---
title: "QRコード決済の導入手順｜PayPayの申込・審査・入金設定と手数料、まとめ導入の判断"
url: "https://www.issoh.co.jp/column/details/18877/"
published: 2026-10-25
updated: 2026-10-25
categories: ["Webシステム"]
publisher: "株式会社一創"
---

# QRコード決済の導入手順｜PayPayの申込・審査・入金設定と手数料、まとめ導入の判断

店舗でQRコード決済を始めるまでには、申込から店頭で最初の支払いを受けるまでにおよそ2〜4週間かかります。PayPayの公式案内では、審査に1〜2週間、審査が通ってからQRコードキットが届くまでに1週間〜10日です。この記事では、QRコード決済の導入手順をPayPayの例で工程ごとに分け、差し戻しを招く書類の不備、初期費用0円でもかかる手数料、月額プランの元が取れる決済額、複数社をまとめて導入するかどうかの判断までを店舗側の目線で整理します。仕組みやCPM・MPMの違いは[QRコード決済とは？仕組みとCPM・MPMの違い](https://www.issoh.co.jp/column/details/18120/)で扱っているため、ここでは「どう申し込み、いくら払い、どこで迷うか」に絞ります。

## まとめ：QRコード決済の導入は契約する社数を先に決め、審査とキット到着で3週間前後を見込む

QRコード決済の導入で最初に決めるのは、コード決済事業者と1社ずつ直接契約するか、決済代行でまとめて導入するかです。月の決済額が小さく、使うのがPayPayなど1〜2社なら直接契約で足ります。クレジットカードや電子マネーも同時に入れる、あるいは店舗が複数あるなら、申込と入金をまとめられる決済代行を先に検討します。

直接契約の場合、手順は仮登録・本申込・審査・キット到着・管理画面の設定の5工程です。本人確認書類は原本を撮影した画像で出し、コピーやPDFは受け付けられません。店舗写真も外観と内観の2枚が要ります。書類の不備による差し戻しが、開始日を遅らせる一番の原因です。

費用は初期費用0円でも、決済のたびに決済システム利用料が差し引かれます。PayPayの場合は1.98%（税別）で、月額1,980円（税別）のプランに入ると1.60%に下がります。0.38ポイントの差で月額の元が取れるのは、PayPayの月の決済額がおよそ52万円を超える店です。POSや予約システムと金額を連動させたい、複数店舗の入金を自動で照合したいという段階になったら、パッケージの設定ではなくシステム連携の開発を検討します。

## QRコード決済を導入する前に決める、直接契約かまとめ導入か、店頭QRか読み取り端末か

申込画面に進む前に、2つの分かれ目を決めておくと手戻りがありません。どの事業者と、どの方式で始めるかです。

### コード決済が決済額の10.2%を占める2025年の水準と、QRから先に入れる店の条件

経済産業省の[2025年のキャッシュレス決済比率](https://www.meti.go.jp/press/2025/03/20260331006/20260331006.html)によると、キャッシュレス決済額162.7兆円のうち、コード決済は10.2％（16.6兆円）でした。82.7％を占めるクレジットカードとは差がありますが、電子マネー（3.7％）やデビットカード（3.4％）を上回っています。

決済額の比率だけ見ればクレジットカードが先です。それでもQRコード決済から入れてよいのは、客単価が数百円から2,000円程度で、端末を置く場所や費用をかけたくない店です。店頭にQRコードを掲示する方式なら機器が要らず、PayPayの[費用と振込サイクル](https://paypay.ne.jp/store/cost/)のページでも初期費用・機器費用は0円とされています。客単価が高くカード払いの客が多い店は、クレジットカードを先に入れるほうが売上への効果は大きくなる見込みです。キャッシュレス全体をどの順で入れるかは[キャッシュレス決済の導入手順](https://www.issoh.co.jp/column/details/18110/)で整理しています。

