還付申告とは？確定申告・年末調整との違い、会社員が出す5つの場面と5年の期限

還付申告は、確定申告をする義務がない人が、給与から源泉徴収された所得税や予定納税で納めた所得税の納めすぎを取り戻すために出す申告です。会社員なら、医療費控除、ふるさと納税、住宅ローン控除の1年目のように年末調整で処理されない控除があるときに出します。出すかどうかは任意で、期間は翌年1月1日から5年間、e-Taxで出したときの還付処理の目安は3週間程度です。ただし、申告不要だった20万円以下の副業所得も含めて申告する決まりがあり、ふるさと納税のワンストップ特例も無効になります。この2点を知らずに出すと、戻る額が想定より小さくなります。

まとめ：還付申告の要点

• 令和8年分（2026年分）の還付申告は2027年1月1日から出せます。確定申告期間（2027年2月16日から3月15日）を待つ必要はありません。国税庁は令和8年分の確定申告書等作成コーナーを2027年1月に公開する予定としています。
• 2026年10月時点で出せる一番古い年分は令和3年分で、期限は2026年12月31日です。
• 戻る額の上限はすでに納めた税額で、給与だけの会社員なら源泉徴収票の「源泉徴収税額」です。医療費控除のような所得控除は控除額に税率を掛けた分だけ税額が下がり、住宅ローン控除のような税額控除は控除額が税額から直接引かれます。
• 還付申告をすると、申告不要だった20万円以下の所得も申告書に載せる必要があり、差し引きで税額が増える人もいます。
• ふるさと納税のワンストップ特例を申請していても、還付申告をすれば特例は使えなくなります。寄附金を申告書に書き忘れると住民税の控除が消えます。

還付申告と確定申告・年末調整の違い

確定申告との違い：義務の有無と提出期限

還付申告も確定申告の一種ですが、提出義務のある確定所得申告とは根拠条文と期限が違います。所得税法120条は、所得控除後の所得に税率を掛けた税額が配当控除額を超える人に申告書の提出を義務づけています。給与を1か所から受けて全部が源泉徴収の対象になり、給与収入が2,000万円以下で、給与・退職所得以外の所得が20万円以下の人などは、121条により原則として申告不要です。この申告不要の人が、源泉徴収税額や予定納税額のうち引ききれなかった分の還付を受けるために「提出することができる」と定めたのが122条の還付申告です。

実務で効くのは期限の違いです。国税庁のタックスアンサーNo.2030は、還付申告書は「確定申告期間とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます」としています。令和8年分については、国税庁の「還付申告に当たっての注意事項〜給与所得者用〜」（令和8年分 年末調整のしかた）が、確定申告期間を2027年2月16日（火）から3月15日（月）としたうえで「還付申告は、令和9年2月15日（月）以前でも行うことができます」と書いています。1月に出せば、混雑期より早く還付を受けられます。例外は、55万円・65万円の青色申告特別控除のように期限内申告が要件の特例を使う場合で、還付申告でも法定申告期限（原則として翌年3月15日）までに出す必要があります。

確定申告の義務があるかどうかは、国税庁No.1900「給与所得者で確定申告が必要な人」で判定します。2か所から給与を受け、乙欄で源泉徴収されている人の扱いは「ダブルワークの確定申告｜バイト掛け持ちで乙欄の所得税が戻る条件と還付の時期【令和8年分】」で扱っています。

年末調整との違い：精算する人と扱える控除

年末調整は、勤務先がその年最後の給与を払うときに、1年間の源泉徴収税額と正しい年税額の過不足を精算する手続きです（所得税法190条）。還付申告は、同じ精算を本人が税務署に対して行います。違いは扱える控除の範囲で、年末調整は勤務先に出した申告書と証明書の範囲でしか計算できません。

年末調整で12月や1月の給与に上乗せされる還付金の仕組みは「税金の還付とは？払いすぎた所得税・住民税が戻る手続と年末調整の還付金、5年の期限」で整理しています。

還付申告ができる場面：会社員の5つと予定納税をした人

No.2030は、給与所得者が還付申告できる例として、年の途中の退職、住宅ローン控除、雑損控除、特定支出控除、医療費控除、寄附金控除などを挙げています。以下では、会社員に関係する5つを取り上げます。

中途退職後に再就職しなかった人の未精算税額

年末調整の対象は、原則として年末まで勤務している人です（国税庁No.2665）。年の途中で退職して再就職せず、年末調整を受けていない人は、退職時までに源泉徴収された所得税が未精算のまま残ります（12月分の給与を受けた後の退職など、一定の退職者は年の途中でも年末調整の対象です）。毎月の源泉徴収は1年間勤める前提の概算なので納めすぎになりやすく、退職後に払った国民年金や国民健康保険の保険料も社会保険料控除に加えて精算します。

