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title: "代替休暇とは？月60時間超の残業と労使協定4項目、取得期限と勤怠システムでの管理"
url: "https://www.issoh.co.jp/column/details/19624/"
published: 2026-11-12
updated: 2026-11-12
categories: ["人事労務"]
publisher: "株式会社一創"
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# 代替休暇とは？月60時間超の残業と労使協定4項目、取得期限と勤怠システムでの管理

代替休暇は、1か月の時間外労働が60時間を超えたとき、超えた部分の割増賃金のうち引上げ分（通常50％と25％の差）を払う代わりに、有給の休暇を与える制度です。使うには労使協定が要り、休暇は時間外労働が60時間を超えた月の末日の翌日から2か月以内に、1日か半日の単位で与える決まりです。この記事では、協定で決める4項目、意向確認と割増賃金の支払日の決め方、代休や年次有給休暇との違い、勤怠システムで残高と期限を管理する設計までを、人事・労務の担当者向けに整理します。月60時間超の残業代そのものの計算例は[残業代の計算方法：計算式と端数処理・月60時間超の割増、給与システムでの自動計算](https://www.issoh.co.jp/column/details/19185/)で扱っています。

## まとめ：代替休暇は月60時間超の割増の引上げ分を休暇に換える任意の制度

代替休暇は会社が設けてもよい制度で、義務ではありません。労使協定を結んでも、休暇を取るかどうかは社員一人ひとりが決めます。会社が取得を命じることはできません。

導入しても人件費はほとんど下がりません。休暇は有給なので、払わずに済む引上げ分と、休んだ時間に払う賃金が計算上ほぼ見合うからです。得られるのは、長時間働いた社員に休息を与えられることと、その分の支払いの形を変えられることに限られます。

一方で、意向確認、2か月の期限管理、取らなかった場合の後払いと、毎月の手間は確実に増えます。月60時間を超える社員が年に数回しか出ない会社は、導入せずに50％で払い続けるほうが誤りは少なく済みます。

## 代替休暇の定義と対象：月60時間超の時間外労働と2023年4月の中小企業適用

代替休暇の根拠は[労働基準法37条3項](https://laws.e-gov.go.jp/law/322AC0000000049)です。時間数の計算方法は[労働基準法施行規則19条の2](https://laws.e-gov.go.jp/law/322M40000100023)が定めています。

### 休暇に換えられるのは60時間超の引上げ分だけで通常の25％は必ず金銭で払う

月60時間を超えた時間外労働には、50％以上の割増賃金がかかります。このうち休暇に換えられるのは、60時間を超えた部分の上乗せ分だけです。[厚生労働省の改正労働基準法の解説資料](https://www.mhlw.go.jp/content/11200000/tp1216-1l-02.pdf)の図でも、60時間までの割増と、60時間超の部分の通常の割増（25％）は「休暇に代替できない部分」として必ず金銭で払うものに区分されています。

深夜の割増も残ります。60時間超の残業が22時以降にかかると割増率は75％ですが、代替休暇を取っても消えるのは引上げ分の25％だけで、深夜の25％は払います。

### 法定休日の労働は60時間に数えず中小企業も2023年4月から対象になった経緯

60時間の算定に入るのは法定時間外の労働です。法定休日に働いた時間は含めず、土曜日など法定休日以外の休日の時間外労働は含めます。月45時間や年720時間の上限とは別の枠なので、数え方の違いは[時間外労働の上限規制とは：月45時間・年720時間の上限と業種別特例、勤怠システムのアラート設計](https://www.issoh.co.jp/column/details/19151/)で確認してください。

中小企業は長く、60時間超の割増率の引上げが猶予されていました。猶予の間は代替休暇も適用されない扱いです。[厚生労働省の中小企業向けリーフレット](https://www.mhlw.go.jp/content/000930914.pdf)のとおり、2023年4月1日からは中小企業も50％となり、代替休暇を使えるようになりました。古い解説で「中小企業は対象外」とあるのは、この改正前の記述です。

## 代替休暇を導入する労使協定の4項目と就業規則への記載、届出の要否

導入の手続は、労使協定の締結と就業規則への規定の2つです。協定の相手は、事業場の過半数で組織する労働組合、なければ過半数代表者です。

### 時間数の算定方法・単位・期間・取得日の決定方法と支払日の4項目

厚生労働省の解説資料は、協定で定める事項を次の4つとしています。

1. 代替休暇の時間数の具体的な算定方法（換算率を含む）
2. 代替休暇の単位（1日、半日、1日または半日）
3. 代替休暇を与えることができる期間
4. 代替休暇の取得日の決定方法と、割増賃金の支払日

