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title: "システム開発で使える補助金一覧【2026年版】種類・補助額・対象経費と申請の流れ"
url: "https://www.issoh.co.jp/column/details/3767/"
published: 2024-10-07
updated: 2026-10-18
categories: ["Webシステム"]
publisher: "株式会社一創"
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# システム開発で使える補助金一覧【2026年版】種類・補助額・対象経費と申請の流れ

システム開発やアプリ開発の費用は、国の補助金・助成金で一部をまかなえます。ただし2026年は制度の入れ替わりが大きく、事業再構築補助金は新規募集を終え、IT導入補助金は「デジタル化・AI導入補助金2026」へ、ものづくり補助金は「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」へ移りました。旧名の情報のまま申請枠を選ぶと、対象外や締切切れになりかねません。

この記事では、システム開発に使える補助金を2026年10月11日時点の公募で整理し、補助額・対象経費・締切、自己負担の試算方法、採択されにくい計画までを発注者の立場でまとめます。

## まとめ：システム開発で使える補助金と2026年10月時点の選び方の結論

システム開発を後押しする主な制度は、投資の目的で選びます。登録済みのITツールやSaaSを入れるならデジタル化・AI導入補助金2026、新製品・新事業の基盤になるシステムを作るなら新事業進出・ものづくり商業サービス補助金、人手不足を自動化で埋めるなら中小企業省力化投資補助金（一般型）が軸です。小規模事業者の販路開拓に伴うWebや受発注システムなら小規模事業者持続化補助金、最低賃金の引き上げとセットで業務システムを入れるなら業務改善助成金が候補に入ります。

| 補助金・助成金           | 補助上限（目安）       | 補助率     | 直近の締切       | システムでの主な用途      |
| ----------------- | -------------- | ------- | ----------- | --------------- |
| デジタル化・AI導入補助金2026 | 450万円（通常枠）     | 1/2〜2/3 | 6次 10月30日   | 登録ITツール・SaaSの導入 |
| 新事業進出・ものづくり補助金    | 2,500万〜9,000万円 | 1/2〜2/3 | 第1回 10月30日  | 新製品・新事業のシステム構築  |
| 省力化投資補助金（一般型）     | 最大1億円          | 1/2〜2/3 | 第8回 10月16日  | 省力化の個別システム開発    |
| 小規模事業者持続化補助金      | 50万〜250万円      | 2/3〜3/4 | 第20回 12月15日 | 販路開拓のWeb・受発注    |
| 業務改善助成金           | 最大600万円        | 3/4〜4/5 | 都道府県で異なる    | 勤怠・給与・販売管理      |
| 事業承継・M&A補助金       | 枠で異なる          | 枠で異なる   | 16次 11月6日   | M&A後のシステム統合     |

上表は2026年10月11日時点の公式サイトの掲載をもとにした目安で、新事業進出・ものづくり補助金は革新的新製品・サービス枠を除いた枠の値です。採否を分けるのは制度選びより計画の中身で、工数削減や付加価値の増加を数値で書けない案件はどの制度でも通りにくいと考えてください。

## システム開発に補助金・助成金が使える理由と補助対象になる経費の範囲

補助金は、国が政策目的に沿った投資を後押しする仕組みで、原則として審査があり、後払いで、返済は不要です。システム開発は「生産性向上」「新規事業」「省力化」といった政策目的と結びつけやすい投資です。

### 補助金と助成金の違いと、システム投資で選ぶときの審査方式の差

補助金は予算枠と採択件数に上限があり、事業計画の審査で採否が決まる競争型です。助成金は厚生労働省系の制度を指すことが多く、要件を満たせば支給される傾向が強いのが特徴です。システム投資で使える助成金の代表は業務改善助成金で、事業場内最低賃金の引き上げが支給の前提条件になります。

### システム開発費で補助対象になる経費区分と対象外になりやすい費用

対象になりやすいのは、外部委託によるシステム・アプリの開発費、機械装置・システム構築費、クラウドサービス利用料、専門家経費です。新事業進出・ものづくり補助金では機械装置・システム構築費が必須の経費区分とされ、システム投資を含まない計画はそもそも申請できません。

