--- title: "派遣の給与計算とは？複数派遣先の単価・締め日と社会保険判定を回す設計" url: "https://www.issoh.co.jp/column/details/17055/" published: 2026-08-27 updated: 2026-08-27 categories: ["DX"] publisher: "株式会社一創" --- # 派遣の給与計算とは？複数派遣先の単価・締め日と社会保険判定を回す設計 派遣スタッフの賃金を支払うのは、雇用主である派遣元です。ところが計算に必要な勤務実績は派遣先の現場にあり、時給は派遣先ごとに違い、締め日もばらけます。一般企業の月給計算をそのまま持ち込むと、掛け持ち就業の割増賃金、通勤手当の持ち方、日払いの源泉徴収、社会保険の加入判定のあたりで手作業が残る原因です。この記事では派遣元の給与計算に固有の処理を単位ごとに分解し、2026年10月に迫る社会保険の要件変更まで含めて、どこまでを汎用の給与計算ソフトに任せ、どこから派遣管理システム側に持たせるべきかを線引きします。 ## まとめ｜派遣の給与計算は単価と締め日と加入判定の3点で設計が決まる 派遣元の給与計算で設計を分けるのは、スタッフ1人が複数の支払単価を持つこと、派遣先の請求締めと給与締めが別の周期で動くこと、短時間・短期のスタッフが多く社会保険の加入判定が毎月動くことの3点です。これを汎用の給与計算ソフトの中だけで解こうとすると、単価マスタを人ではなく契約に紐づけられず、表計算での事前集計が固定化します。 勤怠実績・支払単価・請求単価を同じ1件の就業契約に紐づけ、給与と派遣先請求の両方をそこから生成する。これが手戻りの最も少ない構成になります。稼働スタッフが50名を超え、単価パターンが十を超えたあたりから、この形にしないと締め処理が人手の検算に依存する状態です。労使協定方式の賃金下限の検査は、給与計算の中で毎月判定させず、待遇設計側で判定して給与側は検査済みの単価と検査日を保持する役割に留めます。 ## 派遣元が給与計算を担い派遣先が勤怠を確認する構造から生まれる二層の締め 派遣の給与計算がややこしいのは、計算する人とデータを持つ人が別の会社にいるためです。 ### 雇用契約は派遣元・指揮命令は派遣先という分離が計算データの経路を決める 賃金の支払義務、社会保険と雇用保険の加入手続き、源泉徴収、年末調整はすべて雇用主である派遣元が負います。派遣先が負うのは、労働者派遣法第42条にもとづく派遣先管理台帳への就業実績の記録と、働いた時間の確認です。派遣元は管理下にない現場の打刻を、派遣先の承認を経て受け取ってから計算を始めます。 ここが月給制の正社員との決定的な違いです。正社員なら勤怠の締めも給与計算も自社内で完結しますが、派遣では派遣先の承認が遅れた瞬間に計算が止まる構造です。承認の取り方そのものの設計は[派遣の勤怠管理システムとは？派遣元・派遣先の勤怠と二重派遣防止・請求連携の選び方](https://www.issoh.co.jp/column/details/15454/)で扱っているため、本記事では承認済みの実績が届いた後の計算に絞ります。給与計算そのものの標準手順や毎年の料率改定は[給与計算とは？業務の流れと年間スケジュール・システム化の判断基準](https://www.issoh.co.jp/column/details/12908/)を前提とします。 ### 派遣先ごとに時給が変わるスタッフ単位の単価管理と支払単価と請求単価の二本立て 同じスタッフでも、A社では時給1,600円、B社では時給1,750円ということが普通に起こります。職種が違えば単価も違い、同じ職種でも派遣先との交渉結果で差がつきます。単価は「人」ではなく「就業契約」に付く属性です。 さらに派遣元は、スタッフへ支払う単価と派遣先へ請求する単価を同時に持ちます。両者はマージンぶんだけ離れており、片方だけの更新は利益が静かに削られる原因です。現在値だけを上書きしていると過去月の再計算ができないため、適用開始日を主キーに含めた履歴型のマスタにします。 | 持たせる単価 | 紐づく相手 | 使う場面 | 改定のきっかけ | | ------------ | --------- | ----------- | ------------ | | 支払単価（時給） | スタッフ×就業契約 | 給与計算・割増の基礎 | 契約更新・昇給・協定改定 | | 請求単価（派遣料金） | 派遣先×就業契約 | 派遣先への月次請求 | 契約更新・料金交渉 | | 割増単価（時間外・深夜） | 就業契約 | 法定超過分の支払と請求 | 単価改定に連動 | 3つ目の割増単価を独立して持つのは、支払側と請求側で割増の基礎が一致しないことがあるためです。