### 1社ずつの直接契約と決済代行のまとめ導入で変わる、申込回数・管理画面・入金元の数

直接契約では、PayPay、楽天ペイ、d払い、au PAYなどの事業者ごとに申込・審査・管理画面・入金が分かれます。3社と契約すれば、審査の書類も3回出し、月末には3つの入金を売上と突き合わせます。

| 比べる項目  | 1社ずつ直接契約          | 決済代行でまとめ導入          |
| ------ | ----------------- | ------------------- |
| 申込と審査  | 事業者の数だけ行う         | 代行会社への1回でまとまる       |
| 管理画面   | 事業者ごとに分かれる        | 代行会社の画面に集まる         |
| 入金元    | 事業者ごとに別の入金        | 代行会社からの入金にまとまる      |
| 料率の傾向  | 事業者の公表料率がそのまま     | 代行会社の料率が上乗せされることが多い |
| 向いている店 | 使うのが1〜2社で決済額が小さい店 | カードや電子マネーも同時に入れる店   |

決済代行の料率は、ブランドごとの差を均して一律の料率で請け負う形が多く、直接契約より高くなる場合があります。料率だけで比べると直接契約が有利に見えますが、社数が3社を超えると照合の手間が料率差を上回りやすくなる傾向です。料率の内訳は[キャッシュレス決済の手数料一覧](https://www.issoh.co.jp/column/details/18875/)で確認できます。

### 店頭にQRを掲示する方式で始め、会計待ちが出たら読み取り端末へ移す判断

店頭にQRコードを置き、客が自分のスマートフォンで読み取って金額を入力する方式は、機器が要らずその日から使えます。代わりに、客が金額を打ち、店員がその画面を目で確認する手間が1件ごとに発生します。

はじめは掲示型で始め、ピーク時に会計待ちの列ができるようになったら、客のスマートフォンに表示したコードを店側が読み取る方式へ移るのが手戻りの少ない順番です。読み取る方式にはコードを読める決済端末やPOSレジが必要になるため、端末の種類は[決済端末とは？種類・読み取り方式とPOS連携](https://www.issoh.co.jp/column/details/18112/)を見て選びます。QRコード決済と電子マネーのどちらから受け付けるかで迷う場合は、[電子マネーとQRコード決済の違い｜読み取り方式・会計速度・手数料と店舗での使い分け](https://www.issoh.co.jp/column/details/18879/)で業態と客層ごとの判断基準を整理しています。

## PayPayを例にした、仮登録から店頭で最初の決済を受けるまでの導入手順と日数

ここからはPayPayと直接契約する場合を例に、公式のよくある質問とスタートガイドに書かれた手順を工程ごとに並べます。他社も、申込・審査・キット到着・管理画面の設定という骨格はおおむね同じです。

### 仮登録・本申込・審査1〜2週間・キット到着1週間〜10日の順で進む5つの工程

PayPayの[加盟店向けよくある質問](https://paypay.ne.jp/store/faq/)に書かれた流れを、店舗側の作業に置き換えると次の順になります。

1. 仮登録：申込ページで必要事項を入力し、確認メールを受け取る
2. 本申込：確認メールの本申込み用URLから加盟店契約を申し込み、書類の画像と店舗写真を出す
3. 審査：1〜2週間程度。確認事項や不備がある場合、業種によってはさらに延びる
4. キット到着：審査可決のメールから1週間〜10日ほどで、QRコードキットがレターパックで届く
5. 管理画面の設定：パスワード設定、口座確認、通知設定を済ませて店頭にQRを掲示する

審査とキット到着を合わせると、最短でも2週間強、長ければ1か月近くかかります。開業日に間に合わせたい場合でも、開業前の申込は可能とされているため、内装工事と並行して仮登録まで進めておくと開業日に間に合います。

### 個人事業主と法人で異なる本人確認書類と、撮影画像の不備で差し戻される申請

PayPayの[加盟店お申込み時の本人確認](https://paypay.ne.jp/store/introduction/identification/)では、個人事業主は代表者の、法人は申請者の本人確認書類を1点出します。運転免許証、在留カード、個人番号カードなどが対象で、個人事業主がパスポートや資格確認書を使う場合は、発行から6か月以内の公共料金領収書や住民票の写しを住所確認書類として添えます。法人は住所確認書類が不要です。

差し戻しになりやすいのは、書類の中身より出し方です。原本をスマートフォンかデジタルカメラで撮った画像（jpg・gif・png）が条件で、コピー、スキャン、PDFは受け付けられません。ピンぼけ、光の反射、書類の端の欠けも不可です。申込フォームの氏名・住所・生年月日は本人確認書類と同じ表記にし、旧姓や通称は使えません。住民票を出す場合は、本籍や個人番号などの欄を隠して撮ります。