医療費控除・セルフメディケーション税制の申告

医療費控除は、対象医療費から保険金などで補填される額と10万円（総所得金額等が200万円未満ならその5%）を差し引いた額で、上限は200万円です。セルフメディケーション税制は、一定の健康診断等を受けていることなどが要件で、対象医薬品の購入費から補填金と1万2,000円を差し引いた額を8万8,000円まで控除でき、通常の医療費控除とは選択適用です。対象になる費用の範囲や明細書の作り方は「医療費控除とは？対象・計算・申告方法と令和9年分の胃腸薬追加」にまとめています。

ふるさと納税の6団体以上への寄附・他の控除との同時申告

ワンストップ特例を使えば申告せずに済みますが、利用できるのは寄附先が5団体以内で、確定申告や住民税申告が不要な給与所得者などです（国税庁No.1155）。ワンストップ特例の控除は翌年度の住民税だけで行われ、所得税の還付には表れません。6団体以上に寄附した人や、医療費控除など別の理由で申告する人は、寄附金控除を還付申告に含めます。手順は「ふるさと納税の確定申告のやり方｜必要な人の条件・必要書類・e-Taxの入力と還付額の検算」で確認できます。

住宅ローン控除の1年目に必要な確定申告

住宅借入金等特別控除は、1年目だけ本人が確定申告をする必要があり、2年目以降は年末調整で受けられます。所得税から引ききれなかった分は翌年度の住民税から控除される場合がありますが、確定申告Q&A（Q6）は、年末調整でこの控除を受けている人を除き、住民税での控除にも確定申告書の提出が必要だと注意しています。控除額の計算と要件は「住宅ローン控除の仕組みと適用要件｜令和8年入居の借入限度額と控除額シミュレーション」を参照してください。

年末調整の控除漏れと再調整できない場合の申告

生命保険料控除の証明書を出し忘れた、12月に結婚して配偶者控除の対象が増えた、といったときは、まず会社に年末調整のやり直し（再調整）を頼みます。国税庁「年末調整のしかた」（令和8年版）は、やり直しについて「この年末調整のやり直しができるのは、『給与所得の源泉徴収票』を受給者に交付することとなる翌年１月末日までです」と書いています。表現は「できます」で、会社に再調整を義務づけたものではありません。2月以降や会社が応じない場合は、本人が還付申告で控除を受けます。

予定納税をした個人事業主・年金受給者

還付申告は会社員だけの手続きではありません。所得税法122条1項3号は、源泉徴収税額と並べて、引ききれなかった「予納税額」を還付申告の対象にしています。前年の所得をもとに7月と11月に予定納税をした個人事業主が、その年に売上が落ちて年税額が予定納税額を下回れば、差額は139条により還付されます。公的年金から源泉徴収されている年金受給者も、医療費控除などで納めすぎになれば還付申告ができます。年金受給者の申告の要否は「年金受給者が確定申告しないとどうなる？令和8年分は12月の精算後も申告が要る人がいる」で扱っています。

還付申告で戻る金額の計算

還付額は、控除を加えて計算し直した年税額と、すでに納めた源泉徴収税額（予定納税額）の差です。戻り方は控除の種類で2通りに分かれます。所得控除（医療費控除・寄附金控除・社会保険料控除など）は所得から引くので、戻るのは控除額に所得税率を掛けた分です。税額控除（住宅ローン控除）は税額から直接引くので、納めた税額の範囲内なら控除額と同じだけ戻ります。所得税の税率（国税庁No.2260）は課税所得195万円未満が5%、195万円以上330万円未満が10%、330万円以上695万円未満が20%で、令和8年分はこれに復興特別所得税（所得税額の2.1%）が加わります（令和9年分からは復興特別所得税1.1%と防衛特別所得税1%で、合計は同じ2.1%）。

どの控除でも、戻る額の上限はすでに納めた税額です。給与だけの会社員なら源泉徴収票の「源泉徴収税額」欄の金額（所得税と復興特別所得税の合計）、予定納税をした人はその予定納税額も含みます。年末調整で源泉徴収税額が5万円まで下がっている人は、住宅ローン控除が14万円あっても所得税からは5万円しか戻りません。残りは、所得に応じた上限の範囲で翌年度の住民税から控除されます。所得税の還付が5,105円でも住民税が翌年度に5,000円下がるので、両方を合わせて判断してください。

還付申告しても所得税が戻らないケース

No.2030は、源泉徴収票の「源泉徴収税額」が0の場合など、源泉徴収税額や予定納税額がない人は申告しても還付されないとしています。パートで給与が少なく源泉徴収されていない人が医療費控除を申告しても、所得税は戻りません。この場合でも住民税の所得割が下がる可能性はあるので、住所地の市区町村へ住民税だけを申告する選択肢があります。

