--- title: "休職の手続きとは？開始から復職・退職までの流れと書類、傷病手当金・社会保険料の扱い" url: "https://www.issoh.co.jp/column/details/19353/" published: 2026-11-05 updated: 2026-11-05 categories: ["人事労務"] publisher: "株式会社一創" --- # 休職の手続きとは？開始から復職・退職までの流れと書類、傷病手当金・社会保険料の扱い 社員から「主治医に休むよう言われた」と相談を受けた日から、人事担当者の休職手続きが始まります。休職は法律で手順が決まった制度ではなく、自社の就業規則に書いた条件どおりに動かすものです。この記事では、診断書の受け取りから休職発令、傷病手当金の申請、休職中も止まらない社会保険料の徴収、復職判定と休職期間満了による退職までを、会社側の実務順に整理しました。後半では、満了日の見落としや通算日数の数え違いを防ぐために人事システムへ何を記録するかも扱います。 ## まとめ：休職手続きは就業規則の確認から始まり、満了日と通算日数の管理で終わる 休職手続きの出発点は、自社の就業規則の休職条項を読むことです。休職事由、休職に入るまでの欠勤期間、休職期間の長さ、満了時の扱いはすべて会社ごとに違い、そこに書かれていない運用はトラブルの原因になります。 開始時は、労務不能と書かれた診断書を受け取り、休職発令と取扱通知書で期間・満了日・保険料の負担方法を本人に書面で伝えます。私傷病の休職そのものについて、年金事務所やハローワークへの届出は不要です。お金の面では、給与が出なければ健康保険の傷病手当金が4日目から標準報酬日額の3分の2で出る一方、社会保険料は休職中も免除されません。立替にするか毎月振り込んでもらうかを開始時に決めておくのが安全です。 終了時は、主治医の診断書だけで復職を決めず、産業医の意見を聞いて会社が判断します。満了日までに復職できなければ就業規則に従って退職となり、5日以内の健康保険・厚生年金の資格喪失届が必要です。休職者が年に数人を超える会社では、満了日と傷病手当金の通算日数を表計算ソフトで追う管理が破綻しやすく、人事システムに持たせる価値が出てきます。 ## 休職制度の位置づけ：法律に定めがなく就業規則で動く仕組みと休業・欠勤との違い ### 労基法89条10号と労基則5条11号：休職規定が就業規則と労働条件通知書に載る根拠 労働基準法には「休職」という制度の定めがありません。会社が休職制度を設けるときは、[労働基準法89条](https://laws.e-gov.go.jp/law/322AC0000000049)10号の「当該事業場の労働者のすべてに適用される定め」として就業規則に書くことになります。常時10人以上を使う事業場なら、作成と労働基準監督署への届出が必要です。 採用時の明示も関係します。[労働基準法施行規則5条](https://laws.e-gov.go.jp/law/322M40000100023)1項11号は「休職に関する事項」を明示すべき労働条件に挙げています。ただし定めをしない会社は明示しなくてよく、同条3項で書面交付が義務の項目にも入っていません。実務では労働条件通知書に「就業規則第◯条による」と書いて条項を指す形が多く見られます。就業規則の記載事項の全体像は[就業規則の絶対的・相対的記載事項とシステムの設定項目](https://www.issoh.co.jp/column/details/17924/)で整理しています。 条文の雛形が欲しい場合は、厚生労働省の[モデル就業規則（令和7年12月版）](https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou%5Froudou/roudoukijun/zigyonushi/model/index.html)に休職の条項があります。期間の長さは空欄で、自社で決める作りです。 ### 休職・休業・欠勤の違い：賃金・社会保険・解雇制限の3軸で比べる会社側の扱い 似た言葉が混ざると、給与計算と保険の処理を取り違えます。会社側の扱いを並べると次のとおりです。 | 区分 | 根拠 | 賃金 | 社会保険料 | | ------- | ------- | ---------- | --------- | | 私傷病の休職 | 就業規則 | 無給が多い | 免除なし | | 会社都合の休業 | 労基法26条 | 平均賃金の60％以上 | 免除なし | | 育児休業 | 育児介護休業法 | 無給が多い | 要件を満たせば免除 | | 欠勤 | 労働契約 | 欠勤控除 | 免除なし | 休職は「労働契約を続けたまま働く義務を一定期間免除する」措置で、欠勤が続いた社員をすぐ解雇しないための猶予期間の役割を持ちます。会社都合で休ませる休業は支払義務が発生する点で別物です。計算方法は[休業手当の計算方法と休業補償との違い](https://www.issoh.co.jp/column/details/19193/)を参照してください。 ## 休職開始の手続きの流れ：診断書の受領から休職発令・取扱通知書の交付までの6工程 ### 欠勤から休職発令までの順序：診断書・休職願・発令通知を受け渡す6工程の段取り 私傷病休職では、次の順で進めると漏れが出にくくなります。 1. 就業規則の休職条項を確認する（休職事由、発令前の欠勤期間、勤続年数別の休職期間、通算規定） 2. 本人から「労務不能」「◯か月の療養を要する」と書かれた主治医の診断書を受け取る 3. 本人から休職願を受け取る（会社が命じる規定なら省略可） 4. 有給休暇の残日数と、休職前の欠勤期間をどう扱うかを本人と確認する 5. 休職発令通知と休職取扱通知書を交付する 6. 給与・勤怠・社会保険の担当へ開始日を連絡し、システム上の在籍区分を「休職」に切り替える 2の診断書は、休職事由に当たるかを会社が判断する唯一の客観資料になります。費用負担を会社持ちにするかは就業規則か社内規程で決めておきましょう。4は見落とされがちで、有給を使い切ってから休職に入るのか、先に休職へ入るのかで、給与の支払日数と傷病手当金の支給開始日が変わります。 ### 休職取扱通知書に書く項目：期間・満了日・賃金・保険料の負担方法・連絡頻度 口頭説明だけで休職に入ると、満了日や保険料の負担で後から争いになります。取扱通知書には少なくとも次を書きます。 - 休職の開始日と、就業規則に基づく満了日（暦日で特定する） - 休職中の賃金の有無と、賞与・退職金の算定期間に含めるか - 本人負担の社会保険料と住民税の納め方（立替か振込か、振込期限と口座） - 経過報告の頻度・方法と、会社側の連絡窓口 - 復職を申し出るときに必要な書類（主治医の診断書など）と判定の流れ - 満了日までに復職できない場合の扱い（自然退職か解雇か） 満了日は「開始から6か月」と書かず、「2027年5月31日」のように日付で書くほうが安全です。起算日のずれで1日違うだけでも、満了退職の有効性が争われる余地が生まれます。 ## 休職中のお金の手続き：傷病手当金の申請と社会保険料・住民税の徴収方法の決め方 ### 傷病手当金の支給条件と計算：待期3日・標準報酬日額の3分の2・通算1年6か月 私傷病で給与が出ない期間の生活費は、健康保険の傷病手当金が支えます。[協会けんぽの案内](https://www.kyoukaikenpo.or.jp/benefit/injury%5Fand%5Fsickness%5Fallowance/)では、業務外の病気やけがの療養であること、仕事に就けないこと、連続3日間を含み4日以上休んだこと、休業期間に給与の支払いがないこと、の4条件をすべて満たすと支給されます。待期の3日間には有給休暇や土日も含まれ、2日休んで3日目に出勤すると待期は成立しません。 金額は[健康保険法99条](https://laws.e-gov.go.jp/law/211AC0000000070)2項で決まっています。直近12か月の標準報酬月額の平均を30で割り、10円単位に丸めた額の3分の2です（1円未満は四捨五入）。 | 12か月平均の標準報酬月額 | 30分の1（10円単位） | 1日あたりの支給額 | | ------------- | ------------ | --------- | | 300,000円 | 10,000円 | 6,667円 | | 320,000円 | 10,670円 | 7,113円 | 320,000円の例では、30で割った10,666円台を5円以上切り上げのルールで10,670円にしてから3分の2を掛けます。