--- title: "研究開発税制とは：令和8年度改正の控除率とソフトウェア開発費が対象になる条件" url: "https://www.issoh.co.jp/column/details/18218/" published: 2026-10-09 updated: 2026-10-09 categories: ["DX"] publisher: "株式会社一創" --- # 研究開発税制とは：令和8年度改正の控除率とソフトウェア開発費が対象になる条件 研究開発税制は、試験研究にかかった費用の一定割合を、その事業年度の法人税額から差し引ける制度です。令和8年度税制改正で、一般型の控除率の下限が1%から0%に下がり、国外へ委託した研究の費用は70%しか対象にならなくなりました。中小企業技術基盤強化税制には、控除しきれなかった額を3年間繰り越す仕組みが加わっています。本記事では、改正後の控除率と上限を国税庁・経済産業省の資料で整理し、ソフトウェア開発のどの工程が試験研究費に入るのかを線引きします。後半で扱うのは、兼務エンジニアの人件費を工数で按分する方法と、税務調査で示せる証憑の残し方です。 ## まとめ：研究開発税制で中小企業が令和8年度に確かめる控除率と試験研究費 資本金1億円以下の中小企業者なら、まず中小企業技術基盤強化税制を検討します。控除率は試験研究費の12%が基本で、試験研究費が前3年平均より12%超増えた年などは最大17%です。控除できる額は法人税額の25%が上限です。一般型とはどちらか一方しか選べません。 差が出るのは計算式より、試験研究費の範囲と人件費の集計です。独自のアルゴリズムを開発して業務に組み込む開発は対象になり得ますが、既製のソフトを入れるだけの作業や、運用保守・ユーザーサポートは外れます。人件費は研究に「専ら」従事した分に限られるため、兼務者がいる会社は研究テーマ別の作業時間を日々記録し、賃金台帳と突き合わせられる形にしておく必要があります。決算後に記憶で作業時間を割り振る方法は、調査で根拠を問われたときに説明できません。 ## 研究開発税制の仕組みと一般型・中小企業向け・戦略技術領域型の違い 研究開発税制は、所得から差し引く所得控除ではなく、計算した法人税額から直接引く税額控除です。控除の種類と計算の順番は[税額控除とは？所得控除との違いと種類一覧](https://www.issoh.co.jp/column/details/11549/)にまとめています。[経済産業省の制度概要](https://www.meti.go.jp/policy/tech%5Fpromotion/tax/about%5Ftax.html)では、一般型の控除上限を法人税額の原則25%と説明しています。適用できるのは青色申告書を提出する法人です。 ### 一般型の控除率0〜14%が増減試験研究費割合で決まる事業年度別の計算式 一般型の控除率は、当期の試験研究費が過去3年の平均（比較試験研究費）からどれだけ増えたかで決まります。この増減の割合を増減試験研究費割合と呼びます。[国税庁タックスアンサーNo.5442](https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5442.htm)（令和8年4月1日現在法令等）によると、令和8年4月1日から令和9年3月31日までに開始する事業年度の式は次のとおりです。 | 増減試験研究費割合 | 控除率の式 | 5%増の場合 | | --------------- | ---------------------- | ------ | | 12%超 | 11.5%＋（割合－12%）×0.375 | － | | 0%以上12%以下 | 11.5%－（12%－割合）×0.25 | 9.75% | | 0%未満 | 8.5%－減少割合×8.5／30（下限0%） | － | | 設立事業年度・比較試験研究費0 | 一律8.5% | － | 上限は14%です。令和8年3月31日以前に開始した事業年度は下限が1%だったため、研究費を減らした会社ほど改正の影響を受けます。令和9年4月1日以後に開始する事業年度は式がさらに変わり、[国税庁の令和8年度改正の解説](https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hojin/kaisei%5Fgaiyo2026/pdf/E.pdf)では、増減試験研究費割合15%のときの控除率を11.5%と例示しています。複数年の研究計画で控除額を見積もる場合は、年度ごとに式を切り替えた計算が必要です。 ### 中小企業技術基盤強化税制の控除率12%と上限25%への上乗せ条件 中小企業者（基本は資本金1億円以下の法人）は、一般型の代わりに中小企業技術基盤強化税制を選べます。[国税庁タックスアンサーNo.5444](https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5444.htm)では、控除率は12%が基本です。増減試験研究費割合が12%を超えると「12%＋（割合－12%）×0.375」に上がり、上限は17%とされています。 控除できる額は法人税額の25%が上限です。増減試験研究費割合が12%を超える年は10%が上乗せされ、35%まで広がります。売上高に占める試験研究費の割合が10%を超える年も上乗せがありますが、両方の上乗せは重ねられません。研究費を前年並みに保つ会社なら、一般型の8.5%より中小企業向けの12%のほうが控除額は大きくなります。 ### 令和8年度改正で決まった国外委託費の縮減と繰越税額控除の創設 令和8年度改正の変更点のうち、中小企業の実務に直接響くのは2つです。1つ目は国外で行われる委託研究の扱いです。医薬品等の臨床試験を除き、令和8年4月1日から令和9年3月31日までに開始する事業年度は委託費の70%、翌年度は60%、その後は50%しか控除対象になりません。海外の開発会社に研究開発を委託している会社は、委託費を国内分と国外分に分けて集計する必要があります。 2つ目は中小企業技術基盤強化税制の繰越税額控除です。上限25%を超えて控除しきれなかった額を3年間繰り越せるようになりました。ただし繰越分を使える年は、その年の試験研究費が比較試験研究費を上回っていることが条件です。研究費を減らした年には使えません。 ### 戦略技術領域型の控除率40%と重点研究開発計画の認定が前提になる適用時期 令和8年度改正では、AI・先端ロボット、量子、半導体・通信、バイオ・ヘルスケア、フュージョンエネルギー、宇宙の6領域を対象に、控除率40%の戦略技術領域型も創設されました。[経済産業省の令和8年度税制改正資料](https://www.meti.go.jp/main/yosan/yosan%5Ffy2026/pdf/03.pdf)によれば、認定研究拠点との共同・委託研究は50%で、控除上限は一般型とは別枠の法人税額10%です。 この類型は、産業技術力強化法に基づく重点研究開発計画の認定を受けることが前提です。国税庁の解説では、施行期日を定める政令は令和8年5月27日時点で未公布とされています。AIの受託開発や業務への組み込みを行う中小企業の多くは、まず一般型か中小企業向けの枠で考えるのが現実的です。 ## 試験研究費に入る費用と除外される活動：人件費・材料費・委託費の範囲 税制上の試験研究は、会計上の研究開発費と似ていますが同じではありません。言葉としての研究と開発の違いは[R&D（研究開発）とは？研究と開発の違い](https://www.issoh.co.jp/column/details/9178/)で扱っており、ここでは税額控除の対象になる費用に絞ります。 ### 原材料費・人件費・経費・委託費の4区分と売上原価に入れた費用の除外 国税庁No.5442が示す試験研究費は、試験研究のための原材料費、人件費、経費と、他者に委託して行う試験研究の委託費、技術研究組合の賦課金です。損金の額に算入されるものに限られ、売上原価などの原価に入れた費用は除かれます。研究開発費として損金経理し、ソフトウェアなどの固定資産の取得価額に入れた費用も対象です。 人件費には条件があります。対象は「専門的知識をもってその試験研究の業務に専ら従事する者」の人件費だけです。営業や総務と研究を掛け持ちする社員の給与を丸ごと入れることはできません。どこまで入れられるかは後半の工数按分の章で扱います。 ### 通達が試験研究に含めない活動と研究開発かを判断する5つの基準 租税特別措置法関係通達42の4(1)-2は、試験研究に含まれない活動を列挙しています。[経済産業省の制度概要資料（令和6年4月現在）](https://www.meti.go.jp/policy/tech%5Fpromotion/tax/R6gaiyou%5Fset.pdf)に全文が載っており、IT部門に関係するのは次の項目です。 - 事務員による事務処理手順の変更・簡素化、部署編成の変更 - 既存の財務分析や在庫管理の方法の導入 - 既存製品の品質管理、完成品の製品検査 - 製品マスター完成後の市場販売目的ソフトウェアの不具合除去などの機能維持 - ソフトウェア開発に係るシステム運用管理、ユーザードキュメントの作成、ユーザーサポート 同じ資料は、研究開発かどうかを新規性・創造性・不確実性・計画性・再現可能性の5つで判断すると説明しています。