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title: "電子申請システムとは？自治体・官公庁の導入判断と構築方式の選び方"
url: "https://www.issoh.co.jp/column/details/16792/"
published: 2026-08-22
updated: 2026-09-27
categories: ["自治体・公共"]
publisher: "株式会社一創"
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# 電子申請システムとは？自治体・官公庁の導入判断と構築方式の選び方

電子申請システムとは、自治体や官公庁が住民・事業者からの申請や届出をオンラインで受け付け、庁内で審査・決裁・記録まで処理するための仕組みを指します。窓口や郵送を前提にした手続きをそのまま画面に移すだけでは効果が出ず、本人確認の強度、手数料の収納方法、庁内の基幹システムとの接続範囲をどこまで作り込むかで、費用も効果も大きく変わってきます。

加えて自治体の場合、ネットワークが三層に分離されているという構造的な制約と、基幹業務システムの標準化・ガバメントクラウド移行という進行中の大きな流れが、選べる構築方式を先に縛ります。この記事では、発注側が要件定義と調達判断を進めるために押さえるべき論点を、機能要件・構築方式・外部制約の順に整理していきます。

## まとめ：電子申請システムの導入判断を先に整理する

先に結論を示します。詳しい根拠は以降の各章で順に説明していきます。

- 電子申請システムの中身は「申請フォーム」ではなく、受付審査・本人確認・公金収納・基幹連携という四つの領域の組み合わせである
- 構築方式は共同利用型、個別導入型、スクラッチ開発の三つに分かれ、手続き件数と基幹連携の深さで選び分ける
- 庁内ネットワークの三層の対策により、選べる方式とデータの受け渡し経路が先に制約される
- 基幹業務システムの標準化が移行途上のため、基幹連携を伴う要件は調達時期そのものを判断材料に含める
- 年間数百件規模かつ基幹連携が不要な手続きなら共同利用型で足り、スクラッチ開発を選ぶ場面は限られる

## 電子申請システムとは何かを住民向けの窓口と庁内処理の両面から定義する

電子申請システムという言葉は、住民が見る申請画面だけを指して使われることがあります。しかし発注側が要件定義で扱う対象は、受け付けたあとの庁内処理まで含めた一連の流れです。ここを分けて考えないと、画面だけ作って窓口の負荷が減らないという結果になりかねません。来庁した住民の窓口手続きそのものをデジタル化する取り組みについては、[書かない窓口とは？導入条件と費用・基幹システム連携を実例で解説](https://www.issoh.co.jp/column/details/17735/)で別に整理しています。

### 住民が触れる画面と職員が触れる管理機能は別機能として設計する

住民側に必要なのは、手続きを探す導線、入力途中の保存、添付書類のアップロード、申請状況の確認といった機能です。一方で職員側には、受け付けた申請の一覧管理、担当課への振り分け、不備連絡、決裁、公文書の交付、統計の出力といった機能が要ります。

この二つは求められる要件がまったく異なるため、製品比較の際も別々に評価する必要があります。住民側の画面が使いやすくても、職員側が一件ずつ手作業でダウンロードして基幹システムに再入力する構成では、庁内の工数はむしろ増えかねません。導入効果を語るときは、必ず職員側の処理工数がどれだけ減るかで測ってください。

### 国が運営するポータルと自治体が用意する窓口の役割分担を整理する

行政のオンライン申請には、国が運営する共通ポータルと、自治体が個別に用意する窓口の両方が存在します。国の側では、社会保険・労働保険などの手続きを扱う総合窓口があり、企業の労務担当者が使う導線として定着してきました。利用者としての使い方は[e-Gov（イーガブ）電子申請とは？使い方・必要な準備・メリットをわかりやすく解説【2026年最新】](https://www.issoh.co.jp/column/details/8843/)で詳しく扱っています。

