医療保険の給付金は確定申告が必要？入院給付金の非課税と医療費控除で差し引く範囲

医療保険から入院給付金や手術給付金を受け取っても、それだけで確定申告をする必要はありません。給付金は非課税だからです。申告が絡むのは、その給付金が補填する医療費について医療費控除を受けるときです。このときは給付金を「保険金などで補填される金額」として、支払った医療費から差し引きます。ここで起きやすい誤りが、受け取った給付金の全額を医療費の総額から引いてしまうことです。国税庁は差し引く範囲を、その給付の目的となった医療費までに限っています。入院費を上回った給付金を歯の治療費から引く必要はありません。

まとめ

• 医療保険の入院給付金・手術給付金・通院給付金は非課税です（所得税法施行令30条1号、所得税基本通達9-21）。受け取っただけなら確定申告は要りません。
• 配偶者・直系血族・生計を一にする親族が受取人でも非課税です（同通達9-20）。死亡保険金は非課税になりません。
• 医療費控除を受けるときは、医療費の補填を目的とする給付金を支払った医療費から差し引きます（所得税法73条1項かっこ書き、同通達73-8）。
• 差し引くのは補填の対象になった医療費が限度です。引ききれない分は他の医療費から引きません（タックスアンサーNo.1120の注、質疑応答事例「支払った医療費を超える補填金」）。
• 高度障害保険金・就業不能給付金・傷病手当金は差し引きません（同通達73-9）。がん診断給付金は給付名だけで決めず、約款上の支払事由が医療費の補填に当たるかを確認します。
• 医療費控除は年末調整では受けられません。給付金の金額が申告時に決まっていなければ見込額で差し引き、確定後に訂正します（同通達73-10）。

医療保険の給付金に確定申告が要るかの判定

入院給付金が非課税になる根拠は所得税法施行令30条1号

入院給付金が非課税である根拠は、所得税法9条1項18号と、その委任を受けた所得税法施行令30条1号です。同号は非課税となる保険金・給付金を「身体の傷害に基因して支払を受けるもの」と定めています。所得税基本通達9-21はこれを受けて、疾病による「入院費給付金等（一時金として受け取るもののほか、年金として受け取るものを含む。）」も同号に該当するとしています。入院一時金のようにまとめて支払われる給付も、年金形式の給付も非課税です。

非課税の条文番号を所得税法9条1項3号と書く解説がありますが、3号は恩給や遺族年金などの公的給付の規定で、民間保険の給付金は対象外です。同じ生命保険でも、死亡保険金と満期保険金は非課税になりません。死亡保険金は被保険者・保険料の負担者・受取人が誰かにより所得税・相続税・贈与税のいずれかの対象になります（タックスアンサーNo.1750）。満期保険金は保険料の負担者と受取人が同じなら所得税（一時金なら一時所得、年金なら雑所得）、違えば贈与税の対象です。保険期間5年以下の一時払養老保険などは源泉分離課税で課税が終わります（同No.1755）。

受取人が配偶者や親でも非課税になる範囲

家族の入院で、契約上の受取人が本人以外になっていることがあります。通達9-20は、支払を受ける者と身体に傷害を受けた者が異なっていても、受取人が「その身体に傷害を受けた者の配偶者若しくは直系血族又は生計を一にするその他の親族であるとき」は非課税とする、と定めています。夫が契約者で妻が被保険者、受取人が夫という典型的な家族契約でも、妻の入院給付金を夫が受け取って課税されることはありません。生計を別にする兄弟姉妹が受取人の場合は直系血族に当たらないため、この通達の範囲から外れます。

非課税の範囲とは別に、医療費控除で差し引くかどうかは、誰がその医療費を払ったかで決まります。妻の入院費を夫が払い、夫が医療費控除を受けるなら、妻の入院給付金は夫の明細書でその入院費から差し引きます。