支給期間は同条4項で、同じ傷病について支給開始日から「通算して1年6月間」です。途中で出勤して支給が止まった日数は後ろに繰り越されるので、暦で1年半経てば終わるわけではありません。休職中に一部でも給与を払うと差額だけの支給になります。所得税がかからない点は[傷病手当金が非課税とされる根拠と年末調整の扱い](https://www.issoh.co.jp/column/details/11669/)で解説しています。 ### 健康保険傷病手当金支給申請書の回し方：事業主記入欄と申請単位の決め方 申請書は[協会けんぽの健康保険傷病手当金支給申請書](https://www.kyoukaikenpo.or.jp/application%5Fform/benefit/001/)で、本人記入のページ、事業主が勤務状況と賃金の支払状況を書くページ、医師が療養状況を書くページに分かれています。健康保険組合に加入している会社は、組合の様式と付加給付の有無を確認してください。 実務では1か月単位で区切って申請する会社が多く、給与の締め日に合わせると事業主記入欄の勤怠と賃金を給与データからそのまま転記できます。受け取る権利は労務不能だった日ごとに翌日から2年で時効になるため、本人任せにして申請が数か月止まっていないかを人事側で追跡します。 ### 休職中も免除されない社会保険料：立替と振込の比較と回収できなくなる場面 産前産後休業や育児休業と違い、私傷病の休職には健康保険・厚生年金保険料の免除制度がありません。給与がゼロでも本人負担分は毎月発生し、会社は会社負担分と合わせて納付します。たとえば標準報酬月額30万円の社員なら、厚生年金だけで本人負担は月27,450円（料率18.3％の折半）です。健康保険料は都道府県ごとの料率で別途かかり、計算方法は[社会保険料の計算方法と令和8年度の料率](https://www.issoh.co.jp/column/details/17797/)にまとめています。 | 方式 | 会社の手間 | 回収リスク | | ------------- | ---------- | ------- | | 毎月本人が振込 | 入金確認と督促が毎月 | 小さい | | 会社が立替・復職後精算 | 残高管理のみ | 退職時に大きい | | 傷病手当金の付加給付と相殺 | 組合と調整 | 組合次第 | 休職が3か月を超えそうなら、毎月振込を勧めます。立替は本人に優しく見えますが、満了退職になると数十万円の立替残高が残り、退職後の回収は難しくなります。立替にするなら、退職時の精算方法を取扱通知書に明記してください。 ### 住民税と雇用保険料の扱い：特別徴収の継続か普通徴収への切替かを決める基準 住民税は給与から天引きする特別徴収が止まります。会社が立て替えて特別徴収を続けるか、市区町村に給与所得者異動届出書を出して本人が納める普通徴収へ切り替えるかを選びます。休職が年をまたぐ長期になりそうなら、切替のほうが社会保険料と同じ立替残高の問題を避けられるでしょう。 雇用保険料は支払った賃金に料率を掛けるため、無給の月は発生しません。私傷病の休職について、ハローワークへの届出も要りません。 ## 休職期間中の管理：経過報告・延長の判断と同じ傷病で再休職したときの期間通算 ### 月1回の経過報告と主治医の診断書：連絡窓口を人事に一本化する理由と頻度 休職中の連絡は、月1回程度の経過報告を基本にします。上司が個別に様子を聞く形にすると、療養の妨げになるうえ、記録が人事に残りません。窓口は人事担当者1人に絞り、報告日・方法・内容を記録します。 報告で確認するのは、通院の継続、主治医の見立て、復職の見込み時期の3点で足ります。傷病手当金の申請書を毎月やり取りしている会社なら、その受け渡しを経過報告の機会にすると連絡の口実が自然に作れます。 ### 休職期間の延長と通算規定：短期復職と再休職を繰り返す社員への就業規則の備え 満了日が近づいても回復の途中である場合、延長を認めるかは就業規則の定めによります。延長規定がないのに個別判断で延ばすと、他の社員との公平性が問われます。「会社が特に必要と認めた場合は◯か月を限度に延長できる」と書いておくのが無難です。 見落とされやすいのが通算規定です。メンタル不調では、復職して数週間で再び休む例が珍しくありません。