対象外になりやすいのは、自社社員の人件費、汎用パソコンやスマートフォンの購入、交付決定前に契約・発注した費用、保守運用の恒常費用です。開発後の[システム保守・運用にかかる費用](https://www.issoh.co.jp/column/details/13173/)は自己負担が前提になります。開発費全体の妥当性を見極めるには[システム開発の費用相場と人月単価の考え方](https://www.issoh.co.jp/column/details/13121/)もあわせて確認すると、補助対象額の見積もりが立てやすくなります。

### 補助金は後払いという前提と、交付決定前の発注が対象外になる理由

補助金は、開発費を全額支払ったあとに実績報告と確定検査を経て入金されます。たとえば1,200万円の開発で600万円の補助を受ける場合でも、いったんは1,200万円を自社で用意しなければなりません。入金は事業完了から数か月後になることが多く、つなぎ融資の要否を申請前に決めておく必要があります。

交付決定前の発注が対象外になるのは、補助金が「これから行う投資」を支援する仕組みだからです。新事業進出・ものづくり補助金の公募要領も、交付決定日より前の発注・契約を対象外と定めています。開発会社との契約日は交付決定通知の日付より後にそろえてください。受け取った補助金の税務は[圧縮記帳による課税の繰り延べ](https://www.issoh.co.jp/column/details/10688/)を検討する場面があり、経理担当と早めに共有しておくと期末に慌てません。

## システム開発・アプリ開発で使える主要な補助金6制度の2026年最新の要件

2026年に狙える制度を、システム開発での使いどころとともに整理します。名称変更が続いているため、公募回と日付は各制度の公式ページで確かめてください。

### デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）の通常枠と締切

従来のIT導入補助金は、2026年度から「デジタル化・AI導入補助金2026」へ名称が変わりました。事務局に登録されたITツールを導入する費用を補助する制度で、[通常枠の公式ページ](https://it-shien.smrj.go.jp/applicant/subsidy/normal/)では、補助額が業務プロセス1つ以上で5万円以上150万円未満、4つ以上で150万円以上450万円以下、補助率は1/2以内（最低賃金近傍の従業員が一定割合以上いる事業者は2/3以内）と示されています。

補助対象はソフトウェア購入費とクラウド利用料（最大2年分）が中心で、機能拡張・データ連携ツール・導入設定・保守サポートはオプションとして計上します。[事業スケジュール](https://it-shien.smrj.go.jp/schedule/)では6次締切が2026年10月30日17時、交付決定が12月10日予定です。10月9日には第7回公募以降の公募要領が更新されており、7次以降に申請するなら新しい要領で要件を確かめ直してください。フルスクラッチの個別開発は登録ITツールにならないため、この制度の対象外と考えるのが基本です。枠ごとの違いやAIツールの扱いは[デジタル化・AI導入補助金の枠と補助額を整理した記事](https://www.issoh.co.jp/column/details/13781/)で詳しく扱っています。

### 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の3枠と第1回公募の日程

ものづくり補助金は第23次公募で終了し、中小企業新事業進出補助金と統合した「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」に移りました。[公式サイト](https://shinjigyou-monodukuri.smrj.go.jp/)によると、第1回公募は2026年6月29日に始まり、申請受付は9月30日18時開始、締切は10月30日18時です。当初案内の受付期間から後ろへずれているため、古い日程を前提にした記事には注意が要ります。

枠は3つです。革新的新製品・サービス枠は上限750万〜2,500万円（賃上げ特例で最大3,500万円）、新事業進出枠とグローバル枠は上限2,500万〜7,000万円（同じく最大9,000万円）で、上限は従業員数で段階的に決まります。補助事業終了後3〜5年の計画で、付加価値額の年平均成長率4.0%以上、1人あたり給与支給総額の年平均成長率3.5%以上、事業場内最低賃金を地域別最低賃金より30円以上高く保つことがすべて求められ、未達なら返還の対象になります。システム開発費が対象になる条件や100万円以上のシステム構築費で求められる書類は[ものづくり補助金の新制度移行と対象経費を整理した記事](https://www.issoh.co.jp/column/details/17436/)にまとめました。