補助金のように特定分野に限った申請システムも別に存在し、事業者向けの補助金申請では専用のポータルが窓口となります。こちらの仕様は[jGrants（Jグランツ）とは？評判・使い方・GビズID要件を公式仕様で整理](https://www.issoh.co.jp/column/details/4476/)にまとめました。自治体が独自に用意する電子申請システムは、これら国の窓口が扱わない住民手続き、つまり子育て・介護・税・証明書交付・施設利用といった領域を担う位置づけになります。

もう一つ、マイナンバーカードを使う住民向けの申請機能に当たるのが、国が提供するポータル上の申請サービスです。子育てや介護の代表的な手続きが対象で、自治体は申請データを受け取って処理する側に回ります。自前の電子申請システムを検討する際は、この既存の受け皿でまかなえる手続きと、独自に作るべき手続きを最初に仕分けておくと、要件の膨張を抑えられます。

## 電子申請システムに求める機能要件を四つの領域に分けて洗い出す

要件定義の骨格になるのが、受付審査・本人確認・公金収納・基幹連携という四領域です。この四つのどこまでを範囲に含めるかで、費用は数倍の幅で動きます。順に見ていきましょう。

### 受付と審査の機能で押さえるべきは入力補助と進捗の可視化になる

申請フォームの作成機能は、どの製品にも備わっています。差が出るのは、入力途中の一時保存、住所や氏名の入力補助、条件分岐による設問の出し分け、そして申請後の進捗表示です。特に条件分岐は、紙の様式に付いていた「該当する方のみ記入」という注記をそのまま画面化する際に効いてきます。

職員側では、受付一覧から不備を返す機能の作り込みが工数を左右します。不備連絡をメール本文の手打ちで行う運用にすると、件数が増えたときに破綻しかねません。定型の差し戻し理由をあらかじめ登録でき、申請者側の画面に修正指示が表示される仕組みまで含めて評価してください。

### 本人確認はマイナンバーカードの公的個人認証を軸に強度を決める

すべての手続きに強い本人確認が要るわけではありません。施設予約やアンケートならメールアドレスの到達確認で足りますが、住民票の写しの交付請求のように、本人であることの確認が法令上求められる手続きでは、マイナンバーカードの公的個人認証を使います。事業者向けの手続きで共通認証を受け入れる場合は、[GビズIDの保証レベルと接続システムの申請フロー](https://www.issoh.co.jp/column/details/17552/)で身元確認レベルと申請の所要期間を確認できます。

公的個人認証には、申請内容が改ざんされていないことを示す署名用電子証明書と、本人がログインしたことを示す利用者証明用電子証明書の二種類があります。手続きごとにどちらが要るかを整理しないまま「マイナンバーカード対応」とだけ書いてしまうと、調達後に想定と違う結果になりがちです。スマートフォンへ電子証明書を搭載する仕組みも提供されていますが、対応機種と対応手続きは更新が続くため、要件には対応可否の確認手順まで書き込んでおくと安全でしょう。

### 手数料の公金収納は納付の対象が税か税以外かで収納方式が変わる

証明書の交付など手数料が発生する手続きでは、オンラインでの納付手段が要ります。ここは制度面の整理が要る領域です。地方公共団体の歳入をスマートフォン決済などで納付できる環境として、指定納付受託者制度が2022年1月4日に施行されており、自治体は決済事業者を指定納付受託者として指定することで、アプリ決済などによる納付を受けられます。

税に関しては別の仕組みがあり、地方税統一QRコード（eL-QR）と地方税お支払サイトが2023年4月に運用を開始しました。納付書に印字されたコードを読み取ることで、全国の対応金融機関やスマートフォン決済アプリからの納付が可能になっています。手数料収納を要件に含める場合、対象が税か税以外かで使う仕組みが分かれる点を、要件定義の早い段階で確認してください。

### 庁内の基幹システムとの連携範囲が費用と導入効果を大きく左右する

四領域のなかで最も費用に効くのが基幹連携です。受け付けた申請データを住民記録や税、国民健康保険といった基幹業務システムへ渡す仕組みを作れば職員の再入力はなくなりますが、連携インターフェースの開発と試験に相応の費用と期間がかかります。