給付金だけを受け取った年の申告要否と年末調整

非課税所得は確定申告書に書く欄がありません。その年に入院給付金を受け取っただけで、医療費控除も他の還付の理由もないなら、確定申告は不要です。会社員は勤務先に給付金を届け出る必要もなく、年末調整にも影響しません。

年末調整で医療費控除を済ませることはできません。国税庁の令和8年版 源泉徴収のあらましは「源泉徴収の段階では雑損控除や医療費控除などの所得控除は受けられないことになっているため、これらの控除は翌年に確定申告によって受けることになります」としています。医療費が多かった年は、年末調整が終わった後に自分で確定申告（還付申告）をし、そこで給付金を差し引きます。

給付金の種類別に見る非課税と差し引きの要否

医療保険や特約から出る給付のうちどれを医療費から差し引くか、判断の軸は、所得税基本通達73-8(2)の「医療費の補填を目的として支払を受ける」給付かどうかです。金額の大小や一時金か日額かは基準になりません。

入院給付金の差し引き方は、タックスアンサーNo.1126の注に「入院に係る費用を補てんする入院給付金の額は、その給付の目的となった入院に係る医療費の額から差し引く」と書かれています。高度障害保険金と就業不能給付金を差し引かないのは、通達73-9(1)が「死亡したこと、重度障害の状態となったこと、療養のため労務に服することができなくなったことなどに基因して支払を受ける保険金」を補填金から除いているためです。どちらも非課税ですが、医療費の補填ではないので医療費控除の計算には入りません。

がん診断給付金で確かめる約款上の支払事由

がんと診断された時点で定額が出る診断給付金や、三大疾病の一時金は、所得税基本通達73-8・73-9、タックスアンサーNo.1120・No.1126、質疑応答事例「支払った医療費を超える補填金」のいずれにも給付名を挙げた記述がありません。税理士の解説でも、使い道を問わず診断の事実だけで支払われるので医療費の補填ではないとして差し引かない説明と、がん治療の医療費から差し引く説明の両方があります。

給付名で決めず、約款の支払事由を読みます。診断の確定だけで支払われ、治療を受けたかどうかも医療費の額も問わない給付なのか、入院や治療の費用に応じて支払われる給付なのかが、通達73-8(2)の「医療費の補填を目的として」に当たるかの分かれ目です。前者で差し引かずに申告する場合も、後者に近い給付で迷う場合も、約款と支払明細書を持って所轄の税務署に照会してから申告してください。がん治療の自己負担が大きく、診断給付金を引くかどうかで控除額が数十万円変わる人ほど、照会の手間をかける価値があります。

先進医療給付金と入院一時金の差し引き先

先進医療は保険診療と併用できますが、技術料にあたる「先進医療に係る費用」は全額自己負担です。厚生労働省の先進医療の概要は、令和8年9月現在で71種類とし、領収書について「税金の医療費控除を受ける場合に必要となります」と案内しています。先進医療特約の給付金はこの技術料を賄うために支払われるので、技術料から差し引きます。自由診療と保険診療の区分は自由診療は医療費控除の対象？AGA・ICL・医療脱毛の判定と消費税・申告のやり方【令和8年分】で扱っています。

入院一時金も、入院を支払事由とする給付なので入院の医療費から差し引きます。短期入院で一時金10万円、窓口負担が4万円なら、差し引くのは4万円までで、残りの6万円は他の医療費に及びません。

医療費控除で給付金を差し引く基本ルール

医療費控除額は、実際に支払った医療費の合計から補填金と足切り額を引いて求めます。控除額の上限は200万円です。医療費控除そのものの対象範囲や申告手順は医療費控除とは？対象・計算・申告方法と令和9年分の胃腸薬追加で扱っています。