### 中小企業省力化投資補助金の一般型で個別のシステム開発を申請する条件

人手不足の解消を目的に省力化投資を支援する制度で、登録製品から選ぶカタログ注文型と、個別の設備導入・システム構築を支援する一般型があります。独自のシステム開発は一般型で申請し、[一般型の公式ページ](https://shoryokuka.smrj.go.jp/ippan/)では、補助上限が従業員5人以下で750万円、21〜50人で3,000万円、101人以上で8,000万円（大幅賃上げ特例で最大1億円）、補助率は中小企業1/2（特例で2/3）、小規模事業者2/3です。[一般型のスケジュール](https://shoryokuka.smrj.go.jp/ippan/schedule/)では第8回の締切が2026年10月16日17時で、公募回は年3〜4回の予定とされています。補助額が大きい分、省力化効果を工数削減の数値で示す必要があり、制度の全体像は[中小企業省力化投資補助金の補助額と要件](https://www.issoh.co.jp/column/details/7848/)で解説しています。

### 小規模事業者持続化補助金のウェブサイト関連費30万円上限と単独申請不可

従業員数の少ない小規模事業者が、販路開拓に取り組む費用を支援する制度です。商工会地区の事務局が[申請ページ](https://official.jizokukanb.com/shinsei)で公開している第20回公募要領（第8版）では、補助上限は50万円で、インボイス特例で50万円、賃金引上げ特例で150万円、両方で200万円が上乗せされます。補助率は2/3（賃金引上げ特例のうち赤字事業者は3/4）です。

システム開発で押さえるべき点は、ウェブサイトやECサイト、システムの開発費が「ウェブサイト関連費」に計上され、この経費の交付申請額の上限が30万円（税込）とされていることです。ウェブサイト関連費だけの単独申請はできません。第20回は申請受付が2026年11月5日開始、締切が12月15日17時の予定です。ホームページ制作が主目的なら[ホームページ制作で使える補助金・助成金](https://www.issoh.co.jp/column/details/3765/)もあわせて比べると選びやすくなります。

### 業務改善助成金の50円・70円・90円コースと助成上限600万円の内訳

事業場内最低賃金を一定額以上引き上げ、生産性向上につながる設備投資を行った中小企業に、その費用の一部を助成する厚生労働省の制度です。[厚生労働省の業務改善助成金のページ](https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou%5Froudou/roudoukijun/zigyonushi/shienjigyou/03.html)では、2026年度は50円・70円・90円の3コースで、助成上限は90円コースで10人以上を引き上げる場合の600万円が最大です。8人を90円引き上げる場合の上限は450万円になります。

助成率は、引き上げ前の事業場内最低賃金が1,050円未満なら4/5、1,050円以上なら3/4です。POSレジ・販売管理・勤怠・給与計算などの業務システムが対象経費になります。申請期間は2026年9月1日から、その都道府県の地域別最低賃金の発効日の前日か11月30日のいずれか早い日までで、発効日が早い地域ではすでに締め切られている場合があります。

### 事業承継・M&A補助金で枠によりシステム費の扱いが逆になる点

親族内承継や従業員承継、M&Aを控えた会社では、[事業承継・M&A補助金](https://shoukei-mahojokin.go.jp/)も候補に入ります。16次公募は受付中で、申請はJグランツから行います。ただしシステム費用の扱いは枠によって逆です。事業承継促進枠では外注によるソフトウェアやシステム開発の費用が対象外とされ、M&A後のPMI推進枠（事業統合投資類型）ではシステム導入に係る外注費を計上できます。16次公募の枠別の条件は[事業承継補助金の4枠とシステム投資が補助対象になる範囲](https://www.issoh.co.jp/column/details/17932/)で整理しています。

## 補助額と自己負担額を自社の数字で試算する計算式とPythonコード例

パンフレットに載る上限額は満額の値で、実際の補助額は投資額と補助率で決まります。

### 補助額は「経費×補助率」と上限額の小さいほうで決まる計算の基本

ほとんどの制度で、補助額は「補助対象経費×補助率」と「補助上限額」を比べて小さいほうになります。厚生労働省も業務改善助成金について同じ計算を例示しており、事業場内最低賃金1,040円の事業場が8人を90円引き上げ、600万円の設備投資をした場合、600万円×4/5＝480万円が上限の450万円を超えるため、支給額は450万円です。