実務で揉めやすいのは4つ目です。取得日をいつまでに決めるか、取らなかった場合の割増賃金をいつ払うかを決めておかないと、給与の締めのたびに支払額が確定しません。この協定は労働基準監督署への届出が不要です。代わりに、休暇に関する事項として、就業規則にも制度の内容を書く必要があります。

### 換算率は取らなかった場合と取った場合の割増率の差で0.25と0.20の例

休暇の時間数は「(1か月の時間外労働時間数－60時間)×換算率」です。換算率は、代替休暇を取らなかった場合に払う割増率から、取った場合に払う割増率を引いた差です。

| 取らなかった場合の率 | 取った場合の率 | 換算率  | 月80時間の休暇時間数 |
| ---------- | ------- | ---- | ----------- |
| 50％        | 25％     | 0.25 | 5時間         |
| 50％        | 30％     | 0.20 | 4時間         |

2行目は、月45時間超の割増率を30％にしている会社の例です。取った場合の率を30％と協定すれば換算率は0.20になり、同じ80時間でも休暇は4時間に減ります。平日と土曜日で割増率が違う会社は換算率も2つに分かれるため、資料では率をそろえて換算率を1つにする方法も示されています。

## 代替休暇の取得期限と単位：月末翌日から2か月以内と半日に満たない端数の扱い

期間と単位は、協定で決める項目のうち、勤怠の管理にもっとも影響します。どちらも法令で枠が決まっていて、会社が自由に広げることはできません。

### 60時間を超えた月の末日の翌日から2か月以内で期限後も支払義務は残る

代替休暇は、長時間働いた社員に近い時期に休んでもらうための制度です。そのため与えられる期間は、時間外労働が60時間を超えた月の末日の翌日から2か月以内に限られます。4月に発生した分なら5月と6月です。

期間内に取らなかった場合も、割増賃金の支払義務は消えません。[厚生労働省の解説資料の続き](https://www.mhlw.go.jp/content/11200000/tp1216-1l-03.pdf)では、その場合は休暇として与える予定だった分も含め、すべての割増賃金を払う必要があると明記されています。期限切れの休暇を翌月以降に繰り越す扱いはできません。

### 1日か半日で与え2か月分の合算と他の有給休暇の充当で端数を埋める方法

単位は1日か半日です。半日は原則として1日の所定労働時間の半分ですが、協定で定めれば午前3時間半、午後4時間半のように分けることもできます。時間単位では与えられません。

半日に満たない端数には、2つの埋め方があります。1つは2か月分の合算です。4月の時間外労働に対応する6時間分と、5月の2時間分は、どちらも6月が期間内なので、6月に合わせて8時間、1日の休暇にできます。もう1つは、協定で認めたうえで、端数に会社独自の特別休暇や年次有給休暇を足して半日か1日にする方法です。年次有給休暇を充てる場合は、社員がその時季に請求することが前提です。どちらも使えない端数は、その時間に対応する引上げ分を金銭で払います。

## 意向確認と割増賃金の支払日：代替休暇を取った月と取らなかった月の4パターン

代替休暇を取れば、その分の引上げ分は払わなくてよくなります。問題は、給与の締めの時点ではまだ取っていないことです。いつ何を払うかは、意向確認の結果で4つに分かれます。

### 月末から5日以内に取得の意向を確かめ取得日を決める協定例の手順

厚生労働省の解説資料は、取得日の決定方法の例として、月末から5日以内に会社が社員に代替休暇を取るか確認し、取る意向があれば取得日を決める方法を挙げています。取るかどうかは法律上、社員自身の意思によって決める事項です。取得を強いることはできず、取得日も社員の意向を踏まえて決めます。

資料の協定例では、半日を午前8時から12時、午後13時から17時の4時間と定めています。所定労働時間が8時間の会社なら、この区切りがもっとも扱いやすい形です。

### 賃金締切日が月末で翌月15日払いの会社で比べる支払額と過払いの清算

資料の例は、賃金締切日が月末、支払日が翌月15日、取った場合の率25％、取らなかった場合の率50％の事業場です。4月に60時間を超えた場合の扱いは次のとおりです。

| 意向確認の結果        | 5月15日の支払 | その後の支払          |
| -------------- | -------- | --------------- |
| A：意向あり・期間内に取得  | 25％のみ    | なし              |
| B：意向ありだが取得せず   | 25％のみ    | 期間後の支払日に残り25％   |
| C：意向なし・確認できない  | 50％      | なし              |
| D：意向なしの後で取得を希望 | 50％      | 取得後に25％分の過払いを清算 |