補填の対象となった医療費ごとの差引計算

誤りが集中するのは（1）です。タックスアンサーNo.1120の注は「保険金などで補てんされる金額は、その給付の目的となった医療費の金額を限度として差し引きますので、引ききれない金額が生じた場合であっても他の医療費からは差し引きません」としています。給付金は医療費の総額から引くのではなく、その給付の原因になった治療の医療費から引きます。実務では、まず医療費を給付金の対象になった治療と、それ以外の治療に分けるところから始めます。

入院費30万円に対し給付金50万円を受け取った場合の計算

総所得金額等が200万円以上で、申告者が自分と生計を一にする家族の医療費を支払い、ほかに補填金が無い前提で比べます。年間の医療費が入院費30万円・歯科治療15万円・家族の通院費5万円の計50万円で、入院に対して50万円の入院給付金を受け取ったケースです。

誤った処理では控除額がゼロになりますが、正しくは10万円の控除が残ります。所得税率10％の人なら、所得税で1万円（復興特別所得税を除く）、翌年度の住民税（税率10％）で1万円、合わせて約2万円の差です。

この扱いは質疑応答事例「支払った医療費を超える補填金」でも確かめられます。入院費を超える入院給付金を受け取ったとき、超える部分を歯の治療費から差し引く必要があるかという照会に、回答は「歯の治療費から差し引いて医療費控除の計算を行う必要はありません」です。超過分は他の医療費から差し引かず、翌年にも繰り越しません。「医療費控除で保険金の方が多い」場面でも、他の医療費の控除まで消えるわけではありません。

補填金を書き漏れたときの修正申告と加算税

医療費控除を受けながら差し引くべき補填金を書き漏らし、その結果として納める税額が少なすぎた（還付額が多すぎた）場合は、修正申告が必要です。タックスアンサーNo.2026によると、調査の事前通知より前に自主的に修正申告をすれば過少申告加算税はかかりません。事前通知の後で、調査による更正を予知する前の修正申告なら、新たに納める税金の5％（当初の申告納税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分は10％）です。調査を受けた後の修正申告や税務署からの更正では、10％（超える部分は15％）に上がります。気づいた時点で自分から直すのが最も軽く済みます。

健康保険などの給付で差し引くもの・差し引かないもの

民間保険だけでなく、健康保険の給付にも差し引くものがあります。所得税基本通達73-8と73-9が列挙しています。

傷病手当金と出産手当金は、働けなかった期間の収入を補う給付なので差し引きません。傷病手当金の課税上の扱いは傷病手当金は非課税｜国税庁の根拠と年末調整・源泉徴収票・確定申告の扱い【令和8年分】で整理しています。

健康保険組合が独自に支給する附加給付（一部負担還元金など）は差し引く側です。通達73-8(1)は「医療費の支出の事由を給付原因として支給を受けるもの」を広く拾っており、附加給付はこれに当たります。出産育児一時金は、産科医療補償制度に加入する医療機関で在胎週数22週以降に出産した場合、協会けんぽでは1児につき50万円です（22週に達しなかった場合は48.8万円）。直接支払制度を使うと病院の窓口では差額しか払わないので、医療費に窓口で払った差額だけを書いた場合は、出産育児一時金を補填金の欄に重ねて書きません。出産費用の総額を医療費に書くなら、一時金を補填金として差し引きます。どちらか一方で計算します。

入院費のうち医療費控除の対象になる費用

給付金を差し引く前に、そもそも医療費に入れてよい費用かを確かめます。対象外の費用を医療費に入れたまま給付金を引くと、両側で数字がずれます。入院費用の具体例はタックスアンサーNo.1126に整理されています。

食事代について、国税庁は「入院中は病院で支給される食事を摂ることになります。これは、入院代に含まれますので医療費控除の対象になります。しかし、他から出前を取ったり外食したりしたものは、控除の対象にはなりません」としています。病院が請求する食事療養標準負担額は入院費の一部なので、領収書の金額をそのまま計上して差し支えありません。