上限に届く投資額を超えて開発費を積んでも、補助額は増えません。補助上限は「投資額の目標」ではなく「補助の天井」として扱ってください。

### 3制度の補助額と自己負担を同じ投資額で比べたPythonによる試算例

次のコードは、補助対象経費・補助率・上限額を入れると補助額と自己負担を出します。金額は仮置きで、上限と補助率は申請する公募回の要領の値に置き換えてください。

```
from fractions import Fraction as F

# 補助額＝min(補助対象経費×補助率, 補助上限額)。金額は税抜・円
def subsidy(cost, rate, cap):
    return min(int(cost * rate), cap)

plans = [
    # (制度, 補助対象経費, 補助率, 補助上限額)
    ("デジタル化・AI導入補助金 通常枠(4プロセス)", 6_000_000, F(1, 2), 4_500_000),
    ("業務改善助成金 90円コース(8人)", 6_000_000, F(4, 5), 4_500_000),
    ("省力化投資補助金 一般型(従業員21〜50人)", 12_000_000, F(1, 2), 30_000_000),
]
for name, cost, rate, cap in plans:
    s = subsidy(cost, rate, cap)
    print(f"{name}: 補助額 {s:,}円 / 自己負担 {cost - s:,}円")
```

Python 3系で実行すると、次の出力になります。

```
デジタル化・AI導入補助金 通常枠(4プロセス): 補助額 3,000,000円 / 自己負担 3,000,000円
業務改善助成金 90円コース(8人): 補助額 4,500,000円 / 自己負担 1,500,000円
省力化投資補助金 一般型(従業員21〜50人): 補助額 6,000,000円 / 自己負担 6,000,000円
```

同じ600万円の投資でも、業務改善助成金は自己負担が150万円で済み、補助率1/2の制度は300万円が残ります。ただし業務改善助成金は賃上げの人件費が毎年かかります。自己負担額だけでなく、制度が求める賃上げの費用も数年分並べて比べてください。

## アプリ開発・受託開発・パッケージ導入で使える補助金の選び分けの基準

何を誰のために作るかで、使える制度が分かれます。

### 業務アプリと外販アプリで使える補助金が分かれる理由と判断の目安

自社の業務効率を上げる業務アプリなら、省力化投資補助金やデジタル化・AI導入補助金が軸です。外部に売り出す新規サービスとしてのアプリなら、新事業進出・ものづくり補助金の革新的新製品・サービス枠か新事業進出枠が受け皿になります。

見落とされがちなのが、補助金は「補助を受ける事業者自身の投資」を支援する点です。他社に納品するための受託開発費は対象になりにくく、あくまで自社が使う、または自社が売るシステムへの投資として計画を立てます。紙の業務をアプリに置き換えるだけの計画は新規性も生産性向上の説明も弱く、採択されにくいと考えておくべきです。

### パッケージ導入とフルスクラッチ開発で補助金の申請先が変わる境界線

申請先を分ける最大の境界は、導入するものが事務局に登録されたITツールかどうかです。登録済みのパッケージやSaaSならデジタル化・AI導入補助金が使え、個別開発は省力化投資補助金の一般型か新事業進出・ものづくり補助金に回ります。

| 開発・導入の形態       | 申請先の第一候補       | 補助対象の注意点     |
| -------------- | -------------- | ------------ |
| 登録済みSaaS・パッケージ | デジタル化・AI導入補助金  | 未登録ツールは対象外   |
| パッケージ＋カスタマイズ   | デジタル化・AI導入補助金  | 登録済みのオプションのみ |
| 省力化の個別システム開発   | 省力化投資補助金（一般型）  | 省力化効果の数値が必須  |
| 新製品・新事業のシステム   | 新事業進出・ものづくり補助金 | 付加価値と賃上げの目標  |
| 販路開拓のWeb・EC    | 小規模事業者持続化補助金   | 交付申請額30万円が上限 |