源泉分離課税の所得も対象外です。預貯金の利子のように、源泉徴収だけで課税が完結する所得から引かれた税金は、還付申告では取り戻せません。会社側の誤納や住民税の過納の手続は前述の税金の還付の記事で扱っています。

20万円以下の副業所得も還付申告に含める決まり

給与以外の所得が20万円以下なら所得税の確定申告は原則不要ですが（所得税法121条1項1号）、還付申告をする場合はこの扱いが変わります。国税庁のNo.1900の質疑応答は「例えば、医療費控除の適用を受けるための還付申告を行う場合には、給与所得だけでなく、その20万円以下の所得も併せて申告をする必要があります」と明記しています。122条1項が、還付申告書に120条1項各号の事項（所得金額や税額の計算）を記載するよう求めているためです。医療費控除だけを申告して副業所得を書かない、という選び方はできません。

この決まりで、還付申告をすると差し引きで税額が増える人が出ます。課税所得が300万円の会社員（税率10%、復興特別所得税を含めて10.21%）で試算します。

年末調整で給与分の税額が精算済みなら、この例では還付申告のつもりが納付になります（申告納税額は100円未満切捨てで10,200円）。所得税は申告義務がないので、出さない判断も法令上は可能です。ただし住民税は別で、地方税法317条の2第1項ただし書で住民税の申告が不要になるのは、前年に給与所得以外の所得を有しなかった人などです。給与以外の雑所得があって所得税の確定申告をしない場合は、金額が小さくても原則として市区町村への住民税申告が必要です。申告前に、控除で下がる税額と副業所得に掛かる税額を比べてください。

ワンストップ特例を申請した人が還付申告するときの注意

ふるさと納税のワンストップ特例は、確定申告をしないことが前提の制度です。No.1155は、医療費控除や雑損控除を受けるために確定申告をする人も含め、確定申告をする人は「ふるさと納税の金額を寄附金控除額の計算に含めて確定申告をする必要があります」としています。還付申告を出した時点で、自治体に出したワンストップ特例の申請は使われません。

書き忘れたときは、No.1155のとおり更正の請求で寄附金控除を追加できます。ただし、寄附金控除を加えても所得税額が変わらない場合は更正の請求ができないため、住所地の市区町村へ相談します。所得税の確定申告書は住民税の申告書を兼ねており（地方税法317条の3）、申告書第二表の「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄が空欄だと、住民税の特例控除が受けられないことがあります。医療費控除で還付申告をする年にふるさと納税もしていたら、この欄の記入を最初に確認してください。

還付申告の期限と、2026年に出せる年分

確定申告の義務がない人の還付申告は、対象年分の翌年1月1日から5年間です。確定申告Q&A（Q6）は「令和３年分については、令和８年12月31日まで申告することができます」と例示しています。2026年10月時点の各年分の期限は次のとおりです。

過去の分をまとめて出すときは、年分ごとに別々の申告書を作ります。医療費控除も年ごとに10万円（総所得金額等が200万円未満ならその5%）を差し引いて計算するので、3年分の医療費を1年分の申告書に合算することはできません。過去の年分の様式は国税庁サイトの「確定申告書等の様式・手引き等」に年分別に掲載されています。すでに還付申告を出した年分で控除を書き漏らしていた場合は、もう一度還付申告を出すのではなく更正の請求をします。No.2030は、その期限を「原則として還付申告書を提出した日から5年以内」としています。

還付申告のやり方：書類の準備から提出まで

提出方法は、e-Tax（確定申告書等作成コーナーからの送信）、郵送、税務署への持参の3つで、提出先は住所地を所轄する税務署です。

1. 源泉徴収票と、控除を受ける証明書類（医療費の明細書、寄附金受領証明書、住宅ローンの年末残高証明書など）をそろえる
2. 国税庁の確定申告書等作成コーナーで年分を選び、源泉徴収票の金額と控除額を入力する（20万円以下の副業所得もここで入力）
3. 申告書第一表の「還付される税金の受取場所」欄に、本人名義の口座を書く（公金受取口座を使うなら「公金受取口座の利用」欄に丸印）
4. e-Taxで送信するか、印刷して郵送・持参する