差額ベッド代で除かれるのは「本人や家族の都合だけで個室に入院したとき」です。請求されているという事実だけでは自己都合と決まりません。厚生労働省の保険局医療課長通知（保医発0327第6号・令和8年3月27日）は、特別療養環境室の料金を求めてはならない場合として、同意書による同意の確認を行っていない場合、患者本人の治療上の必要により入院させる場合、病棟管理の必要性等から入院させた場合であって実質的に患者の選択によらない場合の3つを挙げています。後者には「特別療養環境室以外の病室の病床が満床であるため、特別療養環境室に入院させた患者の場合」も含まれます。請求に疑問があれば、同意書と入室の理由を病院に確認してください。

月や年をまたいだ入院で計算がずれる場面

月をまたぐ入院と高額療養費の暦月判定

高額療養費の自己負担限度額は、1日から末日までの暦月ごとに判定します。同じ30日間の入院でも、1つの月に収まれば判定は1回ですが、月をまたぐと2か月に分かれ、それぞれで限度額を超えたかを判定します。1か月にまとめれば超えていた金額が、2か月に割れると片方または両方で限度額に届かないことがあります。

医療費控除は1月1日から12月31日までの暦年単位なので、月またぎが控除額に直接効くわけではありません。効くのは間接的な経路です。高額療養費が減れば差し引く補填金も減り、差引後の医療費が増えます。ただし控除で戻るのは増えた医療費に税率を掛けた分だけで、増えた自己負担の全額が戻るわけではありません。限度額の区分や2026年8月の改正内容は高額療養費制度（高額医療費制度）とは？2026年8月改正後の限度額・計算方法・申請の流れで扱っています。

年をまたぐ入院での医療費と給付金の年分対応

医療費は支払った年に計上します。所得税基本通達73-2は「その年中に現実に支払った医療費をいうのであるから、未払となっている医療費は現実に支払われるまでは控除の対象とならない」としています。12月に入院して1月に退院・精算したなら、その入院費は翌年分の医療費です。

給付金は受け取った年ではなく、補填の対象となった医療費の年に対応させます。1月に受け取った給付金でも、前年に支払った入院費に対するものなら前年分の医療費から差し引きます。同じ入院の費用を12月と翌年1月に分けて支払い、給付金を後からまとめて受け取った場合について、質疑応答事例「医療費を補填する保険金等の金額のあん分計算」は「原則として、その保険金の金額を、支払った入院費用の額に応じて、各年分にあん分します」と答えています。12月に20万円、翌年1月に10万円を支払い、2月に24万円の給付金を受け取ったなら、前年分に16万円、翌年分に8万円を割り当てます。

給付金が未確定なときの見込控除と事後の訂正

給付金の請求が年末年始にかかると、確定申告の時点でまだ支払額が決まっていないことがあります。申告を遅らせる必要はありません。通達73-10は「医療費を補填する保険金等の額が医療費を支払った年分の確定申告書を提出する時までに確定していない場合には、当該保険金等の見込額に基づいて同項の規定を適用する」と定めています。保険会社の約款にある日額や手術倍率から見込額を出し、それを差し引いて申告します。

同じ通達は続けて「後日、当該保険金等の確定額と当該見込額とが異なることとなったときは、遡及してその医療費控除額を訂正するものとする」としています。確定額で計算し直した結果、納める税額が増える（還付額が減る）なら修正申告、税額が減る（還付額が増える）なら更正の請求をします。給付金が医療費の上限を超えていて控除額が変わらない場合など、税額に異動が無ければ手続きは要りません。更正の請求は原則として法定申告期限から5年以内ですが、還付申告をした人はその申告書の提出日から5年以内です。還付申告書自体はその年の翌年1月1日から5年間提出できます。申告し忘れた年の還付手続きは還付申告とは？確定申告・年末調整との違い、会社員が出す5つの場面と5年の期限を参照してください。