### 店舗写真は外観と内観の2枚、看板の写る横構図4:3で撮る審査書類の準備

本人確認書類と並んで見落としやすいのが店舗写真です。よくある質問では、店舗名の看板などが写った外観と、内観の2枚が必要とされています。横構図（4:3推奨）で水平に撮り、鮮明な写真を出します。

看板がまだ無い開業前の店や、自宅の一室で営む店は、外観写真で店舗の実在を示しにくくなります。暫定の表札や店名入りのポスターを入口に掲げて撮る、内観で営業設備が分かる角度を選ぶなど、写真だけで「ここで営業している」と分かるようにしておくことが、確認の連絡を待つ日数を減らす方法です。業種によっては許可証などの追加書類を求められるため、申込前に自店の業種が該当するかを確認しておきます。

### キット到着後に済ませる口座確認・サブユーザー追加・通知設定と開始前の確認

[PayPayのスタートガイド](https://paypay.ne.jp/help-merchant/b0842/)では、審査結果のメールからパスワードを設定したあと、口座情報の確認、ブランド情報とストア情報の確認、通知設定までを所要時間の目安25分としています。ここで手を抜くと、開始後に困る項目が2つあります。

1つは売上の振込先口座です。誤りに気づいて変更を申請しても審査があるため、すぐには反映されません。もう1つは通知設定です。アカウントごとに設定が要るため、レジに立つスタッフをサブユーザーとして追加したら、その人の端末でも支払い通知をオンにします。ログイン情報を共有するのは推奨されていません。最後に、少額でテストの支払いを1件行い、通知が届くことと管理画面に取引が出ることを確かめてから掲示を始めます。

## QRコード決済の導入費用と手数料、1.98%と1.60%の差で月額プランの元が取れる売上

QRコード決済の手数料は、決済のたびに差し引かれる料率と、入金を早めるときの手数料の2つで決まります。PayPayの公表値で、月の決済額ごとの負担を計算します。

### 初期費用0円でも決済ごとに差し引かれる利用料と、税別表記の料率を読む注意

PayPayは初期費用と機器費用が0円で、決済が無い月は利用料もかかりません。決済が発生すると、取引金額から決済システム利用料が自動で差し引かれます。[決済システム利用料率のヘルプ](https://paypay.ne.jp/help-merchant/b0594/)では、標準が1.98%、後述の月額プランを全店舗で使うと1.60%です。

この料率は税別表記です。税込の請求額で予算を組む場合は、消費税分を上乗せして見積もります。クレジットカードの加盟店手数料は非課税で表示されることが多く、QRとカードの料率をそのまま並べると比べる土台がずれます。複数の手段を並べて比べるときは、税込か税抜のどちらかにそろえてから比べてください。

### 月額1,980円のプランで料率が0.38ポイント下がる損益分岐、月52万円の決済額

PayPayマイストア ライトプランは1店舗あたり月額1,980円（税別）で、加入すると利用料率が1.98%から1.60%に下がります。料率の差0.38ポイントで月額を回収できるかは、PayPayの月の決済額で決まります。1,980円を0.38%で割ると約52万1千円で、これが損益の分かれ目です。

| PayPayの月の決済額 | 1.98%の利用料 | 1.60%＋月額1,980円 | 差額（月）            |
| ------------ | --------- | -------------- | ---------------- |
| 20万円         | 3,960円    | 5,180円         | プラン加入で1,220円の負担増 |
| 52万1千円       | 約10,316円  | 約10,316円       | ほぼ同額             |
| 100万円        | 19,800円   | 17,980円        | プラン加入で1,820円の負担減 |
| 300万円        | 59,400円   | 49,980円        | プラン加入で9,420円の負担減 |

表はいずれも税別で、ライトプランの機能を使う価値は含めていません。2店舗以上でプランを一部の店舗だけに入れると1.98%のままになる点と、優遇は利用開始日の翌月1日から適用される点にも注意します。初期費用1,980円はトライアルで0円になり、契約月と翌月の月額は無料です。まずトライアル期間でPayPayの月額決済額を実測し、52万円を超えるかで3か月目以降も続けるかを決めます。

### 月末締めの無料入金と早期振込の0.38%、資金繰りを優先したときの実質料率

PayPayの売上は月末締めで、振込手数料は無料です。スタートガイドでは、締め後に手数料を差し引いた額が翌日から4営業日以内（金融機関により異なる）に振り込まれるとしています。月の途中で現金が要る場合は早期振込を使えますが、取引額の0.38%に加え、1回ごとにPayPay銀行は20円、その他の金融機関は200円の振込手数料がかかります。