判断が割れやすいのはパッケージにカスタマイズを加える案件です。デジタル化・AI導入補助金で計上できるのは、IT導入支援事業者が登録したツールとオプションの範囲に限られます。要件の半分以上を独自開発で埋める案件は、最初から個別開発の制度で計画してください。

## 申請の流れとGビズID準備から実績報告までのスケジュール管理

電子申請の準備と事業計画書の作成は並行するため、締切の2〜3か月前に動き出すのが目安です。

### GビズIDプライム取得から実績報告まで7段階の申請手順と所要期間

多くの制度は電子申請で、[GビズID](https://gbiz-id.go.jp/top/)のプライムアカウントが必要です。GビズIDプライムにはマイナンバーカードを使うオンライン申請と書類申請の2つの経路があり、書類申請は郵送と審査のぶん日数がかかります。2026年7月9日からはアカウントに有効期限が設けられ、有効期間は発行日から2年3か月です。以前に取得したIDでも期限を確かめておいてください。アカウントの種類と使い分けは[GビズIDのプライム・メンバーの使い分け](https://www.issoh.co.jp/column/details/17552/)で解説しています。

1. 対象制度と申請枠を決め、最新の公募要領を読む
2. GビズIDプライムを取得し、有効期限を確かめる
3. 開発会社から見積書と要件の概要を取り寄せ、事業計画書を作る
4. 電子申請（制度によってはJグランツ）で応募する
5. 採択後に交付申請を行い、交付決定を受ける
6. 交付決定後に開発会社と契約し、開発・支払いを行う
7. 実績報告と確定検査を経て補助金を受け取り、効果報告を続ける

手順4でJグランツを使う制度の操作は[Jグランツの使い方とGビズID要件](https://www.issoh.co.jp/column/details/4476/)を参照してください。手順6の契約日が交付決定日より前になると、その費用は丸ごと対象外です。

### 2026年10月〜12月に締切を迎える公募回と申請準備の逆算

2026年10月11日時点で公式サイトに掲載されている、システム投資に使える制度の締切を並べます。日付は変更されることがあるため、申請直前に公式ページで確かめてください。

| 制度・公募回           | 申請の締切         | 交付決定・採択の予定 |
| ---------------- | ------------- | ---------- |
| 省力化投資補助金 一般型 第8回 | 10月16日 17時    | 2027年2月上旬  |
| デジタル化・AI導入補助金 6次 | 10月30日 17時    | 12月10日     |
| 新事業進出・ものづくり 第1回  | 10月30日 18時    | 公募要領で確認    |
| 事業承継・M&A補助金 16次  | 11月6日 17時     | 公募要領で確認    |
| 業務改善助成金 2026年度   | 最賃発効前日か11月30日 | 労働局が審査     |
| 持続化補助金 第20回      | 12月15日 17時    | 公募要領で確認    |

今からGビズIDを取り、計画書を一から作るなら10月中の締切は現実的ではありません。省力化投資補助金の第9回やデジタル化・AI導入補助金の7次以降を狙うほうが、採択の見込みは高くなります。

## 補助金を使うべきでないシステム開発案件と採択されにくい計画の特徴

補助金は開発費を下げる手段の1つにすぎず、制度に合わせて計画を曲げると補助額以上のコストを払うことがあります。

### 採択されにくいシステム開発案件の4つの共通点と書き直しの方向

不採択になりやすいのは、政策目的とのつながりが説明されていない計画です。代表的なのは次の4つです。

- 老朽化したシステムを同じ機能で入れ替えるだけの更新
- 工数削減や売上増の数値目標がない導入計画
- 開発会社の見積書だけで、自社の投資対効果を書いていない申請
- 制度が評価する軸（革新性・省力化効果・賃上げ）と計画の中身がずれている申請

書き直しの方向は1つです。「このシステムで月何時間の工数を減らし、浮いた人員で何を始め、付加価値をいくら増やすか」を現状の実測値から書きます。新事業進出・ものづくり補助金なら付加価値と給与の伸び率、省力化投資補助金なら削減工数というように、狙う制度の評価軸に合わせて同じ効果を書き分けてください。