医療費控除の明細書と作成コーナーでの入力

給付金は医療費控除の明細書の「保険金などで補填される金額」欄に書きます。国税庁は確定申告書等作成コーナーのよくある質問に、この欄の入力例を3つ載せています。

2つ目について、国税庁は「医療費の金額を上限として補てんされる金額を入力してください」と指示しています。受け取った80,000円ではなく、対応する医療費の50,000円で頭打ちにします。3つ目には「支払った医療費ごとに補てんされる金額を計算して入力してください」とあり、20,000円＋50,000円（支払った金額が上限）＝70,000円を入力する例が示されています。まとめて入力してよいのは、医療費ごとに上限を当てた後の合計です。受け取った給付金の合計100,000円をそのまま入れると、超過分が他の医療費を食ってしまいます。

補填される金額がわからないときは、保険会社から届く支払明細書（給付金の支払通知）で、給付の種類・対象の入院期間・金額を確かめます。届いていなければ前の章の見込控除で申告します。健康保険から届く医療費通知を添付すると明細書の記載を簡略化できますが、通知に載るのは公的医療保険が把握している情報だけで、生命保険会社の給付金は含まれません。補填金の欄は自分で書きます。医療費の領収書は、タックスアンサーNo.1119のとおり確定申告期限等から5年間保存が必要です（医療費通知を添付した分の領収書を除きます）。

受け取る前に本人が亡くなった給付金と相続税

入院給付金を請求する前、または支払われる前に被保険者が亡くなることがあります。相続税法基本通達3-7は、死亡を伴わない疾病などを保険事故とする給付金は、被保険者の死亡後に支払われても相続税のみなし相続財産となる「保険金」には含まれないとしたうえで、注で「被保険者に支払われる保険金又は給付金が、当該被保険者の死亡後に支払われた場合には、当該被保険者たる被相続人の本来の相続財産になる」と定めています。

受取人が被保険者本人の入院給付金は、亡くなった後に家族が請求して受け取っても相続財産として相続税の計算に入ります。死亡保険金の非課税枠（500万円×法定相続人の数）は使えません。受取人が配偶者など本人以外になっている契約なら、通達3-7の注の対象から外れます。相続税の申告が必要な家庭では、未請求の給付金がないかを保険会社に確認してから財産目録を作ってください。

よくある質問

医療保険の給付金を受け取ったら確定申告は必要ですか？

不要です。入院給付金・手術給付金・通院給付金は所得税法施行令30条1号により非課税で、確定申告書に書く欄がありません。確定申告が必要になるのは医療費控除を受ける場合などで、そのときは給付金を受け取った年ではなく、補填の対象になった医療費を支払った年分の明細書の補填金欄に書きます。

医療保険の給付金は年末調整で申告しますか？

申告しません。非課税の給付金は勤務先に届け出る必要がなく、年末調整の計算にも入りません。医療費控除は年末調整では受けられないので、医療費が多かった年は年末調整の後に確定申告をし、その中で給付金を差し引きます。

医療費控除で保険金の方が多いときは書かなくてよいですか？

その医療費の行には、医療費と同じ額を補填金として書きます。医療費控除の明細書は医療費ごとに補填金を書く様式で、上限はその医療費の額です。給付金が入院費を上回っても、超えた分は他の医療費から引かないので、歯科や通院の医療費が10万円を超えていれば控除が残ります。

補填される金額がわからないときはどうしますか？

保険会社の支払明細書で、給付の種類と対象の入院期間を確認します。申告時点で支払額が決まっていなければ、所得税基本通達73-10により見込額を差し引いて申告し、確定額と違えば修正申告か更正の請求で直します。

医療費控除と生命保険料控除は同じ年に両方使えますか？

使えます。生命保険料控除は支払った保険料に対する控除、医療費控除は支払った医療費に対する控除で、併用の制限はありません。給付金を差し引くのは医療費控除だけで、生命保険料控除の計算には影響しません。控除額の計算方法は生命保険料控除はいくら戻る？令和8年分の計算式と23歳未満の子がいる6万円特例で確認できます。

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