既に確立した方法で作るだけの作業は、新規性と創造性を欠くため対象になりません。 ## ソフトウェア開発が試験研究費になる条件：自社利用・サービス提供・受託開発の線引き ソフトウェア開発は、令和3年度改正で扱いが明確になった領域です。それ以前は「業務改善のための開発は対象外」という見方が税理士の間にもありました。 ### 独自アルゴリズムの開発と既製ソフトを導入するだけの作業の違い [経済産業省の令和3年度改正の概要資料](https://www.meti.go.jp/policy/tech%5Fpromotion/tax/R4gaiyov2.pdf)のQ&Aでは、熟練工の手作業を置き換える独自のアルゴリズムと、それを動かすソフトウェアやロボットの開発は対象になり得るとしています。一方、第三者が作ったソフトを単に導入するだけなら対象にならない可能性があります。導入にあたって新たな試行錯誤や結果の不確実性があれば、対象になり得るという整理です。 実務では、要件定義の段階で「何が分かっていないのか」を書けるかで判断がつきます。たとえば手作業のデータ収集を自動化し、収集すべき項目を特定して解析アルゴリズムを組む開発は、同じQ&Aで技術の改良に係る試験研究の例に挙がっています。画面と帳票を既存の業務どおりに作り替えるだけの開発は、通達の「事務処理手順の変更」に近く、対象外と見るのが妥当です。 ### 自社利用ソフトウェアとクラウド提供サービスの開発費を取得価額に入れた場合 令和3年度改正で、研究開発費として損金経理したうえで固定資産の取得価額に入れた費用も、試験研究費に含まれるようになりました。社内で使う業務システムや、クラウドで顧客に提供するサービスの開発費を資産計上している会社が対象です。開発したものを社内に組み込めば「技術の改良」、他社に販売・提供すれば「製品の製造」に係る試験研究として扱われます。 注意点は二重取りの禁止です。国税庁No.5442は、減価償却資産の取得価額に含まれる試験研究費で本制度を使った場合、その資産について他の制度の特別償却や税額控除を重ねて使えないとしています。ソフトウェア投資で[中小企業経営強化税制の即時償却や税額控除](https://www.issoh.co.jp/column/details/17437/)を使う予定なら、どちらの制度に寄せるかを資産ごとに決めておきます。 ### 受託開発の費用が委託元の試験研究費になり受託側では外れる関係 外部の開発会社に研究開発を委託した場合、委託元が支払う費用は委託試験研究費として対象になり得ます。受託した開発会社の側では、その費用は売上原価になるため、自社の試験研究費には入りません。同じ開発について両社が控除を受けることはない仕組みです。 委託元が控除を受けるには、委託した内容が試験研究に当たることを説明できなければなりません。契約書の業務内容が「システム開発一式」だけでは、研究要素がある部分を切り出せないことがあります。仮説・検証項目・成果物を工程ごとに書いた計画書と、受託者からの工程別の作業報告を受け取れる契約にしておくと、試験研究費の範囲を示しやすくなります。 ### 運用保守・不具合修正・マニュアル作成が対象外になる工程の切り分け 1つの開発プロジェクトの中にも、対象になる工程とならない工程が混在します。通達に沿うと、新しい手法の設計・試作・評価は対象、リリース後の運用管理やユーザーサポート、マニュアル作成は対象外です。市場で販売するソフトウェアなら、製品マスター完成後の不具合除去も外れます。 この切り分けは、工数を記録する時点で工程コードを分けておかないと後から再現できません。月末にまとめて「開発」とだけ入力する運用では、研究に当たる時間と運用保守の時間を分けられず、プロジェクト全体を対象外として扱わざるを得なくなります。 ## 人件費の「専ら」要件と工数按分：兼務エンジニアの従事時間を記録する方法 ソフトウェア開発の試験研究費は、ほとんどがエンジニアの人件費です。中小企業では研究専任者を置けないことが多く、受託案件と自社研究を掛け持ちする社員の人件費をどう扱うかで控除額が大きく変わります。 ### 専ら従事に当たる3つの類型と実働20日程度以上という期間の目安 経済産業省の制度概要資料は、「専ら」に該当する者を3つに分けています。研究部門に属するなど試験研究を専属業務とする者、研究プロジェクトの全期間に従事する者、そして次の条件をすべて満たす者です。 1. プロジェクトの設計・試作・開発・評価などのうち、担当する工程の期間中は専属的に従事している 2. 