源泉徴収票は金額の転記に使う書類で、平成31年4月1日以後に提出する申告書からは添付も提示も不要です（国税庁No.1120）。勤務先が源泉徴収票をe-Taxなどで提出していれば、マイナンバーカードでe-Taxを使うときにマイナポータル連携で金額を自動入力できます。控除ごとに添付・提示する書類と、e-Taxで省略できる書類は「還付申告の必要書類一覧｜控除別の添付書類と省略できる書類・過去5年分の集め方」にまとめています。e-Taxはマイナンバーカードとカード読取対応のスマートフォンがあれば送信でき、パソコンで作った申告書もスマートフォンでQRコードを読み取って送信できます（確定申告Q&A Q7）。手順は「e-Taxのスマホ対応機種一覧はどこ？Android・iPhoneの条件と確定申告のやり方【2026年10月】」で解説しています。

e-TaxのID・パスワード方式は、2025年10月1日から新規発行が停止されています。e-Taxのよくある質問は、届出済みの人は引き続き使えるとしたうえで「ID・パスワード方式は、令和９年分確定申告からは利用できなくなる予定です」と案内しています。令和9年分の申告からは、マイナンバーカード方式か書面提出への切り替えが必要になる予定です。所得税の還付申告書を出せば税務署から市区町村へデータが送られるので、住民税の申告を別に出す必要はありません（確定申告Q&A Q9）。

還付金が振り込まれる時期と処理状況の確認方法

国税庁の確定申告Q&A【税金の還付】（Q41）は、自宅などからe-Taxで出した還付申告は「３週間程度で処理しています」としています。それ以外の提出、特に2月・3月の確定申告期間中は、還付金の支払手続に「おおむね１か月から１か月半程度の期間を要する」としています。同じQ41は、訂正申告など同じ人が複数回申告した場合、書類不備がある場合、書面の別送書類がある場合は、e-Taxでも3週間程度の処理の対象外になると書いています。早く受け取りたいなら、1月中にe-Taxで出し、書類は書面で別送しないようにします。

処理の進み具合は、Q40の手順で確認できます。e-Taxソフト（WEB版）にログインし、「マイページ」から「還付・納税関係」を選び、「還付先金融機関」の「還付金処理状況を確認する」を押します。書面で出した人も、利用者識別番号を持っていれば確認できます。

受け取り方法は、預貯金口座への振込みと、ゆうちょ銀行・郵便局の窓口での受け取りの2つです（Q42）。口座名義は申告者本人の氏名にする必要があり、屋号が入った口座や一部のインターネット専用銀行には振り込めません（Q43・Q44）。マイナポータルで公金受取口座を登録済みなら、申告書の「公金受取口座の利用」欄に丸印を付けるだけで指定でき、口座番号の記入は要りません（Q45）。

申告後に残す書類と保管の目安

還付金が振り込まれると、書面の「国税還付金振込通知書」が届きます。e-Taxで還付申告をして電子交付を選んだ場合は書面は届かず、e-Taxの「通知書等一覧」で確認します（Q47・Q48。ID・パスワード方式では電子交付を選べません）。通知書や申告書の控えを残す期間の目安は、税務署が申告内容を見直せる期間です。国税通則法70条1項1号は更正の期限を「法定申告期限」から5年としつつ、かっこ書で「還付請求申告書に係る更正については当該申告書を提出した日」と定めています。還付申告では、3月15日ではなく提出した日から5年が経つまで、税務署は内容を更正できます。

医療費控除の領収書は保存が義務です。国税庁No.1119は、明細書を添付した場合は医療費の領収書を「確定申告期限等から5年間ご自宅等で保存する必要があります」としています（医療費通知を添付した分は保存不要）。申告書の控えや振込通知書の保管は任意の備え、領収書の保存は義務、と区別してください。

よくある質問

還付申告はいつから出せますか？

対象年分の翌年1月1日から出せます。令和8年分なら2027年1月1日からで、確定申告期間（2027年2月16日から3月15日）より前の2月15日以前でも受け付けられます。

確定申告と還付申告の違いは何ですか？

還付申告も確定申告の一種です。所得税法120条の確定所得申告は、提出義務がある人が原則として翌年3月15日までに行う申告です。還付申告は122条に基づき、申告義務がない人が納めすぎた源泉所得税や予定納税額を取り戻すために任意で出す申告で、翌年1月1日から5年間出せます。

還付申告は何年前までさかのぼれますか？

5年前までです。2026年中なら令和3年分まで出せ、令和3年分の期限は2026年12月31日です。年分ごとに申告書を分けて作ります。

副業の所得が20万円以下でも、還付申告では書く必要がありますか？

書く必要があります。国税庁No.1900の質疑応答は、医療費控除のための還付申告では「その20万円以下の所得も併せて申告をする必要があります」としています。副業所得を加えると還付額が減るか、納付に転じることがあります。

還付金はいつ振り込まれますか？

国税庁の確定申告Q&A（Q41）によると、自宅などからe-Taxで出した還付申告は3週間程度で処理され、書面などで2月・3月の確定申告期間中に出した場合はおおむね1か月から1か月半かかります。訂正申告や書類の別送があると、e-Taxでも3週間程度の処理の対象外になります。

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