派遣先へは契約単価の1.25倍で請求し、スタッフへは加重平均を基礎に1.25倍で支払えば、両者の金額はずれます。 ### 派遣先の請求締めと派遣元の給与締めがずれる月に起きる支払漏れの典型 派遣先の締め日は15日締めや20日締めが混在します。一方で給与は労働基準法第24条により毎月1回以上、一定の期日を定めて支払う義務があり、派遣元は自社の給与締め日を1本に固定します。締めが二層になるとは、この状態です。 事故が起きるのは、給与締め日の後に派遣先の承認が届いた実績です。20日締めの派遣先で21日以降に修正が入り、給与締めの25日を過ぎて確定した差分は翌月調整として持ち越されます。持ち越しの表計算管理は、翌月の担当者が引き継ぎを見落として未払いのまま消える原因です。給与締め日を基準にした未確定実績の一覧を毎月自動生成させるだけでも、この漏れはほぼ止まります。 ## 複数の派遣先を掛け持ちするスタッフで崩れる割増賃金の基礎単価と帰属 週2日はA社、週3日はB社という働き方は派遣では日常です。この形になった瞬間、割増賃金の計算は現場単位で成立しなくなります。 ### 同一派遣元で複数現場に就く場合の労働時間の通算と法定時間外の切り分け 雇用主が同じ派遣元である以上、A社での労働時間とB社での労働時間は当然に通算されます。1日8時間、週40時間という法定労働時間はスタッフ個人について判定するもので、派遣先ごとに40時間ずつ認められるわけではありません。A社で週24時間、B社で週20時間なら、合計44時間のうち4時間が法定時間外です。 問題はこの4時間をどちらの派遣先の稼働として扱うかです。実務では時系列で後に発生した労働から法定外に割り当てるのが基本で、この例なら後に就業したB社側の4時間が割増対象になります。派遣先への請求は通常単価のままなのに支払だけが割増になるため、請求と給与を別々のシステムで計算していると月次の粗利が実態より高く見えます。 ### 単価の異なる現場が混在する月の割増賃金の基礎になる加重平均の求め方 A社1,600円で96時間、B社1,750円で80時間働いた月を考えます。この月の割増賃金の基礎となる時間単価は、どちらか一方の単価ではありません。労働基準法施行規則第19条の考え方にもとづき、賃金算定期間の賃金総額を総労働時間数で割った加重平均を用いるのが実務の基本です。 1. 賃金総額を出す：1,600円×96時間＝153,600円、1,750円×80時間＝140,000円、合計293,600円 2. 総労働時間で割る：293,600円÷176時間＝1,668.18円（基礎時間単価） 3. 割増率を掛ける：法定時間外なら1,668.18円×1.25＝2,085.22円 この計算を月次で自動化していない派遣元では、単価の高いほうを基礎にして安全側に倒すか、現場ごとに個別計算して結果的に法定を下回るかのどちらかに寄ります。前者は支払超過、後者は未払賃金です。深夜割増は22時から翌5時で25%、法定休日は35%、月60時間を超える時間外は50%で、この5割増しは中小企業への猶予措置が2023年4月1日に終了して全企業に適用されています。掛け持ちの通算で60時間を超える例は見落とされがちです。 ### 他社の派遣元と掛け持ちするスタッフで生じる労基法38条と乙欄の判断 別々の派遣会社に登録して両方で就業するスタッフも、労働基準法第38条第1項により事業主が異なっても労働時間は通算されます。ただし自社が把握できるのは本人の自己申告だけで、他社の就業時間を強制的に取得する手段はありません。登録時と契約更新時に他社就業の有無を申告させ、申告があれば法定外の負担が生じうる旨を記録に残す運用が現実解になります。 所得税の扱いは分岐が明確です。給与所得者の扶養控除等申告書は1か所にしか提出できないため、提出を受けた派遣元は月額表の甲欄、提出がない派遣元は乙欄で源泉徴収します。乙欄は税率が高く、同じ時給なのに手取りが少ないという問い合わせの原因です。年末調整ができるのも甲欄側の1社だけです。 ## 通勤手当と有給の単価と日払いという支給側で詰まりやすい3つの処理 単価と時間が固まっても、支給項目の側に派遣固有の分岐が残ります。多い順に3つを扱います。 ### 通勤手当を実費と定額と時給組み入れのどれで持つかで変わる計算と証跡 派遣の通勤手当には、実費支給、日額または月額の定額支給、時給に組み入れる方式の3つがあります。労使協定方式を採る派遣元では、時給に組み入れる場合に一般通勤手当の水準を満たす必要があり、令和8年度適用分は時間額79円です。令和7年度の73円から6円引き上げられ、時給に含めている派遣元は年度替わりで全スタッフの時給を見直します。 計算処理として面倒なのは実費支給です。派遣先が変われば経路も金額も変わり、掛け持ちなら同じ月に2経路ぶんです。日額単価×出勤日数で自動計算させるには、就業契約ごとに通勤日額を持たせ、勤怠の出勤日数と突き合わせる仕組みが要ります。手入力のままでは、掛け持ちスタッフの通勤費が毎月の検算対象に残ります。 ### 時給で働くスタッフの年次有給休暇の賃金を3方式のどれで固定するか 年次有給休暇を取得した日の賃金は、労働基準法第39条第9項により3つの方式から選べます。平均賃金、所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金、労使協定を結んだうえでの健康保険法上の標準報酬日額で、どれを採るかは就業規則に定めて固定し、日ごとに有利なほうを選ぶことはできません。 | 方式 | 計算の元 | 掛け持ち時の挙動 | 向く派遣元 | | ------ | -------------- | --------------- | ------------- | | 平均賃金 | 直前3か月の賃金総額÷暦日数 | 単価差を自動で吸収する | 単価変動が大きい派遣元 | | 通常の賃金 | その日の所定労働時間×時給 | どの現場の時給かで金額が変わる | 単価がほぼ一定の派遣元 | | 標準報酬日額 | 健康保険の標準報酬月額÷30 | 年間で一定になる | 労使協定を締結済みの派遣元 | 掛け持ちスタッフを抱える派遣元には平均賃金方式を勧めます。通常の賃金方式では、A社の日に有給を取るかB社の日に取るかで金額が変わり、取得日の選択が損得に直結してしまうためです。平均賃金には最低保障額（賃金総額÷実労働日数×0.6）の計算も要り、給与システム側で3か月分の実績を遡って参照できることが前提になります。 ### 日払いと週払いを受けるときに変わる源泉徴収の欄と締め処理の回数 日払い・週払いは登録型派遣の求人力に直結する一方、給与計算の負荷を月1回から月20回超へ引き上げます。賃金支払5原則のうち毎月1回以上・一定期日払いは日払いでも満たせるため、実務上の分岐は源泉徴収のほうにあります。 国税庁タックスアンサーNo.2511のとおり、日額表の丙欄は日雇賃金に適用されます。あらかじめ雇用契約の期間が2か月以内と定められ、労働した日または時間で算定される給与であれば丙欄を使えますが、1か所から継続して2か月を超えて支払われる部分は日雇賃金に含まれません。契約が延長されて2か月を超えた時点で甲欄または乙欄へ切り替える必要があり、忘れると年末調整の対象範囲を誤ります。 日払い対応をうたう派遣元の多くは、毎日振り込むのではなく締め後の一部前払いという形で処理しています。前払い額を翌月の給与から控除する処理は、社会保険料や税額の計算基礎には影響させず、支給後の差引項目として扱う設計です。ここを支給項目として組むと、課税所得が二重に膨らみます。 ## 勤怠実績から社会保険と雇用保険の加入判定を毎月自動で走らせる条件 短時間・短期のスタッフを多く抱える派遣元では、加入判定が毎月動きます。2026年10月と2028年10月の改正で対象者はさらに増えます。 ### 週20時間と月8.8万円という現行要件と2026年10月の賃金要件の撤廃 短時間労働者が社会保険の対象になる現行要件は、週の所定労働時間20時間以上、月額賃金8.8万円以上、2か月を超える雇用の見込み、学生でないこと、従業員51人以上の企業という5つです。2025年6月に成立した年金制度改正法により、月額8.8万円という賃金要件は2026年10月に撤廃されます。 撤廃後は、週20時間以上働いていれば月収が5万円台でも加入対象です。時給1,600円で週20時間なら月額13万円前後になるため、賃金要件で外れていた派遣スタッフは元々多くありませんが、単価の低い職種や月の途中で就業を開始したスタッフは影響を受けます。判定を所定労働時間ベースで持つか実績賃金ベースで持つかで改修範囲が変わるため、自社の給与システムがどちらで判定しているかを先に確かめておくべきです。 ### 2か月以内の契約でも当初から加入になる更新見込みの判定と実績の確認 2022年10月の改正で、当初の雇用契約が2か月以内でも、契約書や就業規則に更新される旨または更新される場合がある旨が明示されているとき、あるいは同一の事業所で同様の契約により最初の期間を超えて雇用された実績があるときは、契約当初から加入となりました。派遣は1か月や2か月の契約を反復更新する形が多く、該当するスタッフが相当数います。 実務で漏れるのは後者の実績要件です。契約書の文言は確認できても、同様の契約で更新された実績が過去にあるかを人が判断していると、職種や派遣先が変わったときに見落とします。就業契約の履歴を職種単位で集計し、更新実績のあるパターンに該当したら加入候補として警告を出す。この程度の仕組みでも、遡って資格取得届を出し直す事故はほとんど防げます。 ### 企業規模要件の段階的な撤廃と雇用保険の週10時間への拡大で増える対象者 企業規模要件は2027年10月に36人以上、2029年10月に21人以上、2032年10月に11人以上と引き下げられ、2035年10月に撤廃されます。派遣元の従業員数には派遣スタッフも含めて数えるため、稼働スタッフを抱える派遣元の多くは早い段階で対象に入る見込みです。段階の切り替わりごとに判定ロジックの定数を書き換えるのではなく、適用開始日と閾値を持つテーブルとして外に出しておくと保守が軽くなります。 雇用保険はさらに影響が大きくなります。2024年5月に成立した改正法により、被保険者の要件が週の所定労働時間20時間以上から10時間以上へ広がり、施行は2028年10月1日です。週12時間や15時間で働く短時間の派遣スタッフが一斉に被保険者になります。単発の就業を繰り返すスタッフでは、取得と喪失が短期間に反復することになり、電子申請の一括処理を前提にしておかないと事務が追いつきません。 ## 汎用の給与計算ソフト単体で詰まる箇所と派遣管理システム側に置く責務 ここまでの処理を、市販の給与計算ソフトはどこまで引き受けられるのか。線引きを条件付きで言い切ります。 ### 汎用ソフトのままで足りる派遣元の条件と表計算の併用をやめる合図 稼働スタッフ30名以下、派遣先が5社以内、掛け持ちがほぼ無く、単価パターンが10未満。この範囲なら汎用の給与計算ソフトに月次の集計値を取り込む運用で足ります。無理にシステムを組む段階ではありません。 切り替えの合図は4つあります。第一に、給与計算の前工程で使う表計算ファイルが3本を超えたとき。第二に、単価改定のたびに過去月の再計算ができず当月から適用で押し切る状態が続いたとき。第三に、掛け持ちスタッフが5名を超えて加重平均の手計算が発生したとき。第四に、給与と派遣先請求の粗利が合わず原因調査に半日以上かかるようになったときです。2つ以上該当したら、給与ソフトの買い替えではなくデータの持ち方を見直す段階に来ています。 ### 給与ソフトに寄せると壊れる4つの処理と外側に出しておくべきデータ 汎用の給与計算ソフトは、1人の従業員が1つの所属と1つの単価を持つ前提で作られています。派遣元の処理をここへ押し込むと、次の4つが壊れます。 - 派遣先ごとの支払単価：従業員マスタが単価を1つしか持てず、月次で書き換える運用になり履歴が消える - 請求単価との連動：給与ソフトは請求を扱わないため、単価改定が請求側へ伝わらず粗利が合わなくなる - 掛け持ちの加重平均：現場別の内訳を持てないため、割増の基礎単価を外部で計算して手入力することになる - 丙欄と甲欄の切り替え：契約期間の通算を保持していないため、2か月到達の検知が人の記憶に依存する いずれも給与計算の機能が足りないのではなく、就業契約という単位のデータを給与ソフトが持てないことが原因です。解き方は、就業契約・支払単価・請求単価・勤怠実績を派遣管理側に置き、確定した支給額の計算だけを給与ソフトに任せる構成になります。機能の全体像は[派遣管理システムとは？基幹型と双方向型の違い・主要機能と受託開発の判断軸](https://www.issoh.co.jp/column/details/16447/)に整理しています。 ### 労使協定方式の下限検査は待遇設計側に置き給与側では結果だけを保持する 労使協定方式を採る派遣元では、一般賃金の水準を下回らないことを確かめる検査が必要になります。これを給与計算の締め処理に組み込む設計を見かけますが、勧めません。