現実的な選択肢は三段階あります。連携なしで職員が画面を見ながら入力する方式、申請データをファイルで出力して基幹側に取り込む方式、そして接続インターフェースを介して自動連携する方式です。件数が少ない手続きに自動連携を作り込むと投資が回収できないため、手続きごとの年間件数を数えたうえで段階を選び分けるのが定石になります。

## 電子申請システムの構築方式を三つの類型に整理して費用と自由度で比較する

機能要件が見えたら、次は実現方式です。自治体・官公庁の電子申請システムは、大きく三つの類型に整理できます。

| 方式      | 初期費用 | 自由度 | 向く場面      |
| ------- | ---- | --- | --------- |
| 共同利用型   | 低い   | 低い  | 汎用手続きが中心  |
| 個別導入型   | 中程度  | 中程度 | 独自運用が一部ある |
| スクラッチ開発 | 高い   | 高い  | 基幹連携が深い   |

### 都道府県単位の共同利用型は初期費用と庁内の運用負担を抑えられる

多くの都道府県では、県内市区町村が共同で使う電子申請サービスが用意されています。共同調達によって一団体あたりの費用が下がり、システムの保守やセキュリティ対応も運営主体が担うため、庁内の情報部門の負担は小さく済みます。

制約は、様式や画面の自由度が共通仕様の範囲に収まる点です。独自の審査フローや、自団体だけの決裁ルールを実装したい場合には収まりきらないことがあります。まずは共同利用型で扱える手続きを洗い出し、そこから外れるものだけを別の方式で補う進め方が、費用対効果の面では堅いでしょう。

### 個別に導入するサービス型の製品は手続き設計の自由度が高くなる

自治体向けに提供されているサービス型の電子申請製品を単独で導入する方式です。フォームの作成や審査フローの設定を職員が画面上で行えるものが多く、手続きの追加を情報部門やベンダーに依頼せずに進められる点が利点になります。

選定時には、他システムとの接続手段が用意されているかを必ず確認してください。データを外部へ渡す口が用意されていない製品を選ぶと、将来的に基幹連携を追加したくなった段階で行き詰まります。加えて、庁内のネットワーク構成で使えるかどうかという判断も要りますが、これは次章で扱います。

### スクラッチ開発は独自制度や深い基幹連携がある場合だけ検討する

個別に開発する方式は、自団体の制度や既存システムに合わせて自由に作れる代わりに、初期費用と保守費用が最も高くなります。制度改正のたびに改修費が発生する点も見込んでおく必要があります。

それでもスクラッチが要る場面は存在します。条例に基づく独自の給付制度があり、審査ロジックが複雑で既製品の設定範囲に収まらない場合や、基幹システムとの双方向連携をリアルタイムで行う要件がある場合です。逆にいえば、この二つに当てはまらないなら既製品の組み合わせで足りると判断してかまいません。

## 庁内ネットワークの三層の対策が構築方式選定の前提条件を先に決めている

自治体の情報システムを考えるうえで避けて通れないのが、ネットワークの分離構造です。個人番号を扱う個人番号利用事務系、行政専用回線でつながる領域、そしてインターネット接続系という三層に分けて防御する考え方が、総務省のガイドラインに沿って全国の自治体に定着してきました。

電子申請システムは住民がインターネットから使うため、インターネット接続系に置かれます。一方で、受け付けたデータを処理する基幹システムは別の層にあり、層をまたぐデータの受け渡しには無害化処理などの手順が挟まります。この構造を知らずに「申請から基幹反映まで自動化する」と書いてしまうと、要件が実現できません。行政専用回線の仕組みについては[LGWAN（総合行政ネットワーク）とは何か？その仕組み・機能、セキュリティや自治体における役割を徹底解説](https://www.issoh.co.jp/tech/details/9046/)で詳しく解説しています。