Bでは、6月末の期限を過ぎてから、7月15日の支払日に残りの25％を払います。Dは、当初の確認で取る意向が示されず引上げ分を払った場合に、後からの取得を認めないと協定で決めることも可能です。Dを認めると過払いの清算が発生するため、運用を軽くしたい会社は認めない定めにしておきます。

払わずに済む金額と休暇の賃金も比べておきます。1時間あたりの単価が2,000円の社員が月80時間働き、換算率0.25で4時間の半日休暇を取ると、払わずに済むのは16時間分の引上げ分で、2,000円×0.25×16時間＝8,000円です。休んだ4時間には通常の賃金8,000円を払うので、会社の支払総額は変わりません。

## 代替休暇と代休・振替休日・年次有給休暇の違いと勤怠で分けて持つ理由

名前の似た休暇と混同すると、割増賃金の計算と年休の管理の両方が狂います。勤怠システムでは、休暇の種類を別々のコードで持たせます。

### 代休は休日労働の後に与える任意の休みで割増賃金は消えないという違い

代休は、休日に働いた後で別の日に休ませるもので、法律上の制度ではありません。休日労働の割増賃金（法定休日なら35％）は、代休を与えても払う必要があります。振替休日は、事前に休日と労働日を入れ替えるもので、入れ替えた日は休日労働になりません。

代替休暇は、時間外労働が月60時間を超えたことが前提で、労使協定に基づいて割増賃金の一部の支払いに代わる点が違います。代休と振替の扱いは[休日出勤とは？手当の計算例と代休・振替の扱い、勤怠システムの設定要件](https://www.issoh.co.jp/column/details/19183/)で解説しています。

### 年次有給休暇とは別物で取得日を年休の出勤率算定の全労働日から除く扱い

37条3項は、代替休暇から39条の年次有給休暇を除くと定めています。代替休暇を取っても年休の残日数は減らず、年5日の取得義務の日数にも数えません。[年次有給休暇管理簿とは？記載3項目と保存期間、勤怠システムの項目設計](https://www.issoh.co.jp/column/details/17791/)に載せる対象でもありません。

年休の付与要件である8割出勤の計算では、代替休暇で終日休んだ日は全労働日から除きます。半日だけ代替休暇を取った日は、残りの半日を出勤すれば出勤、年休なら出勤とみなし、欠勤なら欠勤として数える扱いです。勤怠システムで代替休暇を「欠勤」や「特別休暇」のコードに混ぜると、この出勤率の計算が狂います。

## 代替休暇を導入すべき会社と見送る会社、勤怠システムで残高と期限を管理する設計

代替休暇は、導入すれば必ず役に立つ制度ではありません。支払総額が変わらない以上、判断の軸は「休ませたい社員がいるか」と「毎月の管理を回せるか」の2つです。

### 60時間超が年数回で社員も少ない会社が導入を見送り50％で払い続ける条件

月60時間を超える社員が年に数回、数人しか出ない会社は、代替休暇を導入しません。協定と就業規則の改定、毎月の意向確認、2か月の期限管理、取らなかった場合の後払いという手間に対し、得られる効果が小さすぎるためです。50％で払う運用なら、勤怠と給与の標準設定で済みます。

60時間を超える月が常態化している部署も、代替休暇で解決しようとしてはいけません。期間内に休ませる余力がなく、Bのパターンばかりが積み上がります。先に人員と業務量を見直すべき状態です。

導入を検討するのは、決算期の経理部門や年度末の納期が集中する開発部門のように、繁忙が特定の月に偏り、1〜2か月後に閑散期が来る職場です。2か月以内という期間と繁忙の周期が合っていれば、休暇を実際に取れる見込みが立ちます。

### 勤怠側で持つ発生月・換算率・残時間・期限・意向確認日と給与の後払い差額

代替休暇を導入するなら、勤怠システムに次の項目を持たせます。

- 発生月と、その月の60時間超の時間数
- 適用した換算率と、発生した休暇の時間数
- 取得期限（発生月の末日の翌日から2か月）と、取得済み・残りの時間数
- 意向確認の日付と結果（A〜Dのどれか）
- 給与に渡す支払区分（25％のみ支払済みか、残り25％が未払いか）