「復職後6か月以内に同一または類似の傷病で欠勤したときは前後の休職期間を通算する」という定めがないと、復職のたびに休職期間がリセットされ、満了日が来ないまま在籍が続きます。 ## 休職の終了手続き：復職判定の5ステップと休職期間満了による退職・資格喪失届 ### 復職の判定手順：主治医の診断書と産業医意見を分けて扱う厚労省手引きの5段階 厚生労働省の「心の健康問題により休業した労働者の職場復帰支援の手引き」（2009年改訂）は、休業開始から復帰後のフォローアップまでを5つのステップに分けています。[こころの耳の職場復帰支援のページ](https://kokoro.mhlw.go.jp/return-to-work/)で要点を確認できます。 手続き上で外せないのは第2ステップと第3ステップの区別です。主治医の「復職可」は日常生活の回復を見た判断であることが多く、元の業務をこなせるかは産業医が職場の事情を踏まえて意見を述べ、会社が最終決定します。試し出勤を設けるなら、作業を指示した時点で労働基準法や労災保険が適用されうるため、処遇と位置づけの事前の取り決めが必要です。復職支援プランの作り方は[職場復帰支援の5つのステップとプランの作り方](https://www.issoh.co.jp/column/details/9571/)で詳しく扱っています。 ### 休職期間満了で退職とする場合：満了通知の時期と社会保険・雇用保険の喪失手続き 満了日までに復職できないときは、就業規則の定めに従って退職（または解雇）とします。満了の1か月前には、満了日と復職の申出期限を書面で本人に知らせておきましょう。通知なしで満了日を迎えると、本人が復職の意思を示す機会を奪ったと受け取られかねません。 退職後の手続きは通常の退職と同じです。健康保険・厚生年金の資格喪失届は退職日の翌日から5日以内、雇用保険の資格喪失届は10日以内に出し、本人が希望すれば離職票を交付します。被保険者期間が継続して1年以上あり、退職日に傷病手当金を受けているか受けられる状態なら、退職後も傷病手当金の継続受給が可能です。退職日に出勤させると継続給付の条件を欠くので、最終日の扱いには注意が要ります。 ### 業務上の傷病が疑われる休職：労災の休業補償給付と労基法19条の解雇制限の確認 長時間労働やハラスメントが原因と疑われる不調は、私傷病の休職として処理してよいかを最初に確かめます。業務上の傷病なら、給付は傷病手当金ではなく労災保険の休業補償給付です。さらに[労働基準法19条](https://laws.e-gov.go.jp/law/322AC0000000049)により、療養のため休業する期間とその後30日間は解雇できません。 この場合、私傷病を前提にした休職期間満了による退職は使えないと考えるべきです。労災申請の流れと人事データの持ち方は[労災保険の給付と請求の流れ](https://www.issoh.co.jp/column/details/17570/)を参照してください。 ## 休職を人事システムに記録する項目：満了日アラート・通算日数・立替残高を持つ設計 ### Excel管理で起きる失敗：満了日の見落としと傷病手当金の通算日数の数え違い 休職者が年に1〜2人なら、表計算ソフトの台帳でも回ります。破綻するのは、同時に休職者が5人を超えたときや、復職と再休職を繰り返す社員が出たときです。典型的な失敗は次の2つです。 1つ目は満了日の見落とし。延長や通算で満了日が動いたのに台帳の日付を直さず、満了通知を出し忘れるケースです。2つ目は傷病手当金の通算日数です。支給が途中で止まった期間を引いて残日数を数える作業は手計算だと誤りやすく、まだ受け取れる日数を本人に誤って伝える原因になります。勤怠・給与・人事の各システムに休職の情報がばらばらに入っていると、どれが正しいかの照合にも時間を取られます。 ### 人事・給与システムに持たせる7項目：休職区分・開始日・満了予定日・通算日数ほか 休職を正しく扱うには、在籍区分の切替だけでは足りません。最低限、次の項目を1件の休職レコードとして持たせます。 | 項目 | 使い道 | | ----------------- | ------------- | | 休職区分（私傷病・業務上など） | 給付と解雇制限の判定 | | 開始日・満了予定日・延長後満了日 | 満了1か月前の通知アラート | | 傷病名の区分と前回休職との紐付け | 通算規定の自動判定 | | 傷病手当金の支給開始日と支給済日数 | 通算1年6か月の残日数 | | 保険料・住民税の徴収方式 | 給与計算の控除切替 | | 立替残高 | 復職後・退職時の精算 | | 経過報告と診断書の受領履歴 | 復職判定と紛争時の証跡 | 傷病名そのものは要配慮個人情報なので、閲覧できる担当者を人事の一部に絞る権限設計もあわせて必要です。人事システム全体の機能範囲は[人事管理システムの機能と導入判断](https://www.issoh.co.jp/column/details/15518/)で整理しています。 ### 既製の労務SaaSで足りる会社と、休職管理を個別開発すべき会社の境目 休職者が年数人で、就業規則が全社1本、休職期間も一律なら、既製の労務SaaSの在籍区分と備考欄で十分です。ここに開発費をかける理由はありません。 個別開発を検討してよいのは、勤続年数や雇用区分で休職期間が段階的に変わる、グループ会社ごとに就業規則が違う、通算規定と傷病手当金の残日数を自動で出したい、給与の控除切替まで連動させたい、のいずれかに当てはまる会社です。既製品の設定で表せないルールを手作業で補うほど、満了日の見落としという取り返しのつかない誤りが増えます。一創では、就業規則の休職条項を読み込んで判定ロジックに落とし、既存の勤怠・給与システムと連携させる[人事・労務管理システムの開発](https://www.issoh.co.jp/service/business%5Fsystem/hr-management/)をお受けしています。 ## よくある質問 休職の手続きについて、人事担当者からよく寄せられる質問をまとめました。 ### 休職の手続きで会社が役所に届け出るものはありますか？ 私傷病の休職を始めること自体について、年金事務所やハローワークへの届出はありません。会社が外部に出すのは、傷病手当金の申請書の事業主記入欄と、住民税を普通徴収に切り替える場合の給与所得者異動届出書くらいです。社会保険の資格は休職中も続くため、資格喪失届は休職期間満了で退職したときに初めて必要になります。健康保険組合に加入している会社は、組合独自の届出がないかを確認してください。 ### 診断書なしで休職を認めてもよいですか？ 就業規則で診断書の提出を休職の要件にしていない限り、法律上は禁止されていません。ただし、休職事由に当たるかを判断する客観資料がなくなり、休職期間満了で退職とするときの根拠も弱くなります。傷病手当金の申請には医師の記入が必要なので、結局は受診が必要です。運用を揃えるために、診断書の提出を休職の要件として就業規則に書いておく方法を勧めます。 ### 休職中に有給休暇を使うことはできますか？ 休職は働く義務が免除された期間なので、休職中の日に有給休暇を充てることは通常できません。実務では、休職に入る前の欠勤期間に有給休暇を使い切ってから休職へ移る形が多くなっています。有給を使った日は給与が出るため傷病手当金は支給されませんが、待期の3日間には有給の日も数えられます。どちらを先にするかで手取りが変わるので、開始前に本人と確認しましょう。 ### 休職中の社員から退職の申し出があったら、どう手続きしますか？ 休職中でも本人は退職を申し出ることができ、通常の退職と同じく退職届を受け取って手続きします。資格喪失届や離職票の扱いも変わりません。注意したいのは傷病手当金の継続給付で、被保険者期間が継続して1年以上あり、退職日に受けているか受けられる状態であれば退職後も続きます。立替の社会保険料が残っている場合は、最終給与や退職金との相殺には本人の同意が要るため、精算方法を書面で取り決めてください。 ### 休職期間満了で退職とするのは解雇にあたりますか？ 就業規則に「休職期間が満了しても復職できないときは退職とする」と定めていれば、満了日に自動的に退職となる扱いが一般的で、解雇予告の手続きは要りません。「解雇する」と定めている場合は解雇の扱いになり、30日前の予告か解雇予告手当が必要です。どちらの場合も、業務上の傷病による休業には労働基準法19条の解雇制限がかかるため、私傷病かどうかの確認を先に済ませてください。 ## 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