この分離の運用にはいくつかのモデルがあり、業務端末をどの層に置くかで働き方も変わります。総務省が2024年10月に公表したガイドライン改定版では、行政専用回線側から特定のクラウドサービスへ直接接続する形態が示されるなど、クラウド利用を前提にした見直しが進んできました。ガイドラインは改訂が続いているため、要件定義の着手時点で最新版を確認し、自団体が採るモデルを情報セキュリティ担当と先に握っておいてください。

## 標準化とガバメントクラウドの移行状況が電子申請の調達時期を左右する

もう一つの外部制約が、基幹業務システムの標準化です。国は2024年12月24日に閣議決定された基本方針の改定で、自治体が2025年度末までに標準準拠システムへ移行することを目指すと定めました。制度の全体像は[自治体システムの標準化とは？20業務の移行と期限経過後の実務を解説](https://www.issoh.co.jp/column/details/16009/)にまとめてあります。

実態としては、期限内の移行が難しいシステムが相当数残りました。2026年度以降の移行となるものは特定移行支援システムとして国が支援する枠組みが用意されており、デジタル庁が2026年2月時点で公表した資料では、標準化対象34,592システムのうち8,956システム（25.9%）が該当する見込みとされています。一つ以上を抱える団体は1,788団体中935団体（52.3%）にのぼるという数字も示されました。半数を超える団体が、基幹システムの移行作業を継続中という状況です。

この状況が電子申請システムの調達に及ぼす影響は明快です。基幹連携を伴う要件を、基幹システムの移行と同時期に走らせると、接続先の仕様が動いている最中に連携試験を組むことになります。移行が完了していない業務については、連携を後追いのフェーズに切り出し、先行フェーズは連携なしの手続きに絞る判断が現実的でしょう。移行先の基盤そのものについては[デジタル庁が求めるガバメントクラウドの全体像と自治体が直面する移行期限](https://www.issoh.co.jp/tech/details/11574/)で扱っています。

## 電子申請システムの導入方式を決める条件と見送るべき場面を言い切る

ここまでの整理を踏まえ、どの条件でどの方式を採るべきかを条件付きで示します。判断に迷う場面で立ち返る基準として使ってください。

### 共同利用型で足りる条件は年間件数と連携の要否だけで判定できる

対象手続きの年間申請件数が数百件規模までで、かつ基幹システムへの自動連携が不要なら、共同利用型で足ります。件数がこの水準なら職員が画面を見て入力する運用でも処理しきれるため、連携開発に投資する意味が薄いからです。施設予約、各種相談の申込み、イベント参加登録、アンケートといった手続きはこの区分に入ります。

この条件に当てはまるにもかかわらず個別調達を選ぶと、同等の機能に対して費用だけが増えます。共同利用型の共通仕様で扱えない部分が本当に業務上必要なのか、紙の様式を惰性で引き写しただけではないかを、要件を固める前に一度点検してください。

### 個別導入を採るべき条件は審査フローの独自性と手続きの数になる

庁内で年間数十種類以上の手続きを順次オンライン化していく計画があり、審査フローに課ごとの違いがある場合は、個別導入型が向きます。職員が自ら手続きを追加・変更できる製品を選ぶことで、手続きを増やすたびに調達手続きを踏む必要がなくなるためです。

ただし選定条件を一つ足してください。データを外部へ渡す接続手段が用意されている製品に限ることです。ここを妥協すると、将来の基幹連携やデータ分析の道が閉じられ、数年後に入れ替えが必要になります。

### スクラッチ開発を見送るべき場面は三つの判断条件として整理できる

逆に、スクラッチ開発を見送るべき場面を明示しておきます。第一に、既製品の設定範囲で実現できる要件しかない場合です。第二に、対象業務の基幹システムが標準化の移行途上にあり、接続先の仕様が確定していない場合になります。第三に、保守を担う情報部門の体制が数名規模で、制度改正のたびの改修対応を庁内で受けきれない場合です。

