床未満に顧客が集中するベンダーがあり、NEC系販社など別会社の名前で販売される製品もあります。診療所向けは、オンプレミス型の老舗とクラウド型の新興が並ぶ構図です。規模ごとに大手の顔ぶれが違う点に注意してください。

クラウド型電子カルテのシェアは今後伸びますか？

伸びる方向の材料がそろっています。2025年7月時点の推計で稼働施設のクラウド型比率は一般病院18.6%・一般診療所27.1%、中小規模病院向けの金額比率も2027年度に14.6%へ上がる予測です。2026年11月に申請が始まる認証制度はパブリッククラウドとマルチテナントを要件にしており、認証を取った製品から中小病院と診療所で広がると見込まれます。

シェアの低い電子カルテを選ぶと何が困りますか？

困りやすいのは、保守拠点の距離、部門システムとの接続実績の少なさ、診療報酬改定への追随の遅れの3点です。とはいえ、自院の部門システムとの接続実績が確認でき、データの出力形式と費用が契約に書かれていれば、シェアの低さそのものは致命傷になりません。逆にシェアが高くても、データを持ち出せない契約なら次の更新で困ります。

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