月100万円の決済額で、他行の口座へ毎週1回、月4回早期振込を申請した場合、0.38%の3,800円と振込手数料800円で合計4,600円です。1.98%の利用料と合わせた実質の負担は約2.44%になり、クレジットカードの料率と変わらない水準まで上がります。仕入れの支払いが月末より前に来る業態では、早期振込を前提に資金繰りを組むより、支払いサイトを月末にそろえるほうが手数料を払わずに済みます。

## POSレジや予約・ECのシステムにQRコード決済をつなぐときに開発が要る範囲

1店舗で掲示型のQRを使う段階では、システムの開発は要りません。開発が必要になるのは、金額の打ち間違いと、入金の照合が手作業で回らなくなったときです。

### POSと決済を別々に打つ二重入力が、1日何件までなら手作業で許容できるか

掲示型のQRでは、POSレジで会計した金額を客が改めてスマートフォンに入力します。読み取り端末を使う場合も、POSと連動していなければ店員による金額入力が2回必要です。打ち間違いは返金と再決済の手間になり、レジ締めの差額の原因にもなります。

QRの支払いが1日数十件までで、レジ締めの差額が月に数回で収まっているうちは、手作業のままで構いません。ピーク時に1時間あたり数十件を超え、差額の調査に毎日時間を取られるようになったら、POSから金額を渡す連動型への切り替えを検討します。POSの連携方式の違いは[POSシステムとは？仕組み・種類・機能と導入・自社開発の判断](https://www.issoh.co.jp/column/details/13280/)で解説しています。

### 複数店舗と複数のコード決済の入金明細を、売上と自動で照合する仕組みが要る条件

直接契約で3社と取引し、店舗が5つあれば、月末に照合する入金明細は事業者ごと・店舗ごとに分かれます。料率の違う明細から手数料を差し引いた入金額を、POSの売上と1件ずつ突き合わせる作業は、店舗と事業者の数の掛け算で増えます。

この照合に経理担当が毎月数日を取られている、あるいは予約サイトや会員アプリ、ECの注文にQRコード決済を組み込みたいという場合は、パッケージの設定の範囲を超えます。決済事業者のAPIと自社の売上データをつなぎ、入金を自動で消し込む仕組みを作る必要がある段階です。一創では[決済・サブスクリプションシステム開発](https://www.issoh.co.jp/service/system/payment/)として、決済代行やコード決済と業務システムの連携開発を受けています。決済代行との接続方式の種類は[決済システムとは？仕組み・種類と決済代行との接続方式](https://www.issoh.co.jp/column/details/15263/)にまとめています。

## QRコード決済の導入で失敗しやすい場面と、導入を急がず見送ってよい店舗の条件

手順どおりに導入しても、方式と社数の選び方を誤ると、手数料と手間が売上の増加分を上回ります。失敗しやすいのは次の2つの場面です。

### 客単価が低く回転の速い店で掲示型QRを使い、ピーク時の列が伸びて客を逃す失敗

ベーカリーやテイクアウトの飲食店のように、客単価が数百円で会計の回転が売上を決める店では、客が金額を入力して店員が画面を確認する掲示型は会計の速度を落とします。ピーク時に列が店の外まで伸び、並ぶのをやめた客の分だけ売上が減ります。

この業態では、掲示型で始めるにしても、ピークの時間帯だけは読み取り端末を使う、あるいは最初から読み取り端末を置く判断をします。逆に、来店が予約制の美容室や、1日の会計が十数件の物販店では、掲示型の手間はほとんど問題になりません。決済が止まったときの代替手段も、障害の多い時間帯を想定して[キャッシュレス決済の障害と代替決済の備え](https://www.issoh.co.jp/column/details/18114/)で確認しておきます。

### 月の決済額が小さい店で複数社と契約し、照合の手間が売上の増加分を上回る失敗

「どのアプリでも払える」状態を目指して4〜5社と直接契約すると、管理画面・入金・問い合わせ窓口が社数分に増えます。月のQR決済額が合計で数十万円の店では、2社目以降の入金はそれぞれ月に数万円にとどまり、照合と管理の手間が増えた売上に見合いません。