担当工程が試験研究の過程で必要なもので、その人の専門知識がその工程に不可欠である 3. 従事期間が合計でおおむね1か月（実働20日程度）以上あり、間隔を置いた従事も合算できる 4. 担当業務への従事状況が明確に区分され、人件費が適正に計算されている 同資料の事例では、8か月のプロジェクトで評価・分析の工程に断続的に延べ30日従事した社員も、その実働期間に対応する人件費が対象になっています。研究と他業務の兼任者でも、従事状況を明確に区分できれば対象になり得るとも書かれています。 ### 兼務エンジニアの人件費を研究テーマの作業時間で按分する計算例 兼任者の人件費は、研究テーマに従事した時間の割合で按分するのが一般的です。年間の人件費が720万円、年間の総労働時間が1,920時間のエンジニアが、研究テーマの設計と検証に768時間従事したとします。按分割合は768÷1,920で40%、試験研究費に入れる人件費は288万円です。 按分の母数は、その社員の総労働時間にします。受託案件の時間だけを除いた残りを研究時間とみなす方法は、会議や社内業務の時間まで研究に入ってしまうため使いません。研究時間そのものを記録して積み上げることが前提です。経済産業省の資料にも、コスト計算用のソフトに入力した作業時間と業務日報を突き合わせ、賃金台帳から人件費を算出している事例が紹介されています。 ### 税務調査で示す証憑：研究計画書・作業記録・賃金台帳の突き合わせ 令和8年度改正では、中小企業技術基盤強化税制について「試験研究費の算出に必要となる証憑等の周知」が改正内容に挙げられました。控除の根拠を後から示せる状態にしておくことが、制度側からも求められています。最低限そろえるのは次の3点です。 | 証憑 | 示す内容 | 作るタイミング | | ---------- | ---------------- | -------- | | 研究計画書 | テーマ・仮説・工程・担当者・期間 | 着手前 | | 作業記録（工数） | 日付・担当者・テーマ・工程・時間 | 毎日 | | 賃金台帳・委託契約書 | 按分の基礎になる人件費と委託費 | 給与計算・契約時 | 3点は同じ研究テーマIDでつながっている必要があります。計画書の工程名と作業記録の工程コードが一致しないと、どの時間がどの研究に属するかを説明できません。成果が出なかった研究も、計画と検証の記録があれば試験研究として扱えます。 ## 控除額の計算例と申告手続き：法人税額25%の上限と3年間の繰越 ここまでで集計した試験研究費から、実際の控除額を出します。中小企業技術基盤強化税制を選ぶ会社を例にします。 ### 中小企業が試験研究費2,000万円・法人税額800万円で控除額を出す計算例 当期の試験研究費が2,000万円、比較試験研究費が1,905万円、売上高に占める試験研究費の割合が10%以下の会社を考えます。増減試験研究費割合は約5%で12%以下のため、控除率は12%です。控除限度額は2,000万円×12%で240万円になります。 法人税額が800万円なら上限は25%の200万円で、当期に控除できるのは200万円です。残る40万円は、令和8年度改正の繰越税額控除制度の対象として翌期以後3年間に繰り越せます。繰り越した額を使う年は、その年の試験研究費が比較試験研究費を上回っていることが条件です。赤字で法人税額がない年は控除できないため、研究投資の計画と利益の見込みを合わせて見ておきます。 ### 確定申告書への明細書の添付と繰越税額控除を使う年に必要な書類 適用を受けるには、控除対象の試験研究費の額、控除を受ける金額、その計算の明細書を確定申告書に添付します。国税庁の改正解説によれば、繰越税額控除制度を使うには、控除を受けた年以後の各年の申告書に繰越額の明細書を付け続けることも必要です。途中で添付を忘れると、その後の年に繰越分を使えなくなるおそれがあります。 申告書の数字は、作業記録と賃金台帳から誰でも同じ結果を出せることが前提です。担当者の表計算ファイルにしか計算過程が残っていないと、担当交代の翌年に再計算できなくなります。人件費を扱う税制としては[賃上げ促進税制の給与総額の集計](https://www.issoh.co.jp/column/details/18216/)も同じ給与データを使うため、集計の仕組みはまとめて設計すると手戻りが減ります。 ## 工数管理を研究開発税制に対応させる判断：表計算で足りる会社とシステム化 研究開発税制の実務負担の大半は、工数の記録と按分です。どこまで仕組みに投資するかは、研究テーマ数と兼任者の数で決まります。 ### 表計算と業務日報で回る規模とプロジェクト別原価計算が要る規模の線引き 研究テーマが1〜2件で、従事者が研究専任の数名に限られる会社は、表計算と業務日報で足ります。専任者は人件費を全額入れられるため、按分の計算がほとんど発生しないからです。この規模でシステムを新たに作るのは過剰です。 一方、受託案件と自社研究を同じエンジニアが掛け持ちし、研究テーマが複数ある会社は事情が違います。社員ごと・テーマごと・工程ごとの時間を毎月按分し、賃金台帳の金額と掛け合わせる作業が人数分必要です。この段階で表計算に頼ると、入力漏れと計算式の崩れが申告の根拠を弱めます。記録の粒度の決め方は[システム開発の工数管理が破綻する原因と立て直し方](https://www.issoh.co.jp/column/details/11022/)で詳しく扱っています。 ### 工数管理システムに足す項目：研究テーマID・工程区分・試験研究フラグ 既に[工数管理システム](https://www.issoh.co.jp/column/details/15378/)を使っている会社は、作り直すより項目を足すほうが早く済みます。必要なのは、研究テーマID、通達に沿った工程区分（設計・試作・評価と、運用保守・サポート）、その作業が試験研究に当たるかを示すフラグの3つです。これがあれば、テーマ別・社員別の研究時間を月次で抽出し、人件費と掛け合わせて試験研究費を出せます。 給与システムと工数データを社員番号でつなぎ、按分後の人件費をプロジェクト別に集計する部分は、原価計算の仕組みそのものです。受託案件の採算管理と研究開発税制の集計を同じデータで回したい会社は、[原価管理システム開発](https://www.issoh.co.jp/service/business%5Fsystem/cost-management/)の範囲として要件を整理すると、二重入力を避けられます。 ## 研究開発税制の対象者・対象費用と他制度との併用についてよくある質問 研究開発税制を検討する経理担当者や開発部門から寄せられやすい質問をまとめました。個別の判断は顧問税理士と確認してください。 ### 赤字の年でも研究開発税制の控除は受けられますか？ 当期の控除は受けられません。研究開発税制は法人税額から差し引く税額控除のため、法人税額がゼロの年は控除する元がありません。中小企業技術基盤強化税制を選ぶ会社なら、令和8年度改正で創設された繰越税額控除制度により、上限を超えて控除しきれなかった額を3年間繰り越せます。ただし繰り越した額を使う年は、試験研究費が過去3年の平均を上回っている必要があります。 ### 社内で使う業務システムの開発費も研究開発税制の対象になりますか？ 独自のアルゴリズムを開発して業務に組み込むなど、新しい知見を得るための試行錯誤がある開発は対象になり得ます。経済産業省のQ&Aでは、自社内のプロセスに組み込む場合は「技術の改良」に係る試験研究として扱われるとしています。既製のパッケージを導入するだけの作業や、画面・帳票を既存の業務どおりに作る開発、運用保守やユーザーサポートは対象外です。 ### 研究開発税制と中小企業経営強化税制は併用できますか？ 同じ年度に両方の制度を使うことはできますが、同じ資産に重ねることはできません。国税庁No.5442は、減価償却資産の取得価額に含まれる試験研究費で研究開発税制を使った場合、その資産について他の制度の特別償却や税額控除は使えないとしています。自社開発のソフトウェアを資産計上する場合は、どちらの制度で控除するかを資産ごとに決めてください。 ### 個人事業主も研究開発税制を使えますか？ 研究開発税制は法人税だけでなく所得税にも同じ趣旨の措置があり、青色申告の個人事業主も対象になり得ます。ただし控除の前提として必要なのは、どの支出が研究開発の費用に当たるかを整理することです。個人事業主が経費として計上できる研究開発費の範囲は、[個人事業主が経費計上できる研究開発費の対象範囲](https://www.issoh.co.jp/column/details/11922/)で解説しています。 ### 一般型と中小企業技術基盤強化税制はどちらを選ぶべきですか？ 中小企業者は、原則として中小企業技術基盤強化税制を選ぶほうが有利です。研究費を前年並みに保つ会社なら、令和8年度の一般型の控除率は8.5%、中小企業向けは12%になります。一般型が上回るのは、研究費を大きく増やして一般型の控除率が12%を超える年などに限られます。両制度は同じ事業年度に併用できないため、毎年の申告前に両方の式で計算して比べてください。 ## 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