これらに当てはまるなら、まず既製品で運用を始め、実際の申請件数と職員の処理工数を実測してから、連携部分だけを個別開発で足す進め方をおすすめします。実測値を持たないまま大きく作ると、使われない機能に費用を割く結果になりやすいためです。自治体・官公庁向けのシステム構築で要件定義から支援が必要な場合は、[公共システム開発](https://www.issoh.co.jp/service/business%5Fsystem/public/)のような公共分野の実績を持つ事業者に、方式比較の段階から相談する方法もあります。

## 調達と要件定義で失敗を避けるための実務チェックポイントを並べる

最後に、仕様書を書く段階で見落としやすい項目を挙げます。いずれも、調達後に追加費用や運用の行き詰まりを招きやすい箇所です。

- 手続きごとの年間申請件数と、現在の窓口処理に要している職員工数を数値で把握しているか
- 本人確認の強度を手続き単位で定義し、公的個人認証が要る手続きを特定できているか
- 手数料が発生する手続きについて、税か税以外かで納付の仕組みを分けて記載しているか
- 基幹連携の方式を、連携なし・ファイル受け渡し・接続連携の三段階から手続きごとに選んでいるか
- ネットワークの分離構成と、層をまたぐデータ受け渡しの手順を情報セキュリティ担当と合意しているか
- 職員が手続きを追加・変更する運用を想定し、その作業を誰が担うかを決めているか
- 制度改正に伴う改修の費用負担と対応期間を、契約条件として明記しているか

特に一つ目の実測値は、方式選定の根拠そのものになります。件数が分からないまま比較表だけで製品を選ぶと、判断の軸が機能の多寡にすり替わってしまうためです。窓口で受け付けている紙の件数を、数か月分でよいので数えるところから始めてください。

もう一点、公開後の運用体制も要件に含めておきましょう。オンライン申請を始めると、紙と電子の二重運用がしばらく続きます。どちらの経路で来た申請も同じ台帳で管理できるか、繁忙期に処理が滞らないかを、稼働前に業務側と確認しておくと立ち上がりが安定します。

## よくある質問

### 電子申請システムと国のポータルはどう使い分けますか？

国のポータルが扱う手続きは、社会保険・労働保険など府省庁が所管するものが中心です。住民票の交付請求や施設予約のように自治体が所管する手続きは、自治体が用意する電子申請システムか、国が提供する住民向け申請サービスで受け付けます。まず所管がどこかで切り分けてください。

### マイナンバーカードがなくても電子申請は受け付けられますか？

手続きによって異なります。法令上の本人確認が求められない申込みや届出であれば、メールアドレスの確認だけで受け付けている自治体も多くあります。一方、住民票の写しの交付請求など本人確認が要る手続きでは、公的個人認証を用いる設計が一般的です。

### 共同利用型があるのに個別導入する意味はありますか？

あります。共同利用型は共通仕様の範囲で使う前提のため、課ごとに異なる審査フローや、年間数十種類の手続きを職員自身で追加していく運用には向きません。手続き数が多く、庁内で設定変更を回したい場合は個別導入が候補になります。

### 標準化の移行が終わる前でも電子申請は始められますか？

始められます。基幹システムとの自動連携を含まない手続き、たとえば施設予約や各種申込みは、移行状況に関係なく先行して公開できます。連携を伴う手続きだけを後続フェーズに切り出す形にすれば、移行作業と衝突しません。

### 電子申請システムの費用はどのくらい見込めばよいですか？

方式によって桁が変わるため一律には言えません。共同利用型は分担金の形で年額の負担が中心となり、個別導入型は初期設定費と年額の利用料、スクラッチ開発は初期の開発費と毎年の保守費が発生します。比較の際は、五年程度の総額で並べると判断しやすくなります。

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出典: [電子申請システムとは？自治体・官公庁の導入判断と構築方式の選び方](<https://www.issoh.co.jp/column/details/16792/>)（株式会社一創）