下限割れが給与確定の直前に判明しても、その時点でできるのは支給を止めることだけで、契約単価を遡って直す手続きは別に走るためです。 検査は契約締結時と年度改定時に走らせ、給与側では、どの協定のどの適用年度の基準で検査済みかという結果と検査日だけを単価に付随させて保持します。方式の選び方、令和8年度適用分で動いた数値、毎年度の改定スケジュールは[同一労働同一賃金と派遣｜労使協定方式の選び方と毎年度改定の実務](https://www.issoh.co.jp/column/details/17036/)で扱っているため、給与側の設計は検査結果の保持と、未検査の単価で給与を確定させないブロックの2点に絞ります。 ### 勤怠から給与と請求までを1本のデータで通すために受託開発へ進む条件 既製の派遣管理システムで足りるのか、作るのか。判断の分かれ目は独自ルールの本数です。派遣先ごとの端数処理、業界特有の手当、日払いの前払い上限、グループ会社間での按分といった自社固有のルールが5本を超えると、既製品の設定範囲では吸収しきれず、前後で表計算が復活します。稼働100名以上でこの状態にあるなら、勤怠の収集から給与と請求の生成までを自社の業務に合わせて構築したほうが、運用工数の回収は早くなります。 逆に、独自ルールが2本以下で稼働50名以下なら受託開発は過剰です。その規模では既製の派遣管理システムと給与ソフトの連携で足り、投資は営業側の機能に回すほうが効率的です。一創では複数派遣先の単価と勤怠を1件の就業契約に束ね、給与と請求の両方を生成する構成での[勤怠管理システム開発](https://www.issoh.co.jp/service/business%5Fsystem/attendance-management/)を承っており、既存の給与ソフトを残して前工程だけを置き換える進め方も選べます。見積りの精度は、現在の締め処理に残る手作業を工程単位で洗い出すほど上がります。 ## 派遣スタッフの給与計算についてよく寄せられる質問と実務上の回答 派遣元の給与担当者から届く質問を5つ取り上げます。 ### 派遣社員の給与計算は派遣元と派遣先のどちらが行うのですか？ 派遣元が行います。雇用契約を結んでいるのは派遣元であり、賃金の支払義務、社会保険と雇用保険の手続き、源泉徴収と年末調整はすべて派遣元の責任です。派遣先が担うのは働いた時間の確認と派遣先管理台帳への記録で、スタッフへ直接賃金を支払うことはありません。派遣先が支払うのは派遣元への派遣料金です。 ### 複数の派遣先で働くスタッフの残業代はどの現場の単価で計算しますか？ どちらか一方の単価ではなく、その月の賃金総額を総労働時間数で割った加重平均を基礎に計算するのが実務の基本です。時給1,600円で96時間、1,750円で80時間なら基礎単価は1,668円台になります。法定時間外は、時系列で後に発生した労働から順に判定する方式です。派遣先への請求は通常単価のままというケースが多く、支払と請求の差は月次で把握しておきます。 ### 派遣スタッフの交通費は給与に含めて支払ってもよいですか？ 実費支給、定額支給、時給への組み入れのいずれも可能です。労使協定方式を採る場合、時給に組み入れるなら一般通勤手当の水準を満たす必要があり、令和8年度適用分は時間額79円です。前年度の73円から6円上がっており、時給組み入れ方式の派遣元は年度替わりで時給を見直します。実費支給なら非課税限度額の判定に経路情報が要ります。 ### 日払いに対応すると源泉徴収の扱いはどう変わりますか？ 雇用契約の期間があらかじめ2か月以内で、労働した日または時間により算定される給与であれば、日額表の丙欄を使います。ただし1か所から継続して2か月を超えて支払われる部分は日雇賃金に当たらず、丙欄を適用できません。契約が延長されて2か月を超えた時点で甲欄または乙欄へ切り替えます。契約期間の通算日数を持ち、到達を自動検知させる仕組みにしておくのが安全です。 ### 汎用の給与計算ソフトだけで派遣会社の給与計算は回りますか？ 稼働スタッフ30名以下、派遣先5社以内、掛け持ちがほぼ無く、単価パターンが10未満であれば回ります。この範囲を超えると、従業員1人に単価1つという前提が破れ、前工程の表計算が固定化する原因です。給与ソフトの買い替えではなく、就業契約・支払単価・請求単価・勤怠実績を派遣管理側に持たせ、確定額の計算だけを給与ソフトに任せる構成へ移すのが解になります。 ## 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