### 補助金の採択を待たずに自己資金で開発に着手したほうがよい2つの場面

1つ目は、稼働時期が法改正や取引先の要請で決まっている場合です。交付決定までは発注できず、採択発表まで3〜4か月待つと間に合わない案件では、補助金を前提にしないほうが損失は小さくなります。2つ目は、補助対象経費が数十万円規模で、賃上げや効果報告の義務が補助額に見合わない場合です。持続化補助金では、50万円（税抜）以上で作ったウェブサイトやシステムは処分制限財産となり、通常は取得日から5年間、目的外の使用や廃棄が制限されます。上限30万円の補助のためにその制約を負うかは冷静に比べてください。

逆に、開発規模が1,000万円を超え、稼働時期に半年以上の余裕があり、省力化や新事業の効果を数値で示せる案件は、補助金を前提に計画する価値があります。

### 開発会社の見積書と要件定義書で補助金の審査と実績報告に耐える準備

審査と実績報告の両方で問われるのが、開発費の根拠です。新事業進出・ものづくり補助金では一定額以上のシステム構築費について要件定義書や開発費用の算出資料の提出が求められ、「一式」の見積書では実績報告で詰まります。機能ごとの工数と単価が分かる見積書と、業務フローに沿った要件定義書を、申請前の段階から開発会社と作っておくのが確実です。

一創では、補助金の申請を見据えた要件定義と機能別の見積もりから、[基幹システム開発](https://www.issoh.co.jp/service/business%5Fsystem/core%5Fbusiness/)の設計・構築まで対応しています。どの制度に合う計画かの整理から相談したい場合も、開発範囲と費用の根拠をそろえるところから支援できます。

## よくある質問

システム開発の補助金について、申請を検討する段階でよく寄せられる質問をまとめました。

### システム開発の補助金は複数を併用できますか？

同一の経費に対して複数の補助金を重複して受けることは原則できません。ただし、登録SaaSの導入はデジタル化・AI導入補助金、別の現場の省力化システムは省力化投資補助金というように、経費と目的が分かれていれば組み合わせられる場合があります。申請中・交付決定済みの事業者を受け付けない制度もあるため、公募要領の重複申請の条項を確かめてください。

### GビズIDの取得にはどれくらい日数がかかりますか？

GビズIDプライムは、マイナンバーカードを使うオンライン申請なら比較的短期間で取得できます。書類申請は郵送と審査を挟むため、数週間かかることがあります。公募開始の直前に着手すると締切に間に合わないおそれがあるため、事業計画づくりと並行して早めに取得しておくのが安全です。2026年7月からはアカウントに発行日から2年3か月の有効期限が設けられたので、過去に取得したIDも期限を確認してください。

### 個人事業主やフリーランスでもシステム開発の補助金は使えますか？

多くの制度は中小企業だけでなく個人事業主も対象です。小規模事業者持続化補助金は小規模事業者を主な対象にしており、開業届を出している個人事業主も申請できます。業務改善助成金は従業員の事業場内最低賃金を引き上げる制度のため、雇用している従業員がいないと対象になりません。制度ごとに従業員数や事業年数の要件が異なるため、対象区分を公募要領で確認してください。

### 事業再構築補助金はまだ使えますか？

事業再構築補助金は2025年3月の第13回公募で新規募集を終えました。後継の中小企業新事業進出補助金もものづくり補助金と統合され、2026年は「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」が新規事業向けの受け皿です。第1回公募の締切は2026年10月30日18時で、新規事業の基盤となるシステム開発はこの制度で計画するのが基本になります。

### 補助金を受け取ったときの会計処理で注意点はありますか？

補助金は原則として益金に算入され、課税対象になります。固定資産の取得に充てた場合は、圧縮記帳で課税を繰り延べられることがあります。システム開発費はソフトウェアとして無形固定資産に計上されることが多く、交付決定と入金が期をまたぐと仕訳が複雑になるため、入金時期が見えた段階で税理士に相談してください。

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出典: [システム開発で使える補助金一覧【2026年版】種類・補助額・対象経費と申請の流れ](<https://www.issoh.co.jp/column/details/3767/>)（株式会社一創）