言い切ると、月のQR決済額が50万円に届かない店は、まず利用者の多い1社と直接契約し、客から別のアプリを求められる回数を1か月数えてから2社目を足すのが妥当です。現金払いの客がほとんどで、QRを求められた記録がまだ無い店は、導入自体を急ぐ必要はありません。その場合も、店頭表示や補助金の時期を見ながら準備だけ進めておけば、申込から3週間前後で開始できます。

## QRコード決済の導入について店舗から多く寄せられるよくある質問

QRコード決済の導入を検討している店舗から多い質問を5つ取り上げ、公式の案内に沿って答えます。

### QRコード決済の導入にはどれくらいの期間がかかりますか？

PayPayと直接契約する場合、審査に1〜2週間程度、審査が通ってからQRコードキットが届くまでに1週間〜10日ほどかかります。仮登録と書類の準備、キット到着後の管理画面の設定を含めると、全体で2〜4週間が目安です。書類の不備や業種による追加確認があると、さらに延びます。開業前でも申し込めるため、開業日が決まっていれば早めに仮登録まで進めておくと間に合わせやすくなります。

### QRコード決済を導入するのに専用の機械は必要ですか？

店頭にQRコードを掲示して客に読み取ってもらう方式なら、専用の機械は要りません。PayPayは初期費用・機器費用0円で、届いたキットのQRコードを置けば支払いを受けられます。支払い通知を確認するための機器は、スマートフォンかタブレットがあれば十分です。客のスマートフォンに表示されたコードを店が読み取る方式にする場合は、コードを読める決済端末やPOSレジが必要になります。

### QRコード決済の手数料はいくらで、誰が払いますか？

手数料は店舗が払い、客には請求しません。PayPayの決済システム利用料は税別1.98%で、月額1,980円（税別）のライトプランを全店舗で使うと1.60%になります。利用料は売上から自動で差し引かれて入金されるため、請求書が別に届く形ではありません。月末締めの通常の入金は振込手数料が無料ですが、早期振込を使うと取引額の0.38%と振込手数料がかかります。

### 個人事業主でもQRコード決済を導入できますか？

導入できます。PayPayでは、個人事業主は運転免許証や個人番号カードなどの本人確認書類1点を、原本を撮影した画像で提出する決まりです。パスポートなど住所の記載が無い書類を使う場合は、発行から6か月以内の公共料金領収書や住民票の写しを添えます。店舗写真は外観と内観の2枚が必要で、自宅で営む店は店名の分かる表示を入口に出して撮ると、審査の確認を減らせます。

### QRコード決済とクレジットカード決済を一度にまとめて導入できますか？

決済代行サービスやマルチ決済端末を使えば、クレジットカード、電子マネー、複数のコード決済を1回の申込でまとめて導入できます。管理画面と入金がまとまるため、取り扱う手段が多い店ほど照合の手間を減らせる仕組みです。一方で、料率は事業者と直接契約するより高くなる場合があります。使うのがPayPayなど1〜2社だけなら直接契約、カードも同時に入れるならまとめ導入、と社数で決めると迷いません。

## 関連記事

- [QRコード決済とは？仕組みとCPM・MPMの違い、店舗の導入形態と手数料の見方](https://www.issoh.co.jp/column/details/18120/)：QRコード決済の仕組みと方式の違いを先に押さえたい場合に
- [キャッシュレス決済の導入手順｜店舗が決める決済代行・端末・POS連携と失敗例](https://www.issoh.co.jp/column/details/18110/)：カードや電子マネーを含めたキャッシュレス全体の導入手順と仕訳
- [キャッシュレス決済の手数料一覧｜決済手段別の料率と内訳、総コストの比べ方](https://www.issoh.co.jp/column/details/18875/)：QR以外の手段も含めた料率の一覧と内訳
- [決済端末とは？種類・読み取り方式とPOS連携、2026年10月のタッチ決済必須化](https://www.issoh.co.jp/column/details/18112/)：読み取り方式へ移るときの端末選び
- [決済システムとは？仕組み・種類と、決済代行との接続方式・自社構築の判断軸を解説](https://www.issoh.co.jp/column/details/15263/)：予約やECに決済を組み込むときの接続方式

---

出典: [QRコード決済の導入手順｜PayPayの申込・審査・入金設定と手数料、まとめ導入の判断](<https://www.issoh.co.jp/column/details/18877/>)（株式会社一創）