残高は発生月ごとに分けて持ち、取得時には期限の早い月から消し込みます。月をまたいで1本の残高にまとめると、どの分が期限切れになったかを判定できず、Bの後払い額を出せません。期限の到来日には、残った時間を換算率で割った時間数に引上げ分の単価を掛けた差額を、自動で給与の支給項目に回す仕組みにします。

### 標準機能で足りる会社と発生月別の残高と後払いを作り込む会社の境目

市販の勤怠システムの中には、代替休暇の付与と取得を標準で扱える製品があります。換算率が1つで、半日の区切りが全社共通、Dの後からの取得を認めない協定なら、標準機能の設定で十分です。製品の比べ方は[勤怠管理システムとは？機能・種類・費用と失敗しない選び方を解説【2026年】](https://www.issoh.co.jp/column/details/15081/)にまとめています。

作り込みを検討するのは、平日と土曜日で換算率が分かれる、事業所ごとに所定労働時間と半日の区切りが違う、他の有給休暇との合算を認めている、といった条件が重なる会社です。この場合、発生月別の残高と期限、後払いの差額を表計算で追うと、どこかで計算が合わなくなります。一創の[勤怠管理システム開発](https://www.issoh.co.jp/service/business%5Fsystem/attendance-management/)では、労使協定の内容を換算率・期限・支払区分の判定ルールに落とし込み、既存の給与ソフトとの連携も含めて設計しています。

## よくある質問

代替休暇について、人事・労務の担当者や社員からよく寄せられる質問に答えます。

### 会社が代替休暇の取得日を指定したり取得を命じたりできますか？

できません。労使協定は代替休暇の制度を設けることを可能にするもので、個々の社員に取得を義務づけるものではないと、厚生労働省の解説資料に明記されています。取るかどうかは社員の意思で決まり、取得日も社員の意向を踏まえて決めます。会社にできるのは、協定に沿って期限内に意向を確認し、取得の希望があれば業務の調整をすることです。取らない社員には、引上げ分を含めた割増賃金を払います。

### 代替休暇を1時間や2時間の時間単位で取れますか？

取れません。代替休暇の単位は1日か半日で、時間単位の付与は認められていません。まとまった休息の機会を確保するという制度の目的によるものです。2時間などの端数は、翌月分と合算するか、協定で認めていれば他の有給休暇を足して半日にします。年次有給休暇を時間単位で取る仕組みは別の制度で、労使協定や年5日の上限は[有給休暇の時間単位取得とは？年5日の上限と労使協定、見直し議論と勤怠システムの残高管理](https://www.issoh.co.jp/column/details/18386/)で整理しています。

### 管理職は代替休暇の対象になりますか？

労働基準法41条2号の管理監督者に該当する人は対象外です。管理監督者には労働時間と休日の規定が適用されないため、時間外労働の割増賃金がかからず、60時間超の引上げ分も発生しないからです。ただし、課長などの肩書があっても、権限や出退勤の裁量、待遇の実態から管理監督者にあたらない人は、一般の社員と同じく対象になります。深夜の割増は管理監督者にも払います。

### 代替休暇を取った日の賃金はどうなりますか？

代替休暇は有給の休暇なので、休んだ時間について通常の賃金を払います。欠勤のように賃金を差し引くことはできません。その代わり、取得した休暇の時間数を換算率で割った時間分について、60時間超の引上げ分の割増賃金が不要になります。換算率0.25で4時間の休暇を取れば、16時間分の引上げ分を払わずに済む計算です。給与明細では、休暇の時間と割増の時間を分けて表示すると、社員にも説明しやすくなります。

### 労使協定を結ばずに代替休暇の運用を始めるとどうなりますか？

協定がない状態で休暇を与えても、37条3項の代替休暇にはあたりません。60時間超の時間外労働には、引上げ分を含めて50％以上の割増賃金を払う義務が残ります。休暇を与えたことを理由に25％しか払っていなければ、差額が未払いになります。導入する場合は、協定の4項目を決めて締結し、就業規則に規定してから最初の対象月を迎えてください。協定の届出は不要ですが、締結した協定は社員に周知します。

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出典: [代替休暇とは？月60時間超の残業と労使協定4項目、取得期限と勤怠システムでの管理](<https://www.issoh.co.jp/column/details/19624/>)（株式会社一創）